I. Getting Rstudio II. Getting Rstudio
A.Downloading and Installing Rstudio
B. Rstudio environment and basic operation
Tools >> Global Operations
Tools >> Global Operations
• General - Basic
• 開啟時是否恢復workspace資料 關閉軟體 再開啟 存有紀錄
• 是否儲存目前 workspace 資料設定
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Tools >> Global Operations Appearance
Tools >> Global Operations 1. General
2. Code
3. Appearance
實作 Practice
Acute Inflammations Data Set
J.Czerniak, H.Zarzycki, Application of rough sets in the presumptive diagnosis of urinary system diseases, Artifical Inteligence and Security in Computing Systems, ACS'2002 9th International Conference Proceedings, Kluwer Academic Publishers,2003, pp. 41-51
急性膀胱炎
Inflammation of urinary bladder 腎盂腎炎Nephritis of renal pelvis origin
• 常發生在女性
• 突然高燒，體溫常超過40°C
• 高燒伴隨顫抖、雙邊或單側的腰椎異常疼痛
• 排尿疼痛
• 可能不規律的發生噁心、嘔吐、腹部疼痛
• 突發性腹部疼痛
• 常見排尿困難、排尿疼痛、頻尿
• 體溫升高，但常不超過38°C
• 排出尿液混濁，有時會有血尿
資料整理
{共120個觀察值, 6個變項, 其中㇐個連續型變項, 5個類別變項}Temperature
體溫 Nausea
噁心 Lumbar pain
腰椎痛 Urine pushing
排尿困難 Micturition pains 排尿疼痛
Burning of urethra 尿道灼熱, 搔癢
35,5 no yes no no no
35,9 no no yes yes yes
35,9 no yes no no no
36,0 no no yes yes yes
36,0 no yes no no no
Coding book 譯碼簿
變項編號 變項英文名稱 變項中文名稱 單位
V1 Temperature 體溫 °C 連續變項
V2 nausea 噁心 0:無(no)
1:有(yes)
V3 Lumbar pain 腰椎痛 0:無(no)
1:有(yes)
V4 Urine pushing 排尿困難 0:無(no)
1:有(yes)
V5 Micturition pains 排尿疼痛 0:無(no)
1:有(yes) V6 Burning of urethra 尿道灼熱, 搔癢 0:無(no)
1:有(yes)
Alt+Enter : 下㇐行
資料整理
Temperature
體溫 Nausea
噁心 Lumbar pain
腰椎痛 Urine pushing
排尿困難 Micturition pains
排尿疼痛 Burning of urethra 尿道灼熱, 搔癢
35,5 no yes no no no
35,9 no no yes yes yes
35,9 no yes no no no
36,0 no no yes yes yes
36,0 no yes no no no
, .
yes 1
no 0
{共120個觀察值, 6個變項, 其中㇐個連續型變項, 5個類別變項}
AND、OR、NOT
Temperature
體溫 Nausea
噁心 Lumbar pain
腰椎痛 Urine pushing
排尿困難 Micturition pains
排尿疼痛 Burning of urethra 尿道灼熱, 搔癢
35,5 no yes no no no
35,9 no no yes yes yes
35,9 no yes no no no
36,0 no no yes yes yes
36,0 no yes no no no
急性膀胱炎
Inflammation of urinary bladder 腎盂腎炎Nephritis of renal pelvis origin
• 常發生在女性
• 突然高燒，體溫常超過40°C
• 高燒伴隨顫抖、雙邊或單側的腰椎異常疼痛
• 排尿疼痛
• 可能不規律的發生噁心、嘔吐、腹部疼痛
• 突發性腹部疼痛
• 常見排尿困難、排尿疼痛、頻尿
• 體溫升高，但常不超過38°C
• 排出尿液混濁，有時會有血尿
Cystitis_1
排尿困難且排尿疼痛 Cystitis_2
排尿困難或排尿疼痛或尿道灼熱
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Add comment
Set working directory. Read data.
No. of variables. No. of observations.
Column?
Row?
變項 variables
觀察值observations
No. of variables. No. of observations.
Creating new variables.[ifelse()] [AND、OR、NOT]
ifelse(test_expression, x, y)
> a = c(5,7,2,9)
> ifelse(a %% 2 == 0,"even","odd")
[1] "odd" "odd" "even" "odd"
Cystitis_1
排尿困難且排尿疼痛
Urine.pushing
=="yes" Micturition.pain s =="yes"
練習
(Urine.pushing ==“no“) AND (Micturition.pains ==“no")
No. of conditional observations.
