佳里鎮開拓歷史悠久，遠從荷蘭人據台起就有歷史記載，是屬於臺灣西部早 期開發的地區。其歷史發展情形略述於下。
一、史前─荷治時期
佳里鎮原屬平埔族西拉雅族蕭壠社所在地，其涵蓋地相當廣大，自灣裡溪(古 曾文溪上游)到八掌溪西段，範圍涵蓋現今北門區六鄉鎮及新營區西部一帶，如加 以細分，又可分為蕭壠本社與蕭壠分社，本社的範圍包括北頭洋、番仔寮，及佳 里鎮市區，其餘的部落則為分社。
1624 年，荷蘭人據台第二年，除了以傳教士教育番人外，也以武力征討不歸 化的土番，1635 年，荷蘭人攻打蕭壠社，蕭壠社投降，荷蘭人以番語傳教，並在 蕭壠設學校，教導以羅馬字書寫番語，頗具成效，至乾隆中葉重修鳳山縣志「番 俗」篇中還有記載，當時番人尚有能書寫紅毛字者，而當時以羅馬拼音書寫的證 書，也有不少保留至今。
早期漢人即有移民至台，但並無合組織，稍後才有首領統率，組織百姓，如 顏思齊在天啟元年率其黨入居臺灣。至荷蘭人平服番社後，為開發產業，墾植土 地，遂以支付資金，或給予耕牛、分發種苗等方式，獎勵漢人移居臺灣。而崇禎 九年(1636)中國內亂，福建、廣東等地亦有許多居民選擇至台南附近避居，他們有 些在市街行商，或至市外開拓荒蕪之地，或從事耕作、製糖等事業，或深入番界 與土番交易，1644 年時，據稱在台漢人戶數已達三萬戶，人口則為十萬人左右，
而統治階層的荷蘭人則不超過數千，為了保持其統治權力，荷蘭人亦採高壓壓制 漢人，漢荷之間的仇恨遂越結越深。
二、明鄭時期
鄭成功於 1661 年攻入臺灣，令附近番社(目加溜灣、麻豆、新港、蕭壠四大社) 為之震驚，4 月 12 日鄭成功親自至四社巡視，考察各處平埔族原住民的生活，並 予以慰問。鄭成功治番，採用恩威並施的政策，並接納陳永華的倡議，在臺灣實 施屯墾，即所謂的寓兵於農法或諸鎮屯田法，讓漢人在台人口由十萬人增加到二 十萬，以往由冒險者形成的集合體，慢慢轉變為漢人社區，奠定臺灣日後人口成 長的基礎。佳里鎮最早率民於此屯墾的市鎮兵林可棟，定居於今金唐殿一帶，被 認為是蕭壠的漢人開基祖。佳里鎮移民的開臺祖，大多來自漳州的龍溪、海澄、
詔安等縣，以及泉州的晉江、安溪、同安等縣。
鄭成功收克臺灣後，改臺灣為東都，在赤崁置承天府，下設天興、萬年兩縣，
其中天興縣治即設於今佳里興。永曆 18 年(1664)鄭經改東都為東寧，升天興、萬 年二縣為二州，其中天興州轄永寧、新化、永定、開化等九里，天興縣制仍設於 佳里興，屬於當時的開化里，蕭壠社則屬於當時的永定里，兩地中間以漚汪溪為 界。
三、清朝時期 (一)康熙、雍正年間
康熙 22 年(1683)清軍攻克臺灣，翌年改承天府為臺灣府，隸屬福建省，下轄 臺灣、鳳山、諸羅三縣。諸羅縣設縣治於諸羅山後，因民少番多，且距郡遙遠，
縣署、北路參將營皆設在佳里興，離諸羅縣治有八十里遠。康熙 43 年(1704)，縣 衙營署移歸諸羅山，乃改制巡檢司、分防千總。康熙 50 年(1711)調分防千總移駐 淡水，雍正 9 年(1731)，巡檢司亦移往鹽水港，從此佳里興淡出政治舞台，成為一 般市集村庄。
諸羅縣轄有里四、保九、庄九、社九十五，其中佳里興保屬於當時的開化里，
蕭壠社則屬安定里，康熙末年，安定里分為安定里東保和安定里西保，蕭壠社則 屬於安定里西保。雍正年間，再將安定里分為安定東保、蕭壠保、安定西保，其 中的蕭壠保則為今之佳里。
