西元 1895 年 4 月 17 日馬關條約簽訂，割讓台灣、澎湖給日本。就 在未割讓之前的 3 月 23 日，日本已在澎湖搶灘登陸。滿清五營的兵力 不敵猛烈攻勢、潰敗。守將逃亡，3 月 26 日，日軍佔領澎湖。戰爭雖僅 4 天，但卻付出慘痛的代價。戰死加上感染霍亂死亡之日軍近千人以上 [註 190]。為了有效遏止瘟疫，以及往後日本對台統治；衛生工作成為 重要的環節。
一. 建立衛生行政體系
西元 1895 年 6 月 17 日台灣總督樺山資紀於清朝巡撫衙門舉行「始 政大典」，正式宣告對台統治，6 月 19 日即宣佈組織「衛生委員會」，6 月 20 日在台北城外大稻埕設立「大日本台灣病院」。同年 8 月，依據日 本所頒布《臺灣總督府條例》之規定，將衛生事務劃分為二：其一由隸 屬於民政局內務部所轄之警察課，掌管「保健衛生」，另一則由陸軍軍 部，掌理「醫事衛生」。迄至西元 1901 年，始確定「總督府衛生課」隸 屬於民政部警察本署，並於該課之下，分保健、醫務、鴉片及臨時防疫 等四系(即組)，用以推展警政業務。西元 1909 年，因廢置警察本署，乃 將衛生課改隸內務局;1911 年，復設警察本署，再度將衛生課移歸隸屬 之，其後警察本署改制為「警察局」，仍置衛生課，用以掌管全臺灣之 衛生行政業務，以迄於二次大戰結束。[註 191]
日據臺灣所設「總督府衛生課」，其職掌涵蓋「傳染病衛生、保健 衛生、海港檢疫、上下水道及市區港灣衛生計畫、醫制及藥制、官立醫 院、取締鴉片及其代用品、濟生會及其他施藥、熱帶醫學研究所之衛生 行政、醫藥品及衛生資料之配給統制暨牛乳及乳製品之配給統制」等 11 事項，其中末後兩項係因應太平洋戰爭所增加之事項，堪稱業務繁重。
同時，為落實衛生行政之執行及督導工作，於各州警察部置衛生課，於 廳警察課置衛生系，用以分別掌理各該州廳內之衛生行政事項;州衛生課 長以地方技師任之，其下設衛生技師，警察醫及衛生技手，而廳衛生股，
則置警察醫及衛生技手。
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[註 190]莊永明，1998，《台灣醫療史》台北:遠流，頁 66。
[註 191]同註 163，頁 444。
二. 成立衛生諮詢及調查工作
1898 年初臺灣總督鑑於衛生諮詢機構，有益於衛生之改善， 乃 成立「臺灣中央衛生會」，會長由總督府總務長官充任，委員 18 人，分 別聘請警察局長、臺北帝國大學醫學部長、熱帶醫學研究所長、臺北州 知事、臺灣軍軍醫部長、總督府相關局長及專家擔任之；該會兼負衛生 重要事項之條陳或建議，並審定衛生法規之責，受總督之諮詢。同時，
於 1899 年秋成立「臺灣地方病及傳染病調查委員會」，置委員長 1 人，
亦由總督府總務長官兼任，旨在「調查研究臺灣特殊疾病及傳染病、鴉 片癮者之防治等事宜。」該會成立之後，曾對於臺灣之瘧疾、黑水熱、
鼠疫、寄生蟲病、腳氣病、砂眼及腸窒扶斯等疾病，作過深入之調查研 究，並提出防治措施，而留下口碑。1921 年，於臺灣全島進行「保健衛 生調查」，並彙編成冊，供改善衛生行政之參採。[註 192]
三. 加強醫療人員之管理
西元 1896 年，台灣總督府公佈《公醫規則》，旋即陸續任命「公醫」， 為日據時期「公醫制度」之始。公醫由總督任命，配置於地方，酌給津 貼，受廳長之監督，在地方開業，並執行該區域內，有關公共衛生及醫 事相關事務，為衛生行政之輔助機關。1897 年 5 月，修訂地方官制，明 訂設警察醫及監獄醫，至 1908 年，台灣總督府民政長官，通告於臺北、
