原本新設大學堂是希望整合美國監理會既有的高等教育資源，但實際過程中 卻非一步到位，最初東吳大學堂是整併原有的蘇州宮巷書院及博習書院。
就宮巷書院言，1895年孫樂文在蘇州宮巷創立禮拜堂，有數名年輕士人來訪 表示希望學英文，他表示如一班達25人就開辦，後遂成，其中多數是秀才。次年 3月，25人成為宮巷書院的核心。1897年有68人註冊，1898年11月前則超過百人
（Nance, 1956, pp. 4-5, 18）。此時，上海中西書院與蘇州博習書院仍各自運作。
就博習書院言，大學堂校地原為該院舊址，其原名存養書塾，1879年由潘慎 文創於蘇州天賜莊，初有18名男童。1883年有學生40名，課程有《聖經》、西 學及儒書，諸書全中文，不教英文，學生衣冠鋪蓋自備，飲膳束脩一切費用皆由 公會出，年齡在10∼20歲間（潘慎文，1883）。1884年為記念捐款者而改名博 習書院（Nance, 1956, p. 9）。該塾更名後開始嘗試教英文。1884年10月3日《申 報》廣告載，博習書院設在蘇州城葑門內天賜莊，訂於農曆9月初設英文學塾，
來學者每月須付洋銀1元，而紙墨筆硯學生自備（〈教習英文〉，1884）。由此 可知，該院將新增英文班，且要收費，但未說名額。之後，又刊八日。但17日另
刊，
今本書院議教習英文之章程，將變改舊定規矩，所以九月初二日不即開 館，俟改定章程再行報明開館日期。（〈教英文改期〉，1884）
換言之為延期開學，續刊兩日。由此推知，招生狀況可能未如理想。
再依1887年1月21日《申報》廣告載，該院於農曆正月22日添設英文書院，
擬收學生25名，每月束脩2元。由此可知，該院已確定側重英文教學，名額25 人，學費較之前提高1元（〈蘇州英文書院〉，1887）。之後，29日起再續刊九 天。1888年1月22日《申報》廣告載，
蘇城葑門內設英文學塾，兼教算學、儒書、格致諸學，束脩每年英洋 十二元，半年一付須洋八元，零付須每月二元。（〈英文學塾〉，
1888）
之後續刊逾一個月。由此可知，學校課程已做修改，除英語外，新增算術、中國 經典、科學，而學費維持每月2元，半年一付打67折，一次付清打對折。由其廣 告連刊多日可推知招生狀況恐欠理想。
Fryer（1895, p. 61）謂，該院是免費寄宿學校，課程含西方算術與科學、基 督教書籍、四書五經、作文與尺牘。現有5位中國教師，74名學生年齡約14歲，
創校迄今約已收250名學生。教科書則採傳教士所編之書。
1896年版《中國差會手冊》稱，該校實際上是男子寄宿學校。初級部學生 年齡在10歲以上，努力設法提升到學院程度。所習課程分基督教書籍、西方科 學與中國經書。修業時間達11年，含5年初級課程。共招學生約300人，平均每 年約70人在學。教學全用中文。學生中36人是教徒，26人預備入教（American Presbyterian Mission Press, 1896, p. 232）。前5年預科課程有：三字經、百家姓、
教義問答、論語、本國地理、聖經故事、算術、大學、中庸、算術、地理學、
文言概說、基督的生活、孟子、自然科學初階等；第6∼11年書院課程有：散文 範例、神學要義、世界史、春秋、寫作、幾何、自然哲學、流體力學、三角、測
量、自然史、電、生理學、生物學、自然神學、禮記、化學、無機化學與有機化 學、易經、解析幾何、天文學、倫理學、古代文學、微積分、政治學等。原本未 授英語， 1887年為滿足社會需求，增開英文科，另收費（王國平，2003，頁15-16）。由上可知，其課程內容已較初期增加，從修業年限與課程程度推斷，應是 大、中、小學一貫體制。
再依1898年1月20日《申報》廣告載：
本院在蘇城葑門天賜莊，久以中西諸學課授生徒，並備臥房飲食，凡年 未過十六歲者，概可來學。每半年脩金六元，兼習英文者加倍；如年歲 已長欲兼英文者，另有新塾，每半年脩膳金共廿五元，茲於正月十二日 開館。（〈博習書院啟〉，1898）
由此可知，該院原先未提供膳宿，學生需通勤，但如今已可住宿；之前未限 年齡，但自此要在16歲以上；學費改每半年一付，不採一次付清或月付，金額 稍降。另針對年長欲學英文者提供新館，費用較高。之後續刊兩日及2月17日又 刊。該法實施後，文乃史指出無益於學校的士氣，因付費生輕視免費生，而後者 嫉妒前者可學英文（Nance, 1956, p. 18）。
因1895年監院潘慎文同時任上海中西書院監院，1898年差會決定將中西書院 遷併，但遇人事異動，直到次年2月才完成，此舉有助排除無效率的教師與無志 的學生（Nance, 1956, pp. 18-19）。
1905年該差會舉行「年議會」時，教習祁天錫（N. G. Gee）曾代表學塾部向 董事會建議，為形成一完整教育體系，將該會現有其他學校與東吳大學堂合作，
建議部分獲採納（馬光霞，2016，頁205-206）。直到1911年3月，東吳大學堂校 長孫樂文病逝，改由中西書院監院葛賚恩接任（Nance, 1956, pp. 2-30）。因辛亥 革命爆發，葛賫恩因應變局，請董事會決定將中西書院併入東吳大學堂（馬光 霞，2016，頁206），惟此時林樂知已病逝。