(一)現場採樣：
本研究分別於林口、深澳電廠及鹽寮灣外採樣海水，其中林口及深澳電廠外 各設置9個測站，僅採表水。在鹽寮灣外設置9個測站，在表層、25公尺及50公尺 採取水樣，樣品共有27個；三處海域均施放CTD。採樣地點如圖3-1，95年第3季 採樣時間是9月28、29及10月13日，第4季採樣時間是95年11月1~19日；96年第1 季採樣時間是2月6~7日，第2季採樣時間是4月17、21、23日。
另外從林口、深澳電廠及塩寮灣沿岸各採取3個表水。95年第3季採樣時間是 9月5日，第4季採樣時間是95年11月20日；96年第1季採樣時間是2月5日，第2季 採樣時間是4月17、21、23日。
(二)現場分析：
1. 溫度(NIEA W217.51A)：
以水銀溫度計現場測量之。
2. 溶氧量(Winkler固氧法)(NIEA W421.50A)：
首先將溶氧瓶緩緩裝滿水樣，勿讓氣泡進入，取0.5ml氯化錳(MnCl2)伸進瓶 底後才加入，再取 0.5ml鹼性的碘化鈉(NaOH+NaI) 伸進瓶底後加入，加蓋，上 下充分混合，而後靜置。此時水樣中的溶解氧會與錳離子發生反應而沈澱，待沈 澱完全後，再上下混合1次。靜置後可保存數日之久，之後運回實驗室進行比色 (Pai 等人，1993)。
3. 生化需氧量(BOD5) (NIEA W510.54B)：將取得之水樣裝入300ml生化需氧 瓶中，瓶中若有氣泡要輕輕將之排出，蓋上玻璃蓋後並水封，再放入冰箱冷藏。
原始水樣溶氧量低於3mg/l者，則先利用稀釋水進行稀釋後再進行培養。
4. 透明度(NIEA E220.50C) (亦稱可見度)：
現場以沙奇盤(Secchi Disk)測量之。
5. 葉綠素甲(NIEA E507.01B)：
定量100ml水樣，加入1至2滴飽和碳酸鎂溶液，以防葉綠素(chlorophyll a)分 解成脫鎂葉綠素(pheophytin)，以玻璃纖維濾紙(Millipore)過濾之。將濾紙向內折 疊整齊置入封口袋中，再放入有乾冰之冰桶保存。
6.溫鹽記錄器(CTD)：
以SEABIRD 19多功能水質監測器(溫鹽記錄器(CTD))，在鹽寮灣9個測站測 量溫度及鹽度。
(三)實驗室分析：
1.pH( NIEA W424.50A)：
將電極放入海水浸泡過夜，以便讓電極適應海水的離子強度。之後pH儀以 Tris buffer標準pH緩衝液(pH=8.089及6.786)校正。將棕色水瓶放入25℃恆溫水槽 中，待溫度平衡後，以 Radiometer pH儀測量pH值。每測10∼15個樣品時，並夾 測一個標準品，以便得知精確度。
2.溶氧量(NIEA W421.50A)：
將已固氧的樣品加入硫酸(H2SO4)溶液，此時沈澱物溶解，樣水呈黃棕色，
再以分光光度計波長 456nm測定其吸光值(Pai 等人，1993; 呂朝城，1995)。以 碘酸鉀(KIO3)配製0.6mN，0.8mN，1.0mN，1.2mN四種濃度做為標準曲線，換算 樣本溶氧量。
3.營養鹽：
水樣攜回實驗室，以0.45 µm濾紙過濾後，分析下列項目：
a. 硝酸鹽（NO3-）(NIEA W436.50C)：
鎘還原法+偶氮比色法(Cadmium reduction method＋azo dye colorimetric method)：水樣先與氯化銨混合，然後通過一活化鎘管，將水中NO3-還原成NO2-， 通過EFE-330C流程板(白書禎教授提供)，自動上機比色。分析儀器以HITACHI
U-2000分光光度計於波長543 nm處槽測其吸收值。扣除NO2-濃度後，即可得NO3
