本研究以目前只經電腦資料庫推定而未有實驗確認的 orf19.2730 為標 的,以啤酒酵母菌為表現平台
,
藉著偵測其蛋白質表現來推測此 ORF 的功 能性。經Coomassie blue staining 檢測未觀察到明顯的表現。另由實驗室 已構築的 pET∆5T 系列質體擷取 HA3His6 片段做為標籤,連接在去除 3’端stop codon 的 orf19.2730 下游,再以西方轉漬分析偵測,發現其確實能 夠表現。將orf19.2730 上游 371 個鹼基的序列保留 200 個鹼基後約略分成 三個片段,進行Yeast filter β- galactosidase assay 觀察,發現在上游中段 257 到315 個鹼基的區域內可能有某種序列存在會抑制其 promoter 的表現。至 於侵犯力分析則未觀察到假菌絲的生成有明顯的影響。唯本實驗僅止於以 啤酒酵母菌為平台之觀察,至於 orf19.2730 在白色念珠菌的表現則尚需進 一步研究,例如可利用gene targeting 的方法(Nakayama et al. 2000;Wilson, Davis, and Mitchell 1999)進行單套基因破壞(gene disruption)來進行突變 研究;利用同源重組之方式將TR system 置換其 promoter 區域進行基因功 能之研究(陳杏芳,2004)等。而資料庫推定的 DNA 修補、Histone 去甲基 及RNA polymerase II promoter 轉錄的抑制者等功能,都是有待進一步研究 的方向。
六、參考文獻
年4 月 21 日,取自:http://www.dls.ym.edu.tw/lesson/fun.htm基因工程與生物技術概論-基因選殖及 DNA 分析 (何國傑、葉開溫、鄭 月24 日,取自:http://life.nctu.edu.tw/~mb/image/chapter3.pdf
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B (80%) A (92%) orf19.2730
圖 1. SB021 序列和 orf19.2730 對應之相關位置
A:在 orf19.2730 的第 99 至 503 個鹼基的範圍對應到的 415 個鹼 基,有92%的 identity,3%的 gaps。
B:在 orf19.2730 的第 1 至 167 個鹼基的範圍對應到的 148 個鹼基,
有80.8%的 identity,9.8%的 gaps。
比對結果另見附錄二。
1 99 167 503 1821
圖 2. orf19.2730 及其對偶基因 orf19.10244 在 Candida albicans 第四對染 色體上的相對位置
圖仿自 CGD 資料庫(http://www.candidagenome.org)。
圖 1.orf19.2730 及其上游序列之限制酶切割部位分析。
圖3. orf19.2730 及其上游序列之限制酶切割部位分析
-371~-353
+1821 ~ +1796 promoter
圖 2. PCR 切取 orf19.2730 及其上游序列,長度為 2192 個鹼基
圖 4. PCR 切取 orf19.2730 及其上游序列,長度為 2192 個鹼基 圖中所示 M 為 marker,
T 為經限制酶切取之片段 Ta1。
圖5. Ta2Y 質體的構築
Ta2Y 是以 YEP363 為基礎,經限制酶 BamHI 和 HindIII 切割後,接 上Ta1 改建而成,大小為 10764 bp。以限制酶 XhoI 進行切割,可得 大小為1096 bp 和 9668 bp 兩片段,且切位都在 Ta1 片段上。
2µ:yeast ARS
lacZ:lacZ reporter gene Leu2:LEU2 gene
Apr:ampicillin resistance
BamHI
HindIII
圖 4. Ta2R 質體
圖6. Ta2R 質體的構築
Ta2R 是以 pRS426 為基礎,經限制酶 BamHI 和 HindIII 切割後,
接上Ta1 改建而成,大小為 7892 bp。pRS426 上原有的 lacZ 則被 破壞。以限制酶XhoI 進行切割,可切出 281 bp、1097 bp 及 6514 bp 三個片段。其中pRS426 質體本身有一個切位,而 Ta1 片段上有 2 個切位。
圖 5. Ta2Y 及 Ta2R 以限制酶 XhoI 切割後膠體電泳分析
圖7. Ta2Y 及 Ta2R 以限制酶 XhoI 切割後膠體電泳分析 圖中所示M 為 marker。
Ta2Y 經限制酶切割後產生兩個片段,y1 片段介於 8000 到 10000 個鹼基之間偏向10000 鹼基,y2 片段介於 1000 到 1500 個鹼基 之間偏向1000 鹼基。
Ta2R 經限制酶切割後產生三個片段,r1 片段介於 6000 到 80000 個鹼基之間,r2 片段介於 1000 到 1500 個鹼基之間略偏向 1000 鹼基,r3 則介於 200 到 500 個鹼基之間。
圖 6. Ta2Y 質體轉型到啤酒酵母菌 10560-2B,建構 10560-2B-Ta2Y
圖8. Ta2Y 質體轉型到啤酒酵母菌 10560-2B,建構 10560-2B-Ta2Y 圖中 T 為未經切割的 Ta2Y 質體,
C 為 10560-2B。
B1、B2、B3、B4 為 10560-2B-Ta2Y 轉殖之後以 SD/Uridine/
Histidine 培養基篩選的質體抽出液。在箭頭所指之處明顯出現 和 Ta2Y 質體相當的 band。
T M C B 1 B 2 B 3 B 4
