參 考 前 人 有 關 番 椒 基 因 組 之 研 究 與 茄 科 核 酸 序 列 資 訊 (Kumpatla &
Mukhopadhyay 2005；Yi et al. 2006；Wang & Bosland 2006；Ince et al. 2010)，合成 500 對 SSR 引子組，經測試、篩選計取得 323 對 SSR 引子組，符合預期之 PCR 產 物且易於判讀，據此進行 36 個高生長勢自交系之遺傳歧異度分析，並提供建構雜
圖 3. 高產彩椒自交系(A)80；高產的新雜交系：
(B) 20×80；(C) 80×04；(D) 60×80； (E) KM×80；以及 (F) 乳白果色早生系 100×31 的結果情形。
圖 4. 高 適 應 性 的 彩 椒 雜 交 系
‘10404’ 夏作(2016/06) 田間 的結果情形。
交組合之遺傳背景分析。此外，又利用篩選獲得之 18 個高適應性自交系間具多型 性的 SSR 引子組，提供做為雜交組合檢定之用。另針對彩椒果實重要性狀，如辣 味、果色或果形等，建立輔助選種之分子標誌，以提供苗期進行特定性狀之篩檢，
加速選種之效益。(圖 5、圖 6)
圖 5. 番椒 18 個自交系 (依序為 4、19、20、31、40、41、44、46、60、63、71、
80、96、98、100、102、103、104)，分別進行(A)辣味缺失基因標誌 pun11 分 析；(B) ,(C)紅果色基因標誌 CCS_1500bp 和 CCS_240bp 分析；(D)以 SNP-C APS 標誌(CaSGR+FokI) 進行橄欖綠色(或褐色)果色之基因型分析與圖譜。
註： (A) 具有 Pun11_ 1063 bp 片段有辣味， pun11_746 bp 為辣味缺失；(B) 出現 CCS_1500bp 或 (C)CCS_240bp 片 段 為 紅 色 番 椒 ； 缺 失 CCS_1500bp 或 CCS_240bp 片段為黃果(D)出現 SNP-CAPS 標誌(CaSGR+FokI)_190 bp 的後 熟果色為橄欖綠色或褐色，而 (CaSGR+FokI)_175 bp 的綠果會在後熟期間 退綠，呈現出黃果或紅果之外表型。
圖 6. 番椒 20 個 F1雜交系(4×41、4×98、19×98、41×31、41×40、41×98、60×4、
60×31、60×40、60×98、63×4、63×31、63×40、98×31、100×4、100×98、104×4、
104×40、金明星、北極星)，分別進行(A)辣味缺失基因標誌 pun11 分析；(B) 紅果色基因標誌 CCS_240bp；(C) 以 SNP-C APS 標誌(CaSGR+FokI) 進行橄 欖綠色(或褐色)果色之基因型分析圖譜。
註： (A) 出現 Pun11_ 1063 bp 和 pun11_746 bp 異質結合型具有辣味，僅 pun11_746 bp 為辣味缺失；(B)出現 CCS_240bp 片段為紅色番椒，缺失 CCS_240bp 片 段為黃果；(C)具 SNP-CAPS 標誌(CaSGR+FokI)_190 bp,175 bp 異質結合型 或僅(CaSGR+FokI)_175 bp，其果實在後熟期間葉綠素會降解，呈現出黃果 或紅果之外表型。
辣味基因缺失之分子標誌輔助甜椒之選種 種 (Popovsky & Paran 2000；Efrati et al. 2005；Borovsky & Paran 2008)。控制番椒 (C. annuum) 成熟果轉紅的 Y (或稱為 y+) 基因，位於 6 號染色體，為顯性基因。y+ 與辣椒紅素 (capsanthin) 生合成的關鍵基因 Ccs (capsanthin-capsorubin synthase) 連鎖；若 Ccs 基因缺失 (deletion)，則表現黃果。黃果基因型簡稱為 y，為隱性基 因 (Thorup et al. 2000；Popovsky & Paran 2000)。
而 SGR 基因調控葉片老化過程的葉綠素崩解，或後熟果實的葉綠素降解。
Borovsky 與 Paran (2008) 發現番椒 CaSGR 基因發生單鹼基 (single nucleotide) 的 錯 義 突 變 (missense mutation) ， 導 致 第 114 個 胺 基 酸 由 W (tryptophan)→R SCAR (sequence characterized amplified region) 標誌，此即參照關鍵基因 Ccs 設計 並篩選獲得 Ccs_1490 bp 、Ccs_240 bp 兩個分子標誌，可用以檢測紅果彩椒。
另利用番椒葉綠素降解之關鍵基因 CaSGR，設計可用以檢測葉綠素不降解 cl 基因型之 CaSGR_dCAPS (derived cleaved amplified polymorphic sequences) 標誌。
經測試 2 個特定的雜交 F2族群各 200 株以上，合計 413 個 F2後裔樣品，已取得分
子標誌 sgr_195 bp，可用於檢定橄欖綠果色或褐色果等彩椒。
以上建立的辣味與果色之分子標誌，已實際利用於現行回交育種的後裔族 群，進行特定果色之苗期選拔，可加速目標果色之彩椒選種效益。
結論
歸納近代番椒 (C. annuum) 品種改良的演進，多數著重於果實性狀的改變。
以彩椒為例：主要的選種目標為多樣化的果色與果形；其次為果實風味 (香氣)、
果肉厚度和固形物含量 (或乾製率) 等量的提高。而目前鮮食蔬菜用途的甜椒之選 育目標，仍以果色多樣化、大果和提高可溶性固形物 (Brix) 等為訴求；但針對具 有耐逆境潛力 (含耐熱、耐旱、耐病蟲等) 的野生種原之利用，乃至進一步開發高 適應性彩椒 F1雜交品種，仍未見顯著之成效。目前農試所有跨單位的育種團隊，
針對具耐熱潛力的種原進行純化並利用於雜交組合之建構，再以多年、多期作綜 合性評估，篩選出高適應性之雜交系，以提供夏季或高溫環境下生產之利用。另 利用篩選獲得的高適應性雜交系，嘗試結合天然資材與害蟲天敵等綜合防治方 式，期減少化學農藥施用，維護生態安全，並建立友善的農業生產模式。
誌謝
本研究承蒙農委會農糧領域科技計畫 (103–105 年度) 之經費補助，謹此致謝。
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