我國衛生行政組織分為四級 (88 年 7 月前 )
˙ 中 央 行政院衛生署
․ 直轄市 台北市政府衛生局 高雄市政府衛生局
․ 縣市 ( 省轄市 ) 縣 ( 市 ) 衛生局 市 ( 區 ) 衛生所
․ 鄉鎮市 ( 縣轄市 ) 衛生所
高 雄 市
民國 88 年 7 月完成精簡台灣省政府組織作業，
我國衛生行政組織由原來四級簡化為三級
˙ 中 央 行政院衛生署
․ 直轄市及縣市 台北市政府衛生局 高雄市政府衛生局
縣 ( 市 ) 衛生局
․ 鄉鎮市 ( 縣轄市 ) 區衛生所 ( 健康服務中心 )
鄉鎮市衛生所
各級衛生機關行政系統
署長
台北市衛生局於民國 82 年初修正為七科八室，至 93 年 12 月止，各科室為：
第一科：防疫、保健服務及衛生所管理。
第二科：營業衛生、職業病防治。
第三科：醫政、精神衛生及兒童醫療補助相關作業。
第四科：藥政管理。
第五科：護理行政、機構管理及長期照護業務。
第六科：衛生教育及衛生訓練。
第七科：食品衛生管理及國民營養宣導與管理，並 於九十年任務編組增設菸害防制組。
檢驗室、技術室、資訊室、統計室、秘書室、會計室
、人事室、政風室。
附屬機關為
• 六家綜合醫院：
中興、仁愛、和平、婦幼、陽明、忠孝
• 專科醫院：
中醫、療養院、慢性病防治院、性病防治所
• 兩家委託經營醫院：
萬芳醫院、關渡醫院
• 十二區衛生所
臺北市政府衛生局為與中央衛生機關組織再造同步
，建立事權統一之責任機制，並以提升醫療服務品 質、增進醫療服務效能及降低醫療服務成本三項主 要層面，讓市民能得到更完善的醫療服務，並達到 人事精簡的目標，遂檢討修正衛生局及所屬十二區 衛生所組織，並將現行十家市立醫院組織進行整併
。於 92 年 11 月 10 日市政會議修正通過， 92 年 12 月 18 日核定「臺北市政府衛生局所屬醫療院所專 案精簡要點」；並經行政院 92 年 12 月 29 日函同 意備查，於 93 年 7 月 7 日經台北市議會第九屆第 十次臨時大會三讀審議通過，並自 94 年 1 月 1 日 施行。
局 長
經修正後設五個局內處、及七個室，運作業務 如下：
一、疾病管制處：
掌理疫情監測、調查、訓練及醫院內感控 事項、規劃疫苗接種之政策及執行、社區 傳染病及新興傳染病之防治、外勞與營業 衛生從業人員之防疫及委託臺北市立聯合 醫院辦理疾病防治等事項。
二、藥物食品管理處：
掌理藥政、藥品、醫療器材、化粧品、食 品衛生管理及國民營養調查、諮詢、管理 等事項。
三、醫護管理處：
掌理醫政、醫院管理、護理行政、藥械供 應、緊急救護、特殊照護及心理衛生輔導 等事項。
四、健康管理處：
掌理健康管理及保健業務之推展、監 督、規劃、考核事項。
五、企劃處 ( 原技術室 ) ：
職掌綜合業務規劃、研究發展、計畫管 考、國際衛生合作、公共關係、議事、
綜合業務宣導、綜合衛生業務訓練等事 項。
六、秘書室；七、檢驗室；八、資訊室；
九、會計室十、統計室；十一、人事室；
十二、政風室。
附屬機關為
․ 一家臺北市立聯合醫院
計有中興、仁愛、和平、陽明、忠孝、婦幼綜
合、松德 ( 原為台北市立療養院 ) 、昆明 ( 原 為
性病防治所 ) 、林森 ( 中醫 ) 等九家院區
․ 兩家委託經營醫院：萬芳、關渡
․ 十二區健康服務中心 ( 原為衛生所 )
健康管理處
