當 q>2 時，所有估計量幾乎都表現一樣。
4.4 指標應用與實例分析
本文在此章節將利用三個實例資料，來做指標應用的介紹。其中實例二 具有個體資料，因此可透過此筆資料做估計量的估計分析。
¾ 實例一：
這筆實例資料摘錄於Shimatai（2001）的論文，這是以橡樹為優勢樹種 的28 年齡次生林，森林上層樹種的調查資料。其中包含兩個區塊，一是 CT：在 28 年中，曾經針對非橡樹樹種做疏伐作業。另一區塊CU：在 28 年中，完全沒有人為干擾。Shimatani ( 2001 ) 將樹種依傳統林奈分類方法，
歸納為四個層級（種、屬、科、亞目），並依據QE指標和傳統Gini-Simpson 指標來評估疏伐對生物多樣性的影響。結果兩個指標得到完全相反的結 果：區塊CT 有較高的QE值，而區塊CU有較高的Gini-Simpson指標值。另 外，透過網路資料庫 PHYLOMATIC ( 網址：
http://www.phylodiversity.net/phylomatic ) （Webb & Donogue 2004），得到
系統演化樹（如圖4.1 所示），116.6 142.3
116.6 142.3
圖4.1 區塊 CT（灰色）和 CU（黑色）物種的系統演化樹，圖中最後兩 行為區塊物種的相對豐富度（％）。區塊CT 的演化時間為 116.6 單位時
間，區塊CU 的演化時間為 142.6 單位時間。
mean diversity
0 50 100 150
23456
q=1
time T
mean diversity
0 50 100 150
1.52.02.53.03.54.04.55.0
q=2
time T
mean diversity
0 50 100 150
mean diversity
0 50 100 150
23456
q=1
time T
mean diversity
0 50 100 150
1.52.02.53.03.54.04.55.0
q=2
time T
mean diversity
0 50 100 150
45678910
q=0
time T
mean diversity
0 50 100 150
23456
q=1
time T
mean diversity
0 50 100 150
1.52.02.53.03.54.04.55.0
q=2
time T
mean diversity
0 50 100 150
表4.4 比較三種形式多樣性指標（qD
(
T= 142 . 3 )
、qD(
L= 4 )
和qD）。) 3 . 142 (T=
qD
) 4 (L=
qD
qD )
3 . 142 (T=
qD
) 4 (L=
qD
qD
4.548 3.012
2.054 3.809
3.187 1.940
q=2
5.664 3.904
2.797 4.967
3.951 2.660
q=1
9 6.750
5.338 10
7.25 5.402
q=0
Site CU ( un-thinned site ) Site CT ( thinned site )
Order
q
4.548 3.012
2.054 3.809
3.187 1.940
q=2
5.664 3.904
2.797 4.967
3.951 2.660
q=1
9 6.750
5.338 10
7.25 5.402
q=0
Site CU ( un-thinned site ) Site CT ( thinned site )
Order
q
得到，當不考慮物種豐富度時（q = 0），qD
(
T= 142 . 3 )
、0D(
L= 4 )
和0D的結 果一致，疏伐可以得到更高的多樣性。當考慮物種豐富度時（q = 1,2），則qD
(
L= 4 )
的結論與qD(
T= 142 . 3 )
和qD相違背。qD(
T= 142 . 3 )
和qD的結果 顯示，不受人為干擾的區塊，可以擁有更健全的生態系統，而此結論亦較 符合生物學家的認知。所以，傳統林業的管理經營，常會採取疏伐的方式，以增加單位面積的材積容量，然而卻不是保育生態的最佳方式。因此台灣 林務單位近幾年雖然獎勵造林，但仍沿用舊有觀念，砍大樹種小樹，實乃 藉保育生態之名行破壞生物多樣性之實，嚴重違反世界生態保育潮流。
¾ 實例二
此筆資料，是針對新竹、苗栗地區的三條河川（客雅溪、中港溪和後 龍溪）的河口鳥類相調查資料。總計215 種鳥種，若利用 DNA 分子資料 來建構系統演化樹則需要耗費龐大資金、人力和時間，因此採用林奈傳統 分類法來建構此215 物種的分類樹，共分五個層級：215 種、117 屬、49 科、17 目、1 綱。其中，
客雅溪包含：149 種、78 屬、38 科、13 目、1 綱，
中港溪包含：136 種、80 屬、40 科、15 目、1 綱，
後龍溪包含：150 種、99 屬、46 科、16 目、1 綱。
分析不同層級下，比較三個流域鳥類多樣性的差異：
客雅溪 : 後龍溪 : 中港溪 :
0 1 2 3 4 5
20406080100120140
L=1
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080100120
L=2
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080100
L=3
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080
L=4
q
mean diversity