10k 8k 6k 5k 4k 3k
圖 7. Coomassie blue stain 比對試驗
圖9. Coomassie blue staining 比對試驗
orf19.2730 大小為 1821 bp,預期目標應出現在 55~72 kDa
區域內。箭頭所指之處隱約出現的 band,大小和預期相
近,但表現量低,需進一步佐證。
M 為 Marker,
SC 為啤酒酵母菌上清液,
SCT-1,SCT-2 為 10560-2B-Ta2Y 上清液。
圖 8. 以 PCR 方式自 Ta2Y 切取 orf19.2730∆stop
圖10. 以 PCR 方式自 Ta2Y 切取 orf19.2730∆stop 利用 RYH20 和FYH20 為引子,以 PCR 方式自 Ta2Y 切取大小為1818 個鹼基的 orf19.2730∆stop (A、B) M 為 marker;
y1、y2 為 2 個 PCR 反應之產物。
M y1 y2
30002500 2000 1500
1000 A B
圖 9. 以 BamHI 和 HindIII 切割 YEP363 質體及切取 orf19.2730∆stop
圖11. 以 BamHI 和 HindIII 切割 YEP363 質體及切取 orf19.2730∆stop Y1、Y2 為對 YEP363 質體切割,可得 8568 個鹼基(A、B)和 20 個鹼基的二個片段。
O3、O4 是對 orf19.2730∆stop 連結 T-Vector 增殖後再切割的結果,
可以得到1818 個鹼基(E、F)和 3000 個鹼基(C、D)的兩條片 段。
M Y1 Y2 O3 O4
1818
3000
BamHI
HindIII
A B
C D E F
圖 10. Ta2Y∆stop 質體
圖12.Ta2Y∆stop 質體
在 YEP363 質體的基礎上加入去除終止碼的 orf19.2730,建構 大小為10392 個鹼基的質體,保留原本 YEP363 質體所具有的 lacZ、LEU2、2µ 及 Apr基因,而且在第 480 個鹼基和第 1576 個鹼基的位置具有orf19.2730 上的兩個限制酶 XhoI 的切位。
圖 11. 以限制酶 XhoI 切割確認 Ta2Y∆stop 質體
圖 13. 以限制酶 XhoI 切割確認 Ta2Y∆stop 質體
Ye 為 YEP363 質體,Yx 為 YEP363 經限制酶 XhoI 處理後
的結果,兩者沒有顯著差異,確認限制酶 XhoI 不會對
YEP363 質體發生作用。
Xo1 和 Xo2 為限制酶 XhoI 對 Ta2Y∆stop 質體作用後的結 果,可看見都出現兩條band,其中一條約在 10000 個鹼基 附近(A、B),另外一條則在 1000 個鹼基附近(C、D),
兩條鹼基分佈的位置恰好和預期的1097 個鹼基和 9295 個 鹼基相當,符合預期的結果。
A B
C D
圖 12. 以 PCR 方式在 pET∆5T-D24B-HAHis 質體上擷取 HA3His6 及其下 游共圖996 個鹼基的 pHas 片段 14. 以 PCR 方式在 pET∆5T-D24B-HAHis 質體上擷取 HA3His6
及其下游共996 個鹼基的 pHas 片段
圖中 1、2、3、4 皆為 pHas 片段,箭頭所指處顯示大小在 1000 個鹼基附近,和預期相符。
M 1 2 3 4
1500 1000
750
圖 13. Ta2HAS 質體
圖 15. Ta2HAS 質體
對Ta2Y∆stop 以限制酶 HindIII 和 BssHII 處理,切除 HindIII 之後 lacZ 的部份片段。再以限制酶 HindIII 和 BssHII 處理 pHas。將兩 者進行接合,經過轉形選殖後,可得到帶有 HAHis 的 Ta2HAS 質體,大小為9880 bp。若以限制酶 XhoI 處理,應可切出大小為 551 bp、1097 bp 及 8232 bp 的三個片段。
圖 14. 經限制酶 XhoI 處理確認建構 Ta2HAS 質體
圖16. 經限制酶 XhoI 處理確認建構 Ta2HAS 質體 Ta2HAS 質體經限制酶 XhoI 處理,應可切出大小為
8232、1097 及 551 個鹼基的三個片段。
M 為 Marker;
TH 為未經切割的 Ta2HAS 圓形質體。
THX 則為經限制酶 XhoI 切割後的結果,可以看到在 8000~10000(A)、1000~1500(B)及 500~750(C)個 鹼基之間出現三條band,和預期相符。
A
B C
圖 15. Ta2HAS 質體轉型到酵母菌,建構 10560-2B-Ta2HAS
圖17. 檢驗 10560-2B-Ta2HAS 轉型株 圖中 M 為 Marker。
TH 為 Ta2HAS 質體。
#6、#7 為 10560-2B-Ta2HAS 抽出之真菌質體。
#6P、#7P 是以#6、#7 為板模經 PCR 增殖 HA3His6 及 其下游共 996 個鹼基的 pHas 片段後的產物(A、B)。
A B
圖 16. 啤酒酵母菌及 10560-2B-Ta2HAS 進行 Coomassie blue stain 及 Western blot
圖 18. 啤酒酵母菌及 10560-2B-Ta2HAS進行 Coomassie blue staining及 Western bloting
上左圖(18A)為以 anti His 抗體進行 Western bloting 的結果。
上右圖(18B)Coomassie blue staining 的結果。將兩個結果重疊如
上右圖(18B)Coomassie blue staining 的結果。將兩個結果重疊如