經由
trnL intron、trnL-trnF IGS、ITS1、5.8S 及 ITS2 等五個基因
位序列分析之結果發現 nrDNA 之序列比 cpDNA 具有較多的序列型及 較多的鹼基變異位點，除了trnL-trnF IGS 基因位之序列無法有效鑑別
鬼針舅及鬼針草兩種間之差異以外，其餘四個基因位之序列分析均可 有效的進行此二種間的鑑別。鬼針草三個變種內於各基因位出現之型別可由表3-4、表 3-7 及表 3-10 之結果了解其分布趨勢，由結果發現小白花及白花鬼針此二變種 於各基因位之型別幾乎呈現相同的分布趨勢，但與本種之另一變種大 花咸豐草之分布趨勢則具有很大的差異。為了進一步了解此三個變種 各樣品於此五個基因位出現之型別組合，本研究將此五個基因位之型 別整合後共發現 84 種單倍型（haplotypes）的組合（表3-13），由表中 可充分顯示各變種內其單倍型出現的組合、樣品數及單倍型的分布情 形，大花咸豐草、小白花及白花鬼針所出現之單倍型數目分別為 34、
38 及 23 種。大花咸豐草之 34 種單倍型有 33 種並未出現在其他兩個 變種內，顯示此 33 種單倍型的組合應屬於大花咸豐草特有的型別，唯 一例外者為 78 型，此型別於小白花及白花鬼針均各出現 1 個樣品，
此結果也顯示此近二十年才歸化之變種大花咸豐草與其他兩個變種間
可能已有部分雜交的情形，此結果與鄧書林等人之推論相符（Deng et
al., 2005）
。至於小白花及白花鬼針此二變種間則具有 10 組共同的單倍 型，分別為 7、9、11、12、24、26、73、75、78 及 79 型，顯示此二 變種間已具有明顯的雜交現象，因此也無法以這些基因位之序列分析 有效的進行此二變種間之鑑別，但現階段與此二變種間雜交較不明顯 之大花咸豐草除了第 78 種單倍型外，以這五個基因位之單倍型組合幾 乎可達到與此二變種間鑑別之目的。表 3-4 為此三個變種其各族群分別於五個基因位之型別分布；表 3-14 則呈現此五個基因位所組合之單倍型於各族群的分布情形，由各 族群間之型別分布可發現並無法有效的進行族群間的鑑別，顯示族群 間可能已有明顯的基因交流。本研究中也發現鬼針草其三個變種之161 個樣品中於此五個基因位之序列分析即具有 84 種單倍型的組合，其中 有 49 型只出現單一樣品，佔所有型別的 58.33％，至於其他單倍型之 出現頻率則介於 1.24-5.6％之間，顯示本種於個體間具有極大的變異，
雖然這些基因位目前無法達到個化分析的目的，但若再配合其他多型 性較高之基因位的分析所組合而成之單倍型應可達到個化的目標。
表3-13 161 個鬼針草各變種之樣品於 trnL intron、trnL-trnF IGS、ITS1、5.8S 及 ITS2 等五個基因位其 84 種單倍型（haplotypes）的組合與分布
單倍型 單倍型組合 樣品數 B. pilosa
* (AACCD)分別代表各樣品中五個基因位其單倍型組合之序列型代號，依序為 trnL intron、trnL-trnF- IGS、ITS1、5.8S 及 ITS2。
表3-14 鬼針草各族群之樣品於 trnL intron、trnL-trnF IGS、ITS1、5.8S 及 ITS2 等五個基因位其單倍型（haplotypes）的組合與分布
B. pilosa var. radiata B. pilosa var. minor B. pilosa var. pilosa 單倍型 單倍型組合 樣品數
表3-14（續）
B. pilosa var. radiata B. pilosa var. minor B. pilosa var. pilosa
單倍型 單倍型組合 樣品數
表3-14（續）
B. pilosa var. radiata B. pilosa var. minor B. pilosa var. pilosa
單倍型 單倍型組合 樣品數
trnL intron、trnL-trnF- IGS、ITS1、5.8S 及 ITS2。
六、鬼針草之遺傳多樣性及基因交流之探討
本研究經由