人文學期刊引用文獻資料庫實際的建檔工作於民國八十九年一月下旬開始至 今，截至民國九十三年四月底止，已建檔完成的期刊共有 3551 本，又因本期研究經 歷建檔介面之修正，後半階段以資料合併、校對為工作重點，經修改合併後之總計來 源文獻 35,167 筆、被引文獻 502,075 筆。
人文學期刊引用文獻資料庫在實際建置的過程中，我們遭遇到一些未能預期的困 難，而這些問題確實足以影響資料庫的建檔進度，有些則影響了資料庫文章資料的準 確度與品質。以下則就文獻方面、資料判讀方面、以及其他方面分別說明之：
一、文獻方面資料建檔遭遇之困難 1. 引用文獻格式缺乏標準化
人文學期刊論文的引用文獻格式多未遵循一特定的標準，因此成了資料 庫建檔時所遭遇的最大困難。由於國內人文學期刊引用文獻的格式往往沒有 一特定的標準可遵循，而多數出版單位對於其所收錄的文章亦沒有加以規 範，因此，文章作者便可依照自己的習慣引用文獻，因此同一期刊中，便可 見到許多不同的引用形式。又或者因各期刊對於引用文獻格式有不同的規 範，而造成隨著期刊的不同而有不同的引用文獻格式。
2. 期刊編輯上的缺失所造成參考文獻的不全或錯誤
期刊編輯的嚴謹與否，影響著期刊的品質與水準，資料庫在建檔過程中，
常遇到由於註釋或參考書目在編輯、校對、排版及印刷上的缺失，產生錯別 字、缺頁或引用文獻的不齊全與錯誤，間接的造成資料建檔時的困擾，產生 零散的資料缺口，之後若另循途徑將資料補齊，如透過國圖或其他資料提供
單位，請工讀生出去建檔，不但耗費人力時間成本，也會衍生出其他問題，
影響甚鉅。
二、資料判讀方面資料建檔遭遇之困難 1. 文獻之語文
資料庫來源文獻的收錄範圍以台灣地區所出版之人文學領域期刊所收錄 之文章為主，但因文學研究的特性，引用與被引用文獻的語文往往不僅止於 中文、英文及日文，其他如法文、德文、西班牙文、俄文等各國語文亦時常 出現，而這類特殊語文實難找到有相當能力可精確建檔之工讀生。此外，由 於收錄的期刊包含了宗教類，宗教經典的判讀與有關梵文的資料亦是一相當 棘手的問題。
2. 學科背景
人文學研究的領域範圍頗廣，引用文獻的類型與引用方式，常隨著學科 類型的不同而有很大的差異，如宗教類期刊，會引用到佛教經典；語言類會 涉及語言學音韻、訓詁；歷史或文學類常出現古籍資料等等，建檔者常需要 對該領域研究有基本之認識，不然對於該學科研究者在註釋中所使用的簡稱 或慣用語，往往無法了解，造成資料建檔的困擾與錯誤。
3. 引用與被引用文獻的分類
根據台灣人文學引用文獻資料庫的設計，對於每一筆引用與被引用的文 獻都必須依其學科類型進行分類。對於引用文獻而言，常遇到的分類困擾即 是跨學科的文獻只能單選其中一個學科分類，或者分到廣泛的「人文學」類；
至於被引用文獻方面，除會遇到與引用文獻相同的困擾之外，還要加上由於 文獻所提供的資訊不足，而建檔者又無法翻閱文獻內容，因此僅能就其資料 名稱或註釋、參考書目中的片面相關資訊進行判斷、分類。
4. 古籍
古籍是人文學期刊資料庫在建檔時最常遇到的引用資料，在規範的訂定 中大致上以民國前後來區分，即 1911 年以前各朝所出版的相關書籍，我們 將其歸為古籍，此外，若為 1911 年以後影印的版本亦視為古籍，如「四庫 叢刊」。然而，在人文學期刊論文中古籍資料的引用佔多數，但有時因作者 在引用時僅寫出書名，並無進一步的書目資料，加上今人多有論著修訂，因 此在古籍資料的辨別上，也造成了許多困擾。
三、其他方面資料建檔遭遇之困難 1. 規範的制定
如同前面所提到的，由於國內人文學領域期刊論文的引用文獻格式並不 統一，因此面對各式不同的引用格式，要建立一個完整的資料庫建檔規範，
勢必需要花費一些心力時間，加上經驗的累積一再修改才能使規範更加完 整。然而，在建檔規範的修改過程中，資料庫建檔工作並未因此而停止，因 此當規則若有部分的修訂時，以往已建檔的文章資料也就必需再經過全面校 正才能夠使資料庫中的文章資料著錄格式統一，這樣的工作相當耗費時間。
2. 人的問題
就人的問題來說，由於資料庫建檔工作都是由工讀生來進行，然而工讀 生的流動性高，工作時間零散不定，因此資料庫建檔的進度不易掌握。另外，
工讀生本身的學科背景、學習程度及對於資料庫建檔規範的理解、熟悉度不 一，因此在資料判讀和資料建檔的細節上會有不統一的情形產生。
3. 期刊方面
人文學期刊引用文獻資料庫建檔所需之期刊，主要是透過人文學研究中
心發送公文，請各期刊出版單位協助提供。在徵求期刊過程中我們遇到的主 要的難題是，人文學中心並無編列相關預算購買或補助，因此在徵求期刊的 過程中若遇到出版單位要求購買的情形，我們也只能暫不收錄，爾後，我們 計畫派出資料建置人員前往國家圖書館建立這些資料。
目前期刊建檔進度已回溯建檔至民國 85 年以前所出版之期刊，而正進行 建檔的年份則包括了民國 92 年及 93 年陸續出版的刊物。在這方面遇到的難 題則是因刊物出版已有相當時日，尤其是回溯到民國二、三十年的期刊，即 便是六、七十年代，因典藏單位的政策制度、或人力交接時無妥善延續保存，
常有缺刊的情形。