一、既得利益重組困難
機構改革通常是一個利益重新分配的過程，部合併勢必涉及權 力和利益的重組及複雜的博弈過程，43推行「大部制」必須要破除 部門利益，裁撤多餘議事協調機構、減少行政副職等問題，以政府 整體架構重新思考，44將機構分權、組織分權，並與事業單位同步 推進，按照政企分開、政府與社會仲介組織分開的原則進行，改革 才能成功，惟既得利益者，易形成自成一體、層層相護的「既得利 益體系」，不利於「大部制改革」的推動。比如，1988年，中國第 一屆能源部成立，當時除了電力行業直接併入能源部外，石油、煤、
炭兩個部門都能對能源部的成立不支持。而能源部成立沒多久，原 煤炭部二十幾位副部長甚至聯名上書要求恢復煤炭部。1993年，能 源部撤銷，煤炭部恢復，此一變化其實就是既得利益在作祟，大部 制改革要能成功，首先即要突破既得利益的阻礙。
二、上下對接關係失調
長期以來，中共行政機構設置中，一直實行「上下對口」、自
42. 李鵬翔，「實行職能統一的大部門體制需重新整合部門職能」，新浪網，2011年3 月1日。<http：http://news.sina.com.tw/article/20110123/4140511.html>
43. 徐鋒，「『大部制』難點是特殊利益集團」，廣州日報，2011年3月1日。
<http://cpc.people.com.cn/GB/64093/64099/6947393html>
44. 根據吳瓊恩的定義，「異化」是一種心理情感，其結果導致個人在自我或自我與 他人他物之間的無力感、無規範感、自我疏離。Wu, Chung-En, An Empirical Study of the Relationship Between Teacher’s Sense of Alienation and Their Attitude Toward Work (Austin, TX.: The University of Texas, 1988), p.25
成體系的行政管理體制，其有合理的一面，它能夠合理區分部門職 能和人員職責，便於體系業務建設和規範管理，可以形成並強化系 統性、獨立性、專向性的行政管理功能，有利於上情下達和下情上 達等等。然而推行「大部制」改革以來，部門整合後卻導致下級與 上級部門對接關係失調，從而增加新的內部成本。比如：廣東順德 每個機構的職能都無法與上級機構完全對應。如順德市場安全檢管 局分別同廣東8個廳局的職能相對應，而順德區委社會工作部更是 對應14個省級部門，導致上傳下達重複勞動量增加。此外，隨著「大 部制」改革，個別部門的原隸屬機關雖得到調整，但卻導致傳統條 塊關係平衡被打破，極難理順。45
三、溝通協調不良影響行政效率
目前「大部制」改革在降低行政成本及提高行政效率的成效不 明顯，此外，新建部門又須增加自身內部協調外，還需要增加其與 其他部門的協調；造成行政效率低落。因為合併兩個部門，原來的 外部溝通就轉化為組織內部的溝通，這需要重新定位溝通協調職 責。大部制要求不同機構和部門間溝通協調的加強，尤其對部門內 部的協調提出了更高要求，溝通協調不暢通會極大限制政府職能的 發揮。在定位溝通協調職責方面，大部制要求不同機構和部門間溝 通協調的加強，尤其對部門內部的協調提出更高要求，溝通協調不 暢通會極大限制政府職能的發揮。此外，在部門上下對接失調的關 係，也衍生其他的行政協調與聯繫的開支，反而更增加行政成本，
行政效率也因此被削弱。
四、部門整合流於形式
「大部制」改革並未注重新部門來自不同部門的整合，合併進
45. 熊文釧，「大部門制到逼政府改革」，瞭望新聞週刊，2011年3月1日。
<http://big5.xinhuanet.com/observation/2011-01/24/c_121017812htm>
來的原部門仍各自為政，以至於造成一個牌子數套人馬的拼圖示的 部門整合，使部門整合流於形式，僅追求形式導致的1+1<2問題。46 推行三年以來，進程仍然緩慢，職能未有機整合，過於追求形式是 重要原因，造成職能並未進行有效整合，導致政府的缺位、越位和 錯位。某些本應由政府管理的事物，可能沒有專門的部門和機構來 管理，出現「真空」；某些利益大的事物，本是市場化行為，或某 一執行性機構就可有效執行，卻由於利益驅動各個機構和部門搶著 幹，這種非理性的博弈會浪費大量成本並導致政府越位；還可能某 一事務同時在兩個或更多部門的管轄範圍內，要麼都管要麼都不 管，導致管理錯位。這種只追求形式「大部制」，無法有效整合政 府職能的做法只會產生1+1<2的結果。例如：新成立勞動和社會保 障部、大交通部等及其下級對應部門，這方面的問題特別明顯，更 遑論鐵路部仍繼續遊離使得大交通部連拼圖的標準都尚未達成。47 由此可見，「大部制」的改革，仍留於形式上機構的裁併，並未出 現有系統的整合。
因此，未來中共在思考「大部制」改革，必須上下級機關同時 就內部職能與相關法律一併予以調整，才不會造成下級機關倒逼上 級機關改革，並能理順上下級機關對應問題，不致於浪費行政成本 與資源。同時，上下級機關一致統一的改革也較能符合大陸民眾的 期望與對政府的認同，促使「大部制」改革能有較大突破與顯著的 效能提升。
五、決策、執行、監督的分離與協調問題
目前中共決策職能與執行職能和監督職能不分現象突出，監督 流於形式，使決策部門普遍受到執行利益的干擾，導致問責更加困
46. 楊興坤，「論大部制的治理結構和治理機制」，鄭州航空工業管理學院學報，第26 卷第5期（2008年10月），頁21~26。
47. Anthony Downs, Inside Bureaucracy (Boston: Little, Brown and Company,1967).
難，改革後權力集中於一個部門，可能導致「權力的濫用」，一些 部門透過大部制改革，訂定各種規定、文件反而強化自身權利，對 上表現為中央大政方針無法落實，對下表現卻為權力過度集中，而 中共的公民監督意識還很薄弱，體制內監督又存在諸多缺陷，權力 的有效制約成為關鍵。因此，推行大部制改革同時還要進行相關的 配套改革才能使改革發揮效果，增強政府資訊的公開透明度，讓民 眾瞭解政府運行的相關資訊，接受民眾的監督。48
六、人員分流問題
隨著各部門職能的有效整合，部分人員可能成為富餘力量，如 何合理分流，對於改革的縱深推進、減少改革阻力具有重要意義。
20世紀80年代進行物資部門政府職能轉變時出現的「官倒」，20世 紀90年代改革出現的大量下崗職工等，都是改革中人員分流不合理 所造成的。部分地區實行保留待遇或轉為事業編制的方法進行過 渡，但這些做法可能為今後進一步改革埋下隱患。49