為強化宗教用地與附屬設施的合法化，除以上規範外，積極加強配套措施：
（一）加強寺廟依據寺廟登記規則(1936 年 1 月 4 日內政部訂定發布)規定辦 理合法登記或宗教團體依法成立的「宗教法人」組織或經宗教目的事 業主管機關同意其補辦登記。
（二）民政單位研擬宗教設施合法化獎勵措施，並加強宣導土地使用與相
關設施法令，並積極輔導宗教團體用地合法，直到合法化問題解決為 止。
（三）加速推動「地籍清理條例」草案：行政院院會通過「地籍清理條例」
草案，明定清查範圍包括日據時期以會社或組合名義登記者、土地權 利不詳及以寺廟或宗教團體名義登記者、辦理土地總登記時或離島地 區實施戰地政務終止前，地籍登記不完整或與現行法令規定不符等之 土地，以促進土地利用，健全地籍管理。
（四）內政部於 2003 年 7 月 31 日內授中民字第○九二○○八九四八九號 令修正發布的「宗教團體申請免受山坡地開發建築面積不得少於十公 頃限制案審查原則」為直轄市、縣（市）政府辦理審查宗教團體依非 都市土地使用管制規則第 52 條之 1 第 3 款規定，申請免受山坡地開發 建築面積不得少於十公頃限制。
（五）宗教團體以自然人或自然人名義以外名義登記之不動產辦理更名登 記為寺廟教堂（會）所有，內政部曾訂定與發布其應行注意事項為：14 宗教團體依內政部 1995 年 5 月 11 日台內地字第八四七四九○六號函 規定：「寺廟等宗教團體於土地登記規則修正發布施行前（1995 年 9 月 1 日以前）所取得之不動產，而以住持、信徒、管理委員等自然人 名義登記，但自始即供該團體所使用，並經證明其取得不動產之資金 確為該團體所支付，或以私人名義登記之不動產有公開之文件紀錄資 料可認定該私人為該團體之關係人，並係以該團體之基金或資金為該 團體所取得者，准以『更名登記』方式變更登記為該團體所有。」及 內政部 1996 年 4 月 26 日台內地字第八五七四六一九號函規定略以：
「關於宗教團體所有之不動產，而以自然人或自然人以外名義登記 者，如經審查確與內政部 1981 年 6 月 22 日台內地字第二七八三三號 函及 1995 年 5 月 11 日台八四內地字第八四七四九○六號函釋：有關 該不動產自始即供寺廟等宗教團體使用，並經證明其取得不動產之資 金確為該團體所支付之要件相符者，准予申辦更名登記。」辦理更名 登記。
（六）寺廟設施在國有土地上者，可依國有財產法第 42 條、第 43 條、第 49 條、第 54 條規定方式，取得土地使用權利；如係 1987 年 6 月 17 日以後佔用者，則必須符合該法第 51 條或第 60 條規定，方可取得土 地使用權。協助合法登記之宗教設施位於國有土地之出租或出售事宜。
（七）宗教用地之目的事業主管機關主要審查其興辦事業計畫，對於宗教 團體提供輔導及相關優惠措施，及該項計畫對宗教團體未來之發展情 形。
（八）宗教用地之目的事業主管機關對於興辦事業計畫之審查，主要依據 其所訂定之相關規定審查該事業計畫之項目、內容及經營管理計畫等。
14參閱 2004 年 2 月 4 日內政部內授中民字第○九三○七二一三三九號令。
（九）成立專責機關辦理宗教土地與建築程序有助於宗教設施之合法化。
（十）土地使用審議過程應提供民眾參與及宗教團體表達意見及申訴管道。
（十一）宗教用地位於都市地區之土地使用變更程序，因受限於都市計畫 法相關規定較缺乏彈性且程序較為冗長，包括：主要計畫、細部計畫 審議、舉辦公開展覽、徵求公民團體意見等，應有更透明、合理、效 率之機制。
（十二）非都市土地申請許可做為宗教用地，於目的事業主管機關審查宗教 團體土地規劃階段，應僅針對其興辦事業的需要性、與政府相關機關配合情形 及是否符合申請目的。
（十三）非都市土地申請許可做為宗教用地，宗教用地申請變更位於山坡地 者，經直轄市、縣（市）政府核發開發許可後，需擬具「水土保持計畫」
經水土保持機關審查通過後，於申請雜項執照時可免除重複審查該項「水 土保持計畫」內容。
（十四）非都市土地申請許可做為宗教用地，其宗教事業計畫限於宣揚各宗 教教義，修持戒律、興辦公益慈善及社會教化福利事業為宗旨者。
(十五) 非都市土地申請許可做為宗教用地，宗教團體申請土地規劃審查階 段，係釐清地權問題以取得土地使用相關文件，並取得目的事業主管機關 同意籌設。