客雅溪 : 後龍溪 : 中港溪 :
0 1 2 3 4 5
20406080100120140
L=1
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080100120
L=2
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080100
L=3
q
mean diversity
0 1 2 3 4 5
020406080
L=4
q
mean diversity
圖4.3 客雅溪、中港溪和後龍溪河口鳥類族群，在不同層級下，多 樣性的分析。
由圖4.3 結果顯示，對於不同層級多樣性的分析，平均多樣性大致都呈現
表4.6 當 q =2 時，各河口鳥類多樣性指標值
¾ 實例三：
此筆資料是摘錄於Pavoine et al. ( 2009 ) 的論文，資料內容主要是在 Southern California Bight 地區,收集 rockfish 屬相關魚種的年魚獲資料，包 含年份：1980-1986, 1993-1994, 1996, 1998-2007，共 20 筆資料，總計 50 種魚種，其系統演化樹如下：
圖4.4 摘自 Pavoine et al. ( 2009 )論文中的 Figure 4。
比較各年度rockfish 魚種 Hill 數值指標和系統演化多樣性指標值，
1980 1985 1990 1995 2000 2005
6810121416
q=2
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
101214161820
q=1
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
25303540
q=0
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
12141618
q=0
year
mean diversity
1980 1985 1990 1995 2000 2005
4.04.55.05.56.0
q=1
year
mean diversity
1980 1985 1990 1995 2000 2005
2.62.72.82.93.03.1
q=2
year
mean diversity
1980 1985 1990 1995 2000 2005
6810121416
q=2
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
101214161820
q=1
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
25303540
q=0
year
Hill's number
1980 1985 1990 1995 2000 2005
12141618
q=0
year
mean diversity
1980 1985 1990 1995 2000 2005
4.04.55.05.56.0
q=1
year
mean diversity
1980 1985 1990 1995 2000 2005
2.62.72.82.93.03.1
q=2
year
mean diversity
圖 4.5 各年度 rockfish 屬魚種的多樣性。
分析結果顯示，當位階 q = 0, 1, 2，無論 Hill 數值指標 或系統演化多樣性 指標，都顯示從1983 年到 2003 年，rockfish 族群多樣性有明顯逐年下降 的現象。另外，當考慮物種豐富度（q = 1, 2），1980-1982 三個年份的魚類 多樣性，在兩種指標都顯示有較低的多樣性，但
q= 0 時，並無此現象，表
示這三年的rockfish 屬的物種種類仍不少，且是珍貴（與其他魚種差異較 大）、稀有物種（相對豐富度較小）。因而造成整個族群較不均勻，而導致 當位階 q =1 或 2 時，多樣性指標值較小。另外，分析rockfish 魚種在不同演化時間的多樣性，首先將 20 筆資料 歸納為三個年代：
80 年代：1980-1986
90 年代：1993-1994, 1996, 1998-1999 21 世紀：2000-2007
得到，在演化時間為0 < T < 10 百萬年的系統演化多樣性：
80年代: 90年代 : 21世紀 :
0 2 4 6 8 10
1020304050
q=0
T
mean diversity
0 2 4 6 8 10
05101520
q=1
T
mean diversity
0 2 4 6 8 10
051015
q=2
T
mean diversity
圖4.6 演化時間在 0 < T <10 百萬年的平均有效物種數。
分析結果顯示，當只考慮物種種類 (位階 q = 0 ) 時，從任何的演化時間 來探討，80 年代、 90 年代 和 21 世紀的魚群系統演化多樣性，顯示 rockfish 族群種類，正慢慢隨時間遞減。另外當考慮物種豐富度時 (位階 q = 1, 2 ) ，無論以那個演化時間點來看， 21 世紀 rockfish 族群的系統演化多樣 性指標值都是最小的：顯示掠捕的壓力或環境的破壞，造成rockfish 整個 族群的diversity 正慢慢銳減中。
透過上述三個實例，說明系統演化多樣性指標在實際資料的分析上，
除了傳統中性指標的訊息之外，可以提供決策者另一考量的資訊，且系統 演化多樣性指標確實可以反應預期的現象。