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病毒量和相關共變數的多階段感染動態過程

第五章 結果

5.3 多階段新冠感個人化動態病毒量曲線

5.3.3 病毒量和相關共變數的多階段感染動態過程

根據表六中所示的估計參數,感染 Alpha 變異株後以多階段馬可夫過程中 定義的三個狀態(無症狀、症狀前期、症狀期)的動態關係如圖十七,以感染後的 時間(天)為橫軸。

症狀前期階段,由圖十七(a)所示隨時間增加至高峰後單調遞減消退,而症狀 階段機率則跟隨症狀前期個案-症狀路徑,則隨時間逐漸增加。而另外一個路徑的 永久無症狀其也依據感染速率與無症狀個案的比例隨時間增加。

透過表七的參數,這些動態曲線進一步可以個人化的連續Ct 值作為呈現。

以Ct 值導引的個人化感染動態過程呈現於圖十七(B),越低的 Ct 值,其曲線通 常越靠近上方。圖十七 (C) (D)呈現一系列結合年齡與群聚類別的 Ct 值動態曲

由本研究之評估結果顯示,年齡大於等於65 歲者相較於低於 65 歲者,在三 個狀態都具有較高的狀態轉移機會。群聚類別部分,在與水果商以家戶傳播有關 的傳播,在症狀前期個案(感染未出現症狀)的機會特別高。且以 Ct 值導引的曲線 對於年齡組的區分以及群聚感染的類型的辨別率也非常好。

於圖十八(A)-(C) 呈現一系列 Omicron 變異株的動態曲線。運用所發展的貝 氏網絡分析結果顯示,Omicron 變異株的曲線型態與 Alpha 變異株不同,在症狀 前期個案消退的部分比Alpha 變異株來得突然。這意味 Omicron 變異株達到症 狀前期個案階段峰值的時間比 Alpha 變異株短得多。圖十八(C).以接種疫苗狀態

區分感染後的Ct 值動態,也可以清楚的看到接種疫苗與未接種疫苗者被區分開

來。

表五、兩種變異株的接觸者追踪確診個案依症狀分類的基礎特徵 主流變異株

變數 分層

接觸 個案數

確診 個案數

無症狀感染者

有症狀 持續 非持續 感染者

Alpha VOC* [n, (每 100 位接觸之風險)]

次總量 8018 269 (3.35) 24 (0.30) 103 (1.28) 142 (1.77) 病毒量 (Ct 值)

Median (Q1, Q3) - 18.1 (15.0, 23.2)

26.1 (19.1, 31.0)

18.2 (15.0, 25.0)

17.6 (14.6, 21.0)

≥25 - 57 13 (22.8) 26 (45.6) 18 (31.6)

18-25 - 82 7 (8.5) 28 (34.2) 47 (57.3)

<18 - 130 4 (3.1) 49 (37.7) 77 (59.2) 性別

女性 4379 154 (3.52) 15 (0.34) 60 (1.37) 79 (1.80) 男性 3639 115 (3.16) 9 (0.25) 43 (1.18) 63 (1.73) 年齡

<20 1084 35 (3.23) 7 (0.65) 14 (1.29) 14 (1.29) 20-64 5565 163 (2.93) 12 (0.22) 62 (1.11) 89 (1.60)

>64 1247 71 (5.69) 5 (0.40) 27 (2.17) 39 (3.13) 群聚類別

水果商 2766 112 (4.05) 9 (0.33) 53 (1.92) 50 (1.81) 其他 5252 157 (2.99) 15 (0.29) 50 (0.95) 92 (1.75)

主流變異株 變數

分層

接觸 個案數

確診 個案數

無症狀感染者 有症狀

持續 非持續 感染者 Omicron VOC* [n, (每 100 位接觸之風險)]

次總量 1,288,561 1118 (8.68) 265 (2.06) 30 (0.23) 807 (6.26) 病毒量 (Ct 值)

