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伍、分子資料
定序結果得到trnL-rpl32 intergenic spacer 總長 787 鹼基，有 43 個變異位點 (variable site)，其中有 32 個具有簡約法則上的意義(parsimony-information site)，
11 個 singleton，進行最簡約樹(MP-tree)樹形圖分析之前，將長的indel 視為一次 事件，最簡約法共產生3 棵MP-tree，CI 值= 0.886，RI 值= 0.972，tree length = 70，
由於3 棵樹形圖差異小，因此選擇其中之一做為代表(圖十三)。
MP-tree 的結果為所有內群(in group)被分成兩個支持度高的 clade，clade A 包含了 A. clavata、A. infirma 和 A. sozanensis 共 3 個分類群，clade B 包括 4 個分 類群 A. avenacea、A. fukuyamae、A. arisan-montana 和 A. dimorpholemma。clade A 再分為兩群(clade C 和 clade D，兩 clade 支持度分別為 98 和 97)，clade D 全由 A. sozanensis 組成，clade C 中 A. clavata 位在較基礎位置，但有兩個樣本和 A.
sozanensis 以及 A. infirma 併成一支，形成 paraphyly，支持度僅有 64；而 clade E 位在clade A 最末端，支持度 93，是可信度相當高的 clade，但其中包含了 A.
sozanensis 和 A. infirma 兩個分類群。在 clade B，A. dimorpholemma 位在較基礎 位置形成為單一clade(支持度 98)，其他類群組成支持度中等的 clade F(74)，而 A. avenacea 在 clade F 基礎位置接著 clade G(支持度 79)，clade G 分成兩群：A.
fukuyamae 和 A. arisan-montana，支持度分別為 56 和 73，相鄰連接樹(NJ-Tree)(圖 十四)和 MP-tree 樹形結構幾乎一致。
仔細檢視各分枝的形態特徵發現，clade A 的共衍徵為內稃長度小於 0.5 mm，
而clade B 的共衍徵為內稃長度大於 0.6 mm，此結果呈現內稃長度在剪股穎屬確
實是重要形態特徵。
過去台灣產剪股穎屬植物，A. arisan-montana、A. fukuyamae、A. infirma 及 A. sozanensis，共4 類群曾被降為 A. infirma 種下分類群(Veldkamp, 1982 & 1996)，
但根據分子親緣關係樹，A. arisan-montana 和 A. fukuyamae與A. infirma 和 A.
sozanensis 分別歸到兩個不同分支，顯示此 4 類群並非 monophyly，且 A. infirma
和 A. sozanensis 與 A. clavata 歸群，而 A. arisan-montana 和 A. fukuyamae 與 A.
dimorpholemma 和 A. avenacea 歸群，而 A. clavata、A. dimorpholemma 和 A.
avenacea 形態差異明顯。根據在樹形圖上的位置，說明 A. arisan-montana、A.
fukuyamae、A. infirma 和 A. sozanensis 關係並非 monophyletic group，並對照其他 分類群的階級，因此不支持Veldkamp 將 4 者處理為同種下不同變種的做法。
根據分子資料的關係樹顯示，台灣產剪股穎屬各類群大致可以各自呈支持度 高的單一歸群，大致支持形態分類的結果，但是 A. sozanensis 形成 paraphyly，
除了獨立分支的clade D 外，在 clade C 中也發現部分 A. sozanensis 和 A. infirma 共同形成支持度高的分支(clade E)，而且在 clade C 和 clade E 之中還有另一分類 群 A. clavata。A. clavata、A. sozanensis 和 A. infirma 三類群關係較複雜，而此三 類群均為廣泛分布類群(Veldkamp, 1982; Lu, 2006)；A. clavata 為歐亞大陸廣泛分 布，最北至西伯利亞，南至新幾內亞；A. sozanensis 已知除了台灣地區在中國華 南地區也有分布；A. infirma 除中國高海拔山區以及新幾內亞和菲律賓高海拔山 區皆有分布。因此三者的關係若要能更清楚釐清，需要增加更多樣本，尤其是不 同地理區的採樣。
根據歷來台灣本屬植物的分類文獻(e.g.: Veldkamp, 1982; Hsu, 1975; Kuoh et.al, 2000)，A. sozanensis 特徵為外稃具芒從 1/3~2/3 伸出，花藥長約 0.9~1.2 mm，
基盤具毛。本研究重新檢視標本後發現，這類標本可由內稃特徵細分為兩群，其 中歸在clade D 的樣本內稃先端凹，長度 0.3~0.5 mm，而歸在 clade E 的樣本內 稃先端鈍，長度約0.3 mm，由於形態差別，將後者處理為 A. transmorrisonensis Hayata；兩者除了內稃差異之外，A. sozanensis 植株通常較強健，且具白色鱗片 的稈在近地表下延伸一段後再伸展出，稈上的葉片數量也較多。
綜合分子資料建構的親緣關係樹，台灣產剪股穎屬類群之間有所分化，支持
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圖十三、台灣產剪股穎屬最簡約樹(MP-tree)。branch node 上的數字代表 Bootstrap value，50%以下不顯示。
A
C
E
D
F
B G
圖十四、台灣產剪股穎屬相鄰連接樹(NJ-tree)。branch node 上的數字代表 Bootstrap value。
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