-濃度。
b. 亞硝酸鹽（NO2-）(NIEA W418.51C)：
偶氮比色法(azo dye colorimetric method)：水樣先加入酸性磺銨試劑，使與 NO2-生成對重磺銨離子。再與鹽酸奈乙二銨試劑反應，生成粉紅色之偶氮染料，
以HITACHI U-1000分光光度計於波長543 nm處，以1 cm長之比色槽測其吸收 值，再由莫耳吸光係數求得濃度。
c. 磷酸鹽（PO4-3）(NIEA W427.51B)：
維他命C還原比色法(Ascorbic acid reduction-colorimetric method)：水樣加入 酸性銻鉬試劑，使PO4-3
與鉬酸銨反應，生成黃色磷鉬複合物。再加入抗壞血酸，
藉由酸性銻鉬中的銻離子催化，使之還原成藍色磷銻鉬複合物。於波長880 nm 處，以5 cm長之比色槽測其吸收值，再由莫耳吸光係數求得濃度。
d. 矽酸鹽（SiO2）(APHA 4500-SiD)：
維 他 命C 草 酸 還 原 比 色 法 (Ascorbic acid oxalate reduction-colorimetric method)：水樣加入酸性鉬酸銨試劑，生成黃色矽鉬複合物，再加入抗壞血酸還 原成藍色矽鉬複合物。於波長810 nm處，以1 cm長之流動比色槽測其吸收值，再 由莫耳吸光係數求得濃度。
上述NO2
-、PO4-3
、SiO2均以trident-223型流程板接取樣品後再上機比色，NO3
-則以EFE-330C型流程板，進行自動分析。此二種分析系統皆由台灣大學海洋所 白書禎教授(白書禎和郭廷瑜，1995)所研發。硝酸鹽的精確度約為±0.035 µM，亞 硝酸鹽約為±0.02 µM，磷酸鹽約為±0.05 µM，矽酸鹽約為±0.1 µM。
4. 鹽度(APHA 447.20C)：
以廠牌Autosal 8400B之鹽度儀測量海水與I.A.P.S.O.標準海水導電度之比 值，回歸求得鹽度（鹽度計事先以標準海水校正）。
5. 葉綠素甲(NIEA E507.01B)：
回到實驗室後，於黑暗的室內將濾紙置入包上鋁箔紙的離心管，加90 %的丙 酮10 ml於離心管內，然後利用震盪器震盪二十分鐘後，放入冷藏櫃內冷藏1小 時，再取出離心管放在試管混合攪拌器上，攪拌二分鐘後，放入冷藏櫃內冷藏二 十四小時。次日取出離心管放置離心機內，以3000 rpm速度離心十五分鐘後，取 出離心管，將離心管上層澄清液放入螢光儀內（Varian）測量，記錄其螢光值（F0）， 根據公式計算葉綠素甲含量。
6. 鹼度
鹼度的測定是使用美國Apollo公司製的鹼度滴定儀；以數位自動馬達取用18 ml樣品置入有恆溫功能的雙層玻璃圓型滴定槽，於常壓、恆溫25±0.1 °C下以0.08 N鹽酸進行滴定。實驗品質的控制為使用Dickson教授實驗室所出品的標準海水作 校正，受測樣品值之精確度為0.1％，準確度為0.2％。
7.BOD5 (NIEA W510.54B)
根據行政院環境保護署”開發行為環境影響評估作業準則”之規範，COD和 BOD均為範疇界定參考資料，但BOD較為海洋監測時為海洋界採用。本計畫擬 測量BOD，方法如下：將取得之水樣裝入300ml生化需氧瓶中，瓶中若有氣泡要 輕輕將之排出，蓋上玻璃蓋後並水封，再放入冰箱冷藏。原始水樣溶氧量低於 3mg/l者，則先利用稀釋水進行稀釋後再進行培養。
水樣在20°C恆溫培養箱中暗處培養5天後，測定水樣中好氧性微生物在此期 間氧化水中物質所消耗之溶氧，即可求得5天之生化需氧量(Biochemical Oxygen Demand，簡稱BOD5)。溶氧測定裝置採用疊氮化物修正法。