Median (Q1, Q3) - 17.0 (14.0, 21.0)

18.0 (14.0, 23.0)

22.0 (17.0, 28.0)

16.0 (14.0, 20.0)

≥25 - 131 47 (37.6) 11 (8.8) 67 (53.6)

18-25 - 278 67 (24.3) 9 (3.2) 200 (72.5) <18 - 531 105 (19.8) 7 (1.3) 418 (78.9)

NK - 178 46 (26.9) 3 (1.8) 122 (71.3)

性別

女性 635,484 573 (9.02) 128 (2.01) 14 (0.22) 425 (6.69) 男性 653,077 545 (8.35) 137 (2.10) 16 (0.24) 382 (5.85) 年齡

<20 222,351 328 (14.75) 75 (3.37) 10 (0.45) 241 (10.84) 20-64 837,685 706 (8.43) 168 (2.01) 16 (0.19) 511 (6.10)

>64 228,525 84 (3.68) 22 (0.96) 4 (0.18) 55 (2.41) 疫苗接種狀態

0 或 1 劑 298,395 335 (11.23) 77 (2.58) 14 (0.47) 240 (8.04) 2 劑以上 990,166 783 (7.91) 188 (1.90) 16 (0.16) 567 (5.73)

# 感染 Alpha 變異株(每 100 人)和 Omicron 變異株(每 10000 人)的風 險,按年齡、性別、群聚類型和疫苗接種狀況區分,以及按 Ct 數值區分的確診 病例中疾病概況的比例

* 16 例感染 Omicron VOC 的症狀資料有缺失 NK:未知

表六、某縣市Alpha 和 Omicron 變異株新冠肺炎症狀進展情形

Alpha Omicron

發生個案

症狀前期個案路徑 250·9 (219·8-282·0) 849·1 (792·3-906·0)

無症狀路徑 24·9 (15·6-35·1) 271·4 (240·4-303·7)

持續無症狀之個案比例(%) 9·02 (5·83-12·67) 24·25 (21·83-26·75) 從無症狀至症狀發生之中位數時間(天) 4·07 (3·33-4·84) 1·22 (1·12-1·33)

表七、單變項分析某縣市兩種變異株之病毒量對疾病惡化之淨效應

被感染 具有症狀 由無症狀進展

至有症狀 Alpha 變異株

Ct 值(連續) - 0·86 (0·80-0·91) 0·98 (0·93-1·03) Ct 值 (每上升十分位數) - 0·69 (0·58-0·83) 0·97 (0·87-1·10) Ct l 值 (與 25+相比)

<18 - 10·25 (3·17-34·53) 1·80 (0·72-4·11) 18-25 - 3·32 (1·30-8·98) 4·10 (1·50-11·45)

性別(vs 女性)

Male 0·91 (0·72-1·16)) 1·29 (0·49-3·13) 1·02 (0·53-1·95) 年齡(vs <20 歲)

20-64 0·86 (0·59-1·25) 2·95 (1·06-8·44) 1·38 (0·52-3·50) 65+ 1·52 (1·03-2·31) 3·18 (0·85-10·91) 2·77 (1·00-8·47) 水果商有關群聚

(比上其他群聚)

1·35 (1·07-1·75) 1·22 (0·49-3·04) 0·32 (0·17-0·66) Omicron 變異株*

Ct 值(連續) - 0·95 (0·92-0·97) 0·97 (0·84-1·12) Ct 值 (每上升十分位數) - 0·90 (0·85-0·94) 0·84 (0·51-1·29) Ct 值 (與 25+相比)

<18 - 2·42 (1·49-3·66) 1·21 (0·60-2·48) 18-25 - 2·01 (1·20-3·21) 1·46 (0·74-3·09)

性別(與女性相比)

男性 0·92 (0·83-1·03) 0·83 (0·63-1·11) 2·04 (1·12-3·68) 年齡 (與<20 相比)

