未來研究方向希望能以生物方面的考量，將把「受質引導構形變化」的情況 也考慮進去，使預測磷酸根活化部位更完善。並提高預測的數目，和降低和實際 磷酸根座標的距離。最後進一步的預測整個PTP 家族或所有的去磷酸化家族。
第 10 章 參考文獻
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附錄 A DSP 命名對照表
表12 典型DSPs分類表
DSPs 人類蛋白質名稱 DSP 名稱 異種同源基因 PDB 資料庫編號 CL100/HVH1 DUSP1 MKP-1 (r), 3CH134 (m),
PTPN10, erp 尚未解出 HVH2/TYP1 DUSP4 MKP-2 (r) 尚未解出
PAC-1 DUSP2 無 尚未解出
A 組
HVH3/B23 DUSP5 無 尚未解出
MKP-5 DUSP10 MKP-5 尚未解出
HVH5 DUSP8 M3/6 (m) 尚未解出
B 組
MKP-7 DSUP16 MKP-M (m) 尚未解出
PYST1 DUSP6 MKP-3/rVH6 (r) 1MKP
PYST2/B59 DUSP7 MKP-X 尚未解出
C 組
MKP-4 DUSP10 Pyst3 (m) 尚未解出
DSPs 人類蛋白質名稱 受質名稱 參考文獻
CL100/HVH1 Erk, Jnk, p38 Keyse and Emslie 1992; Sun et al. 1993; Kwak et al. 1994
HVH2/TYP1 Erk, Jnk, p38 Guan and Butch 1995; King et al. 1995;
Misra-Press et al. 1995;Smith et al. 1997 PAC-1 Erk, p38 Rohan et al. 1993; Martell et al. 1994; Yi et al.
1995 A 組
HVH3/B23 Erk Ishibashi et al.1994; Kwak and Dixon 1995 MKP-5 Jnk, p38α&β Tanoue et al. 1999; Theodosiou et al. 1999;
Masuda et al.2000
HVH5 Jnk, p38 Martell et al. 1995; Theodosiou et al. 1996;
Nesbit et al. 1997 B 組
MKP-7 Jnk, p38α&β Masuda et al. 2001; Matsuguchi et al. 2001;
Tanoue et al. 2001b; Montpetit et al. 2002 PYST1 Erk Groom et al. 1996; Wiland et al. 1996;
Furukawa et al. 1998 PYST2/B59 Erk Shin et al. 1997; Dowd et al. 1998 C 組
表13 非典型DSPs分類表，“─”符號表示尚無DUSP編號
人類蛋白質名稱 DSP 名稱 異種同源基因 PDB 資料庫編號 VHR DUSP3 T-DSP11 (m) 1J4X, 1VHR MKPX/JSP1/VHX ─ LMW-DSP2 (m), TS-DSP2,
JKAP 尚未解出
DUSP13 DUSP13 LMW-DSP2 (m), TS-DSP6
(m) 尚未解出
HSSH-1 ─ SSH1(fly) 尚未解出
HSSH2 ─ SSH2(fly) 尚未解出
HSSH3 ─ SSH3(fly) 尚未解出
HYVH1 DUSP12 GKAP (r), LMW_DSP4 (m) 尚未解出 SKRP1 DUSP19 LDP-2 (m)/ TS-DSP1 (m)/
SKRP1 (m) 尚未解出
LMW-DSP20 DUSP20 無 尚未解出
LMW-DSP21 DUSP21 BJ-HCC-26 tumor antigen 尚未解出 MKP6/MK DUSP14 DSUP14 (m) 尚未解出
人類蛋白質名稱 受質名稱 參考文獻
VHR Erk, Jnk Ishibashi et al. 1992 MKPX/JSP1/VHX Inhibits Erk, Jnk , p38 and
activates Jnk
Aoyama et al. 2001; Shen et al. 2001;
Alonso et al. 2002; Chen et al. 2002 DUSP13 Unknown Nakamura et al. 1999 HSSH-1 ADF/Cofilin Niwa et al. 2002 HSSH-2 ADF/Cofilin Niwa et al. 2002 HSSH-3 ADF/Cofilin Niwa et al. 2002
HYVH1 Glucokinase Muda et al. 1999; Munoz-Alonso et al.
