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本系統以web-based 設計的蛋白質體實驗的資料管理系統，網站詳細功能如下：

使用者登錄系統後，系統依據使用者給予不同的權限，系統規劃四級使用者：

外部使用者Guest(不需申請)、User(需申請，核發 ID 及密碼)；內部使用者的 power user(需 申請，核發ID 及密碼)及 administrator。系統各項功能說明及使用權限如下說明：

系統登錄(首頁)如圖

A B

圖 4-2 系統登錄畫面：使用者進入系統前需進行登錄通過認證後使用系統各項功能，未 申請任何帳號可先用 guest 登錄(密碼 guest)

系統畫面設計採框架網頁(frame)的設計方式，網頁左邊為功能項目如圖 4-3(C)，右邊為 內容顯示部分如圖4-3(A、B)。下列將依系統各項主要功能，逐步說明各細項功能：

A. 二維電泳膠片檢視

B. 資料查詢：

C. 使用者管理：

D. 使用者群組管理：

E. 各項實驗條件設定：

F. 資料上傳：

A. 二維電泳膠片檢視：檢視所有二維電泳膠片資訊由此畫面可連結至二維電泳的詳細 資訊如圖 4-3(A)，內部使用者有資料管理權限如圖 4-3(B)可連結至二維電泳資料編輯 (A.6.1 畫面 4-19)或刪除功能。

A

B

C

圖 4-3：二維電泳膠片標題檢視：選取左側功能表即可進入本功能。其中 A 畫面為外部 使用者只有檢視功能(VIEW)，內部使用者可進行各項資料編輯及刪除如圖中標示 B

A.1 二維電泳詳細資料檢視如圖 4-4 及圖 4-5，選取圖 4-3 的 view 可進入本項功能，本

畫面提供三項資訊：

A.1.1 病患的基本資料性別、診斷(圖 4-4 標示 A)。

A.1.2 二維電泳中的蛋白質點資料，可由影像中直接點選標示(圖 4-4 標示 C)或圖 4-5 的蛋白質資料說明LINK 進入蛋白質 Mass Data(圖 4-6 標示 A)。

A.1.3 影像放大檢視，選取放大部分(圖 4-4 標示 B)選取放大倍數(100% ~300%)，檢視 放大的影像(圖 4-6 標示B)。

A B

C D

圖 4-4 二維電泳膠片檢視：病患的基本資料性別、診斷(標示 A)。從影像中直接點選標 示(標示 C)進入蛋白質 Mass Data。選取放大區域(標示 D)選取放大倍數(100%

~300%)(標示 B)，檢視放大的影像(圖 4-6 標示 B)。

圖 4-5 二維電泳膠片檢視(圖 4-4 同一網頁)：檢視所預測的各項蛋白質詳細資料蛋白質 名稱、ACCESS NO、pI、分子量。點選 LINK 進入蛋白質 Mass Data(同圖 4-4 的標示

C)。

A

B C

D

圖 4-6 蛋白質 Mass data 及影像放大：蛋白質的 mass data(標示 A)及註解的連結(標示

C)二維電泳膠片的詳細的診斷資訊連結(標示 A，本功能不提供外部使用者)。二維電泳

膠片放大後的影像(標示 B)。

A.1.2.1 病患各項診斷資料及肝功能檢驗值如圖 4-7(標示 B)(本功能不提供外部使用者) A.1.2.1.1 二維電泳樣品處理條件及藥品如圖 4-7(標示 C)

A.1.2.1.2 二維電泳條件及藥品染色如圖 4-7(標示 C)

A

B

C

圖 4-7 病患診斷肝功能及各項實驗條件檢視：點選 SHOW(標示 A)可檢視病患的診斷及 肝功能資料如標示B。選點標示 B 中的 SAMPLE 可檢視樣品詳細處理設定及藥品如標 示C 中的上圖，選點標示 B 中的 2D CONDITION 可檢視二維電泳條件設定及藥品如標 示C 中的下圖

A.1.2.2 連結公用蛋白質資料庫的註解如圖 4-8(標示 B 及 C)

