實體性 Microarray 資料庫設計 - Microarray 資料庫的設計

三、 Microarray 資料庫的設計

3.3. 實體性 Microarray 資料庫設計

對應 EC 之用。此外還有與 Biopathway 有關的 pathway、entry 和 reaction 表格，

三者的共同來源是 KEGG 上所提供的 XML (Extensible Markup Language，以下簡稱 XML) 格式的 Biopathway 檔，下載後經由系統的 Parser 分別切割成 Biopathway 資訊、元件資訊和反應資訊，可供日後繪製表現量過程圖對應 Biopathway 圖上的元件對應位置。

關於資料權限方面，在資料的表格設有權限欄位，並且對帳號管理建立 account 表格，含有使用者帳號、密碼和所屬群組等。依照使用者群組的不同，

可分為一般使用者、實驗人員及管理人員等群組。一般使用者不能上傳實驗數據，但可以瀏覽、下載開放的實驗組數據。實驗人員群組可以上傳實驗數據，該群組在登入頁面時先填入使用者身份，以取得權限，然後即可進入上傳實驗的頁面。接著使用者依照實驗的內容性質，填寫實驗相關資訊以及該實驗的權限。設定實驗權限關乎其數據的保密性，決定上傳的實驗數據是否也開放給一般使用者存取。一旦該實驗組被設定成非公開後，該實驗的瀏覽和修改權限便只有管理員、該上傳人員或其所屬的群組方可執行。管理員群組為進階相關實驗人員或資料庫管理者，只開放給少部分人，允許所有權限，包含修改與刪除所有實驗數據。

-表 3.3-1 TMD 資料庫資資料辭典

Database Definition

Database name TMD

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Microarray 資料辭典

Table Name Description

account 管理使用者帳號和權限的資訊，包含使

用者名稱、密碼和所屬群組

experiment Microarray 實驗的相關資訊，註明每做

一次實驗時的名稱或目的等

Microarray_header 玻片進行雜交前，為 gal 檔案的一部份，記錄著該檔案的名稱、資料的欄位多寡、玻片訊息等

Microarray_block 玻片進行雜交前，為 gal 檔案的一部

份，紀錄該玻片 Block 的配置狀況

Microarray_data 玻片進行雜交前，為 gal 檔案的一部

份，紀錄 Feature 的位置關係

Scanner_header 玻片進行雜交經掃描後，為 gpr 檔案的

一部份，紀錄掃描器的當時狀況、檔案名稱、圖片的位置、操作軟體修正的參數等

Scanner_data 玻片進行雜交經掃描後，為 gpr 檔案的

一部份，掃描後帶出 Feature 的相關數據

續表 3.3-1 TMD 資料庫資資料辭典

TCvsEC TIRG 上，物種為雞的 TC 與特定

Biopathway 的 EC 的對應表格

est_tc 拿 Probe 比對 TIGR 上物種為雞的 TC

的結果，保留前幾名候選身份

pathway KEGG 所提供的 XML 格式 Biopathway

的一部分，含有該圖的連結位址和圖片位置等

entry KEGG 所提供的 XML 格式 Biopathway

的一部分，記錄每個元件的類型、座標、長寬和連結等

reaction KEGG 所提供的 XML 格式 Biopathway

的一部分，記錄每個反應的類型和反應物及生成物等

image 玻片送入雜交後，經由掃瞄器掃瞄出

來，轉成 JPEG 格式檔案的影像圖檔

-表 3.3-2 experiment 資料-表資料辭典

Table Definition

Table name account

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective 使用者管理資訊

欄位

型態

PK FK

註解

account_id varchar

ˇ

使用者帳號

pw varchar 使用者密碼

group varchar 使用者所屬群組

表 3.3-3 experiment 資料表資料辭典

Table Definition Table name experiment

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Microarray 實驗資料

欄位

型態

PK FK

註解

Expt_ID int

ˇ

實驗 ID Expt_Name varchar 實驗名稱

Category varchar 分類

Subcategory varchart 子分類 Organisms varchar 組織

Slide_Name varchar 玻片名稱

表 3.3-4 Microarray_header 資料表資料辭典 Table Definition

Table name Microarray_header

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Gal 設定檔的檔頭

欄位 型態 PK FK 註解

File_Name varchar

ˇ

設定檔名稱 ATF text 檔案類型版本 Header_records int 標頭內容的行數 Data_columns int 資料內容的筆數 File_Type text ATF 檔案類型 BlockCount int(11) Block 數目 BlockType int(11) Block 種類 URL text 網址 Supplier text 製造商 ArrayerSoftwareName text 軟體名稱 ArrayerSoftwareVersion text 軟體版本 ArrayName text Array 名稱 ArrayRevision text Array 版本 SlideBarcode text Gal 用的 barcode

