(一)七股鹽田濕地 1. 西南航道(Q1)
第一季西南航道共調查到魚類 3 科 3 種，分別為鰕虎科 1 種、雀鯛科 (Pomacentridae)1 種 與鯛 科 (Sparidae)1 種 ， 數量 以雀 鯛科 的 六 線豆 娘魚 (Abudefduf sexfasciatus)最多。底棲生物有 10 科 18 種，分別為長臂蝦科 (Palaemonidae)1 種、對蝦科(Penaeida)2 種、方蟹科 2 種、海蟑螂科 1 種、藤 壺科(Balanidae)1 種、蜑螺科(Neritidae)3 種、鐘螺科(Trochidae)1 種、骨螺科 (Muricidae)1 種、玉黍螺科 5 種與牡蠣科(Ostreidae)1 種，數量則以玉黍螺科 的居間玉黍螺最多，其次為顆粒玉黍螺(Echinolittorina trochoides)。第二季 僅調查到魚類 1 科 1 種，為鰕虎科的彈塗魚。底棲生物有 13 科 22 種，分別 為長臂蝦科 3 種、方蟹科 3 種、沙蟹科 1 種、梭子蟹科 1 種、酋婦蟹科 (Eriphiidae)1 種、海蟑螂科 1 種、蜑螺科 4 種、鐘螺科 1 種、蓮花青螺科 (Lottiidae)2 種、芝麻螺科(Planaxidae)1 種、玉黍螺科 2 種、骨螺科 1 種與牡 蠣科 1 種，數量則以玉黍螺科的居間玉黍螺與顆粒玉黍螺最多，其次為蓮花 青螺科的射線青螺(Patelloida striata)。
2. 大寮排水(Q2)
第一季共調查到魚類 3 科 3 種，分別為塘鱧科(Eleotridae)、鰕虎科 1 種 與鯻科(Terapontidae)1 種，數量以鯻科的花身鯻(Terapon jarbua)與鰕虎科的 彈塗魚較多。底棲生物有 7 科 9 種，分別為長臂蝦科 2 種、對蝦科 1 種、梭 子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種、骨螺科 1 種、玉黍螺科 2 種與牡蠣科 1 種，數量 則以長臂蝦科的鋸齒長臂蝦(Palaemon serrifer)最多，其次為潔白長臂蝦(P.
concinnus)。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為鰕虎科 1 種與鯻科 1 種。
底棲生物有 9 科 13 種，分別為為長臂蝦科 4 種、對蝦科 1 種、方蟹科 2 種、
沙蟹科 1 種、梭子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種、牡蠣科 1 種、沙蠶科(Nereididae)1
種與小頭蟲科(Capitellidae)1 種。數量則以僧帽牡蠣(Saccostrea cucullata)最 多，其次為小頭蟲科。
3. 六成排水(Q3)
下山溪兩側均為水泥堤岸，並且有船隻通行且位於臺 61 線施工處。第一 季共調查到魚類 4 科 4 種，分別為鰕虎科 1 種、石鱸科(
Haemulidae)
1 種、鯛 科 1 種與鯻科 1 種，但是各種魚類的數量皆不多。底棲生物有 5 科 8 種，分別為長臂蝦科 3 種、對蝦科 1 種、梭子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種與玉黍螺 科 2 種，數量則以長臂蝦科的東方白蝦(Exopalaemon orientis)最多。第二季 則未調查到魚類。底棲生物有 5 科 9 種，分別為長臂蝦科 3 種、對蝦科 1 種、梭子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、玉黍螺科 1 種與牡蠣科 1 種。數量則以紋藤壺(Amphibalanus amphitrite)最多。
4. 七股溪(Q4)
第一季共調查到魚類 3 科 4 種，分別為鰕虎科 2 種、鯻科 1 種與四齒魨 科(Tetraodontidae)1 種，數量以鯻科的花身鯻最多。底棲生物有 6 科 12 種，
