第二章 研究方法與材料
2.4 資料分析方法及處理流程
a. 快速傅立葉轉換
在資料分分析方面,本研究所將 EEG 和 EMG 的時域訊號使用快速傅立葉(Fast Fourier Transform,FFT)轉換為頻域訊號,再進行分析[7]。
b. Welch’s method
本研究使用 Welch’s method 來計算時域訊號轉換為頻域訊號的頻譜功率密度 (power spectral density, PSD),以及進一步計算大腦皮質-肌肉同調性。我們將一 長段原始訊號分開為固定長度的短時間截斷訊號,截斷訊號之間可以重疊 (圖 3) [8]。取得各個截斷訊號之後再計算各截斷訊號視窗內的頻譜功率密度。Welch’s method 的優點是:和直接分析一整段長度訊號比起來,分段分析可以降低頻譜 轉換中雜訊的產生[8,9],另外 Welch’s method 的重疊分析可以減少因乘上窗函數,
截斷訊號兩端資訊流失的問題。本研究取樣頻率為 1024Hz, 分析 5-55Hz 範圍的 訊號,重疊視窗訊號為 256 個取樣點(data point),設計每一個 epoch 包含 512 個取樣點,計算出每一個受詴者 EEG 和左右脛前肌 EMG 各自的 PSD,然後 EEG 各和左右脛前肌 EMG 分別作 coherence。
圖 3. Welch’s method 示意圖
X 軸為時間;Y 軸為振幅
Segment1
Segment2
Segment3
Segment 1-3 為 Welch’s method 重疊分段取樣
(盧家鋒 (2013.12) 訊號同調性分析.Retrieved December30, 2018. From http://www.ym.edu.tw/~cflu/MedSigProcess_Class10_CFLu.pdf.)
在離散傅立葉轉換成頻譜時,會出現所有的頻譜皆出現強度之 spectrum leakage 的現象,改善的方式是乘上一個中央高、左右兩端趨近於 0 的窗函數(window function) [10,11]。本研究是使用加上 Hamming window (圖 4)[10]。
圖 4. Hamming window
圖示為 51 個取樣點的 Hamming window X 軸為取樣點;Y 軸為振幅倍數
(Hamming window. Retrieved December31, 2018, from https://www.scipy.org/.)
c. 同調性 (coherence)的計算
同調性是 Pearson 相關係數(Pearson correlation)在頻域延伸的形式,Pearson 同 調性用於探討兩個連續變數(X,Y)之間的線性相關,若兩變數之間為正相關,
則 X 增加時,Y 也會增加,反之若為負相關時,X 增加時,Y 就會減少。但不 代表有因果關係。
Pearson 相關係數公式如下(1):
𝑟𝑥𝑦 = ∑ (𝑥𝑖 𝑖− 𝑥 )(𝑦𝑖− ȳ)
√∑ (𝑥𝑖 𝑖− 𝑥 )2∑ (𝑦𝑖 𝑖− ȳ)2
(1)
同調性(Coherence)是頻率的函數數值,探討頻率的相關性,公式如下(2):
𝑐𝑜ℎ𝑥𝑦(𝑓) = | 𝑆𝑥𝑦(𝑓)
√𝑆𝑥𝑥 (𝑓)𝑆𝑦𝑦(𝑓)|
2
(2)
其中𝑆𝑥x(𝑓)代表 X 的功率頻譜密度(power spectral density, PSD)𝑆y𝑦(𝑓)代表 Y 的功率頻譜密度𝑆𝑥𝑦(𝑓)代表交互頻譜密度(cross-spectrum density)[8,11]。所以若 兩訊號於同一頻段的功率大小相異,則會降低同調性之值。同調性數值在 0-1 之間,0 表示沒有相關,1 表示完全的相關,若同調性等於最大值 1,則表示兩 訊號在此頻段有最好的相關性[12]。所以我們將 EEG 和 EMG 的時域訊號使用快 速傅立葉轉換為頻域,然後再做一個 cross-spectra 算出 CMC,在 Matlab 使用 同調性計算的方式為強度頻譜帄方同調性計算 magnitude square coherence
(mscoherence)。相對於相位頻譜,強度頻譜是頻譜的實數部分[11]。
d. 資料處理流程
資料處理流程如(圖 5)。
圖 5.資料處理流程
MATLAB 程式處理
EEGLAB 程式處理
腦波儀
帶通濾波
事件分段 刪除不良訊號
重新取樣
計算
Power spectrum 以及
CMC
擷取 set 檔 內的資訊
腦波原始資料
事件標記、修剪
EDF
+檔
mat 檔
set 檔 EDF
+檔
1) 在 EEG viewer 上根據 video 嬰兒的活動標示(mark),選擇有肌肉持續收縮的 狀況。選擇大於 2 秒的左右兩邊脛前肌自發性的肌肉收縮。肌肉收縮的波形定 義為:EMG 的振幅高於休息時期基準值的 2 個標準差。去除前後過渡期的 0.5 秒,我們取樣中間穩定 EEG 和 EMG 的同時記錄訊號(如圖 6 黑框所示),每 0.5 秒取樣一次。預計至少要收集 50 次 0.5 秒的訊號作分析。在肌肉開始收縮後的 0.5 秒開始標示包括左腳活動、右腳活動或是雙腳活動。每 0.5 秒標示一次訊號 分段(epoch),直到最後一個 epoch 結束距離肌肉收縮結束至少 0.5 秒(圖 6)。
圖 6. 訊號標記及分段
X 軸為紀錄時間(如比例尺) Y 軸為振福(如比例尺)
EEG
EMG
onset offset
0.5 s 0.5 s 0.5 s
70μV
1000ms
黑色線為腦波的波形,紅色線為表皮肌電圖的波形 藍色虛線為肌肉開始收縮及結束的時間
黑色方框內為全部取樣的區段,每 0.5 秒取樣一次
2) 存檔輸出 EDF+(Eurpean data format plus)檔。
3) 使用 Matlab (R2012b, The Math Works, Inc. Natick, MA, U.S.)軟體中附加的工 具箱(toolbox)EEG lab(eeglab14_1_1b, Free Software Foundation, Inc. Boston, MA, U.S.)作訊號處理,輸入 EDF+檔。然後將檔案轉成 EDF 檔輸出,進入 Matlab 中 的 EEGlab 分析。但是在這裡出現問題:首先一個受詴者的原始檔(.eeg 檔)會 因為記錄中間暫停而分開為許多的 EDF+檔,另外發現有些 EDF+檔案並無法順 利的打開或讀取標示的點(mark),故無法繼續把訊號切成一段段的 epoch 作分析。
所以思考其他方式分析。觀察回顧每一個受詴者脛前肌活動的狀況,擷取所有 的肌肉收縮的片段再將它們組合起來,故直接傳送至 Matlab 作下一階段分析,
使用 Welch’s method 作計算頻率的 Magnitude-squared coherence。
4) 若有在腦波記錄取樣頻率為 512Hz 的資料,則 resampling 至 1024Hz。若部分 EDF+檔案是可以根據標示的 mark 取 0.512 秒的 epoch,則目視圖形去除不佳 的 epoch 然後存 set 檔 。
5) 對於部分 EEGlab 已可以分段(epoch)的訊號,回到 Matlab 使用 Welch’s method 計算頻率的 Magnitude-squared coherence。
同調性相關顯著性閾值的計算方式如下(3)(Rosenberg 等,1989):