合，勾選 create response curves、Do jackknift to measure variable importance，並輸 入檔案輸出路徑，並指定欲投影之時間尺度的資料集資料夾路徑，參數設定
（Settings）：
(1) 勾選 Random seed
(2) Random test percentage 輸入 20，代表隨機抽取百分之二十的物種點位 作為驗證子集，以進行評估模型，其餘為訓練子集，作為建立模型用。
(3) Replicates 輸入 100，代表重複建立模型 100 次，以利後續進行預測模 型挑選。
(4) Replicated run type 選擇 Bootstrap。
(5) 勾選 Write plot data 及 Write background predictions，方便匯入不同軟體 介面使用。
設定完成，模型建立、評估模型與預測分布將自動進行，其摘要表單儲存在 所設定的輸出路徑的 maxentResults.csv 檔案中，包含模型資訊、評估模型 ROC 曲線之 AUC 值及閾值。
在 R 環境下，挑選 100 個預測模型中 Test AUC 值前十名的模型取平均作為 平均機率預測分布，以降低模型的不確定性（Torres et al., 2013），再選擇閾值以
Equal training sensitivity and specificity logistic threshold（Liu et al., 2005）將各時 間尺度之平均機率預測分布重新分類為有（1）、無（0）的二元預測分布。
E. 多樣性評估分析 1. 分布面積動態
將三個時間尺度：LGM、現今和 SRES 未來氣候假設情境 A2A 及 B2A 之二 元預測分布繪圖，並計算相對於現今的預測分布網格面積差異與差異之比例，其 差 異 包 含 穩 定 （ stable ） 區 域 ： 現 今 及 投 影 預 測 分 布 皆 出 現 的 區 域 、 擴 張
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（expanded）區域：僅出現於投影預測分布的區域，於現今預測分布未出現的區 域、以及縮減（restricted）區域：僅出現於現今預測分布的區域，於投影預測分 布中喪失的區域。
差異比例 投影之二元預測分布面積 現今二元預測分布面積
現今二元預測分布面積
2. 基因單型喪失評估
在各時間尺度的預測分布中，計算於二元預測分布之外的樣本採樣點，統計 喪失的點位以及基因單型，並且計算樣本採樣點以及基因單型喪失的比例。
另一部份，結合親緣網狀階層分析，將喪失的樣本點位納入考慮，重新計算 基因單型親緣網狀圖中各端點圓餅圖的比例，若喪失某一基因單型，則與之相關 的連線便中斷。
F. 脆弱度評估
1. 脆弱度指數（Vulnerability Index, VI）
本研究將藉由脆弱度指數判斷物種潛在易受害的棲地，藉由各時期的機率分 布轉化為脆弱度指數，觀察其出現機率的變化特性，如變化幅度以及空間分布，
用以預測各族群的脆弱程度。實際的施行方法為：將脆弱度指數定義為現今平均 機率分布與各時間尺度之平均機率分布之比值（Matsui et al., 2004; Casalegno et
al., 2010; 孫世鐸, 2011）
，並且重新分類為五個等級加以顏色輔助辨識：安全（0＜VI≦1，綠色）、低度脆弱（1＜VI≦5，藍色）、中度脆弱（5＜VI≦10，黃色）、
高度脆弱（10＜VI≦100，紅色）、以及極端脆弱（100＜VI，紫色），最後在地理 空間上視覺化呈現脆弱度指數的空間分布圖，並且計算面積及出現點在各脆弱度 等級的分布情形。
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脆弱度指數 現今平均機率分布
各時間尺度之平均機率分布
2. 海拔梯度機率頻度分布
抽取各時間尺度之平均機率預測分布之海拔資料，以每 200 公尺為一級距，
計算各海拔級距上的預測分布機率累積製成直方圖。
3. 棲地破碎程度分析
根據棲地破碎化指標（Bogaert et al., 1999），計算各時間尺度下的內緣比
