基因治療製劑的製造程序，可能無法依照一般生物藥品明確區 分成原料藥和產品的兩個階段，但在審查上，品質管控之技術性資 料仍應包含原料藥以及產品兩部分。
壹、原料藥
一、一般資訊
申請者應提供文字及圖表詳述基因治療製劑及其命名，並說明 該產品之作用機轉及預期的臨床適應症。另應詳述主成分的分 子結構、生物活性、轉殖基因 (transgene) 及各個調控功能序列 (regulatory element)，以及基因載體 (vector) 設計與結構等。
(一) 轉殖基因
轉殖基因為基因治療製劑之基因構築 (gene construct) 中，達到 治療效果之必要基因組成。申請者應以圖示輔助文字描述轉殖 基因之構築，包含具功能性基因（例如：轉殖基因、篩選標記 (selection marker)）、調控功能序列（例如：啟動子 (promoter)、
增強子 (enhancer) 和內含子 (intron) 等）、基因連接處 (junction region) 以及限制內切酶切點等資訊。若轉殖基因之序列係參考 已發表之文獻資料，應特別說明與探討其適用性。若有修飾轉 殖基因之原始序列，如：密碼子優化 (codon optimization)、位 點特異性突變 (site-specific mutation)、刪除 (deletion) 和重新排 列 (rearrangement) 等，則應說明其修飾目的。若利用轉錄因子
(transcription factor) 控制轉殖基因的表現與否（例如：暫時性 或組織特異性的調控），應於特性分析時提供佐證並說明此轉 殖基因如何達到預期的調控特性。
(二) 基因載體
基因載體為基因治療製劑中，協助轉殖基因之傳輸、轉導 (transduction)或標靶至目標位置之成分。申請者應提供基因載 體 （ 質 體 、 病 毒 或 細 菌 ） 來 源 的 相 關 文 件 ， 例 如 ： 原 生 (parental) 病毒或原生細菌的培養歷史和生物特性。另應提供基 因載體適用性，例如：作用機轉、臨床適應症和給藥方法等考 量，並說明該載體對目標細胞或組織的選擇性、轉導效率以及 轉導後轉殖基因的表現及功能活性等。
依照目前常見的基因載體類型，建議申請者應提供但不限於以 下資料：
1. 複合核酸 (complexed nucleic acid) 載體
複合核酸載體為轉殖基因構築於特定質體中，再與複合材料 或媒介物 (vehicle) 進行混合或反應所製成之載體。例如：將 帶有轉殖基因之質體與多價陽離子 (polycation)、蛋白質及聚 合物形成複合物，或包覆至微脂體 (liposome) 中，或聯結至 攜帶子 (carrier) 或金屬顆粒等。申請者應提供質體骨架、篩 選標記和其所有調控基因表現的調控功能序列之完整序列資 料，亦應說明所採用複合材料之一般特性與結構，以及該複 合材料如何提高基因治療製劑的傳輸、調控或表現之相關佐 證資訊與文獻。此外，亦應說明複合物的結構、帶負電荷 DNA 如何與媒介物交互作用。
2. 病毒載體
應提供病毒載體的來源、修飾、組成與病毒特性等資料，包 含基因體（例如：單股或雙股、DNA 或 RNA、自身互補 (self-complementary) 等 ） 、 殼 體 (capsid) 組 成 和 包 膜 (envelope) 構 造 、 病 毒 學 （ 例 如 ： 複 製 缺 陷 (replication deficient) 、 具 複 製 能 力 (replication competent) 、 條 件 複 製 (replication-conditional)型、感染細胞或組織向性(tropism)、
抗病毒藥敏感性等）、生物物理（例如：分子量和顆粒大小）
和生物化學等資訊。
3. 細菌載體
應提供細菌載體之物化特性、生長特性、染色體基因標記、
篩選標記、限制酶圖譜等資料，以及如何篩選此載體。如有 自然發生 (naturally occurring) 的質體應加以敘述，並說明如 何於主細胞庫及最終產品分析其存在；若有導入任何外來基 因或調控功能序列，應提供其所在位置與相關資料。
二、製造 (一) 製造廠
應提供原料藥製造廠的廠名與廠址，若有委外製造廠（含執行 製造、檢測和儲存之場所）亦須提供其廠名與廠址，並說明各 自所負責的製程內容。
(二) 製程及製程管制之描述
申請者應提供流程圖並闡述從細菌、病毒及（或）細胞庫或核 酸來源到產出原料藥的整個製造過程，包含細胞培養、轉染、
接種、發酵、擴增、收成 (harvesting)、澄清化 (clarification)、
混合 (pooling)、純化、濃縮、充填，以及儲存運送條件等。另
應清楚定義主成分的批次，包含批次大小和生產規模的細節資 料。若在製程中必須混合多批次之收成物或中間物，則建議混 合前應進行品質檢測，以確保每批混合物具有一定之品質。
申請者應提供每個製程之步驟、參數與管制程序等資訊，包含 製造規模（例如：生物反應器體積或製程操作容量等）、培養 基、添加物和主要儀器設備，並提供各製程製造參數（例如：
細胞密度、培養時間、貯留時間 (holding time)、細胞繼代數、
pH 值、溶氧量和溫度等），以及製程中檢測項目（例如：病 毒力價、產率、不純物、存活率、轉殖基因與載體之鑑別、內 毒素和生物負荷量等）。
若基因物料 (genetic material) 係透過細胞內分子機制進行基因 重組，而形成最終基因載體的基因組成時，應描述基因物料至 最終載體之基因重組演變過程，並提供基因載體中間體和最終 基因載體的基因圖譜。
若為複合核酸載體，則應提供所有複合材料的完整生產過程、
製造參數以及管制項目。
若原料藥中添加稀釋劑、穩定劑或賦形劑時，應說明其添加目 的及適當性。若原料藥將與其他產品製備成複合性產品，應提 供該製程之完整資料。
