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四、ACTN3、ACE 與 PPARD 基因多形性分析

本研究以口腔黏膜細胞來進行分析,在口腔內壁取下一些黏膜細胞,

做為檢測之用,為非侵入式,一般受試者比較能接受。收集後先進行 DNA 萃取,ACTN3、ACE 與 PPARD 基因型的分析是採 PCR-RFLP 與電泳的方 法來判斷。

(一)DNA 萃取

本研究使用傳統 Phenol/chloroform/isoamylalcohol 方法進行 DNA 萃取

(邱麗玲、謝玲玲、顏克典、謝伸裕,2007):

1. 將自口腔黏膜取下的細胞,加入 20 μl 的 K 蛋白酶(Proteinase K)完全 水解。

2. 之後加入各500 μl 的 Phenol/chloroform/isoamylalcohol 混合溶液將 DNA 萃取出來。

3. 加入 1000 μl 的 99.5%酒精沉澱 DNA,放入-20°C中冰箱 12 小時,離心 後移除 99.5 %的酒精,再加入 1000 μl 的 75 %酒精放入。

4. 之後將 75 %酒精移除,DNA 離心烘乾後加入適量的 TE buffer 約 15 μl,

放置於-4°C的冰箱中保存。

(二)ACTN3 基因多形性分析

取出處理完保存於 -4°C的檢體,採用Mill 等(2001)所使用

PCR-RFLP 的方式,正向引子(forward primer)序列為 5’-CTG TTG CCT GTG GTA ACT GGG-3’,和反向引子(reverse primer)5’-TGG TCA CAG TAT GCA GGA GGG-3’ (附錄二)。

1. 取出 DNA 0.1 μl、10 X buffer 2.5 μl、Taq 0.2 μl、dNTP 2 μl、primer-a

(50 ng)0.025 μl、primer-b(50 ng)0.025 μl、dH2O 20.15 μl,總體積

為 25 μl,來進行 PCR 反應。

2. PCR 的反應步驟為 95°C的 1 分鐘變性、60°C的 30 秒黏合,及 72°C

的 40 秒展延,重複 35 個循環。

3. 將 PCR 所得的產物加入 Dde I 限制酶放入 60°C的水浴槽內,反應 16 小時。

4. 以 8 % 聚丙烯醯胺膠進行電泳分析,並使用溴化乙錠染色後,使用 UV 照相,分析其 ACTN3 基因型。577 RR 型的基因呈現 205 及 85 bp 二個片段,577 RX 的基因呈現 205、108、97 及 85 bp 四個片段,而

RR 型 XX 型 RX 型

577 XX 的基因呈現 108、97 及 85 bp 三片段(圖 3-3)。

  圖3-3 ACTN3 基因型

(三)ACE 基因多形性分析

取出處理完保存於 -4°C的檢體,採用 Alvarez 等(1998)所使用的 方式,正向引子序列為5’-CTG GAG ACC ACT CCC ATC CTT TCT-3’,反 向引子 5’-GAT GTG GCC ATC ACA TTC GTC AGAT -3’(附錄二)。

1. 取出 DNA 0.1 μl、10 X buffer 2.5 μl、Taq 0.2 μl、dNTP 2 μl、primer-a 0.05 μl、primer-b 0.05 μl、dH2O 20.1 μl,總體積約為 25 μl,來進行 PCR 反應。

2. PCR 的反應步驟為 95°C的 1 分鐘變性、58°C的 30 秒黏合,及 72°C

的40 秒展延,重複 30 個循環。

3. 以 6 % 聚丙烯醯胺膠進行電泳分析,並使用溴化乙錠染色後,使用 UV 照相,分析其 ACE 基因型。ACE II 的基因型呈現 490 bp 一個片段,

ACE ID 的基因型呈現 490 bp 及 190 bp 二個片段,而 ACE DD 的基因型 呈現190 bp 一個片段(圖 3-4)。

圖3-4 ACE 基因型

(四)PPARD 基因多形性分析

取出處理完保存於 -4°C的檢體,採用 Ahmetov, Astratenkova, and Rogozkin (2007) 所使用 PCR-RFLP 的方式,正向引子序列為 5’-CAT GGT ATA GCA CTG CAG GAA-3’,和反向引子 5’-CTT CCT CCT GTG GCT GCTC -3’(附錄三)。

1. 取出 DNA 0.1 μl、Bioman buffer 2.5 μl、Taq 0.2 μl、dNTP 2 μl、primer-a 0.01 μl、primer-b 0.01 μl、dH2O 20.18 μl,總體積為 25 μl,來進行 PCR 反應。

2. PCR 的反應步驟為 95°C的 1 分鐘變性、60°C的 30 秒黏合,及 72°C

的 40 秒展延,重複 35 個循環。

3. 將 PCR 所得的產物加入 Bsc4I 限制酶放入 55°C的水浴槽內,反應 16 小時。

4. 以 3 % 洋菜凝膠進行電泳分析,並使用溴化乙錠染色後,使用 UV 照

相,分析其 PPARD 基因型。PPARD TT 型的基因呈現 269 bp 一個片段,

PPARD TC 的基因呈現 269 bp、167 bp、102 bp 三個片段,而 PPARD CC DD 型 ID 型 II 型

的基因呈現 167 bp 及 102 bp 二片段(圖 3-5)。

圖 3-5 PPARD 基因型

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