（interior-edge ratio），在此定義為綴塊（patch）的面積與邊長之比值，藉此評估 棲地破碎化的程度。實際作法則將二元預測分布網格資料轉為面向量圖層，統計 其面積及邊長，並將面積除以邊長累積製成直方圖。
內緣比 綴塊面積
綴塊邊長
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結果
I. 族群遺傳變異分析、親緣網狀階層分析
此部分分析描述，僅山薰香（Chaerophyllum involucratum）進行 clade dis-tance 與 nested clade disdis-tance 關連性分析。
一共取得 269 條長度為 753 個鹼基對之葉綠體 atpB-rbcL 基因間片段序列，
包含山薰香 216 條及台灣山薰香 53 條。
山薰香的資料矩陣中偵測到 9 個多型性位點（polymorphic sites），並區分出 19 個基因單型。樣本在空間上分布於 8 個地理分區（圖四、五）：雪霸（Sp）、南 湖（Nh）、合歡（Hh）、能高（Nk）、秀姑巒（Sgl）、玉山（Ys）、塔關（Tk）及 北大武（Ptw），其中除南湖沒有獨有的基因單型外，其他 7 個地理分區皆具有獨 有的基因單型，其獨有基因單型數目由多至少依序為雪霸（3），秀姑巒、玉山和 塔關次之（2），合歡、能高及北大武各 1 個。此外，7 個共享基因單型各自在地 理空間中不具明顯的空間群聚性。台灣山薰香的資料矩陣中，偵測到 7 個多態位 點，並區分出 5 個基因單型。樣本在空間上分布於 4 個地理分區（圖六）：雪霸、
南湖、玉山及秀姑巒，獨有基因單型在南湖有 2 個及玉山 1 個，2 個共享基因單 型在空間中各分別聚集於北部和中部兩部分（圖七、表三）。
山薰香整體的基因單型歧異度（Hd）為 0.916（s.d.=0.007），各地理分區則介 於 0.399 至 0.788 之間，雪霸最高，南湖次之，最低者為塔關；整體的核苷酸歧 異度（π）為 6.223×10-3（s.d.=3.386×10-3），各地理分區則介於 1.366×10-3 至 9.909×10-3之間，南湖最高，合歡次之，最低者為能高（表四）。
中性假說檢測部分（表四），Tajima’s D 及 Fu’s Fs 不論是族群整體或各地理 分區幾乎都為正值，推論族群可能族群退縮或均衡選汰，但仍有少數地理分區的 族群 Tajima’s D 為負值，表示部分族群可能經歷瓶頸效應之後族群擴張或定向選
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汰，然而統計上 Tajima’s D 和 Fu’s Fs 皆不顯著，無法推翻中性變異假說，顯示可 能有其他事件發生，如族群二次接觸或族群遷移。
族群間的遺傳分化指數（FST）部分（表五），除了合歡-南湖及北大武-秀姑 巒兩組呈現低度分化，其餘族群間遺傳分化皆為中度或高度分化。
山薰香親緣網狀關係（圖五）部分，整體並無明顯輻射狀結構，TCS 判定的 祖先型為 I，但並非廣布的基因單型。親緣網狀階層分析（表六）總共包含 10 個 1-step clade、4 個 2-step clade 及 2 個 3-step clade，除 clade 1-6 與地理位置相關性 不 顯 著 外 ， 其 餘 支 系 皆 與 地 理 位 置 相 關 。 整 體 推 論 訊 息 呈 現 族 群 連 續 擴 張
（contiguous range expansion），1-step clade 和 2-step clade 出現較多異域隔離
（allopatric fragmentation）及歷史隔離或長距離拓殖（past fragmentation and/or long distance colonization），少數推論訊息為族群連續擴張、基因交流受限或族群 擴散但有部分長距離傳播事件（restricted gene flow/dispersal but with some long distance dispersal）以及距離隔離事件導致基因交流受限（restricted gene flow with isolation by distance）； 3-step clade 的推論訊息皆為族群連續擴張。