20-64 0·57 (0·51-0·65) 0·93 (0·68-1·27) 1·11 (0·48-2·55) 65+ 0·25 (0·20-0·32) 0·77 (0·43-1·33) 1·02 (0·40-2·42) 疫苗接種狀態(與 0 或 1 劑相比)

接種兩劑以上 0·70 (0·62-0·80) 0·95 (0·70-1·28) 1·26 (0·56-3·11)

# 具有分類 Ct 值的模型中的估計結果* 採用從 2022 年 1 月桃園 190 例 國 內 Omicron 變異株病例的早期社區爆發的症狀前期個案進展至出現症狀作為事 前訊息

表八、多變量分析某縣市族群Alpha 與 Omicron 變異株疾病進展風險

被感染 具有症狀 由無症狀進展

至有症狀 Alpha 變異株

Ct 值(連續) - 0.86 (0.81-0.92) 0.98 (0.93-1.03) Ct 值(每上升十分位數) - 0.71 (0.58-0.87) 0.98 (0.87-1.11) Ct 值(與 25+相比)

<18 - 8.02 (3.29-20.02) 1.69 (0.74-3.97) 18-25 - 3.03 (1.10-9.06) 3.25 (1.10-8.98) 年齡(與<20 相比) #

20-64 0.89 (0.62-1.31) 2.37 (0.80-6.56) NS 65+ 1.58 (1.06-2.36) 2.70 (0.85-10.66) NS

水果商有關群聚比上其他群聚# 1.32 (1.05-1.71) NS 0.37 (0.17-0.73) Omicron 變異株*

Ct 值(連續) - 0.95 (0.93-0.98) 0.98 (0.83-1.14) Ct 值(每上升十分位數) - 0.91 (0.86-0.96) 0.86 (0.56-1.30) Ct 值(與 25+相比)

<18 - 2.36 (1.57-3.48) 1.41 (0.62-3.90) 18-25 - 1.78 (1.15-2.72) 1.53 (0.69-3.13) 2 劑疫苗接種 (與 0-1 劑相比) # 0.70 (0.61-0.80) NS NS

# 具有分類 Ct 值的模型中的估計結果

* 採用從 2022 年 1 月桃園 190 例 國內 Omicron 變異株病例的早期社區爆 發的症狀前期個案進展至出現症狀作為事前訊息

圖十六、多階段模式之新冠肺炎個案密切接觸者主動追蹤資料建立流程

圖十七、Alpha 變異株的多階段感染動態過程,整體以及和依病毒量(Ct 值) 和年齡組分層

(A) 整體

0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days) Presymptomatic

Symptomatic Asymptomatic (%)

(B) 以連續 Ct 值為病毒量分層

(C) 以年齡與連續 Ct 值為病毒量分層

0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days)

Pre-symptomatic

(%)

0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days)

Symptomatic

(%)

0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days)

Asymptomatic

(%)

(D) Alpha 變異株以群聚類別以及連續 Ct 值對病毒量分層

在圖(B)(C)(D)中,顏色由深至淺代表高病毒(Ct=10)至低病毒量(Ct=30)

圖十八、Omicron 變異株的多階段感染動態過程,整體以及和依病毒量(Ct 值)和年齡組分層

(A) 整體

0.0 0.1 0.2 0.3

0 1 2 3 4 5

Probability

Time since exposure (days) Presymptomatic

Symptomatic Asymptomatic

(%)

(B) 以連續 Ct 值為病毒量分層

(C )以連續 Ct 值與疫苗接種狀態為病毒量分層 在圖(B)(C)中,顏色由深至淺代表高病毒量(Ct=10)至低病毒量(Ct=30)

0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10

0 1 2 3 4 5 6 7

Probability

Time since exposure (days) Pre-symptomatic (%)

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days) Symptomatic

(%)

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

0 7 14 21

Probability

Time since exposure (days) Asymptomatic

(%)

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