-表 3.3-5 Microarray_block 資料-表資料辭典 Table Definition

Table name Microarray_block

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Gal 設定檔中的 Block 空間配置

欄位型態 PK FK 註解

File_Name varchar

ˇ ˇ

設定檔名稱

Block_ID int

ˇ

Block 的編號

Block_xOrigin int X 軸的起始點

Block_yOrigin int Y 軸的起始點

Block_Dia int 點的半徑

Block_xFeatures int X 軸點的個數 Block_xSpacing int X 軸的間距 Block_yFeatures int Y 軸點的起始點 Block_ySpacing int X 軸的間距

表 3.3-6 Microarray_data 資料表資料辭典

Table Definition

Table name Microarray_data

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Gal 設定檔的 Feature 配置

欄位 型態 PK FK 註解

File_Name varchar

ˇ ˇ 設定檔名稱

Block int(11)

ˇ

block 編號 Block_Column int(11)

ˇ

Column 編號 Block_Row int(11)

ˇ

Row 編號 Name text feature 名稱

ID text Feature ID (唯一碼)

-表 3.3-7 Scanner_header 資料-表資料辭典

Table Definition Table name Scanner_header

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Gpr 結果檔的檔頭

欄位

型態

PK FK

註解

Expt_ID int

ˇ ˇ 實驗 ID

ATF text 檔案類型版本

Header_records int 標頭內容的行數

Data_columns int 資料內容的筆數

File_Type text ATF 檔案類型 Create_Time datetime 影像檔處理時間

Settings text 分析的設定檔

GalFile text

讀入的 GAL 輸入檔`，對應 NAME ID

PixelSize int(11) 像素大小 (單位:µm) Wavelengths text 雷射波長

ImageFiles text TIF 圖檔路徑 NormalizationMethod text Normalization 方法 NormalizationFactors text Normalization 係數 JpegImage text Jpeg 圖檔路徑

StdDev text 標準差計算設定

RatioFormulations text 圖像顏色亮度比例中的公式

續表 3.3-7 Scanner_header 資料表資料辭典

Barcode int(11) ˇ 圖檔的 barcode BackgroundSubtraction text 讀取背景的設定 ImageOrigin text 掃描圖像的原始位置

JpegOrigin text

JPEG 圖像跟原始掃描圖像的相對位置

Creator text GenePix Pro 軟體版本

Scanner text 掃描器型號

FocusPosition int(11) 焦距位置 (單位: micron) Temperature float 掃描器溫度

LinesAveraged int(11) 影像處理的列平均值

Comments text 註解

PMTGain text 光電倍增管設定值

ScanPower text 穿透率

LaserPower text 雷射功率 (單位: 伏特)

LaserOnTime text The laser on-time for each laser, in minutes.

Filters text 濾光器

ScanRegion Text 掃描區域的大小 (單位: 像素) Supplier Text 輸入檔.GAL 提供者

-表 3.3-8 Scanner_data 資料-表資料辭典

Table Definition Table name Scanner_data

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Gpr 結果檔的 Feature 各種數值

欄位

型態

PK FK

註解

Expt_ID int

ˇ ˇ 實驗 ID

Block int(11)

ˇ

block 編號 Block_Column int(11)

ˇ

Column 編號 Block_Row int(11)

ˇ

Row 編號

Name text feature 名稱

ID text Feature ID (唯一碼)

X int(11) X 座標

Y int(11) Y 座標

Dia int(11) 半徑 (單位: µm)

F635_Median int(11)

波長 635 的中位數

※

波長 635 是 cy5、紅光

F635_Mean int(11) 波長 635 的平均值 F635_SD int(11) 波長 635 的標準差

B635_Median int(11) 波長 635 的背景強度中位數 B635_Mean int(11) 波長 635 的背景強度平均數 B635_SD int(11) 波長 635 的背景強度標準差

續表 3.3-8 Scanner_data 資料表資料辭典

GL_B635_1SD int(11)

波長 635 下，大於 1 個標準差背景強度的百分比像素

GL_B635_2SD int(11)

波長 635 下，大於 2 個標準差背景強度的百分比像素

F635_Sat int(11) 波長 635 下飽和的百分比像素

F532_Median int(11)

