一、分離株經鑑定後為弧菌屬(Vibrio)。
二、經硫酸銨沈澱及陰離子交換層析後,本酵素的純化倍率為 30.85,回收率為 0.08%。
三、經 SDS-PAGE 電泳後,本酵素包含三種纖維素分解酶,其分子量分別為 60 kDa、
36 kDa 及 20 kDa。
四、本酵素最適反應溫度為 50˚C,最適 pH 為 6。
五、本酵素在 4-40˚C 以及 pH4-9 相對有良好的穩定性。
六、本酵素會被 PMSF 及 EDTA 等蛋白抑制劑所抑制,可能為絲胺酸型或金屬型 蛋白質。
七、本酵素在 1% SDS 或 1% Tween 80 的作用下僅剩下約 25% 的活性,在 1%
Tween 20 的環境下會降低 55% 的活性,而在 1% Triton X-100 的作用下仍維持 75% 的活性。
八、本酵素對於微晶纖維素具有分解能力,故其中包含外切型纖維素分解酶;對 CMC 具有分解能力,故其中包含內切型纖維素分解酶。
九、本酵素對石蓴及紙張皆有分解能力,具有工業發展的潛力。
29
參考文獻
Altschul, S. F., W. Gish, W. Miller, E. W. Myers and D. J. Lipman (1990). "Basic local alignment search tool." Journal of molecular biology 215(3): 403-410
Balqis, Z. S. and A. Rosma (2011). "Artocarpus integer leaf protease: Purification and characterisation." Food chemistry 129(4): 1523.
Bellamy, W. D. (1974). "Biotechnology report: single cell proteins from cellulosic wastes." Biotechnol bioeng 16(7): 869-880.
Benson, D. A., M. Cavanaugh, K. Clark, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell and E. W. Sayers (2013). "GenBank." Nucleic acids research 41(Database issue):
D36-42.
Bhat, M. K. (2000). "Cellulases and related enzymes in biotechnology." Biotechnol advance 18(5): 355-383.
Cavaco, P. (1998). "Mechanism of cellulase action in textile processes." Carbohydrate polymer 37: 273-277.
Cheng, H. R. and N. Jiang (2006). "Extremely rapid extraction of DNA from bacteria and yeasts." Biotechnology letters 28(1): 55-59.
Douady, C. J. and C. L. Nesbo (2007). "Reconstructing and interpreting evolutionary relationships." Methods for general and molecular microbiology C. A. Reddy, T.
J. Beveridge, J. A. Breznak et al., ASM Press.
Efron, B. (1979). "1977 Rietz lecture - Bootstrap methods - Another look at the Jackknife." Annals of statistics 7(1): 1-26.
Fell, J. W., T. Boekhout, A. Fonseca, G. Scorzetti and A. Statzell-Tallman (2000).
"Biodiversity and systematics of basidiomycetous yeasts as determined by large-subunit rDNA D1/D2 domain sequence analysis." International journal of systematic and evolutionary microbiology 50(pt3): 1351-1371.
30
Hall, B. G. (2013). "Building phylogenetic trees from molecular data with MEGA."
Molecular biology and evolution 30(5): 1229-1235.
Jain, D., I. Pancha, S. K. Mishra, A. Shrivastav and S. Mishra (2012). "Purification and characterization of haloalkaline thermoactive, solvent stable and SDS-induced protease from Bacillus sp.: A potential additive for laundry detergents."
Bioresource technology 115: 228-236.
Jukes, T. H. and C. R. Cantor (1969). "Evolution of protein molecules." Mammalian protein metabolism H. N. Munro and J. B. Allison, Academic Press.
Laemmli, U. K. (1970). "Cleavage of structural proteins during assembly of head of bacteriophage-T4." Nature 227(5259): 680-685.
Munn, C. B. (2011). Marine microbiology: ecology and applications (2 ed.: Garland Science).
Page, R. D. M. and E. C. Holmes (1998). Molecular evolution: a phylogenetic approach Blackwell Science.
Pearson, W. R. (2007). "Characterization of bacterial genome sequences by similarity searching." Methods for general and molecular microbiology.
Ryu, D. D. Y. and M. Mandels (1980). "Cellulase: biosynthesis and application." Enzyme microbiology and technology 2: 92-102.
Saitou, N. and M. Nei (1987). "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees." Molecular biology and evolution 4(4): 406-425.
Smith, P. K., R. I. Krohn, G. T. Hermanson, A. K. Mallia, F. H. Gartner, M. D. Provenzano, E. K. Fujimoto, N. M. Goeke, B. J. Olson and D. C. Klenk (1985). "Measurement of protein using bicinchoninic acid." Analytical biochemistry 150(1): 76-85.
