選擇最佳演化樹之演算法 36
選擇最佳演化樹之演算法 37
第四組：
LOCUS： MYL6 704 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003 DEFINITION：Homo sapiens myosin, light polypeptide 6, alkali, smooth muscle
and non-muscle (MYL6), transcript variant 1, mRNA.
第五組：
LOCUS： MYL6 651 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003
DEFINITION： Homo sapiens myosin, light polypeptide 6, alkali, smooth muscle
and non-muscle (MYL6), transcript variant 2, mRNA.
第六組：
LOCUS： MYL6 674 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003
DEFINITION： Homo sapiens myosin, light polypeptide 6, alkali, smooth muscle
and non-muscle (MYL6), transcript variant 4, mRNA.
第七組：
LOCUS： MYL6 717 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003
DEFINITION：Homo sapiens myosin, light polypeptide 6, alkali, smooth muscle
and non-muscle (MYL6), transcript variant 3, mRNA.
第八組：
LOCUS： HSU02629 697 bp mRNA linear PRI 11-AUG-1994
選擇最佳演化樹之演算法 38
DEFINITION： Human smooth muscle myosin alkali light chain mRNA, complete
cds.
人類粒線體(7 組序列)：
第一組：
LOCUS： BC007404 2746 bp mRNA linear PRI 12-JUL-2001 DEFINITION： Homo sapiens, Similar to mitogen-activated protein kinase 7, clone
MGC:2148 IMAGE:3009873, mRNA, complete cds.
第二組：
LOCUS： BC009963 2892 bp mRNA linear PRI 12-JUL-2001 DEFINITION： Homo sapiens, mitogen-activated protein kinase 7, clone
MGC:15371 IMAGE:4300124, mRNA, complete cds.
第三組：
LOCUS： BC030134 2819 bp mRNA linear PRI 20-MAY-2002 DEFINITION： Homo sapiens, mitogen-activated protein kinase 7, clone
MGC:19581 IMAGE:4111084, mRNA, complete cds.
第四組：
LOCUS： MAPK7 2813 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003 DEFINITION： Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 7 (MAPK7),
選擇最佳演化樹之演算法 39
transcript variant 4, mRNA.
第五組：
LOCUS： MAPK7 2918 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003 DEFINITION： Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 7 (MAPK7),
transcript variant 3, mRNA.
第六組：
LOCUS： MAPK7 2737 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003 DEFINITION： Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 7 (MAPK7),
transcript variant 2, mRNA.
第七組：
LOCUS： MAPK7 3113 bp mRNA linear PRI 06-APR-2003 DEFINITION： Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 7 (MAPK7),
transcript variant 1, mRNA.
人類脊凝酯(6 組序列)：
第一組：
LOCUS： AF106685 1983 bp mRNA linear PRI 08-JUL-1999 DEFINITION： Homo sapiens myelin gene expression factor 2 mRNA, complete cds.
選擇最佳演化樹之演算法 40
第二組：
LOCUS： AF483504 1593 bp mRNA linear ROD 19-MAR-2002 DEFINITION：Mus musculus strain ILS myelin gene expression factor mRNA,
complete cds.
第三組：
LOCUS： AK002075 2015 bp mRNA linear PRI 01-AUG-2002 DEFINITION：Homo sapiens cDNA FLJ11213 fis, clone PLACE1007969, weakly
similar to HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN M.
第四組：
LOCUS： AK023133 2545 bp mRNA linear PRI 01-AUG-2002 DEFINITION：Homo sapiens cDNA FLJ13071 fis, clone NT2RP3001792,
moderately similar to HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN M.
第五組：
LOCUS： BC014533 1775 bp mRNA linear PRI 26-SEP-2001 DEFINITION： Homo sapiens, Similar to myelin gene expression factor 2, clone MGC:13389 IMAGE:4133844, mRNA, complete cds.
第六組：
選擇最佳演化樹之演算法 41
LOCUS： MEF-2 1983 bp mRNA linear PRI 10-DEC-2001 DEFINITION：Homo sapiens myelin gene expression factor 2 (MEF-2), mRNA.
愛滋病病毒(8 組序列)：
第一組：
LOCUS： AY146255 639 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002
DEFINITION：HIV-1 isolate 172gMa84 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第二組：
LOCUS：AY146279 639 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION： HIV-1 isolate 67gMa88 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第三組：
LOCUS：AY146300 639 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION：HIV-1 isolate 123gMa88 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第四組：
LOCUS： AY146356 638 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION：HIV-1 isolate 51gMa89 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
選擇最佳演化樹之演算法 42
cds.
第五組：
LOCUS： AY146357 612 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION： HIV-1 isolate 52gMa89 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第六組：
LOCUS： AY146366 639 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION：HIV-1 isolate 90gMa89 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第七組：
LOCUS： AY146383 639 bp DNA linear VRL 25-NOV-2002 DEFINITION：HIV-1 isolate 176gMa89 from Malawi gag protein (gag) gene, partial
cds.
第八組：
LOCUS： AF448219 679 bp DNA linear VRL 13-DEC-2001 DEFINITION：HIV-1 isolate BG34.1 from Bangladesh gag protein (gag) gene, partial cds.
選擇最佳演化樹之演算法 43
人的肌凝蛋白 Homo sapiens (human)，一共有 8 組序列：
圖 3.10 人的肌凝蛋白 8 組序列執行結果。結果建議選擇第一套 tools Dnacomp。
選擇最佳演化樹之演算法 44
人類粒線體(Homo sapiens mitogen)，一共選了 7 組序列：
圖 3.11 人類粒線體 7 組序列執行結果。建議選擇第一與第二；因為分數一樣。
選擇最佳演化樹之演算法 45
人類脊凝酯(Homo sapiens myelin gene expression)，6 組序列：
圖 3.12 人類脊凝酯 6 組序列執行結果。建議選擇 4 套中任一套；因為跑出來 的演化樹都一樣。
選擇最佳演化樹之演算法 46
愛滋病病毒 Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1)，8 組序列：
圖 3.13 愛滋病病毒 8 組序列執行結果，建議選擇第 3 套 Dnaml。
由以上的例子我們可以知道；可能會有分數相同的例子，就是我們建議選
選擇最佳演化樹之演算法 47
擇的軟體可能不是每次都會唯一。
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第四章
建立新演化樹之演算法