隘租田園併入清賦事業一體陞科，雖然主要是來自於劉銘傳強硬的宣示，
但是隘租歸公後委由地方知縣負責徵收，實際上也有不少的困難。例如，知縣 方祖蔭在給劉銘傳的收租報告中便提及：接辦隘租徵收工作即發現，林汝梅編 造的各隘租額和實際情況有一些出入，詢問墾戶隘首皆聲稱是因天災坍廢所 致。為了確認租額，「本應按段履勘，分別稟報更正，適值辦理清賦，卑職以 履勘莫入清丈，究竟或多或少，有無坍荒廢壞，自能徹底澄清，而較之查勘亦 必真切，且履勘憑人指引，難保不以東指西，以此混彼」。方祖蔭最後指示負 責縣內清賦的委員們，留意各田業應納的隘租額，將之註明在清賦的帳冊上。
89 1886 年 12 月，劉銘傳命令候補同知吳本杰前往新竹查催隘租，吳本杰後來 也表示：「卑職等擬即覆勘，旋思各墾田園多係糾股開闢，業無專戶，租甚零 畸。若逐段細勘，非旦夕可以賚事，不若開單交給清丈各員，飭俟丈量各墾田 段，隨將租額詳細查記，庶戶名、租額均難遁飾」。90 從徵收隘租官員的立 場看來，非全面清丈實難以圓事。
行政程序
1887 年 6 月，劉銘傳為了因應清賦事業清丈階段結束之後，新的「陞科 定賦」之階段展開，新設「全臺清賦總局」，並指定由沈應奎負責。隨後，劉 銘傳並同時命令清賦總局、布政使邵友濂、臺灣道陳鳴志等人，會同臺灣南、
北知府共同研商「陞科定賦章程」。為了將番、隘租田園也一併陞科定賦(這 是劉銘傳一再向皇帝證明施行清賦的必要與決心的重點)，劉銘傳指示新成立 的清賦總局負責清查「隘租」。此時的「查隘」重點並非以往之清查隘租總額，
而是調查「每甲田畝的租穀石數」，顯然目的是為了和一般田園同時訂出新的 租率所進行的。
大概在 1887 年 7 月左右，劉銘傳即命令「全臺清賦總局」查報「臺灣各 縣番租、隘租，每甲田畝征收租穀若干？」。清賦總局遂透過臺灣、臺北知府 傳令各縣議覆。8 月 2 日，新竹知縣方祖蔭以「縣中無案可稽，莫從核報」，
諭仰總墾戶黃南球、姜紹基，按墾挨查。91 不料，就在清查期間，除了淡水、
89「淡新檔案」17329.88。
90「淡新檔案」17329.113。吳本杰後來也做出了一本清冊，清冊在「淡新檔案」17329.114-1；
1886 年新竹轄內的隘租清冊尚有黃南球所呈清冊(「淡新檔案」17333.02) ，這兩份名冊的 底冊是林汝梅所造「新、彰兩屬隘租額數總冊」。
91因「全臺清賦總局」在 1887 年 6 月才正式成立，而 8 月 2 日時新竹知縣已經收到臺北知府 來的命令並轉知地方士紳查辦，故推測為 1887 年 7 月時開始清查。「淡新檔案」13210.01、
02
新竹二縣外，臺、鳳等六縣俱已回報，負責人陳鳴志便再以私函請方祖蔭趕緊 回報。9 月 13 日，因黃、姜兩人一直未及回報，而清賦總局又一再嚴催，方 祖蔭只好就以前下鄉督導清丈，親身歷詢之大略情形回報，隘租「竹北各墾每 甲有納八至十石，竹南各墾僅納二、三石至十石為限；縣內並無番租」。92 清 賦總局收到方祖蔭的回覆後，除一面批飭方祖蔭再要求黃、姜兩人查明詳細甲 數外，也立即將交辦事項的查覆情況稟告劉銘傳。93
