及南部具有石灰岩基質的生態環境 (Ewald, 2003) (Schonswetter et al.,
2003)。於歷史因素上，生物族群可能受到地理隔離的影響而產生間 斷分布(disjunct distribution)的現象，舉例而言，在下加利福尼亞的一 種魚類(Anisotremus davidsonii)因受到巴拿馬地峽的隔離，族群因而 產生間斷分布的現象(Bernardi and Lape, 2005)。除此之外，過去的歷 史氣候或地質事件也可能是造成族群間斷分布的原因，舉例說明如:
在冰河時期位於不同地區的生物避難所，在歐洲阿爾卑斯山的植物族 群研究中發現更新世冰期是導致該地區植物族群呈現間斷分布的主 要因素之一(Schonswetter et al., 2003)。此外，地質事件也可以導致間
斷分布的發生，一個經典的例子為肖楠屬(Calocedrus)之針葉樹物種
(Shi et al., 2012)，因板塊分離使得物種間產生間斷分布成為東亞與北 美西部間斷分布的典型的例子，目前該屬共有四個種。分別為北美洲 的加州肖楠（Calocedrus decurrens）亞洲東部有三種，即台灣肖楠 (Calocedrus macrolepis var. formosana) 、 中 國 翠 柏 (Calocedrus macrolepis)與岩生肖楠（C. rupestris）。
間斷分布(disjunct distribution)的族群能提供良好的機會在於研 究早期異域種化的特徵。(Mayr, 1963；Endler, 1977；Coyne & Orr, 2004；
Wiens, 2004；Bernardi & Lape, 2005)。因物種長期受到隔離，各族群 為了適應不同生育環境以及隨著世代交替個體的基因通常會隨之演 化，導致各族群對於生育地環境逐漸產生在地性適應(local adaptation)。
物種為適應不同棲地環境所引發的專一性適應，可能導致族群演化趨 向於異域種化的方向進行。舉例而言，肖楠屬的物種全球分布型式屬 於東亞與北美西部間斷分布，該屬之物種長期受到隔離的影響。以現 生三種肖楠屬之物種（Calocedrus decurrens, Calocedrus macrolepis var.
formosana, Calocedrus macrolepis）的 DNA 序列研究為例，產於東亞
與北美西部的肖楠彼此之間分化相當明顯，各自為一單系群，其分化 時間約在 25 百萬年前左右，亞洲肖楠的分化約在 15.2 百萬年前，中 國翠柏分出約在 9.1 百萬年前，台灣肖楠則約在 5.4 百萬年前分化。
根據這個研究，亞洲地區的肖楠與美洲地區的肖楠，因經過長期隔離 層分別為:W-1、W-2、W-3 與 W-4(W=Waichiataoan)，以同位素 C14 追朔時代發現，W-1 孢粉層為更新世(Pleistocene)早期(約六萬年前)，
在此一孢粉層中發現少量的油杉屬之孢粉並發現該孢粉層中含有約
24 公分的火山灰能追朔過去該地區曾經歷的歷史事件。W-2 層中因 子率為 39%(Owen et al., 1991)，但何政坤等人(2000)研究中發現在大 武地區所採集的毬果中，平均有效種子率僅有 6.06%，而坪林地區則
僅有 2%。顯示現存的台灣油杉林分裡有效種子的生產率是偏低的，
amplified polymorphic DNA, RAPD)探討一些基礎的遺傳多樣性的問 異構酶(Allozyme))或 DNA 分子標誌等來做比較分析其差異性(Karp et al. 1996；陳述與范明仁，1999)。DNA 分子標誌的優點在於其不受外
在環境的影響，可利用的標記的數目較多，並且可直接反應出 DNA 序列上的差異，因此近幾年廣泛的被用其各種研究上。
本 研 究 將 選 用 擴 增 片 段 多 型 性 (Amplified fragment length polymorphism , AFLP)作為主要的 DNA 分子標記法，此方法的特點在 於 結 合 了 過 去 限 制 片 段 長 度 多 型 性 (Restriction fragment length
polymorphism , RFLP)及聚合酵素鏈鎖反應(Polymerase chainreaction, PCR)的各項優點，使得 AFLP 在評估瀕危族群間和族群內的遺傳歧 異度上增加許多優點。首先是此技術不需要得知物種最初的序列資訊，
只要少量的 DNA 就可分析出大量的多型性 DNA 條帶、再現性也較 高、可偵幅到較多的基因組，以提供族群之間精確的估算出遺傳距 離。