Sun, T. T. (2004). "Excessive trust in authorities and its influence on experimental
31
design." Nature reviews molecular cell Biology 5(7): 785-799.
Tamura, K., D. Peterson, N. Peterson, G. Stecher, M. Nei and S. Kumar (2011). "MEGA5:
molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods." Molecular biology and evolution 28(10): 2731-2739.
Tolan, J. S. and B. Foody (1999). "Cellulase from submerged fermentation." Advances in Biochemical Engineering: Biotechnology 65(41-67).
Watson, J. D. (2008). Molecular biology of the gene 6th ed.:Pearson/Benjamin Cummings.
Yan, B. Q., X. L. Chen, X. Y. Hou, H. L. He, B. C. Zhou and Y. Z. Zhang (2009).
"Molecular analysis of the gene encoding a cold-adapted halophilic subtilase from deep-sea psychrotolerant bacterium Pseudoalteromonas sp SM9913:
Cloning, expression, characterization and function analysis of the C-terminal PPC domains." Extremophiles 13(4): 725-733.
32
純化階段 体積 蛋白濃度(mg/ml) 總蛋白(mg) 活性(U/ml) 總活性(U) 比活性(U/mg) 蛋白純化比 總活性比 純化倍率 粗酵素液 250 8.86 2214.44 123.94 30985.00 13.99 100.00% 100.00% 1.00 硫酸銨沈澱 8 2.42 19.40 234.83 1878.67 96.86 0.88% 6.06% 6.92 管柱層析 4 0.45 1.81 195.69 782.78 431.68 0.08% 2.53% 30.85 表 1、纖維素分解酶的純化表。將粗酵素液經由硫酸銨沈澱後,再以陰離子管柱加以層析,每個階段測量其蛋白質濃度以及纖維酶活性,
製作成此純化表。比活性從 13.99 提高至 431.68,蛋白純化比為 0.8 %,而純化倍率為 30.85。
33
圖 1、分離株 131 的 16S rRNA 親緣關係演化樹。
34
圖 2、剛果紅染色法,中心為分離株 131 之菌落,經剛果紅染色,並以 1 M NaCl 脫色,其周圍顯示出透明帶,表示具有分解纖維素之能力。
35
圖 3、分離株 131 與其他菌株的剛果紅染色比較圖。左上和左下為分離株 131 , 可看出其整片培養基已呈現半透明狀,明顯比其他菌株更具有纖維素分解能力。
36
圖 4、DNS 法的還原糖標準曲線。配置葡不同濃度的葡萄糖標準溶液後,以 DNS 法檢測之,並製作出標準曲線。待測樣品可利用此標準曲線回推出其所含的還原糖 濃度。
y = 0.4599x + 0.2036 R² = 0.993
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2
OD 570
葡萄糖濃度(mg/ml)
37
圖 5、蛋白質濃度標準曲線。利用牛乳清蛋白配置不同濃度的蛋白質,並利用 BCA 法製作蛋白質濃度標準曲線。待測樣品可利用同樣的方法測出對應的吸光值,並回 推出樣品內所含的蛋白質濃度。
y = 0.0009x + 0.357 R² = 0.9984
0 0.5 1 1.5 2 2.5
0 500 1000 1500 2000 2500
OD570
蛋白質濃度(ug/ml)
38
圖 6、分離株在不同溫度 (oC) 培養下的酵素活性。將分離株分別培養在 25˚C、
30˚C 和 35˚C 的培養液中,每 24 小測其纖維酶活性。結果顯示,在 30˚C、培養 2 天的條件下,具有最佳活性。
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
0 1 2 3 4 5 6
U/ml
時間 (天) 25 30 35
39
圖 7、分離株在不同 pH 培養下的酵素活性。將分離株分別培養在不同 pH 的培 養液中,並每 24 小時測其纖維酶活性。結果顯示,在 pH 6、培養 2 天的條件下,
具有最佳活性。
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
0 1 2 3 4 5 6
U/ml
時間 (天)
pH6 pH7 pH8 pH9
40
