對於當時國內的三大弊政漕運鹽務與河工，魏源也曾著文立說，提出改革意 見。早在道光五年（1825） 高堰決堤，運河復又梗塞時，海運替代漕運之說再興。
魏源曾代賀長齡上書兩江總督魏元煜，並著籌漕篇（上篇），兩年後又著籌漕下篇，
力主海運。在此三文中，他分析元代海運的失敗在於官主其事，勞費無度。今日 眾人畏懼海運者，每以為有風濤之險，海盜猖獗，所運米糧易霉濕。而阻撓其事 者，則是屯丁、上海稅儈、與天津倉胥，蓋使其無利可獲也。但海運簡便迅速，
有益於國計民生及海商，而況今日海運久已大開，平安暢旺，遼海東吳若咫尺，
朝洋暮島如內地。如行海運漕米，則當交由海商辦理。由滬赴津每海船可運米千 餘石，以上海北往海商船隻二千餘艘計算，一次可運二百餘萬石，二次即可運完 漕米四百萬石。他認定海運漕米之成敗，在上海天津兩地經辦其事者是否得人。
上海不得其人，則船數可使多變少，商情可使樂者畏，僱值可使省者昂。天津不 得其人，則米之乾燥者可潮濕，石之贏者可短缺，船隻回空者可延滯。83
大體而論，其所言甚有可行性。但如將之與包世臣意見相比較，可發現頗為 相似，唯具體深切不如包世臣之意見。蓋包世臣曾親身於上海考察，而魏源則否。
極有可能，魏源的看法仍然是採自包世臣的意見。蓋此時魏源已與包世臣相結交，
並曾為海運漕米事介紹包世臣予賀長齡。
道光六年（1826）底，魏源收集有關江蘇海運之檔案文獻等為蘇省編輯江蘇 海運全案，共十二卷。為興辦南漕海運必讀之重要參考資料。充分發揮其擔任幕 僚，以及長於編輯文獻之專長。亦可看出魏源之經世方法與包世臣的差異性。魏
83 魏源，〈籌漕篇上〉，及〈復魏制府詢海運書〉，《古微堂內外集》，〈外集〉，卷七；王家儉，
前引書，頁 26-29。
源喜歡尋源收集資料，由瞭解事情的來龍去脈入手。而包世臣則注重實地的考察 體認，兩人各有千秋。但也反映出魏源是秀才不出門能知天下事型的注重知的書 生，而包世臣則是一切注重行的實踐型人物。
關於鹽務的整頓，魏源由於人久在江蘇幕府，故其改革意見多是針對兩淮的 鹽務。道光十年（1830）清廷以兩淮鹽務弊端叢生，鹽課銳減，裁兩淮鹽政，改 由江督兼理，並擬改行票法。84道光十二年兩江總督陶澍命魏源參與鹽課改革事 務，而且包世臣亦在共同籌議其事之列。兩人的看法大原則相同，均認為兩淮鹽 務的改行票法可先由淮北試辦，成功後再推行於淮南。之所以應由淮北先行改革 的原因，魏源的看法是：淮鹽共有二十三鹽場，淮北僅有三場，規模小，產量少，
現年產不過三十萬引（兩淮年共產一六○萬引），所行銷的引岸區域亦小，推行較 易。如果失敗，影響亦不大。魏源追尋根源，以為淮鹽的根本問題在官鹽成本高。
造成淮南鹽成本高的原因是由於科則過重，私鹽有利可圖。淮北鹽務問題則在運 道艱困，途中起卸轉運過多。鹽包時而由大變小，時而又由小改大，自然增加其 成本。85他改革的著重點置於制度的簡化與改變，不似包世臣著眼在官商的勾結，
場、壩、所等管制機構的盤剝。兩人雖均主張改行票法，但立場卻各有不同。包 世臣的立場是立於人民方面，直接攻擊官府的腐敗，官員的不肖，而且主張減少 管制，儘其可能的開放，具有自由貿易的精神。而魏源則否，他甚少言及官員與 官府的不良問題。也許他久在大吏的幕府，不方便攻擊官家的缺陷，甚至或者更 有欲為官方諱的用心。由這一點也可以說明，為何魏源可以長期在大吏幕府中工 作，而包世臣則否。
對於淮南鹽務的改革，魏源著有淮南鹽法輕本敵私議一卷，認為影響淮南鹽 銷路滯退的最大原因，在鄰私的傾銷。而所謂鄰私主要是指鄰近的其他地區如浙 鹽川鹽等對淮鹽引岸的侵灌。此種非法的傾銷，雖亦是官鹽，因行銷於自己鹽區 之外，故仍然視之為私鹽。淮南鹽由於科則重，成本高，因而難敵鄰區鹽的侵灌。
他認為鹽之緝私僅有緝場私，而無緝鄰私之法。要想敵鄰私，只有降低淮鹽的 成本。故淮鹽減價之年，鄰私阻而不行。所以他主張再簡化手續，降低科則等