8.總懸浮固體量(SS)：
以Nylon 66不含硝酸根之0.45µm濾紙過濾取得之水樣500ml，洗鹽後烘乾量 測濾紙前後差重。
(四)資料搜索及呈現
利用網路資源，收集相關海域重金屬(如Hg，As，Cu等)資料，並將文獻及 實驗室分析成果展現在網路上。
(五)品保及品管
品管措施是實驗室維持分析品管的重要工作，其目的在於監測分析過程的可 靠性，發覺及控制實驗中可能產生之誤差。評估誤差大小及分析過程之可信度，
可利用精密度及準確度2個參數。精密度係指重覆分析一均勻樣品時，分析結果 之再現性(reproducibility)，通常以標準偏差表示之；準確度係指分析結果與真實 值接近之程度，通常以相對誤差表示之。
5.1 重覆分析(Duplicate Analysis)
重覆分析的目的在監測實驗室分析的再現性，建立分析數據的準確度，對於 相同基質或相同濃度的樣品，通常每分析10個樣品，至少應有一個樣品執行重覆 分析。
對同一樣品重覆分析2次，分別得到D1和D2二測量值，依下式計算相對百分 偏差 RPD(Relative percent difference)：
│D1-D2│
RPD(%)= ×100 (D1+D2)/2
實驗室應每年建立可接受極限，若重覆分析差異落在極限以外，則此分析值 視為不可靠，應立即採取修正措施，並重新分析該批次所有樣品，一般對於濃度 比偵測下限大5倍的樣品而言，其允許差異範圍為±20%。
5.2 標準添加分析(Standard addition analysis)
標準添加之目的，在於穫知樣品中基質對於待測物質，或分析分法可能造成 之干擾，以建立分析數據的準確性。通常將樣品分為2份，1份直接依步驟分析，
另1份則添加適當已知量濃度(添加量為樣品濃度的50~150%)之標準品後再分 析，由回收率來管制基質的干擾。對相同基質或同一濃度範圍內的樣品，通常每 20個樣品應同時分析添加標準品之樣品。若每月分析之樣品少於20個，則每月至 少應做1次添加分析。
SSR-SR
回收率(%)=×100 SA
SSR=添加標準品後之測定濃度；SR=樣品之濃度；SA=添加於樣品中之濃度 回收率須落於75~125%之範圍內方可接受，否則應重新分析。若樣品濃度低 於儀器偵測下限，則計算回收率時，SR以0表示。
5.3 標準參考樣品分析
參考樣品係指自製造標準品之單位(如NIST，ERA)購進之標準參考樣品(不 同於製備檢量線之標準樣品)，其組成均經世界許多一流實驗室之分析比對，可 視為相當可信之標準參考值(Certified value)。標準參考樣品的基質應與欲分析樣 品者相似，如此可比較基質效應所造成的影響。實驗室內至少每個月應分析一參 考樣品，並將其分析日期、結果、回收率記載於記錄簿內。
測量值
回收率(%)=×100 真實值
回收率應溶於80∼120%之範圍內，否則當日分析之結果皆視為不可靠，應 重新分析。
5.4 方法偵測極限
準備試劑水，試劑水中不得有待測物或其他物之干擾。於試劑水中加入待測 物，並重覆分析7次。計算7次之標準偏差，取3倍之標準偏差即為分析方法之偵 測極限。
所有採樣及處理過程並依海科中心水質分析品保 品管手冊(陳鎮東等人，
1991a；陳鎮東，1998)之要求，防範各種可能的污染，以確保分析之準確度。本 計畫實驗分析之品管結果列於表3-2。
整個計畫由中山大學主導，負責整個計畫的推動、現場採樣以及實驗室分析 之品管控制、報告之撰寫，並且參與審查會，對整個計畫負責。採樣部份則由子 畫二探海公司進行，中山大學研究人員於第1次採樣時隨同參與。