Top PDF 利用共同結構元實作核醣核酸分群

利用共同結構元實作核醣核酸分群

利用共同結構元實作核醣核酸分群

4.3 系統主架 下圖為本系統的主要流程圖,整體架大約可分成五個部份。一開始使用者 可以透過網頁介面設定程式執行參數、輸入核酸序列。之後的前置處理部 份,會根據這些設定值,利用特定的資料來表示這些序列資訊;分析完這些 序列內容後,便可利用修改後的 GPRM 來尋找具有家族代表性的二級;此 共同便可挑出此家族的成員。在後置處理時回報此組序列資料的 果,以及所預測的,除此之外,視情況所須,簡單地說明果。
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利用分群分析香菇菌種類源與多醣結構的特色及利用多樣統計分析香菇多醣結構與巨噬細胞活性關係之研究

利用分群分析香菇菌種類源與多醣結構的特色及利用多樣統計分析香菇多醣結構與巨噬細胞活性關係之研究

子量分布在 1x10 2 至 3x10 3 kDa,並且各由不同比例的七種單成,包括了:葡萄 糖、甘露糖、木糖、半乳糖、黑藻糖、鼠李糖及阿拉伯糖。由於固態的多體具有不易 回溶水的特性,因此我們開發以超臨界流體系統之高壓水方式,在 10.1MPa、28°C、70 鐘的條件下提升多體的回溶率可達 90%,而且此萃取方法依然能保α-(1→4)-glucan

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利用分群演算法分析低密度奇偶檢查碼的結構

利用分群演算法分析低密度奇偶檢查碼的結構

再來,感謝同組的力仁學長,很開心能有機會與學長討論;感謝 Martin 與 柏崴學長,感謝你們這段時間的鼓勵。感謝驗室的戰友們游傑、志凱、鍾豪、 乙澔、恆源、Chatrpol,很開心能在同驗室一起奮鬥。還要感謝學弟妹們郁善、 智宇、正吉、文豪,感謝你們口試當天幫我舒緩緊張的情緒,非常感謝你們口試 當天還幫我到系辦申請表格資料,我才能完成口試。

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利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

利用核醣核酸的二級結構及基因規劃法找尋其共同結構元

3.3 系統架 本系統主要包含三大部分:系統前處理、預測及轉換二級,與主要的核 心基因規劃法。 系統前處理包含兩個步驟,首先是處理系統參數。本系統可供使用者自行定 義系統參數,包含設定莖幹及環狀的範圍,以及莖幹內所允許的內部環狀 大小等等。完全使用系統預設的參數,也能達到一定效果。若使用者對於欲預 測的資料有所了解,能提供更嚴謹的系統參數,還可大幅增進預測的正確性。此 外,基因規劃法有本身系統執行時所需的參數,例如族群數量(population size) 、與各運算子發生的機會。
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利用圖形表示的基因規劃法找尋核醣核酸的共同結構元

利用圖形表示的基因規劃法找尋核醣核酸的共同結構元

而在本系統的測試中,當α設定為 0.7 時,可以滿足絕大部份的資料。 3.4.3 母代挑選機制 產生新一代個體時,我們先保留一定比例適應數高的個體到下一代,剩餘 的個體則透過挑選機制選出母代,執行演化運算後產生新一代的個體。本系統採 用的挑選機制為競賽法(tournament),競賽法可以保留隨機的機制,也符合適者生 存的原理,是目前最普遍採用的選取方法。其挑選的方法為:自母代體中隨機 挑選出一定數量的個體,個體之間彼此比較適應數,其中數最高者被挑選出 來為母代個體,進而產生子代。
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運送去氧核醣核酸之融合蛋白及運送方法

運送去氧核醣核酸之融合蛋白及運送方法

審查人員:顏逸瑜 [57]申請專利範圍 1. 一種融合蛋白,其包含:一蛋白質傳遞部分,其包含具有序列辨識編號 2 胺基酸序列之 胜肽片段;及一去氧核酸合部分,其包含拓樸異酶之胺基端 200 個胺基酸序列 中具有配置訊號區域之胜肽片段,其中該去氧核酸合部分具有選自由序列辨識 編號 3、序列辨識編號 4、序列辨識編號 5、序列辨識編號 6 及序列辨識編號 7 所組成之 之胺基酸序列。
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利用演化式計算找尋蛋白質結構之相似結構元

利用演化式計算找尋蛋白質結構之相似結構元

目前為止還沒有真正可以徹底解決的好方法,也一直深深困擾著此領域的研究 學者。本研究在不同的模型階段中,提供了一個可以解決了上述傳統老問題的 方法。 多重比對時會因為比對順序不同而有不同的比對果。本研究後置 業的「產生代表性相似」步驟中,從數個相似但不同的所包含的 區域中,依照區域在胺基酸序列上發生的位置挑選出可能的區域 組合,若此組合不符合相似的標準再逐一刪去最不像的區域。有別 於過去方法是判斷子是否相似,相似的再歸類為同ㄧ相似,本研究 以反向思考,先找出可能相似的一,再逐一刪去最不相像的,因此比 對區域順序的不同便不會成影響最終果的因素。
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國中生二元一次聯立方程式之概念結構與分群探討

