註冊 (accession no. AY667492 )，其也含蓋起始 (ATG) 到終止密碼子 (TAA) 的完整 ORF，演繹出 735 個胺基酸 (VrSBEI；圖二十一)，預估 分子大小約為 84 kDa，pI 為 6.35。經同上比對，其序列組成同樣與菜豆 及豌豆相似度最高，cDNA 序列部分發現和菜豆的 pvsbe1 (AB029549) 全長序列的重疊部分有 95%的相同性，和豌豆的 sbeI (X80009) 有 88%
的相同性。而胺基酸序列部分，發現和菜豆 PvSBE1 蛋白質最為相似，
有高達 95%的同質性 (表八)，差異僅在於綠豆 VrSBEI 較 PvSBE1 (847 a.a.) 在 C 端短少 112 個胺基酸 (圖二十二)。
當單獨比較 VrsbeII 與 VrsbeI 序列，發現兩異構型之 cDNA 相同性 只有 59%，胺基酸同質性也只有 56% (表八)，因此推測，VrsbeII 與 VrsbeI 是屬於不同的 mRNA 族群所表現。相對於菜豆之 pvsbe2、 pvsbe1 cDNA，兩者相同性有 60%，胺基酸同質性有 57 %，因此，可預知這差 異性或許也會影響綠豆 SBE 異構型的催化特性如 Km、轉移鏈的長度、
對受質的專一性等。
3.2 VrSBEII 與 VrSBEI 之酵素活性區域結構
經由與各種不同植物 SBE 胺基酸序列的並排比對，顯示綠豆之 SBEI 與 II 也具有符合α-amylase family 的特徵，包括(β/α)
8
-barreal domain 及四個活化部位的保留區域 (Jespersen et al., 1993 ; Svensson, 1994 )。此 相關位置在綠豆 VrSBEII 分別為 HSHS
/A
S (410- 414)、GFRFDGVT (474-481)、G
/A
EDVS (532-536) 及 AESHDQ (597- 602)。其中值得注意 的是，在G
/A
EDVS 的區域中，”G”主要出現在 SBEII 異構型，而 A 則出 現在 SBEI 異構型 (圖二十二) 與 Martin and Smith (1995) 報告相符合 (圖三)。3.3 比對分析綠豆與各種植物 SBE 胺基酸序列間的差異
經利用 Pretty 程式功能作序列並排比對，發現兩種 SBE 異構型間有 下列幾點差異 (圖二十二)：
3.3.1 N 端序列
前人研究指出 SBEII 的主要特徵為 N 端序列較 SBEI 長且各物種之 SBEII N 端部分序列的相似性很低 (Burton et al., 1995)；前人也發現 SBEII-specific N- terminal 序列含有許多 Ser 且末端含有二或三個連續的 Pro 殘基 (即 PP 或 PPP) (Burton et al., 1995；Sun et al., 1998)，而綠豆 VrSBEII 之序列則為 PRP。 Burton et al. (1995) 及 Martin and Smith (1995) 報告中指出，這種 N- terminal domain 可能是一個 ”flex -ible arm”，扮演 著影響 SBE 與其他酵素間或 SBE 與澱粉顆粒間接觸的角色，此特性也 可能適用於綠豆的情況。
3.3.2 連接 β-strand 與 α-helice 間的 loop
綠豆 VrSBEII 之序列，在 β-strand 8 與 α-helice 8 間的 loop，也發現 有一段由 11 個胺基酸組成的序列 eQXLPnGsviP (675-685)，大寫表示完 全相同、小寫表示並非 100%相同，而 X 則表示可為任何胺基酸，前人 研究指出這 loop 特性存在所有的 SBEII，然而 SBEI 則缺乏 (Burton et al., 1995)，當綠豆 SBEII 與 I 比較時，發現亦有此特性。
綠豆 VrSBEI 之序列較 VrSBEII 多出 3 個額外的胺基酸 VGQ
(367-369)，與 Burton et al., 1995 報告結果相同，且經由與各種植物 SBE 比對 (圖二十二)，結果顯示這 3 個額外的胺基酸僅存在於 SBEI；此 外，尚有一段由 8 個胺基酸組成的序列 PEGiPGIP (738-745)，以菜豆 PvSBEI 序列表示，也僅出現在 SBEI，大寫表示完全相同、小寫表示 並非 100%相同，然而因綠豆 VrSBEI 序列較短 (735 a.a.)，而大部分 物種 SBEI 序列範圍 820-847 a.a.，所以綠豆 VrSBEI 亦缺乏此段序列。
3.4 預測訊息胜肽 (signal peptide) 之切位
根據神經網路系統工具，TargetP (www.cbs.dtu.dk/services /TargetP/) (Emanuelsson et al., 2000; Nielsen, et al., 1997) 分析綠豆 VrSBEII 及 VrSBEI 胺基酸序列，結果預測出分別在 VrSBEII 之 Lys 47-Ser 48 和 VrSBEI 之 Ser 12-Val 13 的位置，可能為訊息胜肽 (signal peptide) 之切位；並且發現 VrSBEII 之切位與菜豆及豌豆很接近 (Burton et al., 1995；Hamada et al., 2001)，然而，VrSBEI 則明顯不同 (表四)。此預測結果，仍需進一步將具 有酵素活性的 VrSBEI 與 VrSBEII 從綠豆純化出來後，再經由蛋白質的 N 端定序加以證實。
表四、綠豆與菜豆及豌豆之 signal peptide 切位的比較
Family A Family B Family A Family B Family A Family B
Mungbean