圖 8、分離株在不同誘導物濃度 (CMC) 培養下的酵素活性。將分離株分別培養在 含有 0 % 、0.5 %、1 % CMC 的培養液中,每 24 小時測其纖維酶活性。結果顯 示,在含有 1% CMC、培養 3 天的條件下,具有最佳活性。
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 500
0 1 2 3 4 5 6
U/ml
時間 (天)
0% 0.50% 1%
41
圖 9、分離株在不同培養體積下的酵素活性。將分離株分別培養在 50 ml、75 ml、
100 ml 的培養液中搖瓶培養,每 24 小時測量其纖維酶活性。結果顯示,在 50 ml 培養 2 天的條件下,具有最大活性。
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
0 1 2 3 4 5 6
U/ml
時間(天)
50 ml 75 ml 100ml
42
圖 10、分離株在不同溫度 (oC) 下的生長情形。將分離株培養在不同的恆溫培養箱 中,每 24 小時測其菌濃度 (OD600) ,結果顯示,在 30˚C 的培養條件下,有最佳 的生長情形。
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7
0 1 2 3 4 5 6
菌濃度(OD600)
時間(天) 25 30 35
43
圖 11、分離株在不同 pH 下的生長情形。將分離株分別培養在不同 pH 的培養液 中,每 24 小時測其菌濃度 (OD600)。結果顯示,在 pH 6 的條件下,有最好的生 長情形。
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8
0 1 2 3 4 5 6
菌濃度(OD600)
時間(天)
pH 6 pH 7 pH 8 pH 9
44
圖 12、分離株在不同溫度誘導物 (CMC) 濃度下的生長情形。將分離株分別培養 在含有不同 CMC 濃度的培養液中,每 24 小時紀錄其菌濃度。結果顯示,含 1
% CMC 的組別具有最佳的酵素活性 (濃度大於 1 % CMC 的培養液太過濃稠不易 進行實驗)。
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6
0 1 2 3 4 5 6
菌濃度(OD600)
時間(天)
0.00% 0.50% 1%
45
圖 13、硫酸銨沈澱各分劃的纖維素分解酶總活性。利用硫酸銨沈澱法初步分離粗 酵素液中的蛋白質,以每 20 % 的飽和濃度作為一個分劃,共得到 5 個分劃,並 將各分劃經由沈澱、透析、冷凍乾燥、回溶等步驟得到蛋白質,並測其纖維酶活性。
結果顯示,大部分的纖維酶活性集中在 60-80 % 的分劃,故以此區間作為日後純 化纖維酶的目標區間。
0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000
0-20 20-40 40-60 60-80 80-100
活性(U)
硫酸銨濃度(%)
46
圖 14、硫酸銨沈澱各分劃的蛋白質濃度。利用 BCA 法測量各分劃的蛋白質濃度,
結果顯示在 60-80 % 的區間收集到濃度最高的蛋白質液。
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
0-20 20-40 40-60 60-80 80-100
蛋白質濃度(mg/ml)
硫酸銨濃度(%)
47
圖 15、硫酸銨沈澱各分劃的總蛋白量。將各分劃所測得的蛋白質濃度乘以收集到 的體積,計算出其蛋白量。結果顯示,在 60-80 % 的區間收集到最多的蛋白質。
0 50 100 150 200 250 300 350
0-20 20-40 40-60 60-80 80-100
蛋白量(mg)
硫酸銨濃度(%)
48
圖 16、硫酸銨沈澱各分劃的纖維素分解酶比活性。比活性為單位質量的酵素活性,
結果顯示在 60-80 % 區間之纖維酶具有最高的比活性。
0 5 10 15 20 25
0-20 20-40 40-60 60-80 80-100
比活性(U/mg)
硫酸銨濃度(%)
49
圖 17、陰離子交換層析 (DEAE) 之管柱層析圖。0-70 分鐘使用 0% NaCl PBS buffer 將不吸附的蛋白沖提出來;70-200 分鐘將 NaCl 的濃度緩緩升高至 1% , 過程中共出現 6 個 peak,將這些分離的蛋白質分別收集並經過濃縮離心管去鹽並 提高蛋白濃度後,測量其纖維酶活性及蛋白質濃度。
50
圖 18、SDS – PAGE 蛋白質電泳圖及活性染色。將同一批收集到的纖維酶同時進 行 SDS-PAGE 及活性染色,即可比較出具活性之蛋白所對應的分子量。左圖為利 用剛果紅染色法染出之纖維酶 (顏色較淡之 band),右圖為進行 SDS-PAGE 後的 蛋白質分離情形,經比較後可提測本纖維酶具有三個活性分子,分子量分別為 60 kDa、36 kDa 及 20 kDa。
51
圖 19、纖維素分解酶在不同溫度 (oC) 之活性。將純化之纖維酶置於不同溫度中和 基質反應。結果顯示,在50 ̊C 時擁有最大的活性,其次為 40 ̊C,而在 4 ̊C 時活性 最低。
0 50 100 150 200 250 300 350
0 20 40 60 80 100
活性(U/ml)
溫度
52