A

C

B

圖 4-8：蛋白質註解資訊。A 為蛋白質存取編碼可連結至公用資料庫，Swiss Prot 資料 庫如圖中的 B，NCBI 資料庫如圖中的 C。

B. 資料查詢：點選左邊的 Query 可進入資料查詢功能，可從病患基本資料、肝癌診斷(圖 4-9 標示 A)、生化檢測值(圖 4-9 標示 B)、蛋白質資料(圖 4-10 標示 D)、實驗的操作資 料(圖 4-10 標示 E)定義查詢條件，使用者可單項查詢或多項欄位組合查詢，亦可由 SQL 指令查詢限肝功能檢查(圖 4-9 標示 C)(本項及其子功能未授權 Guest 使用)。

A

B

C

圖 4-9：資料查詢畫面。查詢畫面可分四部分病患資料(標示 A)、肝功能檢驗(標示 B)、

直接透過 SQL 指令對肝功能的資料進行查詢(標示 C)。

D

E

圖 4-10：資料查詢畫面(圖 4-9 同一網頁)。查詢畫面可分四部分蛋白質資料(標示 D)、

操作者資料進行查詢(標示 E)。

B.1 查詢結果以 gelid、patient id、cancer stage、gender、occurrence age 呈現查詢結果如 圖4-11。

B.1.1 點選 gel id 進入二維電泳資料編輯畫面 1.6.1(圖 4-19)

B.1.2 點選 patient id 進入二維電泳影像檢視畫面 1.1.1 (圖 4-4 及 4-5)。

B.1.3 將選取的二維電泳膠片切換至選擇影像的檢視模式如圖 4-12 B.1.4 將選取的二維電泳膠片切換至蛋白質統計功能如圖 4-13

A B

C D E

F

圖 4-11：資料查詢結果畫面。點選 gel id(標示 A)連結至二維電泳資料編輯畫面(如圖

4-19)，點選 Patient id(標示 B)可連結至二維電泳資料檢視(如圖 4-4 及 4-5)，標示 C 選

取有興趣的二維電泳膠片或標示 D 的全選連結至進行影像(標示 E)或連結至蛋白質的出 現次數統計(標示 F)。

B.2 二維電泳查詢結果選擇影像的檢視模式如圖 4-12，點選 Gel id(標示 A)連結至二維 電泳資料檢視(如圖 4-4 及 4-5)，轉換至蛋白質統計畫面如(標示 B)

A

B

圖 4-12 查詢結果選擇影像的檢視模式：gel id 連結至二維電泳資料檢視(圖 4-4 及 4-5)。

切換至蛋白質統計畫面(標示 B)如圖 4-13。

B.3 二維電泳查詢結果興趣項目的蛋白質出現次數統計如圖 4-13，點選 Access No 連結 至蛋白質點的Mass data 如圖(4-6 的標示 A)，點選 Gel id(標示 B)連結至二維電泳資料 檢視(如圖 4-4 及 4-5)，C 為所選取的興趣二維膠片數目，D 為蛋白質出現頻率與選取的 興趣二維膠片數目的比值。

A

B

C D

圖 4-13 蛋白質出現頻率統計圖：點選 Access No 連結至蛋白質點的 Mass data 如圖(4-6 的標示 A)，點選 Gel id(標示 B)連結至二維電泳資料檢視(如圖 4-4 及 4-5)，C 為所選取 的興趣二維膠片數目，D 為蛋白質出現頻率與選取的興趣二維膠片數目的比值。

C. 使用者管理：新增、刪除使用者及密碼修改(本項功能僅授權 Administrator)。如圖 4-14。

A

B

C

圖 4-14 使用者管理畫面：選取左邊功能表的(如 A 標示) user manage 進入使用者管理 功能如刪除或變化使用者名稱及密碼(如 B 標示)、或新增使用者(如 C 標示)POWER 欄 位可下拉功能選擇適當的權限群組，LAB 欄位為使用者群組。

D. 使用者群組管理：群組資料新增、刪除、修改(本項功能僅授權 Administrator)。如

畫面 4-15

A

B

C

圖 4-15 使用者群組管理畫面：選取左邊功能表的(如 A 標示) Lab manage 進入群組管 理功能如刪除或變更群組名稱(如 B 標示)、或新增群組(如 C 標示)。