國中生二元一次聯立方程式之概念結構與分群探討

徐賢德(2004)以國小客家語課程中的 1 年級為範圍,進行詮釋模式及 化學習法的證研究,並利用電腦軟體程式輔助數學運算過程,重新編排 學習項目的順序,建立起更科學化的學習路徑與學習地圖,同時建一個更有 效益的教學造圖,可讓教師檢視自己的知識體系,幫助學習者在進入新的學 習領域時,可以快速獲取新知,以減輕教師的負擔,達到有意義學習,避免記 誦、強記片段知識之弊端。顯示教材化設計可幫助學生建立學習路徑,減 輕認知負荷,增進學習效率,達到有意義學習;教材化設計,可為教師 檢視自己的知識體系、教學及編輯教材的參考。教材化設計流程進行反覆 的修正,可幫助建立客語學習的資料庫。透過「S-P 表分析」與雙向細目表,
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多元計分試題關聯結構與模糊集群在國小學生代數概念之探討

多元計分試題關聯結構與模糊集群在國小學生代數概念之探討

綜合以上看法,代數是建立在「數」和「運算」的基礎上,利用符號表 徵來進行運算,也是可以將算式簡化的數學語言。 貳、九年一貫課程之代數概念 數學之所以被納入國民教育的基礎課程,有三個重要的原因:(1)數學是 人類最重要的資產之一。(2)數學是一種語言。(3)數學是人類天賦本能的延 伸。九年一貫課程強調以學習者為主體,以知識的完整面為教育的主軸,以 終身學習為教育的目標,除了數學知識外,演算能力、抽象能力及推論能力 的培養是整個數學教育的主軸。能力指標是依主題與階段的學習能力而訂 定,由階段能力指標演繹出更細緻的年細目及詮釋,能力指標、年細目 與年細目詮釋之內容,應為教師教學的主要參考依據。數學領域將九年國 民教育區為四個階段,另將數學內容為「數與量」、「幾何」、「代數」、
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陰陽子-1/多蜂房蛋白群/去氧核醣核酸甲基轉化酶之複合體透過表基因默化方式抑制CCAAT/促進子結合蛋白結合蛋白-δ基因表現

陰陽子-1/多蜂房蛋白群/去氧核醣核酸甲基轉化酶之複合體透過表基因默化方式抑制CCAAT/促進子結合蛋白結合蛋白-δ基因表現

人類CCAAT/促進子合蛋白δ如何 受到調控及參與在細胞發炎及脂肪生 合成的重要性及分子機轉(1, 2, 3)。又 如上述所言CCAAT/促進子合蛋白δ 的增加可以引發細胞休止及凋亡,一 旦其大量表現之後容易對癌症的產生 及形成有不利的作用,因此CCAAT/

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核醣核酸二級結構預測與分群分析

核醣核酸二級結構預測與分群分析

計畫參與人員: 鄭家胤,陳柏志,黃全榮 交通大學資訊工程系 一、中文摘要 核酸在後轉譯調控上扮演重要的 角色,然而與去氧核酸不同的是,去 氧核酸的 motif 大多可在序列間發掘 其保留區,而核酸的 motif 則必須在 間找尋。目前已有部分分析系統工具 可以在一功能性相同的核酸中尋找 可能的共通,但是其大多僅能從功 能性相同的核酸中搜尋,本計畫提出 並完成新的核酸共同預測及 的系統,且已利用多個已知的核酸 家族做系統測試。
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預測蛋白質上去氧核醣核酸鍵結位置

預測蛋白質上去氧核醣核酸鍵結位置

在本研究中,我們針對蛋白質上去氧核酸位置的預測問題設計一較精確之 類器,我們別使用模糊化最近k個鄰居法與向量支持機器法兩種類器來預測蛋白 質上去氧核酸位置。最後我們提出一效能較佳之方法,使用向量支持機器法 合蛋白質多重序列比對中位置加權矩陣提供的氨基酸序列演化資訊來預測蛋白質上去 氧核酸的鍵位置。由於蛋白質中與去氧核酸和非鍵的氨基酸位置的數 目比例顯著不均衡,所以除了向量支持機器原有的參數外額外兩個針對此一不平衡問題 之參數將同時最佳化,希望最後能獲得最高之淨準確率(NP,鍵類氨基酸準確率與非 鍵類氨基酸準確率的平均值)。為了評估所建立向量支持機器模型的普遍化能力,我 們額外蒐集另一低序列相似度的蛋白質-去氧核酸複合物晶資料,PDC-59,總共 包含59條蛋白質鏈為獨立測試的樣本。向量支持機器採用六等交叉驗證,在訓練資 料PDNA-62的淨準確率為80.15%而獨立測試資料PDC-59的淨準確率為69.54%,別比 現有最佳方法類神經網路提高13.45%及16.53%。除了位置加權矩陣特徵外,三種與蛋 白質-去氧核酸交互作用有關的氨基酸物化性質:溶劑可接觸表面積、電子電荷、
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利用次世代定序技術系統化分析微小非編碼核醣核酸