分別為長臂蝦科 3 種、方蟹科 1 種、梭子蟹科 1 種、海蟑螂科 1 種
、
玉黍螺 科 4 種與蜑螺科 2 種，數量則以玉黍螺科的居間玉黍螺最多。第二季共調 查到魚類 6 科 6 種，分別為海鰱科(Elopidae)1 種、塘鱧科 1 種、鑽嘴魚科 (Gerreidae)、鰕虎科 1 種、鰏科(Leiognathidae)
1 種與鯻科 1 種。底棲生物有 10 科 15 種，分別為對蝦科 1 種、方蟹科 1 種、梭子蟹 2 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1、殼菜蛤科(Mytilidae)1 種、似殼菜蛤科(Dreissenidae)1 種、蜑螺科 2 種、玉黍螺科 4 種與牡蠣科 1 種。數量則以紋藤壺最多，其次為僧帽牡 蠣。
5. 六孔碼頭(Q5)
第一季共調查到魚類 5 科 6 種，分別為鯔科 1 種、鰕虎科 1 種、鯛科 1 種、鯻科 2 種與四齒魨科 1 種，數量以四齒魨科的凹鼻魨(Chelonodon patoca) 較多。底棲生物有 7 科 11 種，分別為長臂蝦科 2 種、方蟹科 2 種、海蟑螂 科 1 種
、
藤壺科 1 種、
玉黍螺科 2 種、鐘螺科 1 種與蜑螺科 2 種，數量以玉 黍螺科的居間玉黍螺最多，其次為藤壺科的紋藤壺(Amphibalanus amphitrite)。第二季共調查到魚類 3 科 3 種，分別為鯔科 1 種、塘鱧科 1 種與鰕虎科 1 種。底棲生物有 6 科 7 種，分別為長臂蝦科 1 種、對蝦科 1 種、方蟹科 2 種、蜑螺科 1 種、鐘螺科 1 種與玉黍螺科 1 種。數量則以居間玉黍螺最多，
其次為高腰蜑螺。
6. 大潮溝(南灣碼頭、Q6)
南灣碼頭潮溝旁堆砌卵石與陸上植被相接，第一季共調查到魚類 2 科 3 種，分別為鰕虎科 2 種與雀鯛科(Pomacentridae)1 種，數量以雀鯛科的條紋 豆娘魚(Abudefduf vaigiensis)較多。底棲生物有 11 科 20 種，分別為長臂蝦科 1 種、對蝦科 1 種、方蟹科 2 種、海蟑螂科 1 種
、
蓮花青螺科(Lottiidae)1 種、
玉黍螺科 3 種、
耳螺科
(Ellobiidae
)2 種、鐘螺科 1 種、蜑螺科 4 種、芝麻螺科 (Planaxidae)1 種與骨螺科 3 種，數量則以玉黍螺科的居間玉黍螺最多，其次 為顆粒玉黍螺。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為雀鯛科 1 種與塘鱧科 1 種。底棲生物有 9 科 12 種，分別為長臂蝦科 1 種、對蝦科 1 種、方蟹科 1 種、梭子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種、耳螺科 1 種、蜑螺科 1 種、鐘螺科 1 種與 玉黍螺科 4 種。數量則以海蟑螂科最多，其次為顆粒玉黍螺。綜合七股鹽田濕地兩季調查結果，多樣性指數介於 0.41~2.48 之間；均勻 度度指數 0.11~0.86 之間；科級生物指標(FBI) 介於 0.20(極優良水質)~7.86(非 常嚴重污染水質)之間；生物指數(BI) 介於 7(中度污染)~24(未受污染)之間；
底棲生物整合指標(B-IBI) 介於 2.33(Marginal 已達需復育標準)~4.33(Meets
restoration goals 生態完整無需復育)之間。整體而言，七股鹽田濕地為三處樣 區完整度較好的樣區，但是大寮排水(Q2)與六成排水(Q3)兩側皆已成為水泥 堤岸因此種類數、多樣性指數與生物指數有略低於其他測站的現象，水質與 棲地狀態也較其他測站略差。
(二)曾文溪口濕地與曾文溪河口段 1. 七股海堤一號水門(C1)
