許多人 (如Maynard Smith, 1999) 認為，既然基因擁有許多訊 息理論所談論的訊息系統所具有的特性，那麼我們有相當強的理由 相信基因帶有意向性訊息。在訊息理論中，所謂的訊息指的是訊號 (signal) 對訊號源 (source) 的系統性的因果依憑性，而這個依憑性 是一組管道條件所創造出來的。換句話說，我們可以調控一組管道 條件，使得訊號與訊號源之間具有系統性的因果連結或至少是可靠 連結，因而使得訊息產生，這個訊息亦稱為訊號源的訊息。將訊息 理論運用到基因系統中，整個基因系統是訊號源，生物體的生命週 期便是訊號，而管道條件是生命週期展開時所需的所有其他非基因 資源 (Gray, 2001; Sterelny & Griffiths, 1999)。
這個類比的成功當然還需要更多的類似性，而兩者的細節看起 來似乎非常類似。在基因系統這一邊，最典型的「傳訊」過程如下：
四種類型的 DNA 三件一套的核甘酸做為訊號源，在一定的管道條 件下，RNA 以複製 DNA 兩股中的一股的方式複製了 DNA 的訊號，
RNA 修正一些後成為 mRNA，mRNA 將 DNA 的訊號從細胞核攜帶 到細胞質 (cytoplasm)，在細胞質中，mRNA 與核醣體 (ribosome) 結 合，核醣體使得mRNA 能夠被解碼成二十個左右的氨基酸序列的合 成，不同的氨基酸序列的合成構成不同種類的蛋白質。這些過程必 須在一些管道條件下才能完成，舉例來說，mRNA 中的核甘酸序列 到多生肽鏈 (polypeptide chain) 的解碼過程就需要一整組的酵素 與其它種類的分子 (tRNA) 的協助。這整個過程就如電報的傳訊過 程，從文字轉譯到特定符碼，在一定的管道條件下，這些符碼被不 同的物質以相同的語法不斷複製，然後透過解碼器再轉譯成文字。
除了「文字轉譯到特定符碼」的部分之外 (此部分同時是將意義賦 予符號的過程。基因的語意來源通常是透過演化論的目的論式語意
論加以說明，稍後我們將討論這個部分)，兩個過程的結構看起來是 非常類似的。
電報所傳訊的是人類用來表達意思的文字，因此它的符碼之具 有意義是沒有問題的，但是基因是否具有語意以及它們如何獲得語 意都尚待討論。原則上所有東西都可以被用來傳輸訊息，化學分子 一如紙上的痕跡、聲波、電磁波可以被設計來傳輸意向性訊息，但 是我們尚不能因此預設基因具有意向性訊息。姑且不論基因所具有 的訊息是否是意向性訊息時，我們發現，就算基因系統是一個十足 的訊息理論所描述的訊息系統，它所傳輸的亦僅僅是因果訊息。這 點可以從以下的情形看出。訊息理論的一個基本主張是，訊號源和 管道條件兩者之間的角色可以對調，換句話說，關於何者是訊號 源、何者是管道條件的問題，全然是觀察者依其研究目的而決定 的。如果管道條件被固定住，那麼訊號可以給我們訊號源的資訊；
另一方面，如果訊號源的各種條件被固定住，那麼訊號可以給我們 管道條件的資訊。這意味著，所有影響訊號產生的因素都可以被視 為訊號源，因此被視為帶有關於訊號的訊息，而基因只是眾多訊號 源 種 類 之 一 (Gray, 1992; Oyama, 2000a; Sterelny & Griffiths, 1999)。格理費茲 (Paul Griffiths) 及格雷 (Russell Gray) 稱這個主 張為「同等理論」(the parity thesis) (Griffiths & Gray, 1994)。但是 如此一來，基因和其它影響發展的因素都可以說帶有訊息，如同我 們說過的，這樣的訊息概念只能是因果訊息而非意向性訊息。
這應該不讓人感到意外，因為去掉語意的成分之後，任何訊息 系統所剩下的只是語法及語法間的轉換過程罷了，而那些過程就僅 僅是物質間可靠的、因果的過程，也就是說，整個訊息傳輸的過程 也只不過是一個訊號源加上管道條件到訊號產生的複雜的因果過