嘉義、臺南及鳳山等四廳，各置警察醫 1 人，承上司之命，從事辦理警 察及衛生事務工作。
1896 年，鑑於日人醫師來臺開業者漸多，但良莠不齊，旋即公布《臺 灣醫業規則》，明訂在臺開業醫師之資格及管理事項;迄 1916 年 1 月，公 布《臺灣醫師令》，並自 1918 年 7 月起實施，廢止前項「臺灣醫業規則」。 據查截至西元 1945 年，二次大戰結束時，全臺灣之醫師、牙科醫師、
護士及助產士人員情形，摘述如次：
1.醫師 3426 人，其中臺籍醫師佔 63.28%，日籍醫師佔 36.64%，其 他佔 0.26%，為韓籍醫師 3 人，大陸籍醫師 2 人，外籍醫師 4 人；
換言之，以當時臺灣人口總數約 600 萬人計，平均約每 1751 人，
方有醫師 1 人。
2. 牙科醫師僅有 738 人，其中臺籍佔 66.80%，日籍佔 33.20%，平 均每 8130 人，始有牙科醫師 1 位，更少之又少。
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[註 192]同註 163，頁 446。
3. 護士又稱「看護婦」，僅有 820 人，其中臺籍佔 61.95%，日籍佔 28.05%。另有助產士又稱「助產婦」或「產婆」，協助嬰兒出生 事宜。[註 193]
四. 普及醫療保健設施
日據時期台灣公私立醫療機構，已逐步邁向現代化，各類醫療網之 雛型，分部全台灣各個角落，且研習醫療工作，成為台灣人唯一最佳之 出路，摘述如次:
1.台北帝國大學醫學部附屬病院:即現今臺大醫院之前身，創立於 1895 年，迄至 1938 年，始由總督府移交台北帝國大學管轄，而 改為「台北帝國大學附屬醫院」，其醫技及設備享譽全台灣，該 附屬醫院為配合醫學院之教學，有關各科之主管，均由台北帝國 大學醫學部各科之臨床教授充任之。
2.總督府立病院：西元1895年創辦「臺灣醫院」，隸屬總督府，為 官立醫院之始，翌年改稱「臺北病院」;同時，另於臺中、臺南 設立「病院」，旋又應地方士紳之請，分別於淡水、基隆、新竹、
宜蘭、鹿港、苗栗、雲林、埔里杜、嘉義、鳳山及澎湖等11處，
各設置「病院」一所，復於恆春及臺中設置「診察所」。前項各 病院，原本置於地方長官監督之下，自1898年起，均改為隸屬於 總督府直轄，其間歷經歸併，迄至1945年結束殖民地時，全臺灣 計有基隆、宜蘭、新竹、臺中、嘉義、臺南、高雄、屏東、花蓮 港、臺東及澎湖等11所病院，暨花蓮玉里一所分院。
3.療養院:日據時期為防治特殊慢性之傳染病，而興設療養院，以 便與一般病患隔離，前後計興建三所。1915年成立「松山療養 院」，先後隸屬臺北廳及臺北州，於1942年開始改隸總督府。1929 年，又於台北新莊，創辦「樂生院」，即癩病療養所;復於1934 年於臺北松山，正式開辦「養神院」，收容精神病患。
4.日本紅十字會臺灣支部病院：於1905年興建完竣，並開始診療，
該院平時從事慈善救護、診療，並提供醫學校學生臨床實習，戰 時則擔任傷患之救護工作，其各科擔任診療之醫師，大多係由醫 學院教授、講師兼任之。
5.私人醫院診所：1942年，臺灣開業醫師，計有1665人，而私人醫 院則有350所，為臺灣衛生保健貢獻心力。
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至於防疫設施，於西元1922年，正式頒布《傳染病預防法》、《海 港檢疫法》及《種痘法》，並廣為推行;對於鼠疫等法定急性傳染病，
