在第四屆時，「黨團協商有如太上皇，幾乎所有委員會通過的法案都要 送交協商」（施衣峰，2002：124），且就算不送協商直接排入院會議程，
還是會被主席裁示退回協商否則不予處理；而法案一旦進入協商，協商結果 往往與委員會審查不盡相符。對此，一名國民黨資深立委表示「第四屆時很 多委員會審查的法案都會送去協商，送去以後又修了太多，而且參加協商的 人又不是委員會的人，變成對委員會不夠尊重」。明顯可見再第二次國會改 革之前的第四屆立法院，立委感受到黨團協商決策的效力，嚴重凌駕於委員 會審查程序之上。
黨團協商在第四屆不僅是法案審議程序上的必經途徑，同時也相當程度 決定法案的實質內容走向。根據表 4、表 5，在第四屆時完成協商的 487 件 法案中，有半數以上在協商結論中進行修正（修正 59.1%，未修正 40.9%）；
而這些法律案當中，曾經委員會審查的 432 筆法案中就有半數以上都在協商 過程中被修正（205 筆部分修正，47 筆大幅修正，佔全通過法案 58.3%）。
表4 第四屆各會期法案送交協商後是否進行修正之情形 法案送交協商後是否進行修正
會 期 否 是 總 和
4-1 15 (28.8%) 37 (71.2%) 52 (100%) 4-2 26 (31.3%) 57 (68.7%) 83 (100%) 4-3 60 (72.3%) 23 (27.7%) 83 (100%) 4-4 29 (48.3%) 31 (51.7%) 60 (100%) 4-5 18 (39.1%) 28 (60.9%) 46 (100%) 4-6 51 (31.3%) 112 (68.7%) 163 (100%) 總 和 199 (40.9%) 288 (59.1%) 487 (100%) 資料來源：作者整理自立法院公報
表5 第四屆委員會審查通過法案完成協商結果
經委員會審查者 逕付二讀或保 留院會處理者 三讀時均照委員會審查結果通過者 180
三 讀 時 部 分 照 委 員 會 審 查 條 文 通
過，部分照協商條文通過者 205 三讀時大幅修正（推翻）原委員會
審查結果者 47
97
第四屆通過法律案 529
資料來源：林瑞雯 (2003: 68)。
為解決黨團協商凌駕委員會的問題，在第四屆結束前進行第二波國會改 革，將制度作了大幅調整，於立法院各委員會組織法第十條之一規定「各委 員會於議案審查完畢後，應就該議案應否交由黨團協商，予以議決」，及立 法院職權行使法第十條之一規定「第二讀會討論各委員會議決不須黨團協商 之議案，得經院會同意，不須討論，逕依審查意見處理」。因此到了第五屆，
如果在委員會沒有爭議的法案，就不再送交協商而直接進入院會二讀，只要 在委員會裡沒有保留條款就直接通過。根據表 2，第二波國會改革後，通過 的法律案中曾完成協商程序的比例從 92.1%大幅降低降為 28.3%；而未完成協 商的法案從 7.9%提高為 71.7%。此結果或可視為大多數委員會決議法案不須協 商之緣故，這無異把黨團協商權力剝奪了一大半，僅限縮至針對少數有爭議的 個別法案，而以往委員會權力被黨團協商架空的疑慮也稍微獲得解決。
雖然自第五屆起，立法院各委員會議決將法案交付黨團協商的法案大幅 減少；但根據表 6，第二次國會改革後，法案一旦送交協商，協商進行修正 的情形，不減反增，從 54.44％提升至 78.85％。進一步觀察第五屆一、二會 期的情形，表 7 顯示第五屆一、二會期中協商通過的法案，雖減少至只有 72 筆，僅佔第二波國會改革後通過法案的 28.3%（見表 2），然而當中仍有高 達 56.9%的法案，在協商過程中進行文字或實質的修正。例如第五屆第二會 期，協商通過的法案中有高達 92.0%的法案在協商結論中被修正過。尤其第 二會期（92.0%）較第一會期（38.3%），更是呈現了大幅度的成長，提高了 53.7%。這說明了法案在委員會階段如果沒有共識或仍有爭議，還是會作出 送交協商的結論，一旦送交協商，協商的影響力仍是十分重要的。正如同一 名立委的看法：「雖然第五屆有作了修正，委員會可以決議法案要不要送協 商，但一協商後修改委員會結論的情形還是很嚴重」（訪談紀錄 B18）。