E. 各項實驗條件設定：實驗條件的設定及各實驗條件內容新增、刪除、修改(本項功能 僅授權Administrator)。如圖 4-16

A

C B

圖 4-16 實驗條件設定畫面：選取左邊功能表的(如 A 標示) Condition manage 進入實 驗條件設定如刪除或變更實驗組設定(如 B 標示)、或新增實驗組設定(如 C 標示)，實驗 組細項設定詳如下圖 4-17 說明。

A

B

圖 4-17 實驗組詳細設定畫面：細部設定的名稱變更及刪除(如 A 標示) 新增細部設定至 實驗組(如 B 標示)。

F. 資料上傳：上傳肝癌診斷資料、二維電泳影像檔、蛋白質比對資料(本項功能僅授權 內部人員使用)。如圖 4-18。

1 2 34 56 7 A 8

B C

D

圖 4-18：資料上傳畫面。點選左側功能表的 Gel and Clinical import 進入資料上傳功能。

1，二維電泳膠片影像輸入；2，病患資料檔案；3，差異點的位置的 X 座標；4，差異點

的位置的 Y 座標；5，質譜分析後的蛋白質資料；6，二維電泳膠片影像編碼；7，樣品 處理條件；8，二維電泳實驗條件(如標示 B)。瀏覽功能設計(如標示 C)提供使用者方便 操作上傳資料，上傳日期(標示 D)。

F.1 資料上傳後可於本畫面(圖 4-19)進行各項資料新增、修改。

A

B C

D E

F

圖4-19 二維電泳膠片差異點的資料輸入步驟。Step1 直接點選左下角膠片影像中的差異 點位置系統會自動計算座標，Step2 選擇標示的大小，Step3 選擇標示的顏色，Step4 輸 入比對的pI 及分子量，Step5 輸入經公用資料庫預測的蛋白質存取編碼及名稱。Step6，

確定上傳資料(如標示 A)。新增或修改診斷資料(如標示 B)系統會以 pop up 方式出現訊 息視窗(如下圖 4-21 標示 A)，上傳二維電泳參考影像(如標示 C) 系統會以 pop up 方式 出現訊息視窗(如下圖 4-21 標示 C)，上傳蛋白質的資料 Step4 至 step 6 可以批次方式匯 入處理(標示 D) 系統會以 pop up 方式出現訊息視窗(如下圖 4-21 標示 B)，點選二維電 泳影像中的標示點(標示 F)連結至蛋白質點的 Mass data 如圖 4-7 的標示 A，點選 Complete and view image(標示 E)連結至二維電泳資料檢視(如圖 4-4 及 4-5)。

圖 4-20 蛋白質資料清單(圖 4-19 同一網頁)：可進行上傳蛋白質資料修改。點選 modify(標 示 A)，系統出現 POP UP 訊息對話框(標示 B)可進行蛋白質資料修改。

A B

A

B

C

圖 4-21 臨床資料(標示 A)、蛋白質資料(標示 B)、二維電泳參考圖(標示 C)更正及上傳 畫面，

圖 4-22 比對與參考影像切換按鈕：有上傳參考影像(圖 4-21 標示 C)，出現此一按鈕進 行影像檢視切換。

登錄

二維電泳檢視(文字) 使用者管理 查詢二維電泳膠片 群組管理 資料上傳

二維電泳影像檢視

判讀蛋白質資料

檢視二維電泳部分影像 (Zoom In)

實驗條件管理

病患診斷資料 本條件只提供申請者檢視

二維電泳檢視 單筆資料檢視

所有蛋白質列表及統計

二維電泳影像檢視(多筆) 多筆資料檢視

編輯上傳資料

二維電泳影像檢視

檢視二維電泳部分影像 (Zoom In)

判讀蛋白質資料 本條件只提供內部使用者檢視

在文檔中 肝癌病患蛋白質體研究資料與臨床資料整合資訊管理系統 (頁 46-67)