在鑑定轉錄因子及合位準確度時，我們發現在不同的細胞株中可以看到屬於 自己獨有的結合位置，且在過低的峰值準確度下，利用 TRANSFAC 資料庫的結 合位特徵來驗證染色質免疫沉澱定序技術的可信程度。
染色質免疫沉澱定序找出的峰值在 FDR 等於 0 下，峰值的可信度非常高，
就是能準確的預測轉錄因子結合位，再加上模序探勘(De novo method)的方法，
如果能找到與參考資料庫相似度高的模序特徵，能大大的增加峰值的準確率，所 以使用模序探勘，更過濾我們的峰值雜訊，達到增加準確率的效果。
本研究指出，染色質免疫沉澱定序技術透過 TRANSFAC 資料庫的模序特 徵，證明其是可信賴的，也點出了目前收錄在 TRANSFAC 資料庫的轉錄因子整 體位置資訊還不夠完全，再者峰值的 FDR 值確實有一定的程度能解釋峰值的準 確率且是否含有轉錄因子結合位，FDR 值越小，峰值的準確率就越高，代表了 存在轉錄因子真的結合位，最後本文提到，如果能利用模序探勘找到最佳的模序 特徵時，將可以濾掉其餘雜訊的峰值，並將準確度在更進一步提升。
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附件(一) CEBPB
CEBPB 轉錄因子在不同細胞株中 ChIP-seq 平台與 De novo method 方法 Sensitivity FDR 值的比較關係
45
左到右分別為 CEBPB A549 細胞株 A549_eTFBS_1、A549_eTFBS_2、A549_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 CEBPB HeLa-S3 細胞株 HeLa-S3_eTFBS_1、HeLa-S3_eTFBS_2、HeLa-S3_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 CEBPB Ishikawa 細胞株 Ishikawa_eTFBS_1、Ishikawa_eTFBS_2、
Ishikawa_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 CEBPB MCF-7 細胞株 MCF-7_eTFBS_1、MCF-7_eTFBS_2、MCF-7_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 CEBPB K562 細胞株 K562_eTFBS_1、K562_eTFBS_2、K562_eTFBS_3 的 motif
附件(二) NR3C1
NR3C1 轉錄因子在不同細胞株中 ChIP-seq 平台 與 De novo method 方法 Sensitivity FDR 值的比較 關係
左到右分別為 NR3C1 A549 細胞株 A549_eTFBS_1、A549_eTFBS_2、A549_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 NR3C1 GM12878 細胞株 GM12878_eTFBS_1、GM12878_eTFBS_2、GM12878_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 NR3C1 Ishikawa 細胞株 Ishikawa_eTFBS_1、Ishikawa_eTFBS_2、Ishikawa_eTFBS_3 的 motif
47
附件(三) MAFK
MAFK 轉錄因子在不同細胞株中 ChIP-seq 平台與 De novo method 方法 Sensitivity FDR 值的比較關係
左到右分別為 MAFK A549 細胞株 A549_eTFBS_1、A549_eTFBS_2、A549_eTFBS_3 的 motif
左到右分別為 MAFK MCF-7 細胞株 MCF-7_eTFBS_1、MCF-7_eTFBS_2、MCF-7_eTFBS_3 的 motif