程。5 同樣的，如果訊息理論中所謂的訊息指的是，由一組管道條 件所創造出來的訊號對訊號源的系統性的依憑性，那麼根據定義，
這個依憑性一定是可靠的，如此一來這裡的訊息概念便是因果訊息 概念。從一個不同的角度來說，假設基因訊息是意向性訊息，那麼 它與訊號 (亦即生物特徵) 之間的關係就不一定是可靠關係，而當 它與訊號之間的關連斷裂時，我們卻不能將使之斷裂的原因歸諸於 管道原因，因為理想上管道原因已經被完全控制住了，管道條件必 須假設是受到控制的、封閉的，否則沒有可靠的傳訊。如果不能將
「意外因素」任意的加入管道條件當中，那麼我們就很難理解基因 與其訊號之間的關連具有斷裂的可能性。
這實際上也是所謂訊息語意學 (informational semantics) 所面 臨的最大難題。訊息語意學是一種自然主義式的主張，它企圖以因 果訊息概念來說明思想及語言中的語意及意向性性質，其中最著名 的是騅斯基、史丹普 (Dennis Stampe)、印克 (Berent Enc)、佛德 (Jerry Fodor)、史塔納克 (Robert Stalnaker) 以及菲爾德 (Hartry Field)。訊息語意學的基本主張是，一個表徵物的內容是該表徵物的 導因或與該表徵物具有可靠連結東西。6 這個主張所面臨的最嚴重 問題是，當一個表徵物透過因果關係或可靠連結關係而具有一定內 容時，它如何有錯誤的可能？它如何關於不存在的事物呢？當內容 是以可靠連結物或導因來加以界定時，不存在的事物如何關連到或 導生一個錯誤的表徵物呢？如何決定表徵物的哪些導因或哪些它 所連結的事物決定了它的內容，哪些不決定它的內容？對這個「錯
5 語法運轉是否足以產生語意一直是個爭議，但是這個爭議在此應由那些試圖以訊息 語意學來證明基因具有意向性內容的人來解決。
6 訊息語意學以表徵物的導因或可靠關連物做為表徵物的內容，但是以訊息理論進路 說明基因的內容時，基因所導生的某些東西才是它們的內容。兩者似乎剛好相反，
不過這個差異不影響這裡的討論。
誤問題」(the problem of error)，訊息語意學至今還不見有令人信服 的解決方案。
簡言之，基因系統和一般訊息系統之間的強類比，在缺乏一個 基因語意性質的說明下，至多只能支持基因具有因果訊息這個沒有 爭議的想法，但尚不能支持基因系統具有意向性訊息。
我們無意宣稱訊息理論中的因果概念或可靠性概念在任何條 件下都不能用來解決「錯誤問題」。訊息理論中用來界定訊息的是 一種無歷史性的可靠性或因果概念，如果將可靠性或因果概念轉換 成歷史性的，那麼訊息語意理論所面對的「錯誤」難題或許就不難 解決。一個很著名的例子是克里布奇 (Saul Kripke)，他訴諸符號的 實際因果歷史來說明它們的一些語意性質，特別是指稱 (reference) 性質 (1972)。在這樣的想法下，當一個符號被用來指稱它的實際因 果歷史所決定的東西時，它是被正確的使用，否則它是被錯誤的使 用。在基因訊息的討論中，目的論式的語意論常被用來說明語意面 向，而那種語意論也具有歷史性的因果概念或可靠性概念。
在我們進入語意部分的討論之前，有一點需要再次強調。我們 曾經指出，在絕大部分時候，基因與生物特徵之間並非一對一的關 係。基因與生物特徵之間的關連可以是一對多，也可以是多對一，
也可以是不同基因系統對同一生物特徵類型，而且這些連結方式還 是常態。當然，這種情形不會使得基因做為訊息承載者這個想法變 得錯誤，但卻使得對於界定出某個基因所承載的訊息以及界定出某 個訊息的基因承載物等等工作變得比較困難，例如它至少需要複雜 的統計工具。此外，就算我們忽略生物特徵發展時的環境因素，上 述基因與生物特徵兩者之間的多種連結型式也足以呈現出「某基因 是某生物特徵的基因」這類話是相當誤導人的。