2000
SKRP1 Jnk Zama et al. 2002b; Zama et al. 2002a LMW-DSP20 Unknown Hood et al. 2002
LMW-DSP21 Unknown Hood et al. 2002 MKP6/MK Erk, Jnk Marti et al. 2001
附錄B 胺基酸之縮寫與特性分類對照表
表14 胺基酸之縮寫與特性分類對照表
分類 名稱 縮寫 中文名稱 R 基團
Glycine Gly / G 甘胺酸 -H Alanine Ala / A 丙胺酸 -CH3
Valine Val / V 結胺酸 -C(C)-C Leucine Leu / L 亮胺酸 -C-C(C)-C 脂肪族
Isoleucine Ile / I 異亮胺酸 -C(C)-C-C Serine Ser / S 絲胺酸 -C-OH Cysteine Cys / C 胱胺酸 -C-SH Threoine Thr / T 酥胺酸 -C(OH)-C 支鏈含羥基或含硫
族
Methionine Met / M 甲硫胺酸 -C-C-S-C 環狀族 Proline Pro / P 脯胺酸 (imino acid)
Phenylalanine Phe / F 苯丙胺酸 -C-[C6H5] Tyrsine Tyr / Y 酪胺酸 -C-[C6H4]-OH 芳香族
Trptophan Trp / W 色胺酸 -C-[indole]
Histidine His / H 組胺酸 -C-[imidazole]
Lysine Lys / K 離胺酸 -C-C-C-C-NH2
鹼性族
Arginine Arg / R 精胺酸 -C-C-C-[guanidine]
Aspartate Asp / D 天冬胺酸 -C-COOH 酸性族
Glutamate Glu / E 麩胺酸 -C-C-COOH Asparagine Asn / N 天冬醯胺酸 -C-CONH2
醯胺族
Glutamine Gln / Q 麩醯胺酸 -C-C-CONH2
附錄C 磷酸根團範圍值
表15 DSP活化部位收集的基本資料
代表類組 酵素 PDB 資料庫編號
VHR 1J4X 非典型DSP，似 VHR 類
VHR 1VHR 典型DSP，似 VHR 類 Pyst1-CD 1MKP
KAPt 1FPZ DSP，似 Cdc14 類
KAPt/pCDK2 1FQ1
MTMR2 1LW3 DSP，磷酸肌醇類
MTMR2 1M7R Cdc25B 1CWS Cdc25B 1CWT PTP，Cdc25 類
Cdc25B 1QB0
表16 磷酸根團範圍值-磷酸根團的O-1
PDB 資料 庫編號
O-1 和胺基酸形成氫 鍵的距離
O-1 與磷原子 的距離
O-1 與磷原子的距離加 氫鍵的距離
磷酸根與胺基酸之間 的距離 1J4X R130; R130-NH 1.61 4.66; 4.16 4.2; 3.84 1VHR R125; E126;
R130-NH2+ 1.52 4.61; 4.41; 4.5 4.44; 3.97; 3.65
1MKP 無資料 無資料 無資料 無資料
1FPZ R146-NH 1.45 3.81 3.69
1FQ1 G143; L144 1.49 5.35; 5.78 4.25; 4.95 1LW3 S418; D419;
R423-NH2+ 1.47 4.35; 4.43; 4.66 4.26; 3.96; 3.94 1M7R G420; W421; D422 1.47 4.43; 4.37; 4.63 4.12; 4.32; 3.95 1CWS F475; S476; S477 1.92 4.93; 4.92; 4.58 4.02; 4.53; 4.25 1CWT S476; S477; S478 1.6 5.06; 4.25; 4.59 4.49; 4.18; 3.9
1QB0 無資料 1.61 無資料 無資料
平均值 1.57 4.62 4.15
表17 磷酸根團範圍值-磷酸根團的O-2
PDB 資料 庫編號
O-2 和胺基酸形成氫鍵 的距離
O-2 與磷原 子的距離
O-2 與磷原子的距離加 氫鍵的距離
