以 CMDX Bac Array CA2500/ CA3000 觀察 1015 個產前檢查樣本其基因組劑 量變異在基因組的分佈，總計發現 4152 個劑量變異(gain or loss)的訊號，分佈在 438 個 Bac Clone 與 252 個 Cytobands 中。平均每個人可觀察到 4.36 個基因組劑量 變異，但如果將 CA2500 與 CA3000 平台分開統計，CA2500 可觀察到的平均基因 組劑量變異次數為 4.84 次，CA3000 則略低，為 3.88 次。
全基因體結果圖示(Whole genome View)
表一：分析檢體來源一覽表
表二：個體的平均基因組劑量變異
圖五：樣本 509 的全基因組基因組劑量變異掃描結果圖
以 Multi-Plex PCR 方法驗證 CMDX Bac Array 的可信度，挑選於 6p25.3、
4p16.1、12p12.3 等位置有劑量變化的樣本共 57 個，而由 Multi-Plex PCR 取得一致 性的結果共 56 個，評估偽陽性率為 1.75%。其中，分析結過呈現不一致的樣本為 Sample313-2，經重覆分析後 Sample313-2 的 Multi-Plex PCR 結果仍為 Wild Type (Bac Array 結果為 Deletion Type)，此偽陽性的結果極可能為 Multi-Plex PCR 於 6p25.3 所設計的探針位置，並未和 sample313-2 產生劑量變異的位置重疊，因此使 得 CMDX Bac Array 的分析結果與 Multi-Plex PCR 不一致。另於上述位置挑選沒有 劑量變化的樣本 30 個，以 Multi-Plex PCR 取得一致性的結果為 30 個，評估偽陰 性率為零。由上述精確度的分析，評估此 Bac Array 的平台適合用於鑑別基因組劑 量變異的存在。
圖六：樣本 313-2 在 Chr 6 的 aCGH 結
圖七：參考檢體在 6p25.3/ DUSP22 gene 的劑量
圖八：樣本 313-2 在 6p25.3/ DUSP22 第一次 Multi-Plex PCR 結果
圖九：樣本 313-2 在 6p25.3/ DUSP22 第二次 FGFR2
FGFR2 FGFR2
Kirt Kirt Kirt
DUSP22 DUSP22 DUSP22
圖十一：參考檢體在 6p25.3/
DUSP22 gene 的劑量表現
FGFR2
DUSP22
圖十二：樣本 H268 在 6p25.3/
DUSP22 gene 的 Deletion 表現
圖十四：參考檢體在 4p16.1/ CPZ gene 的劑量表現
圖十五：樣本 H490 在 4p16.1/ CPZ gene 的 Duplication 表現
FGFR2
Kirt
CPZ CPZ FGFR2
DUSP22 Kirt
圖十：樣本 H268 在 Chr 6 的 aCGH 結 果，6p25.3 有一 clone 為 Deletion 表現
Kirt
Kirt
FGFR2 Kirt
圖十三：樣本 H490 在的 Chr 4 的 aCGH 結 果，4p16.1 有一 clone 為 Duplication 表現
註：樣本 H268、H490 與 321 的 Multi-Plex PCR 分析結果與 Bac Array 結果一致 圖十七：參考檢體在 12p12.3/
RERG gene 的劑量表現
圖十八：樣本 321 在 12p12.3/
RERG gene 的 Duplication 表現 FGFR2
RERG RERG
圖十九：參考檢體在 12p12.3/
PIK3C2G gene 的劑量表現 PIK3C2G
圖二十：樣本 321 在 12p12.3/ PIK3C2G gene 的 Duplication 表現
FGFR2 Kirt
PIK3C2G Kirt
Kirt FGFR2
圖十六：樣本 321 在的 Chr 12 的 aCGH 結果，有 2 個 clone 為 Duplication 表現
Kirt FGFR2
圖二十一：台灣族群基因組劑量變異分佈