84 王家儉，前引書，53。
85 王煥錪，《陶文毅公年譜》，原書未見，轉據王家儉前引書，頁 54-56。
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另一值得注意的是：他無論對淮北鹽或淮南鹽的成本過高，均歸咎於乾隆後 期以降的錢日賤銀日貴的金融因素。87很顯然的，他對金融問題的瞭解不如包世 臣。似乎對物價與通貨膨脹問題知識缺乏。其實錢日賤銀日貴的現象是全國性的，
並非兩淮地區所獨有。倒是他因而主張鹽課用錢而不用銀的看法，與包世臣主張 中國在幣制上使用銅錢紙鈔而不廢銀，略有相通之處。
對於三大弊政中的河工問題，魏源似最不擅長，所提的改革意見也最少。在 鴉片戰後道光二十四、二十五年春，他兩次赴京參加考試時，曾渡過永定河，對 該河水患留有深刻印象。因而便中加以考察，並著畿輔河渠議。他認定永定河的 築堤束水是一項錯誤。如要徹底解決直隸水患，永定河應南決順其所向，以舊河 作為北岸，於新河築遙堤限制其水漫流。他的這項意見是根據當地人的看法，88 他並沒有像包世臣，對於治河下過精深的研究。
道光二十八年（1848）魏源丁憂服闋後，仍派於江蘇任官。最初曾負責監督 蘇北運河的挑濬工作，因而接觸蘇北的河工問題。由於時間甚短，而且僅是監督 濬深運河的淤淺之處，他並沒有提出甚麼看法。迨權興化縣，因大水，是否當及 早啟閘洩洪，淹沒農田，以保護水利設施，或晚洩洪以顧全農家收成，他因是親 民之官，主以農穫為重。所持的立場與河道總督不同，雙方發生爭執。魏源雖因 得江督陸建瀛的支持，而獲得勝利。89但亦深知蘇北河工問題的複雜性，有其兩 難之處。蓋當時晚啟閘洩洪，一度亦發生湖水暴漲，將要衝破大堤，魏源曾親自 冒生命危險，率眾下水護堤。正因為如此，江督陸建瀛日後乃派魏源查考蘇北下 河水利。他由興化赴南京，先逐一查考中段及下游情況。又經由六合繞道赴洪澤 湖西岸安徽境內的盱眙天長，查勘上游禹王河故道。並參閱歷年檔案文獻以及各 種圖說，最後撰成下河水利書。認為主張應在下河的上游將淮河分泄入長江，以 及主張應在下游築堤束水入海者，均是如同畫餅充飢，徒然勞費難成。90他所提
86 郭修寶，《寶慶府志》，卷 101，〈藝文志〉，轉據汪家儉前引書，頁 58-59。
87 王家儉前引書，頁 59。
88 魏源，《古微堂內外集》，〈外集〉，卷 6，頁 1-4。
89 王家儉前引書，頁 122。
90 同上書，頁 122-123。
出的辦法是解決當務之急，先增強運河西岸的土石堤壩來防範湖水的氾濫，免得 蘇北水患不斷的發生，造成民困。其著眼點仍在於先解決蘇北興化等州縣水患影 響農田收成的問題。就治河而言，實非長治久安之策。但或由於他曾在陸建瀛幕 府工作，深得陸氏的信任，或由於經費的困絀，陸建瀛竟然同意採行他的主張。
如將魏源上述治下河的辦法與包世臣的治河作一比較，將可發現，就治河的 理論言，他不及包世臣對水利問題瞭解之深。包世臣根據水力學的原理，服膺治 河應自下流始，相信下流既暢，上瀾自安之說。因此他贊同明代治河專家潘季訓 以水攻水的理論，築堤束水，增強河流沖刷力，引之入海。而魏源卻要上下游皆 不管，祇於運河西岸增強其堤防，防止湖水的沖灌，完全不合水力學的原理。甚 至在湖水的處理上，包世臣的意見也比魏源高明。包世臣主張修復洪澤湖至下河 的五條引河故道，是用疏導宣洩的方法來解決湖水的沖灌，與魏源的一意防堵，
是相當不同的。由此可以看出魏源雖然熟讀文獻，甚至也親往考察，畢竟未曾具 有良好的水力學基礎。
另一項值得一提的問題是：在漕鹽的改革意見上，魏源均曾採納過部分或全 部包世臣的意見，為何對河工問題他不加採納。極有可能，由於包世臣治河的意 見多發表於嘉慶年間及道光初年，他未能閱及。而他注意治河問題是在道光晚年，
此時包世臣不在蘇北，兩人可能沒有聯絡，似亦難於請教。