其組織架構是對應行政院衛生署國民健康局，衛 生局各科之保健業務，以功能性分工、全人照顧
、網絡合作及強化保健服務。其主軸任務為促進 市民健康及預防保健，分別整合原有第一科之保 健業務（含優生保健及癌症防治）及衛生所（修 編後為健康服務中心）管理、第二科之職業衛生
、第五科之婦幼衛生及中老年疾病防治、第六科 之衛生教育及社區健康營造、第七科之菸害防制 等任務，以提供更佳的服務品質。
台北市健康服務中心
台北市依據行政區分設十二個衛生所，為推行公共 衛生之基層組織，每所設有所長、秘書及三個業務 組。第一組主管保健、防疫、護理、一般門診﹝各 區門診業務現由各市立醫院支援﹞、 檢驗﹝現統 一由衛生局檢驗室辦理﹞、精神衛生及衛生教育等 工作。第二組主管食品衛生、職業衛生及營業衛生 等工作；第三組主管醫政、民防、 醫療救護及藥 政、藥物管理等工作。為強化社區保健業務，做好 家戶健康管理成效，提升為市民服務品質，將十二 區衛生所更名為「健康服務中心」。
健康服務中心分為二組：
一、健康促進組：
學校衛生（預防接種與傳染病除外）、婦幼 衛
生（包括兒童聽力、學齡前兒童視力篩檢、
健
康學園、 0 至 6 歲兒童篩檢與早療、口腔保 健與
含氟漱口水、 0 至 6 歲兒童醫療補助證發放
、母
乳哺育指導、哺集乳室設置輔導、更年期婦 女
保健）、癌症防治（包括子宮頸癌、乳癌、
口
腔癌、大腸直腸癌等）、生命統計、社區健 康
營造、辦理急救技能訓練、市民健康講座與 宣
導等衛生教育宣導。
二、個案管理組：
家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保 健（包括優生保健、家計用品、出生通 報、新生兒代謝異常篩檢、罕見疾病防 治、產前遺傳診斷、新婚婦女、特殊群 體、外籍新娘、智障個案管理等）、中 老年防治（包括老人健康指導、獨居長 者健康照護、天使人力銀行派案服務、
三合一篩檢等）、個案管理。
高雄市衛生局於民國 85 年修正為七科六室，至 91 年 12 月止，各科室為：
第一科：防疫保健
第二科：營業、工業衛生 第三科：醫政
第四科：藥政
第五科：公共衛生護理 第六科：衛生教育
第七科：食品衛生管理
技術室、檢驗室、會計室、人事室、政風室、
秘書室
附屬機關為
․ 五家醫院：
計有民生醫院、聯合醫院、凱旋醫院、
、婦幼綜合醫院
․ 專科醫院：
中醫醫院、慢性病防治院與性病防治所
․ 兩家委託經營醫院：旗津醫院、小港醫院
․ 十一區衛生所
後將第一科防疫股與高雄市立性病防治所 及高雄市立慢性病防治中心合併成立「高 雄市政府衛生局疾病管制處」，高雄市立 婦幼綜合醫院與高雄市立大同醫院合併成 立「高雄市立聯合醫院」。
92 年 1 月起，高雄市政府衛生局為六科六 室，附屬六家醫院、一處高雄市政府衛生 局疾病管制處及十一區衛生所。
97 年 1 月起，高雄市政府衛生局疾病管制 處
納入高雄市政府衛生局，為六科六室一處
，附屬六家醫院及十一區衛生所。
職場
一、職場衛生科：職業、營業衛生、外勞健康管理。
二、醫政科：醫政、市立醫院管理、救護、精神衛 生、身心障礙鑑定。
三、藥政科：藥政、藥物、化粧品管理。
四、保健科：護理行政、婦幼健康、中老年病防治、
癌症防治、長期照護。
五、衛生教育科：社區衛生教育、醫院衛生教育、
