4.2 劃分年代實驗結果
4.2.2 根據流感大爆發年代區分六個年代區間， Swine， Human 之 A 型流感病毒蛋白
在此節中，與前一節相同的做法，我們使用如同先前所使用的三種方法，同時使用 Entropy， MI， ARI 三種方式計算 1902 年~1918 年、1919 年~1957 年、1958 年~1968 年、1969 年~1977 年、1978 年~2009 年，六個年代區間的重要特徵位置。但由於我們從 NCBI 資料庫下載的資料來源中，所有 Swine 的 A 型流感資料，在 1902 年~1918 年這個
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但由於在 Human VS. Swine 的部分，Swine 在 1902~1918 年代的資料缺乏，因此實際 在上在此節是使用 5 個年代區間為判斷標準，在五個年代區間下無法一直維持重要特徵
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最後關於 Identity 的部分，由於在此節並沒有符合胺基酸在每個年代段皆穩定不變的 位置，因此我們只針對在六個年代區間下一直為重要特徵位置的情況下，其物種代表的 胺基酸實際上已經改朝換代的部分做討論，舉例來說，圖 4-34 NP 的位置 313 即是一個 符合上述情形的例子，在我們的實驗中可以發現，NP-313 在 Swine 的胺基酸在前幾個年 代段為 F，而在最近的一個年代段為 FV，至於 Human 的部分，在前面幾個年代段為 Y，
而在最後的一個年代段為 V，與[62]當中所提到的演變有著像似的結果，其實驗結果顯 示，當 NP-313 有著演變為 V 的情況時，其病毒活性是最高的，回應到我們的實驗結果，
NP-313 有著演變為 V 的情形，這與[62]當中的實驗結果:若是符合這種情形則病毒活性會 變強有著相似的結論，這也再次的驗證 Identity 此種類型重要特徵的重要性。
此外，在[61]當中也有提到，對於pandemic H1N1 2009，有幾個潛在獨特重要特徵 位置，像是位置 100(I)，313(V)，425(V)，在我們的年代實驗中，NP 位置 100 無論是 Human 或是 Swine 的胺基酸皆往 I 演變，而 NP 位置 313 與 NP 位置 425 也是存在著 相同的情形，無論是 Human 或是 Swine 的胺基酸也都是往 V 演變，我們實驗中與[61]
所提到的幾個獨特重要特徵位置也有著極為相似的演變走勢，我們也認為這幾個獨特的 位置極有可能對於 2009 年的 pandemic 佔據著舉足輕重的腳色。
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表 4 22
以大爆發年代區分六個年代區間下，Swine VS. Human 各個 Segment 的重要特 徵位置數量表Segment *1902~1918 1919~1957 1958~1968 1969~1977 1978~2009 2010~2013 平均 標 準
Segment Position Swine amino acid transition Human amino acid transition PB2 9 D=DND=D N=N=NNDD
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89
90
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表 4 24
各 Segment 之胺基酸變化比例表比例的計算方式為取 5 個年代區間(扣除沒有資料的 1902 年~1918 年)一共 4 次變換 機會，令有產生改變的為分子，全數機會為分母，所計算出來表格如下:
Segment Swine transition rate Human transition rate
PB2 0.33 0.30
PB1 0.33 0.26
PA 0.33 0.26
NP 0.27 0.43
M1 0.50 0.47
M2 0.34 0.39
NS1 0.37 0.44
NS2 0.46 0.44
圖 4 32
在大爆發區分年代區間下，NP 位置 53 之各個年代區間 ARI 走勢圖 此為我們認定的 Validity 中從非重要特徵位置轉變為重要特徵位置的情形，1902~1918 年代段由於資料不足，故沒有相關圖表，以 0 做為表示。
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圖 4 33
在大爆發區分年代區間下，NP 位置 16 之各個年代區間 ARI 走勢圖 此為我們認定的 Validity 中從重要特徵位置轉變為非重要特徵位置的情形，1902~1918 年代段由於資料不足，故沒有相關圖表，以 0 作為表示。
圖 4 34
在大爆發區分年代區間下，NP 位置 313 之各個年代區間 ARI 走勢圖此為在六個年代區間下一直為重要特徵位置，但胺基酸實際上卻發生變化的情形，
1902~1918 年代段由於資料不足，故沒有相關圖表，以 0 做為表示。
95 reassortment，其當中有提到 2009 年的流感早在 1998 年就有發生了豬流感病毒在禽鳥 類的宿主上產生 reassorment 的情形，也就是說，豬流感可能會藉由禽鳥類的宿主發生 進一步的演變，導致大爆發的發生，因此我們在這一節會針對各個大爆發年代區間中，
Avian VS. Swine 相對於 Human 的胺基酸演變是否有早一步演變的可能性作探討，我們在 這節使用 ARI 進行計算，一樣將年代區間根據大爆發年代分為 1902 年~1918 年、1919 年~1957 年、1958 年~1968 年、1969 年~1977 年、1978 年~2009 年，六個年代區間。在 這邊由於相同的原因，也就是我們從 NCBI 資料庫下載的資料來源中，所有 Swine 的 A 節當中 PB2 Avain VS. Human 的重要特徵位置在相對應的位置 66，82，199，382 在胺基 酸的轉換就沒有 Avian VS. Swine 來的那麼迅速，在 1978~2009 年代段的胺基酸表現都是 兩者各半，像是 TM，NS，SA，IV 此種形式，這種結果與[63]文中所提到的 Avian-like Swine H1N1 發生在大爆發之前有著相似的結果，在這邊得到藉由 ARI 計算，能夠得到與實際 的演化極為相似的結果，因此我們也認為 ARI 的分年代計算，對於此種 Avian-like Swine 病毒與大爆發之間的病毒能夠得到近似演化的結果。