波長 532 的中位數

※

波長 532 是 cy3、綠光

F532_Mean int(11) 波長 532 的平均值 F532_SD int(11) 波長 532 的標準差

B532_Median int(11) 波長 532 的背景強度中位數 B532_Mean int(11) 波長 532 的背景強度平均數 B532_SD int(11) 波長 532 的背景強度標準差

GL_B532_1SD int(11)

波長 532 下，大於 1 個標準差背景強度的百分比像素

GL_B532_2SD int(11)

波長 532 下，大於 2 個標準差背景強度的百分比像素

F532_Sat int(11) 波長 532 下飽和的百分比像素 Ratio_of_Medians_635_532 float 中位數比例

Ratio_of_Means_635_532 float 平均數比例

Median_of_Ratios_635_532 float 像素強度比例的中位數像素強度比例的平均數

-續表 3.3-8 Scanner_data 資料表資料辭典

Rgn_Ratio_635_532 float

中央像素與外圍的像素回歸比例

Rgn_R_635_532 float 回歸值得決定係數

F_Pixels int(11) 像素的總數

B_Pixels int(11) 背景像素的總數

Sum_of_Medians int(11) 每個波長的中位數的總合 Sum_of_Means int(11) 每個波長的平均數的總合 Log_Ratio_635_532 float 中位數比例的 Log 值 (底數 2) F635_Median_B635 int(11) 波長#635 下，像素強度的中位數 F532_Median_B532 int(11) 波長 532 下，像素強度的中位數 F635_Mean_B635 int(11) 波長 635 下，像素強度的平均數 F532_Mean_B532 int(11) 波長 532 下，像素強度的平均數 F635_Total_Intensity int(11) 波長 635 下的像素強度總合 F532_Total_Intensity int(11) 波長 532 下的像素強度總合 SNR_635 float 波長 635 下的訊噪比

SNR_532 float 波長 532 下的訊噪比 Flags int(11) 一個特徵值的 flag 型態

Normalize int(11)

一個特徵值的 Normalization 狀態

表 3.3-9 TCvsEC 資料表資料辭典

Table Definition

Table name TCvsEC

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective TIGR TC 對照 EC 表格

欄位

型態

PK FK

註解

TCid varchar

ˇ

TC 編號

EC varchar TC 對應到的 EC

Name text EC 註解說明

map varchar TC 對應的 Pahtway 編號

-表 3.3-10 est_tc 資料-表資料辭典

Table Definition

Table name est_tc

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective EST 序列與 TIGR TC 比對的結果

欄位

型態

PK FK

註解

ID varchar EST 名稱

Blast_version varchar BLAST 軟體版本

Database varchar 比對的資料庫名稱

Hit text 比對到的 EC

Score int 比對到的分數

E_value text 比對到的期望值

Description text 比對到的 EC 身分註解

表 3.3-11 pathway 資料表資料辭典

Table Definition

Table name pathway

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective KEGG Biopathway 資訊

欄位

型態

PK FK

註解

pathway_name varchar

ˇ

Biopathway 名稱 org varchar Biopathway 的類別

number int Biopathway 的編號

title text Biopathway 的說明

image text Biopathway 圖片的連結位址

link text Biopathway 的連結位址

-表 3.3-12 entry 資料-表資料辭典

Table Definition

Table name entry

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Biopathway 裡的 Entry 資訊

欄位

型態

PK FK

註解

pathway_name varchar

ˇ Entry 含在哪個 Biopathway 中

Id int Entry 在此 Biopathway 的編號

name varchar Entry 的名稱

Type varchar Entry 的種類

reaction varchar Entry 的所參與道的反應

link text Entry 的資訊連結

x int Entry 圖形的中心 x 軸座標

y int Entry 圖形的中心 y 軸座標

width int Entry 圖形的寬度

height int Entry 圖形的高度

表 3.3-13 reaction 資料表資料辭典

Table Definition

Table name reaction

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective Biopathway 裡的反應資訊

欄位

型態

PK FK

註解

pathway_name varchar

ˇ

Reaction 含在哪個 Biopathway 當中

name varchar Reaction 的名稱

type varchar Reaction 的類型，如是否可逆

substrate varchar Reaction 的來源物 product varchar Reaction 的生產物

表 3.3-14 image 資料表資料辭典

Table Definition

Table name image

Design Date 2004 年

Designer 中華大學蒲宗賢

Objective 玻片送入雜交後，經掃描後的圖檔

欄位

型態

PK FK

註解

ImageFiles varchar

ˇ 圖檔的名稱

在文檔中中華大學 (頁 42-60)