本研究目前採取的方法，是計算每個蛋白質內部的胺基酸之間的距離，而且是分 鏈來進行運算，並沒有跨蛋白質來做計算。我們先計算完某蛋白質的某鏈內部胺基酸 之間的距離後，再接著計算下一個鏈。只要兩個胺基酸符合距離之條件，就累計一次 接觸。一般而言，兩胺基酸要距離比較靠近，通常出現在同個蛋白質且同個鏈內。但 亦有可能會發生同個蛋白質但不同的鏈之間，在空間中兩胺基酸距離很靠近的情形。
甚至是蛋白質交互作用的例子中，會有多個蛋白質彼此接觸，因而產生跨蛋白質的胺 基酸之間也有出現距離相近的機會。本研究未來可以朝向這個方向去改善，考慮跨鏈 或是跨蛋白質來做胺基酸之間的計算，來更進一步探討胺基酸或結構偏好產生什麼樣 的接觸習性。
另一方面，將來在計算胺基酸之間的距離時，應可排除周圍兩個鄰近的胺基酸的 接觸數。因為鄰近胺基酸大部分都會是相同二級結構，在相同結構內的相鄰胺基酸之 間，距離會明顯低於我們所設定的條件，因此會被視為是產生接觸。然而這種接觸，
只反應兩相鄰胺基酸，較無特殊意義。我們未來應該要著重在一級結構裡相隔遙遠，
但三級結構裡距離很靠近的兩胺基酸之間的接觸。若去除將鄰近胺基酸視為有接觸的 狀況，可以更明確了解在空間中，實際有哪些胺基酸是真正產生接觸且距離靠近。
在挑選蛋白質的篩選條件下，當初最小序列長度是選擇 50 的胺基酸。但是發現 有些蛋白質的基因長度和胺基酸長度並不一致，這是由於蛋白質在進行 X 光結晶繞 射實驗時，只能結晶出部分胺基酸。因此有些胺基酸沒有被結晶出來，會導致胺基酸 可能不完整，而影響統計結果。
一般來說胺基酸在遇到相同結構的胺基酸時很容易產生接觸，在二級結構同類相 對產生較高接觸數的是 helix 和 strand，而 loop 就比較少這樣的情形發生，結構字元 也是如此，每個結構字元都有其相對應的結構，只是判定結構的方式與胺基酸不同，
不過結構字元也有屬於 helix 和 strand 的字元，所以也會有相同結構的情況下接觸較
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容易產生的傾向。
可根據距離做設定，距離設定近一些或是遠一些，進而觀察哪些胺基酸在定義較 近距離時，會出現較多接觸數的情形。我們可從中觀察，有哪些胺基酸是在設定較遠 距離的定義下才會產生較高的接觸數，甚至也許能觀察到有哪種胺基酸是不受距離限 制的影響，這些都是一些值得探討的議題。
本研究與前人研究的不同之處，當中包含了在讀取二級結構檔案時，針對二級結 構的判定，計算胺基酸之間的接觸，結構字元中的局部二級結構，以及針對環境的設 定來統計分數，運用結構字元的角度來探討蛋白質中胺基酸的接觸，最後就能直接觀 察出所屬二級結構，存在於蛋白質內部或外部，胺基酸彼此之間的接觸偏好。
未來本研究可朝向不同物種作考慮，例如透過數據分析，根據蛋白質胺基酸的交 互作用，統計細菌和人類的蛋白質，將只有細菌所擁有但人類沒有的蛋白質統計出來，
藉此探討不同物種中蛋白質胺基酸間交互作用偏好的差異，往後可藉此結果在結構生 物學之領域裡衍生其他應用。
當初只計算 20 個胺基酸之間的距離而轉換為 20 乘 20 的分數矩陣時，發現分數 記錄不夠詳細，因為沒有包含結構資訊，此矩陣不足以表達胺基酸在蛋白質中的真正 面貌。因此，採取使用結構字元的方式，將胺基酸用結構字元來定義二級結構，考慮 更多元素，使得分數分布更細膩，藉此了解胺基酸與二級結構在空間中，彼此的關係 與相互產生作用的偏好。
至於使用定義環境的概念，一方面了解胺基酸的連結度越高，表示埋在蛋白質內 部，視為疏水；連結度越低，表示暴露在蛋白質外部，視為親水。觀察使用環境定義 後所產生的 100 乘 100 矩陣，可發現哪些胺基酸喜歡作用於蛋白質外部或內部，藉由 胺基酸在環境中的傾向，了解胺基酸親水或疏水的特性。同時也能藉此了解在蛋白質 內部環境或外部環境裡，局部結構會有什麼不同的摺疊型式與彼此相互接觸的分佈傾 向。
