登革熱病毒屬於黃質病毒科（Flaviviridea）黃質病毒屬（Flavivirus），
同屬病毒有：日本腻炎病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）、西尼羅病毒
（West Nile virus, WNV）、黃熱病毒（Yellow fever virus, YFV）、Kunjin virus
（KUNV）…等超過七十種病毒（Lindenbach et al., 2007）。
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登革熱病毒基因體（見附錄五，Perera et al., 2008）為單股、正形
（single-stranded, positive-sense）的 RNA 病毒，全長約為 10.8 kb，5’ 端 含有 Cap 結構，3’ 端則缺乏 poly(A) 序列（Wengler et al., 1978），僅具一 開放式讀架（open- reading-frame, ORF）。複製時，先轉譯出一個聚合蛋白
（polyprotein），後由病毒與宿主的蛋白酶切割成三個結構蛋白（structural protein），分別為衣殼蛋白（capsid protein, C）、前驅膜蛋白（precursor membrane protein, prM）與外膜蛋白（envelope protein, E）及七個非結構蛋 白（non-structural protein）包括 NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B、
NS5（Lindenbach et al., 2007; Perera et al., 2008）。
結構蛋白方面，E protein 會與宿主細胞表面的受器結合（如：dendritic- cell-specific ICAM3-grabbing non-integrin, DC-SIG; Pokidysheva et al., 2006）； prM protein 在病毒 顆粒 由內 質網經由 反面 高基 網狀系統 （ trans Golgi network, TGN）釋出宿主細胞外時， prM-E 蛋白會切割成 M-E，幫助 E protein 在病毒顆粒表面結構更為穩定（Perera et al., 2008）。
在非結構蛋白方面，NS1 為分泌型蛋白（secrted protein），在病毒早期 複製時被認為扮演重要角色（Lindenbach et al., 1999），而且可抑制補體的 活化（Chung et al., 2006）；NS2B 為 NS3 protease 的 co-factor，幫助 DV polyprotein 在 NS1/NS2A、NS2A/2B、NS2A/NS3、NS3/NS4A、NS4B/NS5 等處切割（Falgout et al., 1991）；NS3 為多功能性蛋白，具有 serine protease、
RNA helicase、nucleoside triphosphatase（NTpase）（Gorbalenya et al., 1989;
Wengler et al., 1991）之特性；NS5 為雙功能蛋白，具有 methyltransferase, MTase、RNA-dependent RNA polymerase（RdRp）（Egloff et al., 2002; Yap et
al., 2007）之特性，另外，RdRp 的演化相關性也是黃質病科（Flaviviridea）
分類的依據（Lindenbach et al., 2007）。
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至於 DV 在 NS2A、NS4A、NS4B 有一些研究推測可能的功能。於 2003 年 Muñoz-Jordan 團隊建構表現 DV 蛋白的質體（C-HA、prM-HA、
E-HA、NS1-HA、NS2A-HA、NS2B-HA、NS3-HA、NS4A-HA、NS4B-HA、
NS5-HA；HA 為 Hemagglutinin tag），利用綠猿腎臟癌細胞（Vero cell）將 表現 DV 蛋白的質體及 ISRE-CAT 的質體（ISRE, IFN-stimulated response element；CAT, chloramphenicol acetyl transferase）共轉染（co-transfection）， 外加 IFN-（interferon-）觀察，經由 IFN- 誘發 ISRE 下游 CAT 表現 量，由結果顯示，當轉染細胞表現 NS2A、NS4A 或 NS4B 病毒蛋白時，
會使 CAT 表現量下降（分別抑制 51.5 %、38.5 %、74.5 %）；另外，若細 胞同時表現 NS2A、NS4A、NS4B 三種病毒蛋白時，會抑制 CAT 達 92.5
%。推測 NS2A、NS4A、NS4B 可能影響 IFN 與 ISRE 的作用，抑制細 胞的 IFN 訊號傳遞（IFN signal transduction）（Muñoz-Jordan et al., 2003）。
在 NS4A 方面，於 2007 年 Miller 團隊利用共軛 焦免疫螢光 顯微鏡
（confocal immunofluorescence microscopy, IFM）觀察受 DV 感染的人類肝 癌細胞（Huh7 cell），發現內質網（endoplasmic reticulum, ER）會變成 dot-like structure；另外，發現 NS4A protein、dsRNA（viral RNA）及 E protein 與 ER 的 dot-like structure 有 co-localization，推測 NS4A 可能是病毒複製複 合物（replication complex）的一部分，而且 dot-like structure 可能是因為感 染 後 發 生 膜 重 排 （ membrane alteration ）； 此 外 ， Miller 團 隊 還 建 構 NS4A-eGFP 質體及剔除 NS4A 的 2K 片段的 NS4A(-2K)-eGFP 質體去 轉染 Huh7 cell，利用 IFM 及免疫電子顯微鏡（immunoelectron microscopy, EM）觀察。在 IFM 的結果顯示，表現 NS4A(-2K)-eGFP 的細胞在 ER 會 出 現 與 受 DV 感 染 的 細 胞 一 樣 的 dot-like structure ， 而 且 細 胞 內 的 NS4A(-2K)-eGFP 蛋白也與 ER 的 dot-like structure 有 co-localization；在 EM 部分，表現 NS4A(-2K)-eGFP 的細胞會出現細胞內膜積聚（intracellular
5 外，以不同的 NS4B：NS3 比例進行 EMSA（Electrophoretic mobility shift assay）發現當 NS4B：NS3 比值 ≧ 2 可以看到病毒 RNA 條帶（band）， 推測 NS4B 可能是形成 2 個以上的 oligomer 去協助病毒 RNA 從 NS3 脫離（Umareddy et al., 2006）。