Surface, PES)14。最簡單的概念可以從我們熟悉的雙原子分子系統說起,兩個原 子在不同距離的能量關係用圖形表示時,可用二維曲線呈現,然而,在多原子
1. 最大受力小於 0.00045 (Hartrees/Bohr)
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2. 力的方均根小於 0.0003 (Hartrees/Bohr) 3. 下一步計算的最大位移小於 0.0018 (radians)
4. 下一步計算最大位移的方均根小於 0.0012 (radians) 當上述四項收斂條件皆滿足時,系統才會判定收斂。
2-2 單點能量(Single Point Energy)
單點能量計算與幾何優化最大的不同,在於單點能量計算不考慮能量收 斂,僅針對設定好的初始結構,計算其能量與化學資訊14,因此在使用單點能 量時,必須先確認結構是否為穩定的結構,並且在單點能量的計算中抽換 function 或 basis set 最好能重新進行結構優化,來確保改變計算方法與基組所造 成的結構差異,進一步影響到比較結果。
2-3 勢能面掃描(Potential Energy Surface Scan)
分析化學反應路徑時,找到過渡態是重要任務之一,而在勢能面中,過渡
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2-4 溶劑效應(Solvent effect)
溶劑效應最主要是溶質與溶劑間交互作用,進而影響溶質的溶解度、反應 Continuum Model, PCM)來描述溶劑效應,PCM 是由 Tomasi 提出16,將溶液的 自由能∆𝐺𝑠𝑜𝑙表示成:
∆𝐺𝑠𝑜𝑙 = ∆𝐺𝑐𝑎𝑣+ ∆𝐺𝑑𝑟+ ∆𝐺𝑒𝑠
其中∆𝐺𝑐𝑎𝑣表示以溶劑建立的模型時,中間形成一個可以放進溶質的空穴,而使 得整個模型能量上升的能量變化(cavitation energy),∆𝐺𝑑𝑟表示溶質放入空穴 中,與溶劑間的交互作用力,所產生不包含靜電力的分散-排斥能(dispersion-repulsion energy),∆𝐺𝑒𝑠表示溶質與溶劑相互極化後所產生的靜電能(electrostatic energy)。透過 PCM 的建立,計算時就會賦予反應系統一個介電常數的環境來 代表溶劑效應,而不同的溶劑會有不同的介電常數。
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2-5 Gaussian 09
17Pople 除了提出 Pople-type Basis Set 外,他的團隊在 1970 年發布了第一套 Gaussian 軟體,之所以取名為 Gaussian 是因為 Pople 使用 gaussian type
orbital(GTO)來描述 Slater type orbital(STO),藉以減少積分時的複雜計算,因此 將這套軟體取名為 Gaussian,Gaussian 的功能十分強大,且編寫邏輯、格式簡 的反應路徑;第二部分探討以不同配位基修飾的 Rhodium 催化劑,進行 aldol 合環反應的立體選擇性。兩部份的計算方法皆以 Gaussian 09 為計算軟體,DFT 為原理,並搭配不同的基底函數進行計算。
第一部分的反應因涉及電荷的轉移,且反應分子龐大,因此先以
B97XD/6-31G18, 19進行初步優化,所得分子結構再以 wB97XD/6-311G(d,p)20做二次優
化,設定反應在溶劑效應 chloroform 中進行,進行質子化反應時,設定提供氫
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溶劑效應 toluene 中進行,進行 aldol 合環反應時,設定合環的碳碳間距進行勢 能面掃描,求得合環時的能量障礙。
2-6 第一部分實驗背景
在第一部分實驗中,我們主要探討的實驗是利用有機催化劑進行 Michael addition 的碳鏈加成反應,並且在反應中具有良好的立體選擇性。而在過去已有 多篇文獻討論,使用有機催化劑進行 domino 和 cascade 反應進行碳鏈的加成產 生具有立體中心的產物,其中,以烯胺(enamine)為有機催化劑,進行醛類 (aldehyde)與硝基烯烴(nitroolefins)的 cascade 反應機構研究,促使我們理解其反 應的中間物以及反應速率決定步驟22。
2011 年,Seebach 和 Hayashi 以胺類(amine)為有機催化劑(如 Figure 4.的 1 號結構),進行丙醛的 Michael addition 至β-nitrostyrenes 的反應機構研究,利用 in situ NMR 捕捉到中間物 cyclobutane(如 Figure 4.的 12 號結構),接著再以
4-nitrophenol 進行質子化反應後開環,最後水解得到產物(如 Figure 4.的 7 號結 構),而反應機構如下圖所示23:
Figure 4. 以胺類為催化劑,催化丙醛至β-nitrostyrenes 的 Michael addition23