七股海堤一號水門旁為草生地環境，第一季共調查到魚類 2 科 2 種，分 別為鑽嘴魚科 1 種與鰕虎科 1 種，數量以鰕虎科的彈塗魚較多。底棲生物有 8 科 10 種，分別為長臂蝦科 1 種、梭子蟹科 1 種、方蟹科 1 種、沙蟹科 1 種、藤壺科 1 種、海蟑螂科 1 種
、
玉黍螺科 3 種與牡蠣科 1 種，數量則以玉 黍螺科的顆粒玉黍螺最多。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為雀鯛科 1 種與塘鱧科 1 種。底棲生物有 13 科 19 種，分別為角沙蠶科(Goniadidae)1 種、方蟹科 1 種、沙蟹科 2 種、梭子蟹 1 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、蜑螺 科 1 種、蓮花青螺科 1 種、笠螺科(Patellidae)1 種、玉黍螺科 6 種、骨螺科 1 種、織紋螺科(Nassariidae)1 種與牡蠣科 1 種。數量則以居間玉黍螺最多，其 次為波紋玉黍螺(Littoraria undulata)。
2. 曾文溪七股堤防 1 號水門(C2)
曾文溪七股堤防 1 號水門旁為典型的海濱灘地環境，第一季共調查到魚 類 2 科 3 種，分別為鰕虎科 2 種與鯔科(Mugilidae)1 種，數量以鰕虎科的彈 塗魚較多。底棲生物有 6 科 11 種，分別為長臂蝦科 3 種、對蝦科 1 種、梭 子蟹科 2 種、方蟹科 2 種、沙蟹科 2 種與牡蠣科 1 種，數量則以牡蠣科的黑 齒牡蠣(黑齒牡蠣)最多，其次為長臂蝦科的潔白長臂蝦(P. concinnus)。第二 季共調查到魚類 4 科 4 種，分別為鰻鯰科(Plotosidae)1 種、鰕虎科 1 種、鯛
科(Sparidae)1 種與鯻科 1 種。底棲生物有 13 科 10 種，分別為沙蠶科 1 種、
小頭蟲科 1 種、長臂蝦科 2 種、沙蟹科 2 種、梭子蟹 1 種、藤壺科 1 種、玉 黍螺科 1 種與牡蠣科 1 種。數量則以紋藤壺最多，其次為僧帽牡蠣。
3. 保護區內的北潮溝匯入保護區處(C3)
本樣點第一季共調查到魚類 3 科 3 種，分別為鯔科 1 種、鰕虎科 1 種與 鯻科 1 種，數量以鰕虎科的彈塗魚較多。底棲生物有 7 科 8 種，分別為長 臂蝦科 1 種、對蝦科 1 種、梭子蟹科 2 種、方蟹科 1 種、沙蟹科 1 種、海 蟑螂科 1 種與跳蝦科(Talitridae)1 種，數量則以方蟹科的雙齒近相手蟹最多，
其次為長臂蝦科的潔白長臂蝦。第二季共調查到魚類 3 科 3 種，分別為鰕 虎科 1 種、笛鯛科(Lutjanidae)1 種與鯻科 1 種，數量以鰕虎科的彈塗魚較 多。底棲生物有 7 科 10 種，分別為沙蠶科 1 種、小頭蟲科 1 種、長臂蝦科 2 種、方蟹科 2 種、沙蟹科 2 種、梭子蟹科 1 種與海蟑螂科 1 種。數量則以 方蟹科的斑點擬相手蟹(Parasesarma pictum)最多，其次為的雙齒近相手蟹。
4. 曾文溪國姓橋下游(C4)
本樣點位於國姓橋下游，第一季共調查到魚類 6 科 6 種，為海鯰科 (Ariidae)、鰺科(Carangidae)1 種、鰕虎科 1 種、塘鱧科(Eleotridae)、鰏科 (Leiognathidae)1 種與鯛科 1 種，數量以鰕虎科的彈塗魚較多。底棲生物有 10 科 11 種，分別為海蟑螂科 1 種、梭子蟹科 2 種、長臂蝦科 1 種、方蟹科 1 種、沙蟹科 1 種、跳蝦科 1 種、小頭蟲科(Capitellidae)1 種、沙蠶科 (Nereididae)1 種、斧蛤科(Donacidae)1 種與簾蛤科(Veneridae)1 種，數量則 以長臂蝦科的東方白蝦(Exopalaemon orientis)與沙蟹科的弧邊招潮蟹最多，
