(t-test, p-value < 0.01)，高肥處理平均可較低肥處理多出約 200 粒。兩者族群內部 變異程度大，高肥處理最高可達約 2,506 粒，最低僅有 336 粒，相差 2,170 粒；
為 12－13 穗 (表二)，整體族群集中於 5－15 穗之間 (約 95%)，在高肥處理下平
0.001)。至於高肥低肥處理間之性狀，除了單株產量 (GWP, 0.33, p-value = 0.006) 與每株穗數 (PN, 0.31, p-value = 0.009) 兩者外，其餘皆呈現中至高度正相關 (圖 四)。
病蟲害抗性表現
本研究於 2014 年一期作及 2015 年二期作針對 AC 族群之抗病表現進行檢測。
本族群在 2014 年第一期作有 52%的個體對稻熱病 (BL) 顯示高抗病性 (抗病表 現≦1, 圖五、表三)。族群平均抗病程度為 3，代表族群含有對稻熱病的抗性。
但在 2015 年第二期作調查時，平均等級上升至 5.9，86%的個體抗病表現下降，
兩期作間有顯著差異 (t-test, p-value < 0.001)，而輪迴親 TNG67 抗病等級則由極 抗升至極感。以褐飛蝨 (BPH) 抗性而言，2014 年第二期作平均表現為 4.9，屬 於具有抗性的族群，其他三期作平均抗性表現在 5.7－6.2 之間 (中抗)，平均約 有 8%個體為感病，每個品系隨著年份和季節起伏而無特定趨勢，輪迴親 TNG67 的抗性表現介於 5－7 之間 (圖五、表三)。
白葉枯病 (BB) 之檢測使用兩種菌株，接種後族群病斑長度分布如圖六所示。
XF-115 平均病斑長度在低肥處理下為 9.7 cm，在高肥處理下為 11.5 cm，高肥處 理嚴重程度大於低肥處理 (t-test, p-value < 0.05)；而 XF-89b 之病斑長度則分別為 7.6 及 8.3 cm，高肥與低肥處理對感病程度之影響不顯著 (t-test, p-value = 0.4) (表 三)。紋枯病 (SB) 危害比率以病斑長度除以植株高度之比率為基準 (圖七)，在 高肥處理下平均株高為 102 cm、平均病斑長度為 67.5 cm、危害比率為 67.0%；
低肥處理下則分別為 94.3 cm、47.6 cm 及 51.6% (表三)，可以發現無論是在株高、
病斑長度、危害比率皆為高肥處理大於低肥處理 (t-test, p-value < 0.001)，株高因 施肥量增加而上升了 8%，相較之下病斑長度卻上升了 42%，也因此造成危害程 度提升了約 15%，推測高肥環境加強紋枯病之病徵。
RAD-seq 序列資料分析與比較
後所保存之讀序，最低者為 GBSv2 pipeline，餘下 77.3%序列資料，最高者為 GBS pipeline 之 94.2% (表四)。各樣品讀序平均值為 2,136,122，最多讀序數樣品為 R542 之 3,702,858、最少讀序數樣品為 R551 (2,461) (圖八 a)。檢視發現共有 16 個樣品 陳凱儀博士提供之 TNG71 序列資料，使用 Stacks 進行 SNP calling。從分子標誌 數量來看，Pstacks 親本間共有 105,424 個 SNPs (Catalog)，其中 36,271 個 SNPs 在族群中具有多型性 (34.1%)；Ustacks 親本間可得 42,892 個 SNPs (Catalog)，其 中 18,150 個 SNPs 在族群中具有多型性 (42.3%) (表五 a)。兩者經品質篩選後 (call rate≧0.9, MAF≧0.1, heterozygosity≦0.05)，Pstacks 餘下 3,376 個分子標誌 (3.2%)，Ustacks 餘下 1,698 個分子標誌 (4.0%)。
在 AC 族群中，從起始 SNP 數量來看為 Pstacks > GBSv2 > GBS > Ustacks (表 五 b)；Pstacks 親本間有最多的 190,192 個 SNPs，其族群中具有多型性者卻只有 2.8% (5,392)；GBSv2 有次多的 91,353 個 SNPs，族群中具有多型性者佔其中 77.3%
(70,800)；GBS pipeline 則得到 49,332 個 SNPs，69% (34,016) 在族群中具有多型 性；Ustacks 親本間雖然只獲得 20,542 個 SNPs，但高達 92% (20,541) 之 SNP 在
族群中呈現多型性。經相同標準 (call rate≧0.9, MAF≧0.1, heterozygosity≦0.05)
數量性狀基因座
之 QTL 對稔實率呈現 repulsion，效應分別來自 TNG71 與 852T034，各解釋 15.5%及 20.1%的外表型變異。二期作於第 5 條染色體上定位之 QTL 則能使稔實率上 升 3.5%，其效應來自 TNG71。AC 族群在高肥處理中定位到與稔實率有關之 QTL
位於第 2 及第 7 條染色體上，外表型變異解釋程度分別為 19.6%及 6.5% (表十一)， 25.9%，其使千粒重增加之 QTL 效應皆來自 O. officinalis。
AA 族群與每穗粒數有關之 4 個 QTL 區域位於第 1、3、7、8 條染色體上，
穗部相關性狀
榖粒相關性狀 相鄰 QTL 之 repulsion 現象外，第 3、4、10、11 條染色體上皆有來自 852T034 之效應存在。粒形受到粒長與粒寬之影響，定位與粒形相關之 QTL 與前兩者幾
852T034。AC 族群中共定位到 5 個與稻熱病有關之 QTL，位於第 1、4、7、8 條 染色體上，其外表型解釋度範圍從 0.2－27.9%間 (表十三)。兩期調查中無重複 之 QTL 被定位到，二期作只有定位到第 4 條染色體上之 QTL，其效應來自 O.
officinalis，而一期作定位之第 1 及第 8 條染色體上有使感病程度降低之 QTL 效 應來自 O. officinalis，。
對於白葉枯病生理小種 XF115 抗病程度之 QTL 定位，共有 3 個 QTL 位於第 1、4、5 條染色體上，外表型解釋度從 14.8－39.4%之間 (表十三)，兩種肥料處 理下無定位到相同之 QTL，高肥處理下定位到第 4 條染色體上能減少病斑長度 之 QTL 效應來自 O. officinalis，另外兩個 QTL 效應則來自 TNG67。生理小種 F89b 之抗病程度則定位到 10 個相關 QTL，分布在第 2、4、5、6、8、11、12 條染色 體上，外表型解釋程度皆小於 7% (表十三)。兩種處理下在第 4 及第 5 條染色體 上有相同之 QTL，位於第 4、8、11、12 條染色體上使病斑長度降低之 QTL 效應 來自 O. officinalis。
對於抗紋枯病抗性部分，平均感病程度為病斑長度×100 /植株高度，因此將 目標放在影響病斑長度與感病程度之 QTL 上。在兩種不同肥料處理下，只有高 肥處理中定位到 2 個相關之 QTL，分布於第 3 及第 11 條染色體上 (表十三)，外 表型解釋程度皆超過 10%。其中，第 11 條染色體上定位之 QTL 在病斑長度及平 均感病程度皆有相關，其使感病程度降低之效應來自 TNG67，而第 3 條染色體 上使感病程度降低之 QTL 效應則來自 O. officinalis，能使平均感病程度降低約 6%。