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附錄
測試資料蛋白質
PDBid
1A73 1CV8 1E2W 1F8E 1GJ7 1H2C 1IIB 1JHG 1K92 1L9L 1A92 1CXQ 1E4C 1F94 1GK7 1H32 1IJB 1JHJ 1KAE 1L9X 1AH7 1CY5 1E58 1F9V 1GK9 1H4X 1IJY 1JI7 1KAF 1LC0 1AHO 1CZP 1E5K 1FCQ 1GKM 1H6F 1IN4 1JID 1KGD 1LFP 1AIE 1D02 1E7L 1FD3 1GKP 1H91 1IO0 1JIW 1KHX 1LKK 1AK0 1D0C 1EAQ 1FIU 1GMU 1H99 1IOM 1JIX 1KJQ 1LLF 1ARB 1D0D 1EB6 1FK5 1GMX 1H9H 1IQ5 1JK3 1KMT 1LM5 1ATG 1D0Q 1EDM 1FM0 1GNY 1HBN 1IQZ 1JKE 1KMV 1LMI 1AYL 1D4O 1EEX 1FN9 1GO3 1HDO 1IRQ 1JL0 1KNG 1LNI 1AZO 1D5T 1EG2 1FO8 1GP0 1HFE 1ITX 1JL1 1KOE 1LQT 1B9W 1D8W 1EGW 1FOB 1GPP 1HQ1 1IUQ 1JM0 1KP6 1LS1 1BB1 1DC1 1EKQ 1FS1 1GPQ 1HTR 1IX9 1JNI 1KPT 1LU0 1BGC 1DD9 1ELK 1FSG 1GQ8 1HX0 1J0P 1JO0 1KQ6 1LUC 1BGF 1DDW 1ELU 1FT5 1GQI 1HX6 1J24 1JOS 1KQF 1LUZ 1BKR 1DFM 1ES9 1FTR 1GS9 1HXI 1J27 1JOV 1KQP 1LWB 1BM8 1DFU 1ET1 1FX2 1GSO 1HXR 1J2J 1JUH 1KQR 1LXJ 1BU8 1DG6 1EUV 1FXO 1GU2 1HYO 1J34 1JY1 1KS8 1LYQ 1BX7 1DGW 1EUW 1FYE 1GU4 1HYP 1J3A 1JY2 1KS9 1LYV 1BYI 1DJ0 1EVL 1G2Q 1GU7 1HZ4 1J3W 1JYA 1KT6 1M0K 1C1K 1DK8 1EWF 1G2R 1GUQ 1HZ6 1J77 1JYH 1KU3 1M0W 1C4Q 1DMG 1EYE 1G2Y 1GUT 1I1W 1J7X 1JZ8 1KVE 1M15 1C5E 1DOW 1EZG 1G3P 1GVJ 1I27 1J83 1K2X 1KWF 1M1F 1C7K 1DP7 1EZW 1G5A 1GVP 1I2T 1J8B 1K3X 1KYF 1M1Q 1C7S 1DPJ 1F1E 1G61 1GWE 1I4J 1J8R 1K4I 1KZF 1M22 1CC8 1DQZ 1F1M 1G6X 1GWM 1I5G 1J98 1K4N 1KZQ 1M2D 1CCW 1DS1 1F32 1G8A 1GWY 1I71 1JCD 1K5C 1L1L 1M40 1CL8 1DTD 1F3U 1G8E 1GXM 1IDP 1JEK 1K5N 1L3K 1M45 1CMC 1DWK 1F46 1G8K 1GXU 1IFR 1JET 1K6X 1L3L 1M4L 1COT 1DXG 1F60 1G8Q 1GY7 1IG0 1JFB 1K7C 1L6P 1M55 1CTF 1DY5 1F86 1GCI 1H16 1IGQ 1JH6 1K7J 1L6X 1M93