(三) 物料管制 1. 起始物
基因治療製劑之起始物，依產品性質而有不同的考量：
(1) 若產品為病毒載體，則起始物為製備病毒載體所用到的 成分，包含包裝細胞 (packaging cells) 的細胞庫系統，以 及病毒庫系統或轉染包裝細胞之質體。
(2) 若產品為細菌載體，則起始物為質體和宿主細菌，或經 (banking system)，則建議以庫系統管控品質，並說明其來源、
培養歷史和庫系統建置過程。若該起始物有經過基因修飾，
則須提供基因修飾之相關資料。庫系統應進行特性分析和品 質檢測，並確保無微生物、真菌及病毒之污染，亦須驗證在 最初和最終培養製程下，庫系統之基因穩定性與生產效率一 致性。相關規範可參考 ICH Q5A (R1)「Viral safety evaluation of biotechnology products derived from cell lines of human or animal origin 」 、 Q5B 「 Quality of biotechnological product:
analysis of the expression construct in cells used for production of r-DNA derived protein products 」 和 Q5D 「 Derivation and characterisation of cell substrates used for production of biotechnological/biological products」等指引之內容。
若起始物製備過程中使用動物來源試劑，則應檢測種系特異 性病毒。若試劑源自反芻類動物，另應評估傳染性海綿樣腦 病 (Transmissible Spongiform Encephalopathy, TSE) 風險。
起始物應根據製備過程與生物特性採取合適的品質管制，可 參考但不限於下列說明：
(1) 基因物料
基因物料如 RNA 載體、DNA 載體、質體或人工染色體等
檢測，可包含基因鑑別和基因完整性（含轉殖基因和調 控功能序列）、無外來物質污染、無菌性、內毒素、純 度（例如：質體超螺旋結構 (supercoiled structure) 的比率，
以及宿主細胞 DNA、RNA 和蛋白質之殘留量）等。另應 使用合適方法檢測特定基因特徵，例如：CpG 序列。若 以基因物料為起始物，且整個基因治療製劑製程中，未 採用庫系統或製程管制確保全序列正確性時，則應有合 適的檢測及規格作為品質控管，確保用於製程之起始物 具有批次間一致性。若該基因物料之序列正確性會影響 或決定基因治療製劑中的基因組成、療效或安全性，則 須確認該基因物料之全基因序列受到適當的管控。
(2) 病毒庫
主病毒庫的檢測應包含鑑別（基因和免疫學鑑別）、病 毒濃度或感染力價 (infectious titer)、基因體完整性、轉殖 基因的轉錄或表現、轉殖基因衍生之生物活性、無菌性、
無黴漿菌（若為昆蟲細胞來源則為螺原體 (spiroplasma)）、
無外來物質（含體外 (in vitro) 和體內 (in vivo) 試驗之病毒 檢測，及種系特異性病毒檢測）污染等。如產品為複製 缺陷或條件複製型病毒，應檢測證明無具複製能力之病 毒 (replication competent virus)。為確保基因序列的正確性，
關 鍵 基 因 （ 例 如 ： 治 療 基 因 及 其 毗 鄰 區 域 (flanking regions)、調控相關基因，以及病毒載體中經過修飾或可 能發生重組的區域序列）應完整定序；若可行，病毒載 體應於申請查驗登記前進行全基因序列分析。基因定序 應列入特性分析項目。
工作病毒庫則至少應執行鑑別及微生物、病毒相關之檢 測。
(3) 細菌細胞庫
細胞庫的檢測項目，可包含細菌鑑別（表現型和基因 型），無其他細菌、真菌、質體及噬菌體的污染等。
若有插入或刪除影響安全性之序列應加以確認。
若細菌細胞庫是用以生產 DNA 質體，則應再檢測轉殖基 因及關鍵基因序列（例如：轉殖及調控相關基因）之存 在、轉殖基因的表現及活性、質體之限制酶鑑別圖譜、
質體套數、含有質體的細胞百分比等。
若細菌細胞庫是用以生產細菌載體，則參考上述「一、
(二)基因載體」中有關細菌載體應提供之資料。
(4) 真核細胞庫
應說明細胞株來源及歷史。如細胞經過基因改造，應提 供充分資料說明使用之所有物料不影響最終產品之安全 性及純度。主細胞庫的檢測應包含鑑別、純度、細胞數 量、細胞存活率、細胞株特性分析、基因型與表現型、
質體與轉殖基因及輔助序列結構的驗證（例如：限制內 切酶分析法或定序法）、基因穩定性、基因套數和完整 性。外來物質檢測應包含外源性、內源性和種系特異性 病毒（包括細胞株來源及製程物料）檢測，以及無細菌、
真菌及黴漿菌（若使用昆蟲細胞來源則為螺原體）之污 染。對於用以生產病毒載體之細胞株，應以反轉錄酶活 性和電子顯微鏡檢測是否有反轉錄病毒。
(5) 複合材料或載體
用以製造複合核酸載體之複合材料（例如：奈米粒子或 微脂粒等）的品質和純度對於基因治療製劑的品質十分 重要，須依其預期用途加以管控，包含合適的製程中管 制、特性分析和規格檢測。應提供的資訊取決於該複合 材料及原料藥之性質，若複合材料取自多種來源（例如：
動物、植物、合成物）或多個供應商，則須提供每項來 源或供應商的資訊，並且應提供不同來源成分的特性分 析，並進行比較評估，以說明不同來源或不同供應商之
動物、植物、合成物）或多個供應商，則須提供每項來 源或供應商的資訊，並且應提供不同來源成分的特性分 析，並進行比較評估，以說明不同來源或不同供應商之