其次為方蟹科的雙齒近相手蟹。第二季共調查到魚類 4 科 5 種，為鰻鯰科 (Plotosidae)1 種、鑽嘴魚科 1 種、鰕虎科 1 種與鰏科 2 種，數量以鰏科的黑 邊布氏鰏(Eubleekeria splendens)較多。底棲生物有 3 科 7 種，分別為長臂蝦
科 2 種、方蟹科 2 種與沙蟹科 3 種。數量則以沙蟹科的弧邊招潮蟹(Uca arcuata)最多，其次為長臂蝦科的潔白長臂蝦。
5. 曾文溪出海口處(C5)
本樣點位於國姓橋下游之曾文溪出海口，第一季共調查到魚類 1 科 1 種，為鯔科的綠背龜鮻(Chelon subviridis)。底棲生物有 8 科 12 種，分別為 海蟑螂科 1 種、蜑螺科 1 種、骨螺科 1 種、松螺科(Siphonariidae)1 種、笠 螺科(Patellidae)1 種、蓮花青螺科 1 種、玉黍螺科 4 種與殼菜蛤科(Mytilidae)2 種，數量則以殼菜蛤科的 Brachidontes pharaonis 最多，其次為海蟑螂科、
殼菜蛤科的綠殼菜蛤與玉黍螺科的顆粒玉黍螺。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，為鯔科 1 種與塘鱧科 1 種。底棲生物有 9 科 13 種，分別為長臂蝦科 1 種、梭子蟹科 1 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、蜑螺科 2 種、蓮花青螺 科 1 種、松螺科 1 種、骨螺科 1 種與玉黍螺科 4 種，數量則以玉黍螺科的 波紋玉黍最多，其次為海蟑螂科。本測站在第一季的調查時有大量的 B.
pharaonis 與綠殼菜蛤附著於消波塊上，但是在接連幾個颱風的侵襲下，消 波塊被大量的泥沙掩蓋，而以足絲附著於消波塊的 B. pharaonis 與綠殼菜蛤 也 因 為 大 量 的 拍打 沖 刷 ， 使 得 第二 季 未 調 查 到 原本 數 量 非 常 多 的 B.
pharaonis 與綠殼菜蛤。
綜合曾文溪口濕地與曾文溪河口段兩季調查結果，多樣性指數介於 0.95~2.11 之間；均勻度度指數 0.41~0.89 之間；科級生物指標(FBI) 介於 0.69(極優良水質)~6.78(嚴重污染水質)之間；生物指數(BI) 介於 9(中度污 染)~21(未受污染)之間；底棲生物整合指標(B-IBI) 介於 2.00 (Severely degraded 生態受嚴重破壞需進行復育工作)~3.67(Marginal 已達需復育標準) 之間。整體而言，曾文溪口濕地與曾文溪河口段樣區因為到曾文溪的影響，
因此變動較大，曾文溪國姓橋下游(C4)與曾文溪出海口處(C5)都因為受到颱
風的影響，使得測站出現明顯的堆沙，造成部分生物的數量減少或消失。曾 文溪國姓橋下游(C4)為本樣區棲地狀態較差的測站，應是該測站底質為泥 沙，因此生物種類數較少，再加上兩季調查僅調查到非常稀少的沙蠶與小 頭蟲，因此評估後的棲地狀態較差。
(三)鹿耳門溪口
1. 潮溝與鹿耳門溪交會處(Lu)
鹿耳門溪兩側皆為堤防，河道中有許多竹編棚架。第一季共調查到魚類 4 科 4 種，分別為塘鱧科 1 種、鰕虎科 1 種、鯛科 1 種與鯻科 1 種。底棲生 物有 10 科 13 種，分別為對蝦科 1 種、槍鰕科(Alpheidae)1 種、梭子蟹科 3 種、方蟹科 2 種、斜紋蟹科(Plagusiidae)1 種、海蟑螂科 1 種、玉黍螺科 1 種、殼菜蛤科 1 種、似殼菜蛤科(Dreissenidae)與牡蠣科 1 種，數量則以似殼 菜蛤科的似殼菜蛤(Mytilopsis sallei)最多，其次為海蟑螂科。第二季共調查 到魚類 2 科 2 種，分別為鯔科 1 種與鯻科 1 種。底棲生物有 8 科 10 種，分 別為對蝦科 1 種、梭子蟹科 1 種、方蟹科 3 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、殼菜蛤科 1 種、似殼菜蛤科 1 種與牡蠣科 1 種，數量則以牡蠣科的僧 帽牡蠣最多。
