在過去25年要辨識並找到一個基因在染色體中的位置，最普遍的方法是依靠 連鎖分析定位（linkage mapping）。連鎖分析主要是觀察染色體上的標記與表現 型（phenotype）之間傳遞（transmission）與同分離(cosegregation)等現象，而推
斷導致此表現型的對偶基因位在標記附近。1980年代由於分子生物技術的限制，
當時只依靠RFLP技術建立了第一套人類基因體的連鎖輿圖（linkage map）[49]。
隨著聚合酶連鎖反應（PCR）的發明，微衛星標記大量被發現利用，微衛星標記 是以2至4個核苷酸長度為單位的重複序列，特性是一個標記有多種基因型（重複 次數不同）而具有「高度多型性」，且在基因體中分布的密度較RFLP標記為高，
大約是3~10 Kb出現一個[50]。因此微衛星標記更加適用於連鎖分析，針對不同
實驗組與對照組（例如不同人種、族群或是某一疾病的有無）進行分析時具有很 高的靈敏度[51]，使得微衛星標記應用盛極一時，許多單一基因病變都是利用微
衛星標記成功定位。然而許多疾病例如糖尿病、心血管疾病、自體免疫疾病以及 大多數的癌症並非由單一基因造成， 而是屬於多基因遺傳疾病（polygenic disease），每個牽涉其中的基因可能只造成一小部分的影響。除非先收集數百甚 至上千的譜系資料，否則靠連鎖分析並不容易偵測到這些基因 [52]。為了解決 此一難題，另一套多樣性標記－SNP開始大量應用。SNP標記的特性是分布密度 更高，約1000個鹼基出現一次、在基因組中分布均勻，以及非常穩定不易再發生 變異，足以建構出一套解析度更高的圖譜，藉由連鎖不平衡定位法（linkage disequilibrium mapping，LD mapping）更精確將基因定位[53]。
第二節 研究目的
雖然醫學技術日新月異，但是目前對於癌症這一類的疾病仍然無法完全控制
與治癒，尤其有些癌症不容易早期發現，亦無有效之治療方法，導致患者存活率 並不高。因此，在更具效果的癌症治療方式尚未被發現之前，如何早期發現癌症，
並且提高患者生存率，顯然是現代醫學一大重要課題。
隨著分子生物醫學的進步，目前已發現許多癌症和基因變異有關，若能及早
偵測出可能與癌症發生相關的基因變異，就能有機會使人們了解自身的罹癌風 險，進而早期發現早期治療。雖然目前已發現許多與口腔癌相關之高外顯率基因 (high penetrance gene)，但僅能解釋部分的口腔癌發生，仍有多數口腔癌之發生 無法以已知的基因變異解釋，顯示可能還有其他許多基因與口腔癌的發生有關 [54, 55]。
相對於高外顯率基因，低外顯率基因上的基因多型性雖然對於癌症危險性增
加之影響不大，但是在人群中非常常見，對於口腔癌之發生仍可能造成很大的影 響，可能更適合用來解釋一般人群中口腔癌之發生。先前也有許多研究顯示口腔 癌的發生可能是許多低外顯性基因共同作用之結果，因此，低危險性卻常見的基 因變異與高危險性卻少見的基因變異對於口腔癌的發生可能具有相同的重要性 [54, 56]。在本研究中，我們選擇DNA修補系統中的非同源性末端黏合路徑其中
的Ku80基因之基因多型性進行病例-對照研究 (case-control study)，我們挑選基因
變異頻率較高，可作為該基因重要性指標之基因多型性進行研究。希望可以藉由 探討基因多型性與口腔癌之間的相關性，期望將來能夠應用於臨床上作為預測口 腔癌發生之風險的生物指標，以達到早期篩檢的目的。