一、植物材料與生長條件
gasa4 (SALK_042431)及 fin219-2 (SALK_059774)突變株是從 Arabidopsis Biological Resource Center (ABRC)所取得的 T3 或 T4 世代種子，為 Col-0 生態型。
pGASA4GFP 為以 GASA4 本身的啟動子大量表現 GASA4 基因在 gasa4 背景的轉 殖株。pGR219 為以糖皮質激素(glucocoticoid)引誘大量表現 FIN219 基因在 fin219-2 背景的轉殖株。雜交取得的材料為 gasa4fin219-2、gasa4pGR219、
fin219-2pGASA4GFP 及 pGR219pGASA4GFP，皆為 Col-0 背景。
以 20%漂白水(含 0.5% Tween-20)浸泡震盪 7 分鐘後，以無菌水清洗 5 次，
pCaMV35S::PSAK // pCaMV35S::PSAKAS
利用 5’-CAAGGATCCATGGCTAGCACTATG-3’及 5’-CCAGGATCCTCAAA TAGCACCAAT-3’將 PSAK 基因的 CDS 以 KAPA HiFiTM DNA polymerase 擴增後，
轉入 yT&A vector (RBC)，再以 BamHI 切下後接到 pCambia1380-BAR。
pCaMV35S::NPQ4 // pCaMV35S::NPQ4AS
利用 5’-GGATCCATGGCTCAAACCATGCTGC-3’及 5’- GGATCCTTAGCTT TCTTCACCATCAT-3’將 NPQ4 基因的 CDS 以 KAPA HiFiTM DNA polymerase 擴 增後，轉入 yT&A vector (RBC)，再以 BamHI 切下後接到 pCambia1380-BAR。
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將構築好的質體以電穿孔(electroporation)方法轉入農桿菌(GV3101)中，利用 花序浸泡轉殖法(floral dipping) (Clough and Bent, 1998) 轉入阿拉伯芥(野生型 Col 及 gasa4 突變株)中，利用轉殖質體上帶有的篩選標誌，在含有抗生素的培養
萃取液(0.2 mM Tris-HCl, pH9.0；0.4 M LiCl；25 mN EDTA；1% SDS)，混勻後放 冰上。以 13000 rpm,4℃下離心 10 分鐘，取出 180 μl 上清液並加入等體積 isopropanol，搖晃均勻後放-20℃沉澱 30 分鐘。以 13000 rpm,4℃下離心 10 分鐘，
盡可能倒掉上清液後，用真空乾燥機使 gDNA 沉澱乾燥，加入 20 μl DEPC-H2O
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培養基上，垂直培養五天後拍照記錄，並以 ImageJ 軟體測量根長。
六、GA 促進百分比及 MeJA 抑制百分比公式
舉例來說，正常生長的下胚軸長度為 10 mm，外加 GA 的下胚軸長度為 15mm，
外加50 μM MeJA 的下胚軸長度為 5 mm。則這次實驗的 GA 促進百分比為:
[(15-10)/10]*100=50%，即促進了本來長度的百分之五十；MeJA 抑制百分比為:
[(10-5)/10]*100=50%，即抑制了本來長度的百分之五十。GA 促進百分比越高，
代表此植株對 GA 越敏感；MeJA 抑制百分比越高，代表此植株對於 MeJA 越敏 感。
七、花青素之萃取及定量
將 200 顆消毒後之種子播撒在 0.3% GM、50 μM MeJA、50 μM GA 或同時 加入50 μM MeJA及50 μM GA 的0.3% GM培養基上，先在4℃黑暗春化三天後，
移至白光 16 小時，最後再移至不同光強度的遠紅光或黑暗中處理三天。將收取 到的植物材料稱重後，以液態氮冷凍並以研磨棒磨碎。加入 600 μl 萃取液 (1%
HCl in methanol)，置於 4℃搖晃過夜。第二天加入無菌水與 chloroform 各 400 μl，
以 13000rpm,4℃下離心十五分鐘，取上清液 200 μl 至 96 孔盤後，測量 530nm 及 657nm 的吸光值，帶入公式 A530-0.33A657，最後將所得到的值除以鮮重 (fresh weight)，即得到花青素含量 (Kim et al., 2003)。
八、葉綠素之萃取及定量
將收取到的植物材料稱重後，以液態氮冷凍並以研磨棒磨碎。加入 100 μl
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dimethylformamide (DMF) ，置於 4℃搖晃過夜。第二天以 13000 rpm, 4℃下離心 十分鐘後，取 50 μl 上清液再加入 450 μl 100%酒精稀釋，搖晃均勻後取 200 μl 用 RT-PCR 的方式比較不同基因表現量，並以 Ubiquitin10 當作 loading control (所 使用之引子見附錄二列表)。
十一、蛋白質萃取及表現量分析
以西方墨點法(Western blot)偵測蛋白質表現。收取各種處理條件下的植物材 料，以液態氮冷凍並用研缽磨成粉末。加入 100 μl 蛋白質萃取液(50 mM Tris-Cl, pH7.5；150 mM NaCl；10 mM MgCl2；0.1% NP-40；1 mM PMSF；1X protease inhibitor cocktail) 作萃取，離心後取得之上清液即為總蛋白質。利用 Bradford 法 作定量。取 200 μM 蛋白質跑 SDS-PAGE 作分析。以 400 mA 電流將蛋白質轉印 至 PVDF 膜上，進行抗體辨識(GASA4 用 2500x GFP 抗體偵測；FIN219 用 2500x FIN219 單株抗體偵測)。使用 T-pro LumiFast Plus ECL Kit，進行 ECL (Enhanced Chemi-Luminescence)呈色反應，以 LAS-3000 (FUJIFILM)偵測冷光訊號。
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