誠如前所述，隨著1998年Signature v. State Street 案，使得電腦軟體具可專利性明確化後，緊接著十年 Software」一書46中作者Ben Klemens對於當今電腦軟體 專利的發展提出了四點疑慮，分述於下，同時對於各 軟體陣營的W3C或是EFF、PUBPAT(Public Patent Fundation) 等等，而支持軟體專利者則多為大型企業，如微軟或是歐 and Software.”, Washington, D.C.: Brookings Institution Press, 2006
(一)軟體本質上的疑慮：
從Church-Turing thesis47的觀點來看，電腦演 算法(Computer Algorithm)與數學方法是完全等 同(equivalent)的關係，因此認為若開放專利保護 範疇及於電腦軟體，就等同於開放專利保護數 學演算法本身(Mathematical Algorithm pre se)，而 這將違反各國對於專利保護範疇不得及於數學
47 Church-Turing thesis是電腦科學領域(computer science)發 展最 重要 的基 本假 設：「 任 何電 腦可 計算 的， 均能 夠在 Turing machine上被計算，反之亦然。」也就是說，任何計 算裝置能夠完成的都能夠在Turing machine完成，兩者具有 均等關係。即便至今ICT技術日新月異，依然建立在此基
智慧財產季刊 第六十八期 59 (二)因軟體開發特性所造成的疑慮：
現在具實用性的軟體均相當的複雜與龐 大，並非由單獨一人所能完成，所以其開發過 程 係 屬 於 累 積 性 (cumulative) 與 協 作 性 (collaborative)的創作，例如自由軟體的產生，或 者大型軟體產品的開發(如微軟的視窗系列)，均 屬於集體創作的方式進行，因此對於其中所產 生的創新技術應如何釐清誰是發明人則變得非 常困難52。
這樣的疑慮基本上比較容易發生在自由軟 體的開發過程上，由於自由軟體的基本訴求 為：「(1) 任意使用軟體的自由；(2) 研究軟體 如何運作方式的自由、並可修改使其符合自身 需求的自由；(3) 有再散佈該軟體的自由；(4) 有 改善再利用該軟體的自由，並且可以發表改寫 版供公眾使用的自由。」因此在眾多不特定程 式設計師的集體創作下，確實很難釐清屬誰的 發明，尤其是在採先發明主義的美國，更會造 成自由軟體申請專利保護的困難性。再加上大 型企業所掌握的軟體專利環伺，更加形成極度 不 公 平 的 形 勢 。 雖 有 許 多 如 IBM 、 Sun Microsystems…等大企業均釋出善意，表示不會 對其主張專利權，以扶植其蓬勃發展。然而，
這畢竟不是從專利制度上得到根本的解決，這 也就為什麼造成許多自由軟體團體(如W3C、
FFII等)大力反對開放電腦軟體專利的根本原 因。
不過從另一方面思考，專利權的實施在於 專有排除他人未經其同意而製造、販賣、使用、
進口等權利，但並不及於研究與開發。有學者 曾經進行質性研究及田野調查發現創投業者與 軟體開發者並沒有因軟體專利的排他性而停止 開發創新的軟體，他們只是將這樣的因素予以 忽略而已53。
再者，自由軟體的精神乃在於前述四項自 由，但這也並不表示其為免費授權軟體。因此，
52 同前註41。
53 Ronald J. Mann, “Do Patents Facilitate Financing in the Software Industry?”, Texas Law Review, Volume 83, Number 4, March 2005.