(四)鹽水溪口濕地
1. 觀海橋往下游的鹽水溪河段(Y1)
鹽水溪觀海橋下游河段。第一季未調查到魚類。底棲生物有 7 科 10 種，分別為小頭蟲科 1 種、沙蠶科 1 種、梭子蟹科 1 種、沙蟹科 2 種、地 蟹科(Gecarcinidae)1 種、方蟹科 3 種與玉黍螺科 1 種，數量則以沙蟹科的 弧邊招潮蟹最多。第二季共調查到魚類 7 科 10 種，分別為海鯰科(Ariidae)1 種、麗魚科(Cichlidae)1 種、鰕虎科 1 種與絲足鱸科(Osphronemidae)1 種。
底棲生物僅有 3 科 3 種，分別為梭子蟹科 1 種、沙蟹科 1 種與方蟹科 1 種，
數量則以沙蟹科的弧邊招潮蟹最多。
2. 國家公園邊界鹽水溪河段(Y2)
第一季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為海鯰科 1 種與麗魚科(Cichlidae)1 種，數量以麗魚科的尼羅口孵非鯽(Oreochromis niloticus niloticus)最多。底 棲生物有 9 科 10 種，分別為小頭蟲科 1 種、對蝦科 1 種、沙蟹科 1 種、
地蟹科 1 種、方蟹科 2 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、山椒蝸牛科 (Assimineidae)1 種與似殼菜蛤科 1 種，數量則以似殼菜蛤科的似殼菜蛤最 多，其次為小頭蟲科。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為塘鱧科 1 種 與鰏科 1 種。底棲生物有 5 科 8 種，分別為沙蠶科 1 種、對蝦科 1 種、方 蟹科 1 種、梭子蟹科 1 種、跳蝦科(Talitridae)1 種、磷蝦科(Euphausiidae)1 種、藤壺科 1 種與似殼菜蛤科 1 種。數量則以藤壺科的紋藤壺最多，其次 為似殼菜蛤科的似殼菜蛤。
3. 嘉南大排與鹽水溪河段交會口(Y3)
嘉南大排與鹽水溪交會處。第一季共調查到魚類 4 科 4 種，分別為鰕虎 科 1 種、鰏科 1 種、笛鯛科(Lutjanidae)1 種與鯻科 1 種，數量以鯻科的花身 鯻最多。底棲生物有 8 科 15 種，分別為沙蠶科 1 種、對蝦科 1 種、梭子蟹 科 3 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、玉黍螺科 5 種、殼菜蛤科 1 種與牡 蠣科 2 種，數量則以海蟑螂科最多，其次為沙蠶科。第二季共調查到魚類 2 科 2 種，分別為海鯰科 1 種與笛鯛科 1 種。底棲生物有 10 科 13 種，分別 為沙蠶科 1 種、纓鰓蟲科(Sabellidae)2 種、小頭蟲科 1 種、對蝦科 2 種、方 蟹科 2 種、跳蝦科 1 種、海蟑螂科 1 種、藤壺科 1 種、玉黍螺科 1 種與牡 蠣科 1 種，數量則以藤壺科的紋藤壺最多，其次為海蟑螂科。
4. 嘉南大排(Y4)
第一季共調查到魚類 3 科 4 種，分別為鰕虎科 2 種、海鯰科 1 種與麗魚 科 1 種，數量以麗魚科的吉利非鯽最多。底棲生物有 10 科 13 種，分別為 長臂蝦科 1 種、對蝦科 1 種、沙蟹科 1 種、方蟹科 3 種、海蟑螂科 1 種、
跳蝦科 1 種、水蠅科(Ephydridae)1 種、划蝽科(Corixidae)1 種、錐蜷科 (Thiaridae)1 種與牡蠣科 2 種，數量則以海蟑螂科最多。第二季共調查到魚 類 5 科 9 種，分別為鯔科 1 種、麗魚科 3 種、塘鱧科 2 種、鰕虎科 2 種與 笛鯛科 1 種，數量以麗魚科的吉利非鯽最多。底棲生物有 6 科 8 種，分別 為沙蠶科 1 種、對蝦科 1 種、方蟹科 2 種、沙蟹科 2 種、海蟑螂科 1 種與 錐蜷科(Thiaridae)1 種。數量則以沙蟹科的弧邊招潮蟹與乳白招潮蟹(U.