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PDBid
1M9Z 1N71 1O6D 1P1X 1Q92 1R7J 1S99 1T7F 1UCD 1V0W 1MC2 1N7S 1O6G 1P57 1Q9U 1R8S 1S9R 1T7M 1UCR 1V2B 1MCT 1N8V 1O7I 1P5V 1QD1 1R9L 1SAU 1T8K 1UCS 1V2Z 1MF7 1N93 1O7J 1P5Z 1QDD 1R9W 1SBW 1T92 1UD9 1V33 1MFW 1N9P 1O82 1P6O 1QF8 1RA0 1SBX 1T9I 1UFI 1V4P 1MG7 1NC5 1O8B 1P90 1QG8 1RCQ 1SDI 1TA3 1UFY 1V5I 1MGQ 1NEP 1O97 1P9G 1QGE 1RDQ 1SG6 1TBF 1UGI 1V6P 1MJ4 1NF8 1OAI 1P9I 1QGI 1RFY 1SJW 1TCA 1UGX 1V6T 1MJ5 1NG6 1OCY 1PBY 1QJP 1RG8 1SLU 1TFE 1UI0 1V77 1MKK 1NJH 1OD6 1PCF 1QKR 1RGX 1SMX 1TFZ 1UIX 1V7Z 1MN8 1NKD 1ODM 1PFB 1QLW 1RJU 1SN9 1TIF 1UJ2 1V8H 1MNN 1NKG 1OEW 1PG6 1QNA 1RKI 1SQS 1TJX 1UJ8 1V96 1MOF 1NKI 1OF8 1PM4 1QNR 1ROC 1SU8 1TP6 1UKF 1VBW 1MQO 1NLQ 1OGO 1PMH 1QQF 1RTQ 1SVF 1TQG 1UNQ 1VCC 1MTP 1NLS 1OH0 1PO5 1QTX 1RTT 1SX5 1TR0 1UOY 1VD6 1MTY 1NNX 1OI0 1PP0 1QV9 1RUT 1SZ7 1TS9 1UPT 1VDK 1MUN 1NQJ 1OI2 1PQH 1QW2 1RV9 1SZH 1TT8 1US0 1VE4 1MUW 1NRJ 1OI7 1PSR 1QW9 1RW1 1SZN 1TU9 1USE 1VH4 1MVF 1NSZ 1OJH 1PV5 1QWG 1RW7 1T07 1TUA 1USM 1VH5 1MW9 1NTH 1OK0 1PX5 1QWO 1RWE 1T0B 1TUK 1UTE 1VHN 1MXE 1NTY 1OKS 1PZ4 1QWY 1RWH 1T0T 1TUO 1UTG 1VIM 1MY7 1NU0 1ONW 1PZ7 1R0R 1RWJ 1T1D 1TWD 1UUJ 1VJF 1MZ9 1NWW 1OQ1 1Q0R 1R0U 1RWR 1T1J 1TWY 1UUY 1VJU 1N08 1NWZ 1OQJ 1Q2H 1R29 1RYL 1T1U 1TXG 1UV7 1VK1 1N0W 1NXM 1ORU 1Q5Y 1R3S 1RYO 1T2D 1TXL 1UVQ 1VKE 1N0X 1NYC 1OSY 1Q5Z 1R5L 1RZH 1T3Y 1TZP 1UWC 1VKK 1N13 1NZ0 1OU8 1Q6Z 1R5M 1S1D 1T61 1U07 1UWK 1VL7 1N3L 1NZJ 1OW1 1Q7D 1R6J 1S29 1T6F 1U60 1UY4 1VLA 1N4W 1O06 1OW4 1Q7L 1R6X 1S3C 1T6U 1U7L 1UZ3 1VLY 1N62 1O66 1P1M 1Q8D 1R77 1S7I 1T79 1U84 1V05 1VMB
