雖然周憲文在編刊《文叢》時對於日治時期台灣文獻的蒐羅相對客觀多元，
但經過《文叢》刊行、流通後的殖民地時期文獻，仍在編輯過程中經過周憲文
與編輯群的某些增刪與「修正」，並非該文獻的真實面貌。特別是殖民地時期文 獻中，部分具有親日意味的文字，在《文叢》的編輯過程中往往加以刪去。以
《文叢》所刊《臺灣私法商事編》（第91 種）為例，這本書係由日治時期《臨 時臺灣舊慣調查會第三回報告書：臺灣私法附錄參考書第三卷第四編》中的第 一、二、三及六、七、八、九章抄錄而來，至於未抄錄的部份則與戰後國府「去 日本化」的文化策略與高漲的民族意識有關：「書中第一章第二節第一之三、第 五之一、四以及第十三，因部份內容有損國家民族立場，乃予刪去，共計刪去 900 餘字。」48
此種因「部份內容有損國家民族立場」而「予刪去」的事例，首推蔡振豐
《苑裏志》。在《文叢》刊本《苑裏志》〈學校志〉「樂器」中，「國家得地之始，
政府即孜孜求治……道何隆也？典何盛也？則他日之人才輩出，亦於是乎基。」
（〈苑裏志弁言〉，頁 166-167）被全數刪去，同時也刪去了《苑裏志》著者自 序、蔡相的序文，及全書〈凡例〉等。此外，《苑裏志》中所記載的殖民者為 籠絡地方仕紳舉辦的文教活動紀錄，如擬撰國語講習所所長卒學訓諭文稿、苑 裏新開辦務署宴會祝詞、苑裏新開辦務署筵中即事詩等49，也為《文叢》刊本 刪除。
除了刪去親附殖民政府的文字之外，《文叢》對於《苑裏志》中完全失去了 國家民族的立場」的史料也往往加以改寫。如《苑裏志．田賦》裡「自帝國蒞 臺以來，即將明治二十八年錢糧一切赦免，祇徵二十九年以後之額。其愛民之 至意，亦可想見矣！」（〈苑裏志弁言〉，頁166-167）即被改寫為「自日本佔據 臺灣以來，即將光緒二十一年錢糧一切蠲免，祇徵二十二年以後之額。」（〈苑 裏志弁言〉，頁166-167）不僅更改紀年方式（從「明治」改為「光緒」），也置 換了用詞（由「帝國」改為「日本」、「蒞臺」改為「佔據臺灣」）。在〈苑裏志 弁言〉中，周憲文自言改寫文獻的緣由：
48 周憲文，〈臺灣私法商事編弁言〉，《稻粱集》下冊，頁 833。
49 周憲文，〈苑裏志弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁 166-167。又，除《苑裏志》著者 自序、蔡相序文、全書〈凡例〉、擬撰國語講習所所長卒學訓諭文稿、苑裏新開辦務署宴 會祝詞、〈苑裏新開辦務署筵中即事詩〉之外，另因原圖過於草率，周憲文認為「在文獻 上無此需要」，因而於《苑裏志》原書之附圖中刪去「辦務署」、「警察署」、「守備隊」及
「苑裏八景」。共計《苑裏志》一書刪去七千餘字、附圖十一幅。
……這完全失去了國家民族的立場。那怎麼辦呢？思之復思之，我們決 定了一個整理的原則。凡是事實，我們祇去其有礙於國家民族的字面，
而仍予保留；凡屬議論，要是有害於國家民族的利益，一概剷除。……
我們這一做法，除了有人想研究著者的思想以外，對於臺灣文獻的本質，
是絲毫無所損傷的。至少，對於我們刊印《臺灣文獻叢刊》的目的是完 全相符的。所以我們就這樣做了（〈苑裏志弁言〉，頁166-167）。
周憲文指出，《文叢》對於日治時期文獻的處理方式以文本中所陳述的「事實」
為主，僅將其中「帝國」、「蒞臺」等「有礙於國家民族的字面」加以刪削、變 造與改寫；至於「有害於國家民族的利益」的文句，則是「一概剷除」。
另一方面，周憲文與《文叢》編輯群在處理日治時期台灣文獻中的「國號」
與「紀年」問題時，態度也頗堪玩味。日治時期部分文獻以「清國」指稱「中國」、
「帝國」指稱「日本」，對此，周憲文往往將「清國」兩字「或已予刪去，或已 易作『清廷』」50；對「帝國」則多半「改為『日本』」51。此外，《文叢》亦將文 獻中的「明治」、「大正」、「昭和」等日本紀年更改為「光緒」、「宣統」、「民國」
等中國紀年52。林真於〈臺灣私法債權編弁言〉明白指出，在《臺灣私法債權編》
