宗教事務涵蓋面甚廣，其中又以宗教設施與組織的軟硬體設施為多。因此，
在宗教設施的興建、宗教組織的運作方面所涉及的法系繁多，包括：宗教業務 本身直接相關的「監督寺廟條例」、「寺廟登記規則」、「民法」、「內政業務財團 法人監督準則」、「非都市土地變更為宗教使用事業計畫審查及管理要點」等法 系；地政法系的「土地法」、「土地登記規則」、「非都市土地管制規則」；建築法 系的「都市計畫法」、「區域計畫法」、「山坡地開發建築管理辦法」；水土保持法 系的「水土保持法」、「山坡地保育利用條例」；環保法系的「環境影響評估法」；
農業法系的「農業發展條例」；財稅法系的「國有財產法」、「國有財產贈與寺廟 教堂辦法」、「房屋稅條例」、「土地稅減免規則」、「教育文化公益慈善機關或團 體免納所得稅適用標準」等皆為宗教業務承辦人員必需瞭解的法令，宗教業務 承辦人員均為普通行政人員考試及格轉任，但需具備上述專業法令知識，對於 上述繁雜而多樣化的法規，難免造成心理恐懼害怕承擔專業責任，形成目前各 縣市政府業務斷層現象。
台灣宗教的發展現象，自國民政府播遷來台以後，佛教、基督教之若干教 派、伊斯蘭教及、一貫道、天德教、大同教（已改名為巴哈伊教）等相繼傳入 台灣；1960 與 1970 年代在歐美蓬勃發展的各類新興宗教運動也自美國或日本、
韓國相繼傳入，如超覺靜坐、統一教會、創價學會、國際基里什那信仰會等；
甚至香港傳入的新約教會或者台灣本地創立的宗教，如新儒教、天帝教、大原 靈教、天父崇拜教等，種類繁多。（董芳苑，1986：320-323）1990 年代以後，
由於內政部對新興宗教的認定，採取形式上的審查，30致使本土新宗教或國外傳 入宗教又增加太易教、亥子道、宇宙彌勒皇教、彌勒大道、中華聖教、真光教 團、先天救教、黃中等多種，而這些宗教的信仰場所，1950 年時調查台灣地區
28參閱台灣省政府民政廳 1960 年 10 月 20 日民甲字第一八三○二號代電規定：「管理人與住持同時 設置一案，查住持係主持宗教活動，管理人管理寺廟房屋財產，二者同時設置並無重複」。
29參閱內政部 1987 年 4 月 30 日台內民字第八七○三六七○號函。
30內政部 2001 年 11 月 12 日台（九十）內民字第九○○七六一二號函復台北市、高雄市政府民政 局及各縣市政府，基於憲法保障宗教信仰自由之原則，有關新興宗教之創設，凡有本身獨具之教 義、宗旨、經典、儀軌、宗教組織等條件，且無違反我國相關法令規定及公共秩序、善良風俗者，
政府對其成立毋庸制定認證程序，惟於認定為新興宗教後，應檢附該教之教義、宗旨、經典、儀 規、宗教組織資料副知本部，上述函示，則顯然新興宗教的認定為形式要件審查。
登記有案寺廟和教堂總數為 4,220 座，1980 年為 9,477 座，（曾文昌，1980：72）
2004 年為 32,615 座（參閱附錄三），上述數字尚不包括未登記的寺廟、神壇及 私人宅院中的小型佛堂，這些宗教活動場所所衍生的管理問題，政府因而致力 推動宗教立法的政策。
內政部為確立宗教團體（包括「寺院、宮廟、教會」、「宗教社會團體」、「宗 教基金會」）之法律地位，希望透過立法措施，推動「宗教團體法」的法制作業，
藉以改變監督寺廟條例已不符台灣社會潮流需求之質疑，使宗教團體能在憲法 保障宗教信仰自由及宗教平等原則下健全其組織，發揮社會教化、淨化人心的 宗教功能。基於宗教事務自治原則，讓宗教團體在法律保障之下有更寬廣空間 從事宗教信仰行為與活動，更讓宗教行政治理經由宗教團體法立法通過後更甄 至上。因此，政府積極提出的宗教團體法草案係在保障宗教信仰自由前提下，
企圖賦予宗教團體法人權利主體地位，並將過去對宗教組織規範分別在「監督 寺廟條例」、「民法」或「人民團體法」中，非屬宗教團體專法者，希望將此三 類法令與宗教有關規定全部納入「宗教團體法」中分章規範，使宗教行政治理 達到事權統一，利於管理。尤其在法案內創設「宗教法人」，更對宗教團體的永 續經營具有實質的意義。
現行宗教行政相關法規仍欠缺者，如祭祀公業本身之法律關係有欠明確，
常造成處理時之困難。內政部雖然訂有「祭祀公業土地清理要點」，但因涉及 派下權益關係複雜，又無確定私權之效力，事實上已無法處理祭祀公業公同共 有複雜的法律關係，因而使其實際運作產生許多困難。回顧祭祀公業設立之初，
