第一節 ESBL 菌株分離率與採樣來源
本研究於 2014 年至 2017 年間共收集到 285 株經由 Vitek 2 Compact 所鑑定出 的微生物菌種為大腸桿菌之犬貓檢體，總計分離出 65 株 ESBL-producing E. coli，
其株採樣來源以尿液 (urine) 為主(44/65, 67.7%)，其次為傷口 (5/65, 7.7%) 和膿 (pus) (4/65, 6.2%) 等等。(詳見 Table 4)
ESBL-producing E. coli 整體盛行率為 22.8% (65/285)，若依據 2014-2017 年各 年份分離率如下：18.2% (22/121)、21.1% (15/71)、34.6% (18/52)、25.6% (10/38)，
若是再細分的話，2014-2017 年犬隻 ESBL-producing E. coli 的總盛行率為 23.9%
(54/226)，貓 ESBL-producing E. coli 的總盛行率為 18.6% (11/59)。在 2014 年犬、
貓盛行率分別為81.8% (18/22) 和 18.2% (4/22)。在 2015 年犬、貓盛行率分別為 93.3% (14/15)和 6.7% (1/15)。在 2016 年犬、貓盛行率分別為 83.3% (15/18) 和 16.7%
(3/18)。在 2017 年犬、貓盛行率分別為 70% (7/10) 和 30% (3/10)。(詳見 Table 5)
第二節 ESBL 菌株之抗微生物藥物感受性試驗結果
本研究使用臨床上常使用的 9 種抗微生物藥物進行實驗，使用 β-lactams 類：
amoxycillin/clavulanic acid、ampicillin、imipenem、ceftiofur，四環素類 (tetracyclines):
doxycycline，喹諾酮類(quinolones): enrofloxacin、ciprofloxacin，胺基配糖體類 (aminoglycosides): gentamicin，磺胺類 (sulfonamides):
sulfamethoxazole/trimethoprim。由實驗結果得知，分離出 65 株 ESBL-producing E.
coli 對於 β-lactams 類的抗生素中的 ampicillin 皆具抗藥性。而對 β-lactams 類的 ceftiofur (93.8%)、四環素類的 doxycycline (73.8%)以及喹諾酮類的 enrofloxacin
(80%) 、ciprofloxacin (78.5%)，則有很高比率呈現抗藥性。然而，ESBL-producing E. coli 對於 β- lactams 類的 imipenem (96.9%) 與胺基配糖體類的 gentamicin (61.5%)，
則有較高的感受性。在β-lactams 類的 amoxycillin/clavulanic acid，則呈現抗藥性 (38.5%) 與感受性 (38.5%) 比率為一樣的結果。在磺胺類中的
sulfamethoxazole/trimethoprim 的抗藥性 (50.8%) 微略高於感受性 (43.1%) 。 以犬貓做區分統計，在貓隻中，ESBL-producing E. coli 對
amoxycillin/clavulanic acid、ampicillin、ceftiofur、doxycycline、enrofloxacin、
ciprofloxacin 以及 sulfamethoxazole/trimethoprim 呈現抗藥性比率較高，而對
imipenem、gentamicin 則呈現較高比率的感受性。在犬隻中，ESBL-producing E. coli 對 ampicillin、ceftiofur、doxycycline、enrofloxacin、 ciprofloxacin 以及
sulfamethoxazole/trimethoprim 有較高的抗藥性比率，對 amoxycillin/clavulanic acid 抗藥性與敏感性比率各佔一半，而對 imipenem、gentamicin 則呈現較高比率的感 受性。 (詳見 Table6)
第三節 β-lactamase 基因型測定結果
本實驗所有 65 株 ESBL-producing E. coli 針對 TEM、SHV、CTX-M 這三種常 見 ESBL bla 基因型進行 PCR 檢測，將待測樣本送定序後，結果與軟體做比對，依 據定序結果判讀是屬於哪個 genotype。
由實驗結果得知，在 65 株分離株中，CTX-M-1 group 為最主要的 ESBL bla 基因型，其次分別為 CTX-M-9 group、TEM group、CTX-M-2 group、SHV group，