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PDBid
1VMG 1WD3 1WZD 1XUB 1YOD 1ZK5 2AHF 2BHU 2C71 2CVE 1VPB 1WDD 1X0T 1XV5 1YPQ 1ZKE 2AIB 2BIV 2C78 2CVI 1VPR 1WER 1X1K 1XW3 1YPY 1ZL0 2AJ7 2BJF 2C7P 2CWR 1VPT 1WFB 1X1N 1XYI 1YQH 1ZLD 2AKF 2BJI 2C92 2CWS 1VQS 1WHI 1X54 1Y0K 1YQS 1ZMI 2AMJ 2BJQ 2C95 2CX7 1VSR 1WHZ 1X6I 1Y43 1YRK 1ZMM 2APJ 2BJV 2CAR 2CXA 1VTZ 1WLG 1X6O 1Y66 1YTL 1ZPS 2ASB 2BKX 2CB8 2CXH 1VYI 1WLZ 1X6Z 1Y6X 1YTV 1ZS4 2ASK 2BKY 2CBZ 2CXN 1VYK 1WMH 1X8Q 1Y7T 1YU0 1ZS9 2AXC 2BL0 2CC6 2CXY 1VYR 1WN2 1X91 1Y8A 1YX1 1ZT3 2AXO 2BL8 2CCM 2CYJ 1VZM 1WNA 1X9I 1Y9I 1Z0P 1ZV1 2AXW 2BLN 2CCQ 2CZL 1W0H 1WNY 1XAK 1Y9L 1Z0W 1ZVA 2AYD 2BMO 2CCV 2CZS 1W0N 1WOL 1XAU 1YB3 1Z2N 1ZVZ 2B0A 2BN3 2CCW 2D1S 1W1O 1WOU 1XBI 1YBK 1Z2U 1ZY7 2B0T 2BO9 2CE2 2D3D 1W23 1WPA 1XCR 1YCD 1Z3E 1ZZ1 2B1Y 2BOG 2CG7 2D3G 1W2F 1WPN 1XD3 1YD0 1Z3X 1ZZK 2B3G 2BOP 2CHH 2D48 1W2W 1WPU 1XDN 1YDI 1Z67 256B 2B4H 2BRF 2CI1 2D4P 1W2Y 1WRD 1XE7 1YE8 1Z6M 2A14 2B61 2BS2 2CIO 2D5B 1W4S 1WS8 1XFF 1YFN 1Z70 2A26 2B82 2BT9 2CIU 2D5M 1W53 1WT6 1XG0 1YFQ 1Z72 2A40 2B8I 2BU3 2CIW 2D5W 1W5Q 1WTJ 1XJU 1YGT 1Z96 2A50 2B97 2BWF 2CJS 2D68 1W5R 1WU9 1XKR 1YI9 1Z9L 2A65 2BA2 2BZ1 2CKK 2D7C 1W66 1WUB 1XMK 1YJ7 1ZCE 2A6S 2BAY 2C0G 2CMP 2D80 1W6S 1WUI 1XMT 1YKI 1ZD0 2A6Z 2BBA 2C0H 2CNQ 2D8D 1W96 1WV3 1XOD 1YLE 1ZGK 2A9I 2BBR 2C1V 2CNZ 2DBN 1W99 1WVF 1XQO 1YLL 1ZHS 2A9S 2BCM 2C2U 2CO3 2DBQ 1WB4 1WVQ 1XSV 1YLX 1ZHV 2ABS 2BDR 2C3V 2COV 2DBY 1WBH 1WWI 1XSZ 1YMT 1ZHX 2ACF 2BF6 2C4J 2CPG 2DC4 1WC2 1WY3 1XT5 1YN3 1ZI8 2AEB 2BF9 2C60 2CS7 2DDR 1WCW 1WZ3 1XTT 1YOC 1ZJC 2AG4 2BFD 2C61 2CU3 2DDX