磷酸根與胺基酸之間 的距離 1J4X R125; E126; R130-NH2+ 1.56 4.63; 4.46; 4.41 4.39; 4.02; 3.45 1VHR G127; Y128; S129 1.45 5.13; 4.35; 4.32 4.59; 4.31; 3.85
1MKP 無資料 無資料 無資料 無資料
1FPZ 無資料 1.47 無資料 無資料
1FQ1 Y141; G142; R146-NH2+ 1.41* 4.22; 4.36; 4.07 4.29; 3.67; 3.17 1LW3 G420; W421; D422 1.48 4.73; 4.39; 4.15 4.14; 4.32; 3.75 1M7R R423; R423-NH 1.48 4.37; 4.14 3.95; 3.88 1CWS E478; R479; R479-NH 1.78 5.01; 4.35; 5.28 3.98; 4.24; 3.96 1CWT R479; R479-NH 1.61 4.65; 4.62 4.39; 3.9
1QB0 E474; F475; R479-NH2+ 1.6 4.3; 4.53; 4.64 4.19; 3.9;4
平均值 1.54 4.51 4.21
表18 磷酸根團範圍值-磷酸根團的O-3
PDB 資料 庫編號
O-3 和胺基酸形成氫鍵的距 離
O-3 與磷原 子的距離
O-3 與磷原子的距離 加氫鍵的距離
磷酸根與胺基酸之 間的距離 1J4X G127; Y128; S129 1.46 4.86; 4.42; 4.34 4.53; 4.42; 3.8 1VHR R130; R130-NH 1.49 4.62; 5.29 4.22; 3.81
1MKP 無資料 無資料 無資料 無資料
1FPZ Y141; G142; G143;
R147-NH2+ 1.48 5.26; 4.88; 5.8*; 5.45 4.9; 4.78; 5.12; 4.39 1FQ1 G145; R146; R146-NH 1.52 4.83; 3.88; 6.32 4.17; 3.77; 4.99
1LW3 無資料 1.48 無資料 無資料
1M7R S418; D419; R423-NH2+ 1.48 4.47; 4.8;4 4.29; 4.09; 3.2
1CWS E474; R479-NH2+ 1.79 4.8; 4.27 4.29; 4.1 1CWT E474; F475; R479- NH2+ 1.59 4.54; 4.76; 4.63 4.37; 4.02; 4.02
1QB0 479R; 479R-NH 1.6 4.39; 4.46 4.08; 3.77
平均值 1.54 4.78 4.23
表19 磷酸根團範圍值-磷酸根團的O-4
PDB 資料 庫編號
O-4 和胺基酸形成氫鍵 的距離
O-4 與磷原子的 距離
O-4 與磷原子的距離 加氫鍵的距離
磷酸根與胺基酸之 間的距離
1J4X 無資料 1.72 無資料 無資料
1VHR 無資料 1.81 無資料 無資料
1MKP 無資料 無資料 無資料 無資料
1FPZ L144; G145; R146 1.47 4.77; 4.5; 4.05 4.32; 4.21; 3.51
1FQ1 無資料 1.47 無資料 無資料
1LW3 R423; R423-NH 1.48 4.5; 4.17 3.88; 3.8
1M7R 無資料 1.47 無資料 無資料
1CWS 無資料 1.77 無資料 無資料
1CWT 無資料 1.59 無資料 無資料
1QB0 S476; S477; E478 1.6 5.03; 4.19; 4.44 4.41; 4.14; 3.1
平均值 1.6 4.46 3.92
表 16~表 19 中則為磷酸根團內部氧的距離加氫鍵的距離的統計，第一欄為 DSP 家族其中 10 個蛋白質在 PDB 中的編號。第二欄為磷酸根團上的氧原子和胺 基酸形成氫鍵的距離，欄中的英文為胺基酸的縮寫，數字代表在蛋白質結構上的 位置。精胺酸(R)後的-NH 和-NH2+
