RFID 技術雖然為大家帶來了許多便利，一張悠遊卡可以坐捷運、購物、停車或作為身 分識別；物流與零售業也在WalMart 推波助攔下，掀起ㄧ股 RFID 熱潮，迄今仍方興未 艾；RFID 應用在醫療照護與用藥管理上，提昇了不少醫療與用藥安全；圖書館導入 RFID 後，管理員也不用為了找一本書，在汗牛充棟的書堆中尋尋覓覓；有了RFID 生產履歷 保證，再也不擔心黑心產品下肚了；在RFID 安全校園環境中，老師家長也不用擔心，
哪一個過於活潑好動的學童，去了不該去的地方；嵌入RFID 標籤的軍品，在管理上將 更加嚴謹。但是在使用RFID 上一定會想到的問題就是，這樣的技術安全嗎？我的個人 隱私資料會不會被侵犯呢?無線電波辨識 RFID 標籤的同時，對於我的身體是否有危害？
關於上述的問題，可以分成三個層面來看，分別是有關資訊安全問題、個人隱私資料問 題、以及身體健康安全等面向。
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由於標籤上可能記載著商品的相關資訊，如商品種類、品牌和尺寸等，因 此可以藉由收集某個使用者所持有商品標籤的資訊，來推測此使用者的購物偏 好。商家及可以透過這些偏好資訊來對使用者進行特定的廣告行銷。
(三)行蹤隱私
在RFID 應用中，可以利用標籤來追蹤貨品的流向或是位置。同樣道理，當使 用者身上持有RFID 標籤時，有心人士便可透過標籤來追蹤人的行蹤，因此將侵犯 到使用者的行蹤隱私。由於標籤具有一個唯一識別的資訊，且標籤的讀取具有一定 的範圍，當讀取器讀取到某個標籤，即代表這個標籤正在讀取器的讀取範圍內，因 此可以透過標籤來追蹤商品或使用者的位置。假如對標籤的位置做長時間的觀察，
進一步還可以追蹤使用者的行進路線。
三、健康安全
有關於健康安全的議題可以先從行動電話談起，一般民眾使用行動電話，總是希 望可以走到哪講到哪，享受通話的快感，但也常常看到許多民眾誓死抗爭不讓基地台 設立在自家屋頂或是附近的大樓上，形成一種諷刺的對比。但是民眾抗議的原因，就 是大家對於基地台發出的電磁波存在有影響健康的疑慮，而RFID 也屬於電磁波通訊 的一種，自然會有相同的疑慮產生。
RFID 系統的發射功率是低於一般行動電話的發射級數，並在世界衛生組織
（World Health Organization，WHO）所規定的安全發射級數標準值之內。因此，任何 關於行動電話設備安全性的研究結果，都可套用於RFID 系統上。不過，截至目前為 止並沒有相關證據能證明這些低功率設備，可能會對使用者或一般大眾造成任何健康 風險。根據現有研究顯示，低功率無線應用與健康議題之間，並無明確關聯。
但是因為缺乏更有利的證據與更長時間的追蹤研究，所以這樣的證據仍然是無法 說服民眾接受這樣的結果，所以有關於健康安全的疑慮仍然存在，只能等待未來有更 多的證據與研究來解除大家的疑慮，也許研究結果是證明RFID 電磁波確實對人體健 康有害。
對於RFID 的 LF 與 HF 系統因為都是靠電磁感應方式讀取，限制了讀取距離，因 此所發出的功率都不強，對健康的危害都不大。但是針對UHF 或是主動式系統，雖 然設備都通過國家規定的功率認證，但是如果人員需要長時間處於這樣的環境下工 作，誰也無法擔保不會因為時間的累積而產生問題。因此使用RFID 的業者有義務主 動告知使用者或是員工，讓員工知道有這樣的電磁波環境存在。
除了直接對身體健康的影響外，美國食品暨藥品管理局（Food and Drug Admin-istration, FDA）曾做過ㄧ個實驗（參考網址：http://www.rfidjournal.com/
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ticle/articleview/1961/1/1/），使用頻率為 915 MHz 的 UHF RFID 讀取器對一個裝滿液 體胰島素，外表貼有RFID 標籤的玻璃瓶距離約 14.4 cm 連續讀取 1 小時，發現胰島 素的溫度升高約1.7℃，雖然無法實際證實這樣的胰島素如果用在人體身上是不是會 有什麼影響，但是很多的藥品只要有溫度變化，就有可能產生化學變化，造成藥效失 效或是藥效改變。這部份是RFID 實際使用在藥品管制上，最容易被忽略掉的部份。