其用意本在「祭祀祖先、敦睦親族」。但由於其設立之時空背景特殊，復因年 代久遠，歷經多代子孫繼承後，其派下員已眾多又四散，很難以集會清理。部 分派下即使欲進行申報清理，亦常因戶籍資料無法連貫，或族譜、規約已失散 闕如，以致很難舉證。由於派下員之確定困難，以致其訂立規約、選任管理人、
召開派下大會等均無從進行，造成祭祀公業內部糾紛頻傳，甚至派下員之間亦 常為了彼此間是否有派下權而爭執不休，造成清理之困難，以致台灣地區仍有 為數眾多之祭祀公業仍未完成土地清理，造成土地問題無法處理、土地資源未 能有效利用、稅賦無法征收，更有部份派下員之間為了爭奪祀產爭訟不已，早 已失去了其原來設立之目的。
另就「監督寺廟條例」而言，它違背憲法宗教平等原則。因為此條例的條 文內容係以「管理」的取向為重，僅以佛教與道教之寺廟為規範對象，有違憲 法第 7 條「宗教平等」原則；尤其監督寺廟條例只狹隘地規定寺廟財產的處分，
其餘有關宗教主管機關對於宗教團體之行為、組織及新宗教設立等均未涉及，
政府往往須藉助許多行政命令加以補充解釋，而在解釋過程中對於寺廟所造成 的影響往往產生許多不良效應。例如：主管機關所發布的各種解釋函令與行政 命令，往往侵害到佛教教制，引起寺院財產糾紛頻傳，其中尤以「信徒大會」
選舉住持之規定，它與佛教「以僧為師」、「僧事僧決」、「僧人治寺」之戒規明 顯相違背。鑑於世界各國民主政治的發展趨勢，已從立法管制宗教事務的思維
逐漸走向立法保障宗教信仰自由的核心價值觀，政府對宗教事務的處理態度也 揭櫫以「服務代替管理」及「輔導取代監督」的立法取向。迫在眉睫的大法官 會議對「監督寺廟條例」違憲問題的宣告，是否應有更為完備及符合現代潮流 的宗教法律來取代「監督寺廟條例」的法制規範，抑或放任宗教團體自行運作，
皆有待政府提出具體的因應措施。
台灣地區民眾的宗教信仰類別和宗教態度的調查，在統計分析上有一定程 度的困難，瞿海源曾在 1988 年對上述信仰類別進行調查，台灣地區二十歲以上 七十歲以下的人口中，有 65﹪可認為民間信仰的信徒，11﹪為佛教徒，9﹪為無 宗教信仰者，7﹪為道教徒，5﹪為基督徒，3﹪為其他宗教的信徒，（瞿海源，
1991：166）其中有六成五屬民間信仰的信徒。因此，台灣社會民間信仰活動，
就是在世俗化所引導出的功利性，而產生了質變，例如民間信仰活動的電子琴 花車、大家樂，甚至私人設神壇為人改運解厄、占卜決疑、收驚驅魔，或藉由 宗教之名，行詐財騙色事件，對社會造成深度的影響，致有立法管理的呼籲。
1996 年台灣地區連續發生中台禪寺剃度事件、宋七力顯相、妙天禪師騙財事件，
國內傳播媒體所揭露的「宗教亂象」，對宗教主管機關可說最直接的立法壓力；
從 1996 年 7 月至 11 月總計四個月期間，各報紙專題報導宗教立法的議題超過 20 篇以上，台灣的立法政策環境與各方見解，實與宗教事件的發生有很密切的 關係。
肆、政府治理宗教事務實務面檢討
政府宗教治理事務主要為了輔導宗教團體之健全發展，鼓勵其運用自身財 源與社會資源，發揮取之於社會、用之與社會，促其積極興辦公益慈善及社會 教化事業，發揮淨化人心締造祥和社會之功能。惟宗教事務治理範圍既廣泛又 繁瑣，舉凡宗教設施之建造、宗教團體之登記、會計制度、組織運作、產權登 記、財產處分等皆是。但因社會曾發生假藉宗教名義歛財事件，使各界質疑政 府宗教事務係約束不法、保障合法，績效不彰。無可諱言，目前各界所提出的 宗教法制草案內容，對於防止不法宗教事件與假借宗教名義歛財騙色的規範仍 然無從約束，此係宗教事務具有敏感性、神秘性與互動性有關，若要求宗教人 員提出事前防範或事後介入處理，均有實質的困難性，此種情形使宗教行政人 員更顯得無力感。台灣地區的宗教事務中，爭議最多的部分，係在寺廟行政的 輔導工作，尤其寺廟信徒資格的認定、負責人的改選、寺廟資源的支配運用，
均成為有心人士、地方派系或第三勢力的角力點，它使原本單純的宗教團體組 織管理變得十分複雜，也難於處理，動輒得咎，宗教業務承辦人員處於無法適 用法令規定的情況下，最後可能無奈的選擇離開宗教治理工作。
台灣地區實施地方自治雖已逾五十年，但地方自治之權限因人而異，肇致 許多中央與地方之間，尤其地方相互間之分工合作事宜，迭有爭議或衝突，在 地方治理中存在著政府治理宗教事務的實務面難題。例如：地方政府宗教行政 機關有一項非常棘手的業務：即指民政機關核發「祭祀公業派下員名冊」及「神