yhiD
hdeB hdeA
hdeD gadE
mdtE mdtF gadW gadX gadA
1 kb
1 kb hdeB1
KvhA KvhS
yfdX hdeD
(B)
hdeB
圖一：酸適應島嶼 圖一：酸適應島嶼 圖一：酸適應島嶼
圖一：酸適應島嶼(acid fitness island)
(A) 大腸桿菌中的酸適應島嶼。(B) 在克雷白氏肺炎桿菌 CG43 中預測的 相對酸適應島嶼的基因組。
M 1 2 3 4 5
1000 750 500 250
-(B)
bp M: marker
1: CG43S3ΔΔΔΔrcsB 2: CG43S3ΔΔΔΔkvhA
3: CG43S3ΔΔΔΔrcsBΔΔΔyfdXΔ 4: CG43S3ΔΔΔΔkvhAΔΔΔyfdXΔ 5: pCH015
(A)
yfdX
630 bp
903 bp
LC 18 CH 34
圖二：建構Δ 圖二：建構Δ 圖二：建構Δ
圖二：建構ΔrcsBΔΔΔΔyfdX 及Δ及Δ及Δ及ΔkvhAΔΔΔΔyfdX 雙基因缺損突變株雙基因缺損突變株雙基因缺損突變株 雙基因缺損突變株
(A) yfdX 基因的示意圖。引子 CH034/LC18 設計來確認ΔrcsBΔyfdX 及Δ rcsBΔyfdX 突變株；虛線部分表示基因缺損的位置。(B) 利用 PCR 來確認 ΔrcsBΔyfdX 及ΔrcsBΔyfdX 突變株。質體 pCH015 包含 yfdX 兩側各 1kb 的基因片段。
(B)
M 1 2 3
750 500
-bp
M: marker 1: CG43S3
2: CG43S3 ΔΔΔΔhdeBΔΔΔhdeDΔΔ ΔΔΔyfdX 3: pLC01
2500 2000
-(A)
yfdX hdeD
hdeB
630 bp
2301 bp
LC 18
CH 17 306 bp 498 bp
1807 bp
圖三：建構Δ 圖三：建構Δ 圖三：建構Δ
圖三：建構ΔhdeBΔΔΔΔhdeDΔΔΔΔyfdX 基因缺損突變株基因缺損突變株基因缺損突變株基因缺損突變株
(A) HdeB, HdeD 及 yfdX 基因的示意圖。引子 LC17/LC18 設計來確認ΔhdeB ΔhdeDΔyfdX 突變株；虛線部分表示基因缺損的位置。(B) 利用 PCR 來確 認ΔhdeBΔhdeDΔyfdX 突變株。質體 pLC01 包含圖(A) hdeB 左側及 yfdX 右 側各 1kb 的基因片段。
(A)
yfdX hdeD
hdeB
630 bp
903 bp
LC 18 CH 34
M 1 2 3
1000 750 500 250
-(B)
bp
M: marker
1: CG43S3ΔΔΔΔhdeB1
2: CG43S3ΔΔΔΔhdeB1ΔΔΔΔyfdX 3: pCH015
圖四：建構Δ 圖四：建構Δ 圖四：建構Δ
圖四：建構ΔhdeB1ΔΔΔΔyfdX 雙基因雙基因雙基因缺損突變株雙基因缺損突變株缺損突變株 缺損突變株
(A) yfdX 基因的示意圖。引子 CH034/LC18 設計來確認ΔhdeBΔyfdX ;虛線 部分表示基因缺損的位置。(B) 利用 PCR 來確認ΔhdeB1ΔyfdX 突變株。
質體 pCH015 包含 yfdX 兩側各 1kb 的基因片段。
time (h)
WT R△△△△ csB K△△△△ vhA Y△△△△ fdX RcsB
YfdX
△
△△
△
△△
△△ KvhA
YfdX
△
△△
△
△△△
△
Survival Rate (%)
0 10 20 30 40 50
圖六：在震盪培養的條件下 圖六：在震盪培養的條件下 圖六：在震盪培養的條件下
圖六：在震盪培養的條件下 kvhA 與與與與 yfdX 基因缺損不影響克雷白氏肺炎桿菌的基因缺損不影響克雷白氏肺炎桿菌的基因缺損不影響克雷白氏肺炎桿菌的基因缺損不影響克雷白氏肺炎桿菌的 抗酸能力抗酸能力
抗酸能力抗酸能力
細菌在 pH 4.5 LB 酸適應培養 2 小時後，移至 pH 3.0 的 M9 培養液中，培養 45 分鐘後，取適當菌液稀釋塗盤後，計算菌數；存活率是根據在 45 分鐘，
每毫升存活的菌數和初始菌數的比值。
WT
Survival Rate (%)
0
Survival Rate (%)
0 後，取適當菌液稀釋塗盤後，計算菌數。(A)ΔkvhAΔyfdX 與ΔrcsBΔyfdX 雙 突變菌株在靜置培養下的抗酸能力; (B) pRK415:yfdX 為 yfdX 互補質體。
K. p CG43S3
Survival Rate (%)
0
Survival Rate (%)
0 培養下的抗酸能力; (B)ΔyfdXΔhdeB1 雙突變菌株在靜置培養下的抗酸能力
Incubation Time (hours)
2h 4h 6h
beta-galactosidase activity (Miller Units)
0 50 100 150 200
LB pH 6.0 pH 5.0
圖九：震盪培養下 圖九：震盪培養下 圖九：震盪培養下
圖九：震盪培養下 yfdX 啟動子的活性較低啟動子的活性較低啟動子的活性較低 啟動子的活性較低
細菌在 LB、pH 6.0 LB 或 pH 5.0 LB 震盪培養 2, 4 及 6 小時後，再分別 測定其啟動子活性，並在不同的時間點測量其吸光值(OD 600)。
Icubation Time (hours)
2h 4h 6h
beta-galactosidase activity (Miller Units)
0 100 200 300 400 500 600
LB pH 6.0 pH 5.0
圖十：靜置培養下 圖十：靜置培養下 圖十：靜置培養下
圖十：靜置培養下 yfdX 啟動子的活性受到弱酸的誘導啟動子的活性受到弱酸的誘導啟動子的活性受到弱酸的誘導 啟動子的活性受到弱酸的誘導
細菌在 LB、pH 6.0 LB 或 pH 5.0 LB 靜置培養 2, 4 及 6 小時後，再分別測定 其啟動子活性，並在不同的時間點測量其吸光值(OD 600)。
△LacZ
△△
△ LacZ RcsB
△
△△
△ △△△△ LacZ KvhA
△
△
△
△ △△△△ LacZ RpoS
△
△△
△ △△△△