第一節 問題歸納
不同的資料型態以及資料之間的關係繁雜，一直是生物資訊系統需要考量的 問題，僅管目前已有許多描述生物資訊領域的知識庫被提出，但就使用者操作系 統的角度而言，不同的工具需要什麼樣的資料型態，才會最為重要的。然而工具 隨著不同的組織各自研發，所需要的資料型態也不盡相同，研究人員難以同時了 解所有資料形態以及其與不同分析工具之間的關係，如此工具之間的異質性，往 往造成研究上的阻礙。
傳統解決工具的異質性是仰賴整合式系統的開發，將相關性高的工具集中至 同一個系統中，且提供既定的控制介面，使用者僅能透過有限的操作介面，以及 顯示的資訊，找尋適合需求的操作模式。然而不同領域的研究人員對於系統的需 求也不同，因此要順應不同需求的系統，就必需具備延伸性，而元件化整合式系 統提供了延伸性，但也僅侷限於程式層次的整合。
以系統整合的角度來說，從元件化整合至加入知識領域的整合系統，一直希 望能夠提供有彈性的整合機制，使得系統可以任意的建構適合個人的工作環境。
從使用者的角度，能透過簡單的設定，就可以完成元件的變動是最恰當的。然而 目前生物資訊整合系統仍是在程式層次的組合，僅適用於資訊領域的研究人員，
使得若要變更系統中的元件，就需要仰賴資訊域域的研究人員來代為建置。如此 缺乏即時性的操作，帶給使用者相當的困擾。
此外，使用者在操作系統時，往往是透過使用者介面的資訊來判斷下一個該 執行的動作。若能將這些動作描述在系統中，且提供某種程式客製化的介面，如 此使用者就可以設計屬於個人風格的操作摸式，也可以適用於研究領域。藉由簡 單的設定，有助於往後的操作都可以循著既定的模式完成工作。
第二節 目標與方法
本論文將提出一個以 Ontology 驅動之彈性化整合系統，稱為 ODEX 系統 (Ontology-Driven Data Exploration)，為了讓系統具備合作與資源分享的特性，本 系統將建立在一個以服務組合的基礎架構上，目的是將各式各樣的資源都可以用
Motif Prediction Server
Literature Extraction Sequence analysis
with literature
Gene clustering with literature assistance
Bioinformatics Benchmark Archive
Motif Prediction Server Verification
機制，對於系統架構和設計比較了解的使用者，可自行撰寫程式將不同的元件組 合，反之，則可以透過較簡單的系統設定，達到整合的功能。
最基本的整合，僅將新的元件加入至系統中。新的元件被包裝成服務放入服 務容器中，此時服務容器有如服務管理員，當有要求 (Request) 發生時，服務管 理員就會將要求導向給正確服務處理。若要將多個元件組合成新的元件，就必需 使用者自行撰寫程式將元件組合，這個方法讓使用者有最大的彈性去建構個人化 的服務，但它適用於對於程式開發，或元件本身相當熟悉的使用者，一般的使用 者無法透過這類的步驟來完成元件的整合。
若使用者已經了解完整的操作流程，對於分析工具的使用也有經驗，使用者 可以利用系統中已預設的基本可執行的動作，例如：複製、貼上、執行、開啟…….
等，一步步的將資料在各個服務或工具之間流動。系統僅僅提供一些基本的操 作，使用者藉由一連串的基本操作，將不同的工具的服務整合在一起互相合作。
使用者有很大的自由度去設計並執行個人化的程序，以符合個人研究的需求。
除了系統預設的一些基本的操作之外，使用者也可以透過設定規則，把個人 喜好的流程，或是經驗上常常需要使用到的操作程序，用規則描述出來，當系統 執行時就會依設定的規則反應適當的動作。因為使用者可以依個人研究領域的不 同，定義出相對應有趣的資訊，所以這不僅僅提供了一個較簡單的整合機制，還 容許一定程度的客製化，讓系統不會因研究領域的束縛，而造成不必要的限制。
此外，針對相關性比較密切的使用者介面工具，ODEX 提供樣版式整合 (Template Integration)，是將一些常用的排版版面製成樣版，使用者可以選擇適當 的樣版，將工具一一配置到樣版中，就可以組合成新的工具。使用者也可以利用 系統本身提供的基本樣版，組成較複雜的排版版面。樣版整合不僅僅可以將排版 規格化，使用者可以定義屬於基本樣版的導覽規則，只要套用這個樣版，新的工
具就會依此規則處理特定的操作，使得系統的所有工具都具有特定的排版和操作 風格，有助於使用者在不同工具之間轉換運用時更容易上手。
具備了上述的整合環境，以及規則客製化的機制，進而加入 ontology 知識庫 的概念。藉由規則與 ontology 配合，由於 ontology 中維護了豐富的知識庫，使得 系統可藉由知識庫的存取和查尋，提供更強大的規則以達到更靈活的系統行為模 式。