Cystitis_1
排尿困難且排尿疼痛
49位 膀胱炎 + 71位非膀胱炎 = 120位 (確認是否與總數相符合)
確認是否Cystitis_1 = “TRUE”時
Urine pushing=1 且 Micturition pains=1 Cystitis_1 = “FALSE”時
Urine pushing=? Micturition pains=?
至少㇐個=0? 49 + 71 =120 check
• Cystitis_1
排尿困難且排尿疼痛
=AND(D2=1,E2=1)
• Cystitis_2
排尿困難或排尿疼痛或尿道灼熱
=OR(C2=1,D2=1,E2=1)
符合排尿困難或排尿疼痛或尿道灼熱 之膀胱炎與非膀胱炎定義患者各有幾位?
練習
Nephritis_D
若 體溫 ≥ 38°C 且 腰椎疼痛 [Lumber pain]
Nephritis_D 就 等於 1, 否則 Nephritis_D等於 0
= IF(AND(A2>=38,C2=1 ), 1, 0)
練習
• Cystitis_D條件1:體溫 < 38°C 且 排尿困難 [Urine pushing]
條件2:排尿困難 [Urine pushing] 且 排尿疼痛 [Micturition pains]
若 符合條件1 或是 條件2 則 Cystitis_D 就 等於 1, 否則 Cystitis_D 等於 0 IF、OR、AND
“Knowledge is the collection of skills and information a person has
acquired through experience. Intelligence is the ability to apply knowledge.”
“Knowledge is wonderful, but it fades as techniques and technologies come and go. Intelligence sustains. Its borders extend beyond any technique or technology, and that makes all the difference.”
Anthony Colangelo
https://alistapart.com/blog/post/knowledge-vs-intelligence/#:~:text=Knowledge%20is%20the%20collection%20of,intelligence%20to%20help%20solve%20problems.
回家作業
E-mail: ijfeng@g-mail.nsysu.edu.tw
Title: [101-1 高中生物科學資優生培育計畫-高雄區_姓名_學號]
答案 [EXCEL]
程式碼 [R]
Echocardiogram Data Set 心臟超音波資料集
Donor: Steven Salzberg and Dr. Evlin Kinney
變項編號 變項英文名稱 變項中文名稱 單位 解釋
V1 age-at-heart-attack 心臟病發病年齡 year(s) 連續變項 V2
pericardial-effusion 心包膜積水 0:無(no)
1:有(yes) V3
fractional-shortening 短縮分率 左心收縮力指標之㇐，數值越高越不正常￮
V4 epss epss E-point septal separation ￮ 左心收縮力指標之
㇐，數值越高越不正常￮
V5 lvdd 左心室舒張末期內
徑 left ventricular end-diastolic dimension￮ 舒張 末期心臟大小，數值越大越不正常￮
V6 wall-motion-index 室壁運動記分指數 室壁運動異常程度，數值越高越不正常￮
1. 共有 1-1觀察值, 有 1-2 個變項￮
我們欲根據心臟超音波研究結果找出有哪些心臟病發患者心臟病發後生存年份短於1年￮
研究發現年齡大於65歲老年人, 若 fractional-shortening大於等於0.15 且 EPSS大於等於10且LVDD大於 等於4.5 且 wall-motion-index大於1.0 則患者存活時間短於1年￮
2. 有幾位病患 心臟病發病時年齡大於等於65 歲?
3. 有幾位病患 fractional-shortening大於等於0.15?
4. 有幾位病患 EPSS大於等於10?
5. 有幾位病患 LVDD大於等於4.5?
6. 有幾位病患 wall-motion-index大於1.0?
7. 1~5條件皆符合得有幾位?
研究另外發現年齡小於65歲者, 雖然fractional-shortening小於0.15 ，但是EPSS、LVDD與wall-motion-index 3項其中2項以上符合更為嚴苛的條件時，患者存活時間短於1年￮
8. 有幾位病患 心臟病發病時年齡小於65 歲?
9. 有幾位病患 fractional-shortening小於0.15?
10.有幾位病患 EPSS大於等於15?
11.有幾位病患 LVDD大於等於4.5?
12.有幾位病患 wall-motion-index大於2.0?
13. 有幾位病患符合條件9、10 、11中2項以上者?
14.有幾位病患符合條件7 且條件8且條件12者?
15.根據研究所發現特徵，請問共有幾位患者存活時間短於1年 (符合條件6或是條件13) ?