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PDBid
2DE3 2EB4 2FA1 2FUP 2GU3 2HO2 2IA1 2J1V 2MSB 2O62 2DEJ 2EBE 2FAO 2FVV 2GUD 2HOX 2IAY 2J43 2NLS 2O6N 2DG5 2EGV 2FB6 2FVY 2GUI 2HQH 2IC6 2J5Y 2NLV 2O7A 2DKJ 2EHP 2FBA 2FWH 2GWM 2HQS 2ICU 2J6A 2NML 2O90 2DKO 2EHZ 2FCJ 2FY7 2GXQ 2HQY 2ICY 2J6B 2NNU 2O9S 2DLB 2EIY 2FCL 2FYG 2GYQ 2HS1 2IDL 2J6G 2NPT 2OB5 2DOK 2EJX 2FCO 2G0W 2H1T 2HU9 2IGB 2J73 2NQT 2OC5 2DPF 2END 2FCT 2G30 2H1V 2HUE 2II2 2J8B 2NQW 2OCT 2DPM 2ENG 2FCW 2G3R 2H5C 2HUH 2IIH 2J8K 2NR7 2OD4 2DPR 2EPL 2FD4 2G40 2H6F 2HW2 2IJ2 2J91 2NRK 2OD5 2DQA 2ERF 2FDN 2G64 2H7Z 2HX0 2ILK 2J97 2NRR 2ODI 2DQL 2ERL 2FGQ 2G7O 2H88 2HX5 2IMF 2J9W 2NSA 2ODK 2DS2 2ET1 2FH1 2G9W 2H8E 2HY5 2IMH 2JC9 2NSF 2OEB 2DS5 2ETJ 2FHZ 2GB4 2H98 2HYT 2IMJ 2JCB 2NSZ 2OFC 2DSX 2ETV 2FJ8 2GGC 2HBA 2I02 2IMQ 2JCQ 2NUH 2OFK 2DT8 2EV1 2FKK 2GHT 2HBT 2I49 2INU 2JDC 2NW8 2OFZ 2DVM 2EW0 2FMA 2GIB 2HC8 2I51 2INW 2JE3 2NWF 2OHW 2DVT 2F01 2FNU 2GIY 2HDO 2I53 2IP1 2JE6 2NX9 2OIT 2DWU 2F1F 2FOM 2GJ4 2HEO 2I5H 2IP2 2JEK 2NXF 2OIZ 2DXA 2F22 2FOZ 2GKE 2HEW 2I5I 2IP6 2JFR 2NXV 2OJ5 2E1H 2F23 2FPH 2GKG 2HFN 2I5U 2ISB 2JG0 2NZL 2OKF 2E1V 2F3Y 2FQ3 2GKP 2HFT 2I5V 2IT2 2JGB 2O0Q 2OKM 2E3H 2F3Z 2FR5 2GLZ 2HHC 2I6H 2IT9 2JHF 2O1K 2OKT 2E3N 2F5G 2FSQ 2GNP 2HIN 2I71 2IW1 2JK9 2O1Q 2OLM 2E4T 2F5T 2FSR 2GOM 2HIY 2I74 2IXM 2JKH 2O2K 2OML 2E7Z 2F5X 2FSU 2GQT 2HJE 2I7A 2IYV 2JLI 2O30 2OOA 2E85 2F60 2FT0 2GRR 2HL7 2I8D 2IZ6 2JLQ 2O4A 2OOK 2E8I 2F62 2FU4 2GS5 2HLR 2I9I 2IZX 2LIS 2O5G 2OPC 2E8V 2F7V 2FUF 2GS8 2HLY 2I9W 2J0A 2MCM 2O5V 2OPL 2EAB 2F9H 2FUL 2GSO 2HNG 2I9X 2J0P 2MHR 2O60 2OQB
44
PDBid
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