表6 第一、二次國會改革後法案送交協商後是否進行修正 法案送交協商後是否進行修正
國會改革 否 是 總 和
第一次 241 (45.56%) 288 (54.44%) 529 (100％ ) 第二次 11 (21.15%) 41 (78.85%) 52 (100％ ) 總 和 252 (43.37%) 329 (56.63%) 581 (100％ ) 資料來源：作者整理自立法院公報
表7 第五屆第一、二會期法案完成協商後是否進行修正 法案送交協商後是否進行修正
屆 期 否 是 決議逕付二讀 總 和
5-1 9 (19.1%) 18 (38.3%) 20 (42.6%) 47 (100%) 5-2 2 (8.0%) 23 (92.0%) 25 (100%) 總 和 11 (15.3%) 41 (56.9%) 20 (27.8%) 72 (100%)
資料來源：作者整理自立法院公報
除了檢驗委員會意見於協商中是否被修正之外，進一步觀察法案送交協 商後被修正的程度，表 8 顯示第二次國會改革後，進行實質內容修正的協商 結論，雖較第二次國會改革前來的少（80.6%），但仍佔 68.3%之多數（第一 會期 66.7%，第二會期 69.6%）；可見得在第二次國會改革後，雖完成協商 的法案數目大幅減少，但法案只要一進入協商程序，在協商過程中，協商代 表即對法案內容產生高度具影響力；一旦黨團決意介入該法案，委員會的審 查委員也只能配合黨團的意見，如此即使到了第五屆，先前委員會的審查似 乎仍有不被尊重而隨時被推翻的危機。
表8 第一、二次國會改革後法案完成協商後被修正性質 法案完成協商後修正程度
國會改革 實質修正 內容補充 文字修正 總 和 第一次 232 (80.6%) 21 (7.3%) 35 (12.2%) 288 (100%) 第二次 28 (68.3%) 2 (4.9%) 11 (26.8%) 41 (100%) 總 和 260 (79.0%) 23 (7.0%) 46 (14.0%) 329 (100%)
資料來源：作者整理自立法院公報
由此可見，國會改革後法案依賴協商方式通過的程度雖下降，不過法案 一旦進入協商程序，被修正的機率還是很高，尤其以實質內容的修正居多；
但不同於第四屆立法院的是，自第五屆起新修訂的立法院職權行使法第七十
條，規定「議案交由黨團協商時，由該議案之院會說明人所屬黨團負責召集，
通知各黨團書面簽名指派代表二人參加，該院會說明人為當然代表，並由其 擔任協商主席。」同時「各黨團指派之代表，其中一人應為審查委員。但黨 團所屬委員均非審查會委員時，不在此限。」可知有關議案之黨團協商會議 主持人，不但負責召集協商會議，同時兼具協商會議主席、及該法案所屬委 員會召集委員之三重身分；加上各黨團所指派之代表，至少有一名是該委員 會成員。透過這項新的規定，可避免第四屆立法院時，參與協商代表均非該 法案所屬委員會成員，因先前未參與法案之審查以致對法案內容不了解，而 未經專業考量即任意修改委員會審查、使委員會功能架空之問題應能獲致解 決。且透過相關委員會成員之參與，可適度調和政治與專業之考量，促使法 案在委員會和黨團協商兩階段之審查能前後連貫、不致脫鉤。