根據 CMDX Bac Array 的觀察結果，台灣族群常見的 CNV 大多都發生於 Centromere 與 Telomere 的位置，與先前文獻的觀察一致。而在台灣族群中，第 3、
13、18、20、21 是比較少出現 CNV 的，最常出現 CNV 的位置是 14q11.2(32.41%)、
14q32.33(42.66%) 、 15q11.2(44.14%) 、 19p13.2(31.03%) 、 22q11.22(31.33%) 、 Yq12(23.05%)等位置，這些位置在台灣族群中出現 CNV 的頻率皆超過 20%。
圖二十二：台灣族群常見發生基因組劑量變異的位置 （Incidence>1%）
分析於台灣族群所看到的基因組劑量變異，其中有 39.60%的區域屬於缺失 的形式；36.47%的區域屬於複製的形式；而有 23.93%的區域是兩種形式兼有之。
這 些 基 因 組 劑 量 變 異 分 佈 的 區 域 有 54.79% 與 基 因 組 中 已 知 的 Segmental Duplication 分佈的位置重複，Segmental Duplication 和基因組劑量變異的高相關 性與先前文獻的觀察是一致的，顯示 Segmental Duplication 的存在及 Non-Allel Homologous Recombination 的發生是造成大片段基因組劑量變異的主要機制。這 些基因組劑量變異的訊號，絕大多數(92.44%)的涵蓋範圍不超過 1~3 Bac Clones 的長度，大小不及 1Mb；只有少數(7.56%)的涵蓋範圍大於 1Mb，其主要分佈在 2p11.2~p11.1、5q13.2、9p13.1~q12、15q13.1~q13.2、15q11.2、16p13.11 等位置。
甚至少數人在 9p13.1~q12 的基因組劑量變化可達 28~30Mb。而這些基因組劑量 變異分佈的區域有 64.49%與已知基因的位置重複，顯示基因組劑量變異的涵蓋 範圍廣泛，經由改變基因的劑量或影響調控基因表現的機制，來造成個體之間表 型的多樣性。再者，於台灣族群所觀察到的 438 個 CNV 區域，其中有 405 個
(92.47%)已在先前 Copy Number Variation 相關文獻中被報導過，或是進一步分析 個案的健康雙親，確認該 CNV 屬於遺傳性的 CNV；而有 33 個(7.53%)是首次在 此次研究中發現，首次發現的 CNV 中，又有 26 個（5.94%）不含有功能性基因 或在研究族群中反覆出現，重複出現的位置為 1p21.3 的 RP11-89P12、2p24.3 的 RP11-794I18、4q13.1 的 RP11-91C3、5p12 的 RP11-246L1、6p22.3 的 RP1-135L22、
6q22.31 的 RP11-765A3、6q24.1 的 RP1-217O16、13q31.32 的 RP11-326B4 與 14q12 的 RP11-1111O8，其 CNV 的訊號在研究族群中可在兩個人以上的個體被觀察到，
推測其可能為台灣族群特有的 CNV 位置。首次發現的 CNV 中，另有 7 個(1.59%) 是研究族群中罕見的 CNV，其中位於 4q21.3 的 RP11-164I21，內含 MAPK10 基 因，其蛋白產物為 MAP Kinase 家族的成員之ㄧ，此蛋白在神經細胞的凋亡過程 中扮演著重要的調節角色，目前 OMIM 資料庫上已知ㄧ名於 4q21.3 處發生平衡 易位的個案，其 MAPK10 基因因易位而被阻斷，有癲癇的病徵；除此之外，其 他 6 個罕見的 CNV 均未有相關的疾病資訊，其內含基因的主要功能為調控細胞 內外的訊號傳遞，與細胞的附著(Cell Adhesion)、生長、分化、轉錄、轉譯調節 或發展有關。
圖二十三：台灣族群全基因組劑量變異形式分析
圖二十四：台灣族群基因組劑量變異的基因覆蓋率
圖二十五：台灣族群基因組劑量變異與 Segmental Duplication 的重疊率
圖二十七：台灣族群基因組劑量變異的大小變化與分佈