從相關文獻研判，全臺清賦總局後來沒有等到黃南球等人詳細報告，就直 接彙整資料呈交劉銘傳。理由是，目前我們可以看到的 1886 年全臺清賦總局 的呈交給劉銘傳的報告，其中有關新竹縣的部分主要使用的就是方祖蔭以自己 下鄉督察的經驗所說的那些話。9 月 22 日，針對全臺清賦總局所完成的番、
隘租每甲收租調查，劉銘傳批示：「所有各屬之番租、隘租抽收數目，仰候飭 藩司督同南、北兩府，分別妥議章程，彙入清賦案內一併辦理」。94 至此，
番租、隘租確定併入清賦事業的「陞科定賦」階段處理，而接下來的首要工作 則是布政使必須會同臺灣南、北兩府研商，「番租陞科定賦章程」以及「隘租 陞科定賦章程」。
大概在 1887 年 9 月時，要將番、隘租併入清賦案內一併整理的共識，大 致上已經形成，問題是實際的處理方式(章程)，尚未明確。劉銘傳在 9 月 22 日的批示中明確將此一責任交給臺灣布政使，布政使則行文所屬南、北二府提 示意見，各府則要求各縣回報。結果展開了另一階段的行政程序與研商。
9 月 29 日，布政使將劉銘傳的意見轉知臺灣、臺北知府。臺北知府基本 上認為：「是項番租、隘租，各縣之情形既不相同，而抽收數目亦各互議，能 否盡行改征供賦，以歸一律，抑須各就各縣情形，分議定章，方昭妥協」。95 知府因此行文各縣，要求妥議章程。10 月 6 日，臺北府知府雷其達行文給新 竹知縣方祖蔭及「會辦新竹清賦委員」章寶璐。96 10 月 8 日，新竹縣收到公 文。13 日新竹知縣詳覆意見為「隘租田畝，均經照丈分則，似應一併徵賦，
按則起科，以歸畫一，庶免各縣各殊，致多流弊」。97 新竹縣顯然也贊成將 隘租田園比照一般田園陞科納賦。10 月 18 日，新竹知縣的意見到達臺北府，
並經知府轉呈劉銘傳。
92「淡新檔案」13210.04。何以方祖蔭會說「各庄田畝均無徵收番租名目」呢？
93各縣之回報意見參閱「淡新檔案」13212.01。
94「淡新檔案」13212.02；「光緒 13 年 12 月 17 日臺灣府札飭議覆所屬番租隘租抽收數目章 程」《劉銘傳撫臺前後檔》，頁 139-140。
95「淡新檔案」13212.02。
96臺灣府則在 12 月 17 日左右才札飭所屬之各縣。「光緒 13 年 12 月 17 日臺灣府札飭議覆所 屬番租隘租抽收數目章程」《劉銘傳撫臺前後檔》，頁 139-140。令人疑惑的是，臺灣府對 於番租與隘租的處理原則居然一字不漏與臺北府相同。比較合理的推測是，臺灣府是在收 到臺北府發給屬下各縣之扎飭的移文後(即「淡新檔案」13212.02 文末的「除移行外合行扎 飭」)，才依據臺北府之意見下達命令給屬下各縣，也因此臺灣府下令的時間較晚，而兩者 的意見才會一致。
97「淡新檔案」13212.03。此處只提隘租的處理原則，是因為先前新竹知縣給清賦總局的報告 是：新竹縣並無徵收番租名目。(不曉得方祖蔭所認知的「番租」是什麼？)