CTX-M-8 group 與 CTX-M-25group 則無發現。其 CTX-M-1 group 中的 CTX-M-55 和 CTX-M-9 group 中的 CTX-M-174、CTX-M-198 以及 TEM group 中的 TEM-215，
在 2014 年到 2017 年間經定序比對結果均有被發現。屬於 CTX-M-1 group 的分離
株共 38 株 (38/65, 58.5%)，經定序比對結果分別為 CTX-M-55 (24/65, 36.9%)、
CTX-M-69 (3/64, 4.6%)、CTX-M-194 (7/65, 10.8%)、CTX-M-199 (1/65, 1.5%)、
CTX-M-211 (3/65, 4.6%)。屬於 CTX-M-2 group 的分離的分離株共 12 株 (12/65, 18.5%)，經定序比對結果均為 CTX-M-124 (12/65, 18.5%)。屬於 CTX-M-9 group 的 分離株共 33 株 (21/65, 32.3%)，經定序比對結果分別為 CTX-M-24 (1/65, 1.5%)、
CTX-M-67 (1/64, 1.5%)、CTX-M-148 (1/65, 1.5%)、CTX-M-174 (4/65, 6.2%)、
CTX-M-196 (1/65, 1.5%)、CTX-M-198 (11/65, 17.9%)、CTX-M-214 (13/65, 20.0%)、
CTX-M-223 (1/65, 1.5%)。屬於 TEM group 的分離株共 25 株 (25/65, 38.5%)，經定 序比對結果分別為 TEM-81 (1/65, 1.5%)、TEM-215 (16/65, 24.6%)、TEM-219 (2/65, 3.1%)、TEM-226 (1/65, 1.5%)、TEM-230 (5/65, 7.7%)。屬於 SHV group 的分離的 分離株共 4 株 (4/65, 6.2%)，經定序比對結果均為 SHV-199 (4/65, 6.2%)。 (詳見 Table 8)
第四節 ESBL-producing E. coli 之 MLST 序列定序分析
本實驗 65 株 ESBL-producing E. coli 最為常見的 STs type 為 ST457 (13/65, 20%)，
其次依序為 ST131 (10/65, 15.4%)、ST648 (6/65, 9.2%)、ST38 (3/65, 4.6%)、ST405 (2/65, 3.1%)，以及各出現一次 (1/65, 1.5%) 的 ST type: ST10、ST69、ST73、ST359、
ST372、ST428、ST636、ST1674、ST3429、ST5229、ST5640、ST5685、ST5685、
ST5703、ST5865，還有 16 株在資料庫沒有相符合的 ST 型，可能為新的 sequence type (16/65, 24.6%)。結果詳見 Table 8。各菌株之間 housekeeping gene 定序結果詳 見 Appendix 1-4。
使用 BioNumerics Software 建構 ESBL-producing E. coli minimum spanning tree 親緣樹狀圖 (Figure 1)，ST457 與 ST1674 之間親緣最為接近，只差了一個等位基
因 (allele)，而與次之常見的 ST131 親緣性關係甚遠。ST131 與 ST5640 之間親緣 最為接近，只差了一個等位基因，而與 ST73 和 ST428 分別相差 6 和 5 個等位基因 其親緣關係也很相近。ST648 與 ST5685、ST5686 相差六個等位基因，這三者之間 親緣性關係較為接近。ST38 與 ST3429 之間親緣性關係最近，相差一個等位基因，
而與 ST69、ST405 相差五個等位基因，親緣性關係也很相近。其餘的 STs type 如：
ST10、ST359、ST372、ST636、ST5229、ST5703、ST5865 皆是零星單一 ST，彼 此間親緣關係較遠。
第五節 ESBL-producing E. coli ST131 O25b 之檢測結果
經 PCR 增幅出七段 E. coli 的 housekeeping gene，經定序比對結果顯示 65 株 ESBL-producing E. coli 有 10 株為 ST131。將這 10 株菌株依據 Clermont 等人 [82] 所 提供之方法進行 trpA (427 bp)和 pabB (347 bp)的 PCR 片段擴增，使用 trpA 當控制 組，若是屬於 ESBL-producing E. coli 則會增幅出 trpA 片段，若是屬於
ESBL-producing E. coli 且為 ST131 O25b 則會同時增幅出 trpA 以及 pabB 片段，其 結果顯示有 80% (8/10) 菌株為 ST131 O25b 的 ESBL-producing E. coli (Figure 2)。