lacteal)最多。
綜 合 鹿 耳 門 溪 口 與 鹽 水 溪 口 濕 地 兩 季 調 查 結 果 ， 多 樣 性 指 數 介 於 0.57~1.97 之間；均勻度度指數 0.48~0.79 之間；科級生物指標(FBI) 介於 1.77(極優良水質)~7.35(嚴重污染水質)之間；生物指數(BI) 介於 4(嚴重污 染)~15(輕度污染)之間；底棲生物整合指標(B-IBI) 介於 1.00 (Severely degraded 生態受嚴重破壞需進行復育工作)~3.33(Marginal 已達需復育標準) 之間。整體而言，鹿耳門溪口(Lu)與嘉南大排與鹽水溪河段交會口(Y3)的水 質及棲地狀態與七股鹽田濕地，以及曾文溪口濕地與曾文溪河口段的差異 並不大。而觀海橋往下游的鹽水溪河段(Y1)、國家公園邊界鹽水溪河段(Y2) 與嘉南大排(Y4)，因為明顯受到民生與事業廢水的影響，使得水質與棲地狀 態明顯較差。而此三處測站也是所有測站中，水質與棲地狀態最差的區域。
本計畫魚類調查 16 個樣區內共記錄 5 目 17 科 33 種魚類，其中特有種有 1 種，為谷津氏絲鰕虎(Cryptocentrus yatsui)，而外來種則有 2 科 5 種，以麗魚科 的數量較多，主要都集中在鹽水溪流域下游感潮帶的 Y1 與 Y4 樣區。底棲生物
樣區內調查總共記錄 19 目 35 科 81 種，其中水棲昆蟲 2 目 2 科 2 種、蝦蟹類共 1 目 8 科 27 種、螺貝類共 8 目 17 科 41 種、其他底棲生物環節動物共 8 目 8 科 11 種。未調查到特有種，但是外來種有 5 種。
本計畫調查進行的同時若有遇到釣客則會對對客進行訪談，而釣客訪談的 魚類則有紅糟(銀紋笛鯛)、多鱗沙鮻、嘉鱲、黃鰭鯛、烏格(灰鰭棘鯛或黑棘鯛)、
花身雞魚、石斑、豆仔(鯔科)、狗甘仔(鰕虎科)、星雞魚、鱸魚、黑點仔魚(勒氏 笛鯛)、鮸仔、銀鱗鯧、六帶鰺、土黃仔(日本海鰶或環球海鰶)等。此外，許多 釣客都表示由於受到今年初強烈寒流的影響，導至七股地區的魚類被大量凍死，
而魚類的數量至今仍然偏少，由其在部分地區的數量與往年相差非常多，顯示年 初的強烈寒流確實對七股地區的魚類產生非常大的影響。
此外，在
底棲生物整合性指標法(B-IBI)的評估結果，16 處測站的水體環境評估 結果大多介於 Marginal(已達需復育標準)至 Degraded(生態受破壞難以平衡)等級之間。
C4(
曾文溪國姓橋下游)測站，兩
季調查皆屬 Severely degraded等級，顯示此處測站 的棲地狀態較差，Q6
大潮溝(南灣碼頭)第一季調查屬 Meets restoration goals等級，
屬於棲地較為優良的狀態。由第一季與第二季比較可以發現，大多數測站的底棲生物 整合性指標在第二季都有轉差的現象。若是以區域來看青鯤鯓至七股區域(Q1~Q6)大 多處於 Marginal(已達需復育標準)等級，為棲地狀態最好的區域，而曾文溪流域(C1~C5) 大多介於 Marginal(已達需復育標準)至 Degraded(生態受破壞難以平衡)等級之間，為棲 地狀態次佳的區域。最後，鹿耳門溪至鹽水溪與嘉南排水主要處於 Degraded(生態受破 壞難以平衡)等級，為棲地狀態最差的區域。
由於今年臺灣南部地區在 7 月與 9 月接連受到颱風(尼伯特、莫蘭蒂、梅姬) 的影響，使得棲地與生物群聚產生明顯的擾動，如泥沙與漂流物的堆積、水流的 沖刷等，導致生物的種數或數量產生明顯的變化，由兩季調查結果可看出，大多 數測站的種類數、多樣性指數、豐富度指數與均勻度指數在第二季都呈現下降的 狀態，而底棲生物整合性指標也有同線的情形，顯示颱風確實對於棲地與生物組