圖 20、纖維素分解酶在不同溫度 (oC) 之熱穩定性。將纖維酶先置於各溫度下 30 分鐘,再與基質反應,測其活性。結果顯示,在 4 ̊C 有最佳的穩定性,而超過 50 ̊C 後,酵素活性驟減。
0 50 100 150 200 250
0 20 40 60 80 100
活性(U/ml)
溫度 (oC)
53
圖 21、纖維素分解酶在不同 pH 下之活性。在不同 pH 下測量纖維酶活性,結果 顯示,酵素在 pH 5-9 環境中皆有良好活性,而在 pH 6 的環境中,酵素具有最佳 活性 (圖中曲線分為三段是因為在三種不同緩衝液中測量的結果)。
0 50 100 150 200 250 300 350
3 4 5 6 7 8 9 10 11
活性(U/mg)
pH
54
圖 22、纖維素分解酶在不同 pH 下之穩定性。將纖維酶置於不同 pH 緩衝液中 30 分鐘,再與基質反應。結果顯示,酵素在 pH 6-8 有良好穩定性,且在 pH 6 具有 最佳活性。
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
3 4 5 6 7 8 9 10 11
活性(U/mg)
pH
55
圖 23、蛋白抑制劑對酵素的影響。將纖維酶加入 1 % 之不同的蛋白抑制劑,並測 其活性。結果顯示,βME 幾乎不造成影響,而 PMSF 使活性降低 35 %,EDTA 使 活性降低 45 %.。
0.00%
20.00%
40.00%
60.00%
80.00%
100.00%
120.00%
Control β-mercaptoenthol EDTA PMSF
相對活性(%)
添加物
56
圖 24、界面活性劑對酵素的影響。將纖維酶加入 1% 不同的界面活性劑,並測量 其活性。結果顯示,tritonX-100 使活性降低 25 %,tween 20 使活性降低 55 %,
tween 80 使活性降低 75 %,而 SDS 則使活性降低 78 %。
0.00%
20.00%
40.00%
60.00%
80.00%
100.00%
120.00%
Control SDS tween 20 tween 80 tritonX-100
相對活性(%)
添加物
57
圖 25、纖維素分解酶對甘蔗、微晶纖維素、石蓴和印影紙的分解能力。將四種基 質滅菌並烘乾後,各取 1 g 與纖維酶反應,每 24 小時紀錄一還原糖量。結果顯 示,酵素對微晶纖維素的分解能力最好,其次是石蓴及影印紙,對甘蔗渣的分解能 力最差。
0 500 1000 1500 2000 2500
0 12 24 36 48 60
還原糖產量(ug)
時間 (天)
甘蔗
微晶纖維素 石蓴
影印紙
58
附錄 1、纖維素的基本結構
59
附錄 2、纖維素的結晶型和非結晶型區域。
60
附錄 3、三種不同類型的纖維素分解酶作用方式。
61
62
最終硫酸銨百分飽和濃度 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 90 100 0 106 134 164 194 226 258 291 326 361 398 436 476 516 603 697 20 0 27 55 83 113 143 175 207 241 276 312 349 387 469 557 硫 25 0 27 56 84 115 146 179 211 245 280 317 355 436 522 酸 30 0 28 56 86 117 148 181 214 249 285 323 402 488 銨 35 0 29 57 87 118 151 184 218 254 291 369 453 起 40 0 29 58 89 120 153 187 222 258 335 418 使 45 0 29 59 90 123 156 190 226 302 383 百 50 0 30 60 92 125 159 194 268 348
分 55 0 30 61 93 127 161 235 313
飽 60 0 31 62 95 129 201 279
合 65 0 31 63 97 168 244
濃 70 0 32 65 134 209
度 75 0 32 101 174
80 0 34 139
90 0 70
100 0 附錄 5、硫酸銨百分飽和濃度表
63
附錄 6、最佳產酶培養條件的測試
25 30 35 6 7 8 9 0 0.5 1 50 75 100
1 * * * *
2 * * * *
3 * * * *
4 * * * *
5 * * * *
6 * * * *
7 * * * *
8 * * * *
9 * * * *
10 * * * *
11 * * * *
12 * * * *
temperature (
oC) pH CMC (%) volumn (ml)
64
附錄 7、培養基與培養液成分
Component PY agar PY broth LB broth
Peptone 3 g 3 g -
Trypton - - 10 g
Yeast extract 1 g 1 g 5 g
NaCl 25 g 25 g 10 g
MgCl2‧6H2O 2 g 2 g -
Agar 15 g - -
H2O 1000 mL 1000 mL 1000 mL
pH 7.8 7.8 7.8