系統使用實例展示

在 5.2.1 當中，我們已介紹了本系統的主畫面。對這兩項應用(找 Vacuole 與 NeuronTracing)而言，外觀上大致來說是相同的。我們在此節中將會個別 針對這兩項應用介紹本系統使用上的畫面實例：

A. AlzheimerFlyApplication

圖 5.7 AlzheimerFlyApplication Demonstration

(a)使用者介面初始畫面 (b)按下 LoadVolume 以後出現的視窗以 供使用者選擇檔案

(c) 讀取影像之後的畫面 (d) 影像物件瀏覽視窗與功能表

完成讀檔的動作之後，在左上角(1)的視窗中，會出現影像的名稱(以檔 案名稱命名)，並顯示影像的相關資訊。以此為例，是一組 16 張 512x512 的 影像，共 2 個 volume。經由使用者從 ViewPanel 或是使用滑鼠滾輪在影像視 窗中切換之後，目前顯示的是 slice 4 的影像。而此時 ViewPanel 當中由於使 用者已將滑鼠移到影像視窗中而顯示了目前滑鼠於影像的座標位置。另外，

由於影像已被選取，在(d)當中的功能表已加入了該影像的相關功能，因此 可執行 Matched Filter 演算法。

(e) Matched Filter 功能表、處理程序進度顯示、完成後的物件瀏覽視窗

選取了 Matched Filter 以後，右下方出現了 Matched Filter 的功能表，使 用者填入了適當的參數之後(尋找半徑為 6-7 像素的圓)，按下了 Run，畫面 的左下方則出現了目前處理程序的進度，以上圖為例，目前正在處理 slice 2，完成度為 12%。完成之後，影像物件瀏覽視窗在原先的 Volume Data 下 方出現了一組影像，是完成 matched filter 之後的結果。

(f) 完成 Matched Filter 之後顯示的影像、找出的 Vacuole 於 slice 4 之切面 完成 Matched Filter 之後，圖(f)左方顯示的是 Matched Filter 之後的 slice4 之影像，選擇完成 Matched Filter 影像始能進行 Vacuoles 的尋找，即可使用 Find Contour 功能表。如圖(g)，使用者填入參數之後按下執行，待進度完成 後即出現上圖右方的畫面，紅色的圈圈代表所找到的 Vacuoles 在 Slice 4 當 中的切面。

(g) 切換至原圖並顯示找到的 Vacuole 之切面

使用者若在某個紅色圈選的區域內點選，該邊界會變為黃色，也就是成 為作用中的 Vacuole。另外各層 Slice 之間與該 Contour 連結的(屬於該 Vacuole 的)Contour 均會變為黃色。如圖(h)顯示 slice2 至 slice6 均被選取。

使用者可從本系統介面之左上方的影像瀏覽視窗中選擇至原圖，此時因 為已經完成了 Vacuoles 的搜尋，而能在原圖當中看到 Vacuole 的切面以供使 用者判斷是否真的為 Vacuole。若不是正確的 Vacuole 則能夠選擇將其排除 以不列入 Vacuoles 體積的計算。

(h) slice 2 slice 3 slice 4

slice 5 slice 6 slice 4-deselected

(h) 選取中的 vacuole 在 slice 2 至 slice 6 的位置與形狀的變化情形

使用者點選了某張 slice 上面的一個紅色邊框的區域之後，即選取了屬 於該 contour 的 vacuole，因此該層 slice 附近屬於該 vacuole 的 contour 均會

被選取。於是 slice 2 至 slice 6 該 vacuole 的所有切面均成為黃色。另外，若 使用者在選取中的區域內連續點選兩次，則能夠切換該 vacuole 是否列入所 有 vacuole 總體積之計算。若有個 vacuole 被排除計算之外，則該 vacuole 的 所有 contour 會呈現紫色。每次切換後，總體積會在訊息窗當中顯示出。

B. NeuronTracing

圖 5.7 NeuTrApplication Demonstration

(a)使用者介面初始畫面 (b)按下 LoadVolume 以後出現的視窗以 供使用者選擇檔案

(c) 讀取影像之後的畫面 (d) 影像物件瀏覽視窗與功能表

(e) 執行 GVF 的計算，完成之後畫面顯示 GVF3DData is available 表示計算完 成，該 Volume Data 擁有 GVF 的資料，可開始編輯 Neuron。

(f) 正在編輯 Neuron，右圖為完成編輯之後，選取其中一個 Neuron 而變成黃色。

使用者在完成 GVF 的計算之後，可經由按下 NeuronEditor 功能表中的 Add 新增一個 Neuron，即可以滑鼠點選的方式並配合滾輪切換各層的 slice 完成編 輯。以上圖為例，使用者已完成編輯兩個 Neuron，並在左邊的 neuron 附近點選 之後，成為被選取的 neuron 而顯示為黃色。選取以後按下 Edit 之後即可編輯，

也就是在 neuron 之後延伸別的節點，或是在編輯模式當中按下 Back 以刪除最末 端的節點。若在編輯中放棄更改，則按下滑鼠右鍵即可。

由於這些 Neuron 均為手動編輯而成的，難免對於真實的位置有些誤差，因 此對於完成編輯的 Neuron，能夠以 snake 演算法進行變形的動作。使用者選取想 要調整的 Neuron 之後按下 snake 將會出現一個對話方塊提供參數的設定，確定 之後即可完成調整的動作。下圖中分別為調整前後的 Neuron，很明顯的可以看 見調整過後的 Neuron 更為接近 Neuron 的邊線。

(g) Snake 調整完成編輯的 Neuron (before and after)