(二)乾隆年間
乾隆時大致沿用雍正時期的制度，直到乾隆 51 年(1786)林爽文事件發生，因 諸羅縣城中義民保防有功，遂於乾隆 52 年(1787)將諸羅縣更名為「嘉義縣」，安定 里西保蕭壠庄義民亦因協助戡亂有功，獲頒「旌義匾」，並將蕭壠保改為旌義里，
佳里興保仍屬開化里。
(三)光緒年間
光緒 11 年(1885)任命劉銘傳為臺灣巡撫，正式將臺灣改制為一行省，光緒 13
年(1887)，台灣由福建省分立出來單獨設省，分設臺北、臺灣、臺南三府，而臺南 府即原來的臺灣府，轄有嘉義、安平、鳳山、恆春四縣及澎湖廳，佳里興保和蕭 壠保即屬於嘉義縣。
清廷治臺初期，並不鼓勵唐山人民來台，康熙 50 年(1711)更頒佈詔令，管制 來臺，故到康熙 57 年(1718)，臺灣漢人人口約在二十六萬人左右，新移民與鄭氏 遺民各佔一半。乾隆 25 年(1760)，福建巡撫吳士功奏請限制移民來台為不利拓殖 之法，但至林爽文事件爆發後，始解除限制來臺禁令。同治 13 年(1874)清廷決議 進行臺灣全境開發。由乾隆 51 年到道光 22 年的五十六年中，清廷調整了行政體制，
以配合移民湧入，人口大量增加的情形。此時期，臺灣的發展速度遠遠超過內地 省份，據估計，到嘉慶 16 年(1811)台灣人口已增加到兩百五十萬。
清朝平臺後，因嚴禁漢人移居臺灣，當時佳里興以北悉為平埔族之部落，幾 乎看不到漢人的蹤跡。康熙五十年前後，渡海之禁、侵佔番地之禁俱成虛文，漢 人移民接踵而至，有些甚至潛入平埔族地，日事侵削，以致後來平埔族人被迫遷 移他方，如蕭壠社族人遷移至吉貝耍、大內鄉，部分遷移至七股鄉，沒有遷移的 平埔族人，則因長期與漢人雜居，遂漢化並開始集居生活。
四、日據時期
日本據臺后，治臺方針變換不定，常更改制度，較大的改變如下：
(一)1896 年設立臺北、臺中、臺南三縣及澎湖廳，台南縣下面則設置嘉義、鳳 山、恆春、臺東四支廳，佳里鎮則歸臺南縣嘉義警察署麻豆分署管轄。
(二)1897 年將臺灣劃分為六縣三廳，並在縣廳下設辦務署。佳里鎮隸屬嘉義 縣，並置有蕭壠警察署。1898 年蕭壠警察署廢止，改為蕭壠分署，歸屬於麻豆警 察署管轄。同年又將行政區改為三縣三廳，佳里鎮屬臺南縣，歸麻豆辦務署管轄。
(三)1901 年總督府為強化民政部對地方行政機構指揮權，決定將地方行政區劃 分為小管轄區制，遂將全臺改為二十廳，在廳下設支廳，現今之佳里鎮分別屬於 鹽水港廳內佳里興堡之溪州庄、佳里興庄、子良廟庄、新宅庄，以及蕭壠堡之蕭
壠庄、下營庄、番仔寮庄，和西港仔堡之塭仔內庄。1909 年將全島二十廳改為十 二廳，佳里鎮則屬於臺南廳中的蕭壠堡、佳里興堡、西港仔堡的一部分。
(四)1920 年全臺改制為五州三廳，州下設郡，郡下分設街庄，改庄為大字，將 北門嶼支廳併蕭壠支廳改為北門郡，佳里鎮即屬於臺南州北門郡佳里庄，共轄八 個大字，此為命名佳里之始。1933 年又升格為臺南州北門郡佳里街。
五、光復以後
民國三十五年一月二十五日國民政府頒布「臺灣省鄉鎮組織規程」實施地方 自治，改州為縣，改郡為區，改街庄為鄉鎮，佳里街遂改稱為臺南縣佳里鎮。民 國九十九年十二月二十五日臺南縣市合併，改稱「臺南市佳里區」，但本研究中仍 暫以佳里鎮稱之。16