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2012 年,Pihko et al.同樣針對醛類以及硝基烯烴進行 Michael addition 得到 α,β-disubstituted nitroolefins 的反應機構研究1,並以α,α-L-雙苯環脯胺醇矽醚 作為催化劑。在這個反應中,Pihko et al.提出中間物是以六圓環的
dihydrooxazine N-oxide 結構(如 Figure 5.的 11 號結構),接著再以六圓環的中間 物進行質子化反應,反應機制如下圖所示:
Figure 5. 上圖(a)為過去 Seebach 和 Hayashi 提出的反應機構2。下圖(b)為 Pihko et al.提出以六圓環為中間物的反應機構1
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同時,結合理論計算的討論,可以看到質子化是發生在六圓環的 C3 碳 上,具有兩種立體選擇位向 Re-face 與 Si-face,計算質子化反應的過渡態如下圖 所示1:
Figure 6. 中間物進行質子化反應的過渡態結構,括號內部為質子化反應所需的 能量障礙(kcal/mol)(wB97X-D/6-311G(d,p))1
而在我們的實驗中,以丙醛與外消旋的(E)-乙基 3-硝基-4-苯基-2-苯基氨基 丁-3-烯酸乙酯為起始物,並透過 α,α-L-雙苯環脯胺醇矽醚做為有機催化劑進行 Michael addition 反應,得到下圖 4 號中間物,再以 4-nitrophenol 進行質子化反 應,得到光學選擇性相當高的六圓環吡啶結構,反應式如下圖所示24:
Figure 7. 第一部分實驗反應式,以丙醛(2a)及硝基烯烴的外消旋衍生物((±)-3) 進行 Michael addition24
六圓環吡啶結構是相當多天然物與藥物的主要骨架,能得到高度光學選擇性的 產物具有相當好的價值,因此,我們希望透過理論計算的輔助,針對質子化反 應路徑及立體選擇性進行深入的討論。
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2-7 第二部分實驗背景
利用金屬催化劑進行 C-C 鍵的生成、提供碳鏈連結的研究在過去二十年中 蓬勃的發展,其中,以銠金屬(Rhodium)作為催化劑的加成反應,因其反應性、
選擇性佳,以及所需的反應條件不需過於嚴苛,因此在學界對於銠金屬的催化 研究格位重視。而利用銠金屬進行芳香基與雙鍵、參鍵的不對稱加成反應稱為 Rh-catalyzed asymmetric arylation(RCAA),其加成概念如下圖所示25:
Figure 8. Rh-catalyzed asymmetric arylation(RCAA)反應概念圖25
首先,芳香基金屬試劑(II)與銠金屬催化劑(A)進行反應產生芳基銠金屬結構,
再與雙鍵或參鍵的反應物(I)進行加成,產生加合物(C),而加合物(C)在水溶液 中透過質子化產生產物(III),這一連串的反應稱為 Rh-catalyzed asymmetric hydroarylation。若是加合物(C)與親電子試劑反應產生產物(IV),這樣的反應則 稱為 RCAA-tandem reaction25。
2003 年,Krische et al.發表了分子內的 tandem RCAA/aldol 反應,產生非鏡 像且高立體選擇性的產物,反應如下圖所示25, 26:
Figure 9. 分子內的 tandem RCAA/aldol 反應25, 26
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苯基硼酸與 Rh 催化劑先形成苯基銠金屬結構,在與反應物 156 的雙鍵進行 RCAA 反應,形成以(oxa-π-allyl)-Rh 的中間物 J-1,而鄰近高親電性的酮基會 在酸性條件下與之進行分子內的 aldol 反應,形成環狀結構,最後水解產生產物 157。
2012 年,Murakami 以銠金屬催化劑對 benzocyclobutenol 的開環反應提出 反應機構的探討,開環產物如下圖所示27:
Figure 10. 以 Rh 催化劑對 benzocyclobutenol 進行開環反應產物27
其中若以 2.5 mol%的〔Rh(OH)(cod)2〕,在甲苯中以 100℃進行反應,其開環產 物皆為 3a,而開環的反應機構推測如下:
Figure 11. 以 Rh 催化劑對 benzocyclobutenol 開環結構27
透過開環後的結構 B,再與雙鍵或參鍵的結構進行 RCAA 加成,最後同樣透過 分子內的 aldol 反應產生環化結構。
而在我們的反應中,即是利用 RCAA-tandem 反應,將 benzocyclobutenol 的 衍生物與 N-tolylmaleimide 進行碳碳鍵結後產生中間物,中間物再透過分子內的 aldol 反應產生環狀產物,產物氫化後得到 A、B 兩種光學異構產物,而未進行 aldol 合環的中間物,經氫化後得到產物 C,反應方程式如下圖所示:
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Ligand Isolated Yield (%) of A
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