第二章 相關研究探討
第一節 文獻探討
第二章 相關研究探討
第一節 文獻探討
本論文研究目的為自動從生醫文獻找出疾病與藥物之間的關係，在實驗的過 程中，研讀與探討許多人在此領域的實驗方法與技術，發現有一些研究使用MeSH (Medical Subject Headings) terms (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/)尋找疾病與藥 物之間的關係，也有一些研究透過Clinical trials 的報告了解疾病與藥物之間的關 係，以下介紹這兩種不同尋找疾病或藥物關係的方法以及相關研究。
(一) MeSH terms
MeSH terms 是一套由美國國家醫學圖書館(NLM)所建立的生物醫學領域主 題詞表，每一個主題詞都代表特定的主題範疇。當使用者把欲查詢的關鍵字輸入 MeSH Database 中 (如圖 1 所示)，將比對出最接近、最適當的 MeSH terms，點選 這些terms 的連結，它會告訴使用者 terms 的涵義，也可詳細以樹分層的方式呈現 上下層彼此的詞彙，再藉由這些terms 可以到 PubMed database 查詢相關醫學文獻 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)。
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圖1：MeSH database 的輸入介面1
Jang et al.(2016)的研究主要是從兩個來源取得相關資料庫，一個是從 National Health and Nutrition Examination Survey(NHANES)取得電子病歷資訊，另一個則是 利 用 MeSH terms 取 得 目 前 出 版 相 關 藥 物 文 章 摘 要 和 從 Drug Bank (https://www.drugbank.ca/)取得的藥物資料庫，藉以建立兩類特徵向量。第一類是 臨床疾病特徵向量，是由clinical variables 資料集組成，代表在電子病歷上疾病與 健康之間的重要因素；第二類為藥物影響向量，是由 Drug Bank 的藥物列表和 PubMed 的藥物文章摘要所組成。透過統計的方法比較這兩類向量且求出疾病與 藥物對的分數，此分數代表著已存在的藥物對於特定疾病潛在治療的影響程度。
(二) Clinical trials
Clinical trials 是美國衛生研究院提供的線上醫學臨床試驗報告，該網站首頁 如圖2 所示。網站中包含已完成的、目前持續招募受試者、還有暫停招募受試者、
未來視情況決定是否繼續等研究狀態，此網站的優點是可以直接了解疾病名稱，
以及疾病所搭配的治療藥物與劑量，還有新功能是可以限定欲查詢的國家、受試 者的年齡與性別。
1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/
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圖2：Clinical trials 的網站首頁2
Xu & Wang (2013)的研究顯示，他們從 Clinical trials 的疾病資料庫建立研究 所需之疾病字典，並從Drug Bank 的藥物資料庫再建立藥物字典。該研究的實驗 方法如下：首先透過已知的疾病與藥物對學習關係模型，例如原句為“Role of irinotecan in the treatment of small cell carcinoma ” (PMID: 11995707)擷取的關係 為“DRUG in the treatment of DISEASE ”，接著從 MEDLINE 擷取大量的文章摘要，
透過疾病字典和藥物字典自動對文章摘要進行標記，並且擷取同時具有藥物與疾 病的句子，找出出現頻率較高的關係，最後以 Precision、Recall、F1 值評估實驗 效能。本篇論文參考此研究的疾病與藥物資料庫取得方式，直接透過Clinical trials 裡已完成報告之部分疾病與藥物對進行分析，因為這樣可以減少搜尋疾病與藥物 配對的時間，而且也能確保找到的疾病與藥物是實務臨床使用的，再加上其他規 則學習和統計的方法，最後以Precision、Recall、F1 值呈現評估效能。
(三)PubMed 和 MEDLINE 的比較
MEDLINE 及 PubMed 都是由美國國家醫學圖書館 (National Library of
2 https://clinicaltrials.gov/
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Medicine，簡稱 NLM)所建置，但兩者在本質上有所差異，MEDLINE 是資料庫，
PubMed 則是資料庫平台。PubMed 可以查找到 MEDLINE 資料庫所收錄之資料，
但不限於MEDLINE，還可以查詢 MeSH terms、Protein 等多種資料庫內的資料，
PubMed 除了可查找 MEDLINE 收錄的文章外，還可以查詢到下列資訊:
1. 處理中的文章，此類文章尚未由專業館員加上MeSH，亦尚未收錄於 MEDLINE。
2. 尚未正式發表的期刊文章，此類文章通常是出版社經由電子方式提交給 NLM。
3. 部分尚未更新為近代辭彙，或尚未收錄於MEDLINE 的 OLDMEDLINE 資
料。
本論文採用 PubMed 當作背景知識庫來源，因為它的資料庫種類除了包含 MEDLINE 的資料庫還有其它多種資料庫，這有助於增加查詢資料的廣度。