除總督府所隸轄醫院，部份公私立醫院，設有隔離室設備之外，於各行 政區及臺東，分別設置「傳染病院」，迄至西元1936年，增至55處。日 據時期對於鼠疫及瘧疾之防治，收效最為顯著：其中鼠疫於1896年，自 大陸廈門傳至臺南安平港，蔓延極為猖獗，迄至西元1918年方告絕跡。
瘧疾為臺灣主要之風土病，起因於帶菌之瘧蚊，一度因瘧疾死亡人數，
高居死亡率之冠：其間以1942年因大平洋戰爭激化，治瘧藥品缺乏，加 上都市人口往鄉下疏散，瘧蚊猖獗，導致暴發瘧疾死亡人數高達5842 人，死亡率每萬人達9.23人之多，堪稱為災難時期。
五.建設衛生水道工程
西元1896年4月，及日本剛佔領台灣的第二年，日本內務省衛生局 後藤新平兼任台灣總督府衛生顧問。六月，跟隨甫就任的第二任台灣總 督桂太郎來台考察：即邀請英國人威廉•巴爾頓(W.K.Burton) [註194]主 持衛生工程計劃，尤其是台北的自來水及水道系統設計。
巴爾頓到台灣後隨即展開全島各地探勘規劃的行程，擬訂台灣地區 水道系統設計。
水道系統分為「上水道」和「下水道」兩大系統;上水道系統即自 來水供應系統，而下水道系統則為地下排水用管線。
巴爾頓於1897年4月，提出規劃報告書，其提案無疑義的是以「改 善都市衛生問題」為目的:
1.依照台北第一、基隆第二、台南安平第三、而後澎湖島、嘉義等 順序，儘速做好衛生工程。
2、台北需儘快選定水源，因為當地設置有井水。故要優先著手下 水道工程：宜調查繪製「台北市街設計圖」，勘定幅員、開設 道路，同時附帶施設下水道。[註195]
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[註194]巴爾頓(W.K.Burton)是日本內務省技師，曾任東京工科大學講師兼內務省僱 用技師，娶了一位日本太太，曾參與日本北海道函館的水道工程設計。他更 曾於1897年，率團到上海、香港、新加坡、南洋各地參觀，蒐集東南亞地區 衛生工程施設經驗。
[註195]越澤明著，卞鳳奎譯，1983，<台北的都市計劃---1895~1945年日據時期 台灣的都市計劃>，參見《台北文獻》直字第一O五期。
巴爾頓所提出的台灣衛生計劃，成了日後日本人在台灣衛生施設的 設計藍圖：他還為今日大台北地區自來水事業建立雛型：台灣第一座上 水道系統，即在巴爾頓努力下，於1898年在淡水完工啟用，給水範圍包 括滬尾、油車口、沙崙、水碓子、竿秦林、庄子內六處。成了台灣自來 水廠的濫觴。[註196]
1899年，巴爾頓為了探測台北自來水水源地，不顧被原住民殺害的 危險，冒著炎暑去新店溪上游探勘，不幸罹患阿米巴痢疾，於8月五日 逝世於東京，享年僅44歲，成為為台灣公共衛生工事犧牲的第一人。
巴爾頓有「台灣自來水之父」的美譽;1919年3月，台北市自來水水 源地塑立一座他的銅像，以示紀念他對台灣衛生現代化建設的重要貢 獻。
巴爾頓的「未竟之案」，由濱野彌四郎繼續完成其工作。濱野就讀 東京工科大學土木工學系時，曾受教於巴爾頓，研修衛生工學。畢業不 久，即隨這位外籍教授來台。
1906年，為改善台北城內及艋舺(萬華)環境衛生，始設暗渠下水幹 線，形狀分圓形、橢圓形、及馬蹄形三種，口徑三至八公尺，延長七公 里餘，採用鋼筋混凝土建造。幹線排水出口有二處，流注淡水河。暗渠
1906年，為改善台北城內及艋舺(萬華)環境衛生，始設暗渠下水幹 線，形狀分圓形、橢圓形、及馬蹄形三種，口徑三至八公尺，延長七公 里餘，採用鋼筋混凝土建造。幹線排水出口有二處，流注淡水河。暗渠