對於開發者或是使用者而言，軟體專利是否會 因自由軟體與否而造成差別影響，目前仍混沌 未明，尚須進一步實證，才能形成政策上的參 考。
另外，也由於軟體開發具有集體創作的特 殊性，使得軟體專利的侵權型態將有別於其他 技術領域的模式：(1)因軟體的無所不在，例如 嵌入式軟體(embedded software)，且應用領域廣 泛，以致往往侵權者牽連甚廣，甚至包括非軟 體產業，例如製造業、服務業等等。(2)在In re Alappat一案，認為當軟體載入至非特定用途的 電腦(general purpose computer)，則整體觀之，此 含有軟體之電腦將構成侵權物。也就是說，該 電腦將視為直接侵權而非間接侵權。(3)有許多 軟體開發的過程中，經常會採用現成的軟體模 組，再加以修改成所需的軟體系統，以致經常 已分不清楚哪些是上游開發者還是下游使用者 所撰寫的，更無法釐清哪些是屬誰開發，此更 使得侵權將是不自覺的情形下發生54。
(三)專利專責機關審查能力不足的疑慮：
這似乎一直是近十年來各國(不只是美國) 熱門的話題，誠如前所述，電腦軟體專利開放 尺度的寬窄，不是單純的法律問題，而是政策 的問題，是在專利權人與社會公眾的利益之間 取得平衡的問題。因此，無論朝哪邊偏移都會 引發另一方的反彈。例如美國向來是軟體技術 的強勢國，以致於美國對於軟體專利的開放尺 度一直是朝向寬廣的方向發展，這就引起專利 改革陣營認為：並不是電腦軟體不應該採用專 利方式予以保護，而是目前有許多專利發明不 應該准予專利55。Lotus的開發者也是Open Source Application Foundation的主席於2005年表示：經過 審視我們可以發現如果USPTO依照我們的規則 來審查的話，已經有上萬件軟體專利的核准是 不恰當的。
54同前註33。
55 Rapoza, Jim., “The software patent fix”, eWEEK, P63, 2006/12/11
智慧財產季刊 第六十八期 60 (四)軟體採取專利保護必要性的疑慮：
Ben Klemens認為電腦軟體採用著作權手段 進行保護便已足夠，尤其是對於這些演算法本 局，頁179-189，2007年8月
59 Oz, E., “Acceptable protection of software intellectual property: a survey of software developer and lawyers.”, Information & Management, vol 34, P161-173, 1998
以換取他對社會公眾的技術公開揭露，從而使 NBER Working Paper No. 9431, p 17.
62 對 於 IT 相 關 技 術 ( 以 Intelligent transportation systems 為 例)，USPTO的審查期為2.27年(SD 0.92)；EPO為4.67年(SD 1.65)；JPO為1.91年(SD 0.42)。參見Yen-Chun Jim Wu, Pi-Ju Lee, “The use of patent analysis in assessing ITS innovations:
US, Europe and Japan”, Technovation , Volume 41, Issue 6, July 2007, Pages 568-586
智慧財產季刊 第六十八期 61 護，也就是說，當軟體專利核准獲得的時候，
在專利還沒來得及創造其價值時，該項技術便 已經被淘汰了，故進而主張開放軟體專利之意 義不大。
然而，Ben Klemens的研究卻提出相反的看 法63，但卻能夠解釋電腦軟體專利在這十年來經 常為人所詬病的兩項特點：(1)缺乏非顯而易知 性(2)許多技術層次不高但權利範圍或殺傷力極 大的軟體專利充斥於世。
Ben Klemens認為：雖然軟體技術的生命週 期甚短，然而這些舊的技術在整個軟體領域發 他Science-base 產業產業，例如生技產業)則更為明 顯，因為產品(或稱物品)通常會比方法步驟有較高採 證據顯示軟體專利有負面的影響，Lerner and Zhu更是 樂觀的認為「…幾乎沒有證據可以找到為有害影響
64 Archibugi, D., Pianta, M., “Measuring technological change through patents and innovation surveys.”, Technovation, Volume 16, Pages 451–468., 1996.
65 Norhene Chabchoub, Jorge Niosi, “Explaining the propensity to patent computer software”, Technovation, Volume 25, Issue 9, Pages 971-978, September 2005
66 Pavitt, K., “R&D, patenting and innovative activities.”, Research Policy, Volume 11, P33–51., 1982.
67 同前蛀23。
68 同前蛀65。
69 David, P., “Will building good fences really make good neighbours in science?”, Stanford. Stanford Institute for Economic Policy Research, SIEPR Discussion Paper, 00–33., 2001.
70 同前註33。
71 Josh Lerner and Feng Zhu, “What is the Impact of Software Patent Shifts?:Evidence from Lotus v. Borland”, NBER Working Papers #11168, March 2005.