中已將日本繫年全數改為中國繫年，分別將「每則事例發生之年、月亦完全按照 清代年號，一一予以訂正」，他認為這樣的處理對於文獻的本質「並無損傷」53。
在中國文化傳統中，「國號」與「年號」不僅是政權與年份時序的標記，同 時也是「正統性」的象徵。在政權更迭之際，「年號」與「國號」的運用直接涉 及書寫者自身的國族定位與政治認同。「遺民」、殖民者（或統治者）對於年號 與國號的使用十分審慎，且區隔分明，這不僅成為書寫者自身定位的標記，同 時也象徵著他們對自身國族定位的堅持，因而在易代之際的文獻中，往往會出 現兩、三種年號並存的情況。
50 周憲文，〈安平縣雜記弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁 173。
51 周憲文，〈安平縣雜記弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁 173。
52 如《文叢》的《苑裏志》刊本將「明治二十八年」改為「光緒二十一年」。見周憲文，〈苑 裏志弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁166-167。
53 林真，〈臺灣私法債權編弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁 256。林真與《文叢》編 輯群中對於日治時期國號、年號的處理原則，係根據周憲文之文獻整理原則而來。此部 分將於後文中進一步探討。
《文叢》所刊文獻裡，南明清初與日治時期等易代之際的文獻，都存在著
「年號並存」的現象。對於南明、清初文獻中南明「永曆」年號與清代「順治」、
「康熙」年號並存的情況，《文叢》刊本多傾向於保留史料原貌、維持該文獻原 本的紀年方式，不再另行調整、更動。舉例而言，《文叢》刊本《東明聞見錄》
（第238 種），其繫年即以南明桂王之年號「永曆」為主，記述「丁亥永曆元年 春正月帝幸桂林」至「庚寅永曆四年十月清師入桂林督師閣部臨桂伯瞿式耜、
總督楚師司馬張同敞不屈死之」之事，顯然是遺民觀點；而清鎖綠山人所者《明 亡述略》上下二卷（第244 種），其敘述者則「全是清人口吻」54，繫年亦以清 紀為主。
然而，《文叢》對於日治文獻的多種年號並存的問題，其處理標準與處理南 明文獻全然不同。《文叢》往往將所刊之日治文獻中的日本繫年改為中國繫年，
將國號「清國」改為「中國」、「帝國」改為「日本」，藉此彰顯對正統性的堅持。
《苑裏志》的編修，與殖民地時期台灣文獻中年號、國號的使用，不僅深具政 治意義，也是當時文化氛圍的真實反映。日治時期年號、國號的使用反映著易 代之際錯綜複雜的政治認同與文化定位，而《苑裏志》的整個文化生產過程，
鑲嵌在帝國的政治與文化策略之下，是型塑帝國文化重要的一環。日治時期地 方誌、地方采訪冊的編修，及《苑裏志》中所載的國語講習所訓諭文稿、飲筵 賦詩等活動，原是殖民者為籠絡具有地方影響力的仕紳、塑造輿論而舉辦，書 中記載的地方風情內容也經由殖民政府選擇性的刻意展示。就殖民地母國的日 本而言，這類編修活動彰顯了帝國的宏偉氣象，展現帝國權力的擴張；就殖民 地台灣而言，這類台灣書寫是建立殖民論述的關鍵內容。
儘管《苑裏志》中親附殖民者立場的文字書寫具有宣傳意味，而殖民者的 政治權力也確實影響了歷史書寫，但這些文獻的存在卻也反映了日治時期殖民 者在文化生產上的權力運作，是殖民地社會歷史的真實反映。就文獻保存的立 場而言，此類文獻保存時的「存真」有其必要。就文獻「存真」的觀點來看，
周憲文在《文叢》編修時選擇性刪削的行為固然有其爭議之處，然而《文叢》
54 周憲文，〈明亡述略弁言〉，《臺灣文獻叢刊序跋彙錄》，頁 588。
對於殖民地文獻的選擇性刪削，也反映戰後1950 至 1970 年間在解讀日治台灣 史時的壓抑氛圍。