衛生訓練、健康傳播、社區健康營造、保健服 務、菸害防制。
六、食品衛生科：食品衛生及國民營養。
七、疾病管制處：蟲媒、急性及慢性傳染病防治、
傳染病防治宣導、衛生所管理。
檢驗室、企劃室、秘書室、會計室、人事室、政風室
附屬機關為
․ 三家醫院：
計有民生醫院、聯合醫院、凱旋醫院
․ 專科醫院：
中醫醫院
․ 三家委託經營醫院：
旗津醫院、小港醫院、大同醫院
․ 十一區衛生所
局 長
台北縣政府衛生局組織架構 ( 準直轄市 )
縣市政府衛生局組織架構
縣市政府衛生局組織架構 ( 新制一 )
局 長
局 長
局 長
局 長
局 長
局 長
局 長
各縣市衛生局設各課 ( 科 ) 、室掌理下列事項
：
一、醫政課 ( 科 ) ：醫事機構及醫事人員管理 、醫療品質管制、緊急醫療救護、精 神
衛生、長期照護、全民健康保險宣導 等
事項。
二、藥政課 ( 科 ) ：藥局、藥商、藥物、化粧 品管理等事項。
三、食品衛生課 ( 科 ) ：食品衛生、健康食品 管理、國民營養等事項。
四、保健課 ( 科 )
( 台北縣稱健康管理科；新竹市、台南市 稱健康促進科；台中縣分設兩科 : 健康 促進科及健康管理科 ) ：
婦幼衛生、癌症防治、中老年病防治、
職業病防治、口腔衛生、視力保健、菸 害防治、衛生教育、衛生所業務管理等 事項。
五、疾病管制課 ( 科 ) ：掌理傳染病防治、營 業衛生管理、外籍勞工健康管理等事項。
六、檢驗課 ( 科 ) ：掌理公共衛生檢驗等事項
。
七、企劃課 ( 科 ) ：掌理衛生企劃、研考、
為民服務、資訊、 法制作業等事項。
八、總務室 ( 行政室 )( 科 ) ：掌理文書、檔 案、印信、庶務、出納及其他不屬各
課、室等事項。
九、人事室 ( 科 ) 十、會計室 ( 科 ) 十一、政風室 ( 科 )
• 健康促進科 ( 嘉義縣 )
掌理社區醫療保健、職場健康促進、
社區健康營造、健康促進學校、菸害 防治、衛生教育、衛生所及其他有關 事項。
• 衛生稽查科 ( 台北縣及彰化縣 ) 1. 中央及縣府之聯合會勘。
2. 醫療院所及藥事機構之人民申請案、人民 陳情及檢舉違規案件現場查察蒐證及取締。
3. 醫事管理、藥物食品管理、健康管理及疾 病管制科年度計畫之稽查、抽驗及輔導。
4. 醫事管理、藥物食品管理、健康管理及疾 病管制科違規案件現場查察、蒐證及取締。
5. 食品中毒之調查處理。
• 心理及長期照護科 ( 台北縣 ) ； 心理與精神衛生科 ( 台南市 )
1. 心理衛生 ( 自殺通報、個案管理、自殺防治 教育及守門人訓練、心理健康衛教宣導及 篩檢 )
2. 精神衛生 ( 社區精神病患管理、就醫轉介、
強制送醫、追蹤照護、精神醫療資源諮詢服 務、民眾精神衛生教育、精神醫療、復健及 藥癮戒治機構管理 )
3. 性侵及家暴防治
• 心理及長期照護科 ( 台北縣 ) ； 心理與精神衛生科 ( 台南市 )
4. 辦理長期照顧服務 ( 居家及社區復健、居家 服務、日間照顧、喘息服務、老人營養餐 飲及居家無障礙環境改善及緊急救援通報 系統 ) 。
5. 推動長期照顧研究及訂定長期照顧服務品 質規範。
6. 辦理外籍看護工申審流程與國內照顧服務 體系接軌方案業務。
• 長期照護科 ( 台東縣 )
長期照顧服務、本國看護工就業媒合 、早期療育個案管理、長期照顧個案 社會福利、照顧員管理及其他有關事 項