為精胺酸的支鏈。第三欄為中心磷原子和磷酸 根團四個氧原子中心的距離。第四欄為中心磷原子和磷酸根團四個氧原子的距離 加氫鍵的距離。第五欄為中心磷原子與胺基酸之間的距離。距離的單位都為Å。
附錄D 活化部位與互動測量值
表20 活化部位測量值的結果
酵素 PDB 資料庫 編號
胺基酸C 和 R 兩者 的中心碳Cα 距離
胺基酸R 和 D 兩者 的中心碳Cα 距離
胺基酸C 和 D 兩者的中 心碳Cα 距離
VHR 1J4X 6.41 5.9 9.41
VHR 1VHR 6.12 6.22 9.53
Pyst1-CD 1MKP *6.87 *10.3 *12.07
KAPt 1FPZ 6.35 7.22 8.58
KAPt/pCDK2 1FQ1 6.26 7.86 9.09
MTMR2 1LW3 6.56 3.8 8.1
MTMR2 1M7R 6.61 3.9 8.29
Cdc25B 1CWS 5.84 9.32 5.74
Cdc25B 1CWT 6.04 9.27 5.68
Cdc25B 1QB0 5.81 9.35 5.68
平均值 6.364 7.314 8.263
標準差 0.106 6.07 5.461
胱胺酸(C)、精胺酸(R)、天冬胺酸(D)兩兩間的距離，其中各距離的單位都為 Å。“*”符號為本論文所設計之程式中DSP活化部位預測中所需的預設值之根據。
表21 互動測量值的結果
酵素 PDB 資料 庫編號
胺基酸C 的 S 和磷酸 根P 的最接近距離
胺基酸R 的 NH 與 NH2+
和磷酸根P 的距離
胺基酸D 的 OH 和磷 酸根P 的距離
VHR 1J4X 3.25 3.84; 3.45 3.62
VHR 1VHR 3.62 3.81; 3.65 4.56
Pyst1-CD 1MKP 3.04 4.75; 3.58 *9.61 KAPt 1FPZ *4.26 3.69; 4.39* 5.58 KAPt/pCDK2 1FQ1 3.54 *4.99; 3.17 5.36
MTMR2 1LW3 3.29 3.94; 3.8 3.72
MTMR2 1M7R 3.45 3.88; 3.2 3.72
Cdc25B 1CWS 3.28 3.96; 4.1 9.44
Cdc25B 1CWT 3.61 3.9; 4.02 9.4
Cdc25B 1QB0 3.29 3.77; 4 9.44
平均值 3.463 4.05; 3.74 6.445
標準差 0.114 0.175; 0.143 6.5
胱胺酸(C)、精胺酸(R)、天冬胺酸(D)分別和磷酸根的距離，其中各距離的單 位都為Å。“*”符號為本論文所設計之程式中DSP活化部位預測中所需的預設值之 根據。
附錄E DSP蛋白質結構預測座標與實際磷酸根座標相差距離
表22 原始DSP蛋白質結構預測座標與實際磷酸根座標相差距離
PDB 資料庫編號 \ α-ball 半徑 2.15Å 2.35Å 2.55Å 2.75Å 2.95Å 3.15Å 1J4X 2.235Å 4.075Å 無 無 無 無 1VHR 0.515Å 0.587Å 3.424Å 無 無 無 1MKP 2.621Å 3.983Å 4.601Å 無 無 無 1FPZ 0.676Å 1.886Å 無 無 無 無
1FQ1 無 無 無 無 無 無
1LW3 1.67Å 3.094Å 3.59Å 4.137Å 無 無 1M7R 2.294Å 2.969Å 3.511Å 無 無 無 1CWS 0.797Å 0.947Å 1.603Å 2.238Å 2.839Å 無
1CWT 0.412Å 1.432Å 2.11Å 2.604Å 3.076Å 3.46Å 1QB0 0.697Å 1.316Å 2.144Å 2.673Å 3.887Å 3.658Å
表23 新DSP蛋白質結構預測座標與實際磷酸根座標相差距離
PDB 資料庫編號 \ α-ball 半徑 2.15Å 2.35Å 2.55Å 2.75Å
1yz4 0.266Å 0.786Å 2.943Å 3.658Å 1wrm 0.478Å 1.74Å 2.903Å 3.643Å
1ym9 無 無 無 無
1ymd 無 無 無 無
1yml 無 無 無 無
2a2k 0.265Å 1.592Å 2.217Å 3.282Å