利用次世代定序技術系統化分析微小非編碼核醣核酸

iii 致謝 關於這個研究首先要感謝中研院植物暨生物學研究所林納生博士於 2008 年提供 第一份 NGS data 開啟我投入這個研究。在當時台灣很少有 NGS data 或是相關研 究,透過和驗室林豐茂學長合作研究了解如何處理 NGS data,接著發表第一 篇論文。透過處理 NGS data 以及我們 lab 研究 miRNA 的專長,陸續和 UCR 的史 允中以及 Hailing Jin 教授合作分析 NGS small non-coding RNA data 在動物和 植物上,都有不錯的成果。

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電腦化預測宿主微小核醣核酸在病毒基因組的靶位點以及預測病毒微小核醣核酸

電腦化預測宿主微小核醣核酸在病毒基因組的靶位點以及預測病毒微小核醣核酸

中文摘要 近年來發現微小核酸(microRNA)於哺乳動物、植物與昆蟲中,藉由 調控後轉錄作用產物,在發育、致癌及細胞凋亡上扮演重要的角色。值得 注意的是,微小核酸不僅在真生物中存在,病毒亦能產生微小 核酸,且病毒感染宿主後,宿主細胞中的微小核酸也具有調控病毒的 功能。因此,我們建置 ViTa 和 VirMiR 兩個資料庫來收集病毒產生的微小 核酸,及探討病毒與宿主微小核酸間的關係。資料的收集上,來 自病毒和四各物種中,已知的微小核酸別從 miRBase 和 miRNAMap 得來。病毒的資訊則收集自四各資料庫:NCBI、ICTVdB、VBRC 和 VirGen。
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以功能基團計分矩陣預測蛋白質與去氧核醣核酸交互作用之結合模式

以功能基團計分矩陣預測蛋白質與去氧核醣核酸交互作用之結合模式

講到 DOTA 就不得不提到神手 PIKI(這麼稱呼會讓他非常得意)以及電腦總是爛線的 小強:跟我一起坐在驗室中央分隔島的 PIKI 雖然總有用不完的自信,可是人在藥物 組的他,對於研究上的合理性以及方面感總是令我佩服;即便我與小強相處的時間不多, 但在簡短的談話中常常都能給予精準而且很棒的建議。而康康跟章大常常督促我在研究 上要多加油,讓常在神遊四海的我能加緊腳步。也要特別感謝章大,尤其在後面的這段 時間(雖然他已經在我後面很長一段時間)願意抽出時間幫我看我的研究。跟小黑一起 窩在後面小會議室玩 Sybyl 也讓我學到很多;曾老師家的冀冬學長也在 CRP 驗上給 予我很多幫助。生活上則是要謝謝怡馨對大家有著許多的細心與體貼,帶給 BioXGEM 的我們這阿宅不一樣光譜的溫暖。在驗室裡最常跟我一起出去瘋的董花,是個好揪 出遊散心的咖;當壓力很大的時候,他給我的連總是讓我振奮不已。阿甫總是個美食 的好夥伴,愛攝影的他,也常常帶一些好玩的小東西來驗室給我們嘗鮮。而我也在跟 俊辰學長聊天中得到很多的歡笑以及不同次的知識。這邊也要感謝驗室裡其他的成 員:努力的志達、愛狗的敬立、既認真又宅氣沖天的峻宇、local 又搞笑的超哥、陽光 帥氣的力仁、揪團達人的韋帆、GGI 的御哲,讓我在驗室裡的生活更加充
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探討兒童急性淋巴性白血病相關之微核醣核酸-181A及微核醣核酸-151的功能