雖然上述隘租改賦章程目前並未得見，無法仔細評估內容。但 1888 年 5 月間，新竹縣、大嵙崁撫墾總局以及清賦總局，在劉銘傳的指示下共同處理新 竹合興庄佃戶控訴墾戶陳福成匿報隘租案。當劉銘傳在地方官廳完成的共同調 查報告中裁示，將原本由新竹縣經理的陳福成隘租改由大嵙崁撫墾總局辦理 時，新竹知縣方祖蔭卻在此時提醒巡撫劉銘傳，隘租的徵收曾在先前奉准自 1888 年度起併入清賦，一體陞科，不再另外徵收隘租。為此，劉銘傳最後也 在 1888 年度新糧啟徵前夕的 6 月重新追認上述決議：「隘田已經丈量，自應 一律陞科，免徵隘租，以昭劃一。其新開田園，未曾丈量入冊，仍照墾租章程 完納」。98 亦即原本的隘租田園視為一般田園，陞科納糧，免征隘租。
值得注意的是，劉銘傳上述的批示也意味著當時已經定有所謂的「墾租章 程」，其適用對象為未在清賦事業中清丈的田園——「新墾未丈」。如果這裡 所謂的「新墾未丈」田園，就是方祖蔭所說的「新墾內山之地，在清賦之後，
始有成田，尚未陞科完糧，暫歸撫墾局徵收隘租」。99 亦即，所謂的不徵稅 是等於徵收隘租，而且是統一由撫墾局來收的話，那麼，清賦事業的隘租整理 事實上只是將一個墾熟的漢人社會納入政府的稅收體系而已，一個新的、未納 稅的隘墾區，也在此同時在漢人開墾勢力的前緣展開。
「墾底」
如眾所周知，清賦事業後來決定統一由小租戶作為納稅義務人，而為了避 免原本負責納稅的大租戶在免除納稅義務的同時又依照舊額向小租戶收取大 租，致使小租戶利益受損，劉銘傳政府後來推動了著名的「減四留六」政策，
要求大租戶只能依照舊額的六成收租，剩餘四成則貼給小租戶作為負責納稅的 損失。從政策內容看來，這顯然是針對原本帶納正供之田園所做的政策設計，
那麼，清賦之前從未曾納正供的隘租田園應該如何處理呢？
1888 年 4 月，劉銘傳政府在啟徵新賦前夕終於決定，適用「減四留六」
的「大租」類型為：隆恩官庄、學租、拳和官庄正耗、漢業戶、番業戶、番丁 私口糧、屯丁養贍租等七項，並不包括「隘租」。官府的理由應該是，「隘租」
早在 1886 年即已全額歸公。因此，隘租地域併入清賦事業的結果是，墾隘不 只沒有辦法獲得丈單等土地相關證明文件，也沒有辦法像其它的大租戶一樣，
經由「減四留六」政策，在清賦之後還維持著六成的大租收入。這引發了部分 墾隘首的抗爭。
前述新竹縣北境合興庄墾戶陳福成，自 1886 年起即不斷向官府遞稟陳 情，特別是 1888 年當清賦事業進入啟徵新賦階段，必須決定由誰接手政府核 發之丈單(土地證明文件)的時候，陳家的動作更為積極。陳家當時的負責人陳 紹藩(擁有武生的學位)一再表示：他的父親陳長順自 1820 年獲得地方社會以
98「淡新檔案」17337.16。
99「淡新檔案」17337.16。
及官府支持，自備口糧、資本設隘防番，並積極招徠佃農從事土地拓墾。雖然 墾戶和佃農簽訂契約時早已註明，土地完成拓墾之後永為佃農之業，但因佃農 每年必須依照墾戶丈量的面積繳交「隘糧大租」，所以雙方還是維持著形式上 的業佃關係。即使今日由政府負起守隘任務，隘租也改由政府抽收，但這並不 能抹煞陳家自 1820 年以來對於當地土地拓墾的貢獻。陳福成使用「墾底」這 樣的詞彙來宣稱陳家在合興庄墾區的歷史貢獻。顯然，佃農要取得完整的田主 地位，切除和大租戶之間的關連，可能還是必須付出一些的金錢。
因為陳家的抗爭不斷，大概在 1893 年左右，新竹知縣葉意深經傳集墾戶、
因為陳家的抗爭不斷，大概在 1893 年左右，新竹知縣葉意深經傳集墾戶、