探討兒童急性淋巴性白血病相關之微核醣核酸-181A及微核醣核酸-151的功能

感謝給予我契機,讓我有幸踏入小兒血液腫瘤領域的林淑華老師及林東燦醫 師,並且感謝林淑華老師及林淑容老師的細心教導,充分滋養了我的學術基礎及 關於基因剔除小鼠的諸般知識與經驗,在撰寫期刊論文的同時,也習得了諸多寶 貴的經驗與技巧,讓我得以茁壯成長。謝謝所有擔任口試委員的老師們,俞松良 老師的精闢見解、楊性芳老師及曾慶平老師循循善導我的思路、以及陳淑惠醫師 提供的臨床意見,使得我的論文更臻完整。還要感謝 ALL 團隊的所有成員,特別 是建立了整個團隊研究基礎的楊永立醫師,耐心地教我 flow 分析方法及技巧的英 卉學姐,還有不吝分享驗經驗的勝凱,都給予我莫大的幫助。另外還要感謝中 原大學基因功能研究室的諸位,在 mir-181a-1 研究上擔任開路先鋒的瑋柔、雖然 照顧老鼠並不輕鬆,但有認真又窩心的曉頴和瑀絜擔雜務,著幫了不少忙;
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應用特徵選取於跨實驗室前列腺癌核醣核酸序列資料

應用特徵選取於跨實驗室前列腺癌核醣核酸序列資料

因此鮮少研究將各個驗室的資料去整合成一個更大的資料庫。此研 究主要探討跨驗室資料的特徵選取議題。驗使用四組來自不同 驗室的前列腺癌資料,並應用排名正規化方法去減少來自不同驗室 的差異。首先我們將三組資料合成一組為訓練組,再將剩下的一 組資料做為測試組。並且使用隨機森林演算法去找出在訓練組中有顯 著基因表現量差異的基因,再將找出的基因使用支持向量機從訓練組 去建立類模型。接著用此模型去預測測試組的類別辨識準確度,藉 此比較使用排名標準化方法前後的準確度差異。果顯示,使用 排名標準化方法後能有效將測試組的辨識準確度提高,並且使用排名 標準化方法配合隨機森林演算法的效果也優於使用 Cuffdiff。此外除了 標準化和特徵選取演算法的差異,定序機器的差別也是影響果一個 重要的因素。愈新的機器可以給予更穩定且準確的資料,以達到更高 的辨識準確度。
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建置人類核醣核酸編輯點資料庫

建置人類核醣核酸編輯點資料庫

核酸編輯 (RNA Editing) 是核酸序列的修改,其中主要有甘酸的 刪除、插入、以及取代三種。核酸編輯機制導致訊息核酸前驅物剪接、 架位移、核酸改變和訊息核酸轉譯。A-to-I 和 C-to-U 核酸編 輯機制是目前已經被了解和研究的,但是,目前為止沒有任何的資料庫是關於哺 乳類核酸編輯。因此,本研究建立ㄧ個儲存核酸編輯相關資訊的資料庫 系統。這個資料庫系統所儲存的資料包含不同的核酸編輯類型,以及其詳細 地註解,亦即未轉譯區域、重複區域、單一核酸多樣性和經由驗驗證的核 酸編輯點。此外,本研究也進行跨物種的比較分析,用以來探討演化上的意義,
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抗雙股去氧核醣核酸抗體的重組

抗雙股去氧核醣核酸抗體的重組

全身性紅斑性狼瘡 (Systemic Lupus Erythematosus,SLE) 是一種具有各式各樣臨 床症狀的自體免疫疾病,患者最特別的地方在於血清中有各種自體抗體的產生, 其中最常見到的自體抗體是抗雙股去氧核酸抗體 (anti-dsDNA antibodies), 它也被認為是導致 SLE 最主要的自體抗體,尤其是和狼瘡性腎炎 (lupus nephritis) 有關。在本驗中,我們利用聚合酶鏈鎖反應 (Polymerase Chain Reaction,PCR) 來放大老鼠融合瘤細胞 (hybridoma cell) 所泌的腎原性 (nephritogenic) 抗雙 股去氧核酸抗體的重鏈 (Heavy chain) 和輕鏈 (Light chain) 基因片段,我們 將反應產物選殖入 pComb3H 載體中,然後利用限制酵素作用於重組 DNA,以分 析在隨意挑選的菌株中,確認已含有重鏈及輕鏈基因片段,接著再將它們以大腸 桿菌來表現 Fab 片段並分析其免疫特性。利用西方墨點法 (Western blot)、抗老 鼠 IgG 抗體分析後,果證 8 個能夠表現 Fab 片段的菌株 (T1, T3, T4, T5, T8, T9, T10, 及 T11) 都有 50 kDa 的 Fab 蛋白存在。酵素連免疫吸附分析法
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干擾病毒複製的小型干擾性核醣核酸分子

干擾病毒複製的小型干擾性核醣核酸分子

審查人員:黃教威 [57]申請專利範圍 1. 一種小型干擾性核酸(small interfering ribonucleic acid;siRNA)分子,其具有一第一 序列或一第二序列,該第一序列係如序列辨識編號 1 所示,該第二序列係如序列辨識編 號 2 所示,且該小型干擾性核酸分子係用以干擾石斑魚背鰭細胞株 GF1(寄存編號為 BCRC 960094)內之石斑魚神經壞死病毒(red-spotted grouper nervous necrosis virus;

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